RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000496447.5

PTPRF-215, Transcript of protein tyrosine phosphatase, receptor type F, human

TSL 1 (best)

Gene PTPRF, Length 5,887 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
PTPRF-215	ENST00000496447	TBC1D3C	Q6IPX1	549 aa		13.25	□□□□□ -0.29
PTPRF-215	ENST00000496447	TMPRSS6	Q8IU80	811 aa		13.25	□□□□□ -0.29
PTPRF-215	ENST00000496447	TBC1D3	Q8IZP1	549 aa	Predicted RBP	13.25	□□□□□ -0.29
PTPRF-215	ENST00000496447	GLMN	Q92990	594 aa		13.25	□□□□□ -0.29
PTPRF-215	ENST00000496447	INPP4A	Q96PE3	977 aa	Predicted RBP	13.25	□□□□□ -0.29
PTPRF-215	ENST00000496447	SLC39A8	Q9C0K1	460 aa		13.25	□□□□□ -0.29
PTPRF-215	ENST00000496447	PADI3	Q9ULW8	664 aa		13.25	□□□□□ -0.29
PTPRF-215	ENST00000496447	ISM1	B1AKI9	464 aa		13.25	□□□□□ -0.29
PTPRF-215	ENST00000496447	BCL10	O95999	233 aa		13.25	□□□□□ -0.29
PTPRF-215	ENST00000496447	ELFN1	P0C7U0	828 aa		13.25	□□□□□ -0.29
PTPRF-215	ENST00000496447	CES1	P23141	567 aa		13.25	□□□□□ -0.29
PTPRF-215	ENST00000496447	IFNGR2	P38484	337 aa		13.25	□□□□□ -0.29
PTPRF-215	ENST00000496447	GALNT3	Q14435	633 aa		13.25	□□□□□ -0.29
PTPRF-215	ENST00000496447	MACC1	Q6ZN28	852 aa		13.25	□□□□□ -0.29
PTPRF-215	ENST00000496447	EIF1AD	Q8N9N8	165 aa	Known RBP	13.25	□□□□□ -0.29
PTPRF-215	ENST00000496447	ACTRT2	Q8TDY3	377 aa		13.25	□□□□□ -0.29
PTPRF-215	ENST00000496447	FERD3L	Q96RJ6	166 aa		13.25	□□□□□ -0.29
PTPRF-215	ENST00000496447	CCDC167	Q9P0B6	97 aa		13.25	□□□□□ -0.29
PTPRF-215	ENST00000496447	URAD	A6NGE7	173 aa		13.25	□□□□□ -0.29
PTPRF-215	ENST00000496447		H3BN98	237 aa		13.25	□□□□□ -0.29
PTPRF-215	ENST00000496447	TTMP	Q5BVD1	217 aa		13.25	□□□□□ -0.29
PTPRF-215	ENST00000496447	BRMS1L	Q5PSV4	323 aa		13.25	□□□□□ -0.29
PTPRF-215	ENST00000496447	AADACL2	Q6P093	401 aa		13.25	□□□□□ -0.29
PTPRF-215	ENST00000496447	AGMO	Q6ZNB7	445 aa		13.25	□□□□□ -0.29
PTPRF-215	ENST00000496447	DSEL	Q8IZU8	1212 aa		13.25	□□□□□ -0.29
PTPRF-215	ENST00000496447	POLE3	Q9NRF9	147 aa		13.25	□□□□□ -0.29
PTPRF-215	ENST00000496447	TREH	O43280	583 aa		13.24	□□□□□ -0.29
PTPRF-215	ENST00000496447	ACSL4	O60488	711 aa		13.24	□□□□□ -0.29
PTPRF-215	ENST00000496447	PIGN	O95427	931 aa		13.24	□□□□□ -0.29
PTPRF-215	ENST00000496447	PAICS	P22234	425 aa	Known RBP	13.24	□□□□□ -0.29
PTPRF-215	ENST00000496447	ZNF844	Q08AG5	666 aa		13.24	□□□□□ -0.29
