RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000636147.1

CLN3-244, Transcript of CLN3, battenin, human

APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC

Gene CLN3, Length 3,832 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
CLN3-244	ENST00000636147	TMEM247	A6NEH6	219 aa		11.16	□□□□□ -0.62
CLN3-244	ENST00000636147	CILP	O75339	1184 aa		11.16	□□□□□ -0.62
CLN3-244	ENST00000636147	GCAT	O75600	419 aa		11.16	□□□□□ -0.62
CLN3-244	ENST00000636147	PRDX6	P30041	224 aa		11.16	□□□□□ -0.62
CLN3-244	ENST00000636147	HADHA	P40939	763 aa		11.16	□□□□□ -0.62
CLN3-244	ENST00000636147	MAGEA8	P43361	318 aa		11.16	□□□□□ -0.62
CLN3-244	ENST00000636147	GSS	P48637	474 aa		11.16	□□□□□ -0.62
CLN3-244	ENST00000636147	BACE1	P56817	501 aa		11.16	□□□□□ -0.62
CLN3-244	ENST00000636147	AASDH	Q4L235	1098 aa	Predicted RBP	11.16	□□□□□ -0.62
CLN3-244	ENST00000636147	NBPF12	Q5TAG4	269 aa	Predicted RBP	11.16	□□□□□ -0.62
CLN3-244	ENST00000636147	DENND6A	Q8IWF6	608 aa		11.16	□□□□□ -0.62
CLN3-244	ENST00000636147	MIER2	Q8N344	545 aa		11.16	□□□□□ -0.62
CLN3-244	ENST00000636147	SKA2	Q8WVK7	121 aa	Predicted RBP	11.16	□□□□□ -0.62
CLN3-244	ENST00000636147	EMID1	Q96A84	441 aa	Predicted RBP	11.16	□□□□□ -0.62
CLN3-244	ENST00000636147	MCRS1	Q96EZ8	462 aa		11.16	□□□□□ -0.62
CLN3-244	ENST00000636147	NSMCE2	Q96MF7	247 aa		11.16	□□□□□ -0.62
CLN3-244	ENST00000636147	HAPLN2	Q9GZV7	340 aa		11.16	□□□□□ -0.62
CLN3-244	ENST00000636147	DEFB129	Q9H1M3	183 aa		11.16	□□□□□ -0.62
CLN3-244	ENST00000636147	ZDHHC7	Q9NXF8	308 aa		11.16	□□□□□ -0.62
CLN3-244	ENST00000636147	SPATA31A6	Q5VVP1	1343 aa		11.16	□□□□□ -0.62
CLN3-244	ENST00000636147	RGL2	O15211	777 aa		11.15	□□□□□ -0.62
CLN3-244	ENST00000636147	NCK1	P16333	377 aa		11.15	□□□□□ -0.62
CLN3-244	ENST00000636147	ALDH4A1	P30038	563 aa		11.15	□□□□□ -0.62
CLN3-244	ENST00000636147	NEK2	P51955	445 aa		11.15	□□□□□ -0.62
CLN3-244	ENST00000636147	IL5RA	Q01344	420 aa		11.15	□□□□□ -0.62
CLN3-244	ENST00000636147	HNRNPD	Q14103	355 aa	Known RBP	11.15	□□□□□ -0.62
CLN3-244	ENST00000636147	SGO1	Q5FBB7	561 aa		11.15	□□□□□ -0.62
CLN3-244	ENST00000636147	NAPRT	Q6XQN6	538 aa		11.15	□□□□□ -0.62
CLN3-244	ENST00000636147	PIWIL4	Q7Z3Z4	852 aa	Known RBP	11.15	□□□□□ -0.62
CLN3-244	ENST00000636147	SFRP1	Q8N474	314 aa		11.15	□□□□□ -0.62
CLN3-244	ENST00000636147	METTL25	Q8N6Q8	603 aa		11.15	□□□□□ -0.62
CLN3-244	ENST00000636147	PLEKHA8	Q96JA3	519 aa		11.15	□□□□□ -0.62
CLN3-244	ENST00000636147	C17orf80	Q9BSJ5	609 aa		11.15	□□□□□ -0.62
CLN3-244	ENST00000636147	TRIM8	Q9BZR9	551 aa		11.15	□□□□□ -0.62
CLN3-244	ENST00000636147	UNC93B1	Q9H1C4	597 aa		11.15	□□□□□ -0.62
CLN3-244	ENST00000636147	WDCP	Q9H6R7	721 aa		11.15	□□□□□ -0.62
CLN3-244	ENST00000636147	PPME1	