PTPRF-215	ENST00000496447	RSBN1	Q5VWQ0	802 aa	Predicted RBP	13.24	□□□□□ -0.29
PTPRF-215	ENST00000496447	LBX2	Q6XYB7	198 aa		13.24	□□□□□ -0.29
PTPRF-215	ENST00000496447	MTERF3	Q96E29	417 aa		13.24	□□□□□ -0.29
PTPRF-215	ENST00000496447	OXNAD1	Q96HP4	312 aa	Predicted RBP	13.24	□□□□□ -0.29
PTPRF-215	ENST00000496447	FCRL2	Q96LA5	508 aa	Predicted RBP	13.24	□□□□□ -0.29
PTPRF-215	ENST00000496447		A0A1W2PQH9	124 aa		13.24	□□□□□ -0.29
PTPRF-215	ENST00000496447	GRM6	O15303	877 aa		13.24	□□□□□ -0.29
PTPRF-215	ENST00000496447	PIRT	P0C851	137 aa		13.24	□□□□□ -0.29
PTPRF-215	ENST00000496447	MYBL2	P10244	700 aa		13.24	□□□□□ -0.29
PTPRF-215	ENST00000496447	ERCC2	P18074	760 aa		13.24	□□□□□ -0.29
PTPRF-215	ENST00000496447	LPO	P22079	712 aa	Predicted RBP	13.24	□□□□□ -0.29
PTPRF-215	ENST00000496447	ABR	Q12979	859 aa		13.24	□□□□□ -0.29
PTPRF-215	ENST00000496447	BIK	Q13323	160 aa		13.24	□□□□□ -0.29
PTPRF-215	ENST00000496447	PTPRN	Q16849	979 aa		13.24	□□□□□ -0.29
PTPRF-215	ENST00000496447	ATAT1	Q5SQI0	421 aa		13.24	□□□□□ -0.29
PTPRF-215	ENST00000496447	UNC5A	Q6ZN44	842 aa		13.24	□□□□□ -0.29
PTPRF-215	ENST00000496447	LRRC55	Q6ZSA7	311 aa		13.24	□□□□□ -0.29
PTPRF-215	ENST00000496447	KRT73	Q86Y46	540 aa		13.24	□□□□□ -0.29
PTPRF-215	ENST00000496447	EPHX4	Q8IUS5	362 aa		13.24	□□□□□ -0.29
PTPRF-215	ENST00000496447	PTGR2	Q8N8N7	351 aa	Predicted RBP	13.24	□□□□□ -0.29
PTPRF-215	ENST00000496447	LNX1	Q8TBB1	728 aa	Predicted RBP	13.24	□□□□□ -0.29
PTPRF-215	ENST00000496447	SHC3	Q92529	594 aa		13.24	□□□□□ -0.29
PTPRF-215	ENST00000496447	CERS2	Q96G23	380 aa		13.24	□□□□□ -0.29
PTPRF-215	ENST00000496447	TRIT1	Q9H3H1	467 aa	Known RBP	13.24	□□□□□ -0.29
PTPRF-215	ENST00000496447	EPS8L2	Q9H6S3	715 aa		13.24	□□□□□ -0.29
PTPRF-215	ENST00000496447	GOLGA2P5	Q9HBQ8	144 aa		13.24	□□□□□ -0.29
PTPRF-215	ENST00000496447	GDF3	Q9NR23	364 aa		13.24	□□□□□ -0.29
PTPRF-215	ENST00000496447	SLC27A6	Q9Y2P4	619 aa		13.24	□□□□□ -0.29
PTPRF-215	ENST00000496447	CHURC1-FNTB	B4DL54	471 aa		13.24	□□□□□ -0.29
PTPRF-215	ENST00000496447	LIAS	O43766	372 aa		13.24	□□□□□ -0.29
PTPRF-215	ENST00000496447	OR10H2	O60403	315 aa		13.24	□□□□□ -0.29
PTPRF-215	ENST00000496447	ERBB2	P04626	1255 aa		13.24	□□□□□ -0.29
PTPRF-215	ENST00000496447	NEK3	P51956	506 aa		13.24	□□□□□ -0.29
PTPRF-215	ENST00000496447	FMO1	Q01740	532 aa		13.24	□□□□□ -0.29
PTPRF-215	ENST00000496447	TAF10	Q12962	218 aa		13.24	□□□□□ -0.29
PTPRF-215	ENST00000496447	OR10G6	Q8NH81	332 aa		13.24	□□□□□ -0.29
PTPRF-215	ENST00000496447	ZFP28	Q8NHY6	868 aa		13.24	□□□□□ -0.29
PTPRF-215	ENST00000496447	PRCC	Q92733	491 aa	Predicted RBP	13.24	□□□□□ -0.29
PTPRF-215	ENST00000496447	BDH2	Q9BUT1	245 aa		13.24	□□□□□ -0.29
PTPRF-215	ENST00000496447	UGT2B28	Q9BY64	529 aa		13.24	□□□□□ -0.29
PTPRF-215	ENST00000496447	ABCG4	Q9H172	646 aa		13.24	□□□□□ -0.29
PTPRF-215	ENST00000496447	ENOPH1	Q9UHY7	261 aa		13.24	□□□□□ -0.29
PTPRF-215	ENST00000496447	INVS	Q9Y283	1065 aa		13.24	□□□□□ -0.29
PTPRF-215	ENST00000496447	LRRC14B	A6NHZ5	514 aa		13.24	□□□□□ -0.29
PTPRF-215	ENST00000496447	TSPAN9	O75954	239 aa		13.24	□□□□□ -0.29
PTPRF-215	ENST00000496447	SLC25A14	O95258	325 aa	Predicted RBP	13.24	□□□□□ -0.29
PTPRF-215	ENST00000496447	C4BPB	P20851	252 aa		13.24	□□□□□ -0.29
PTPRF-215	ENST00000496447	NOMO3	P69849	1222 aa		13.24	□□□□□ -0.29
PTPRF-215	ENST00000496447	RIPK1	Q13546	671 aa		13.24	□□□□□ -0.29
PTPRF-215	ENST00000496447	MORF4L1	Q9UBU8	362 aa		13.24	□□□□□ -0.29
PTPRF-215	ENST00000496447	SMIM28	A0A1B0GU29	152 aa		13.24	□□□□□ -0.29
PTPRF-215	ENST00000496447	FCHO1	O14526	889 aa		13.24	□□□□□ -0.29
PTPRF-215	ENST00000496447	SEPT4	O43236	478 aa		13.24	□□□□□ -0.29
PTPRF-215	ENST00000496447	RPL14	P50914	215 aa	Known RBP	13.24	□□□□□ -0.29
PTPRF-215	ENST00000496447	RGS1	Q08116	209 aa		13.24	□□□□□ -0.29
PTPRF-215	ENST00000496447	FRG1	Q14331	258 aa	Known RBP	13.24	□□□□□ -0.29
PTPRF-215	ENST00000496447	ATP13A4	Q4VNC1	1196 aa		13.24	□□□□□ -0.29
PTPRF-215	ENST00000496447	C16orf46	Q6P387	395 aa		13.24	□□□□□ -0.29
PTPRF-215	ENST00000496447	CNST	Q6PJW8	725 aa		13.24	□□□□□ -0.29
PTPRF-215	ENST00000496447	GDPD5	Q8WTR4	605 aa		13.24	□□□□□ -0.29
PTPRF-215	ENST00000496447	SLC25A23	Q9BV35	468 aa		13.24	□□□□□ -0.29
PTPRF-215	ENST00000496447	TBC1D14	Q9P2M4	693 aa		13.24	□□□□□ -0.29
PTPRF-215	ENST00000496447	NFKBIL1	Q9UBC1	381 aa	Predicted RBP	13.24	□□□□□ -0.29
PTPRF-215	ENST00000496447	SLC12A4	Q9UP95	1085 aa		13.24	□□□□□ -0.29
PTPRF-215	ENST00000496447	RWDD3	Q9Y3V2	267 aa		13.24	□□□□□ -0.29
PTPRF-215	ENST00000496447	RIPK3	Q9Y572	518 aa		13.24	□□□□□ -0.29
PTPRF-215	ENST00000496447	FAM20B	O75063	409 aa		13.23	□□□□□ -0.29
PTPRF-215	ENST00000496447	LYPLA2	O95372	231 aa		13.23	□□□□□ -0.29
PTPRF-215	ENST00000496447	CLK3	P49761	638 aa	Known RBP	13.23	□□□□□ -0.29

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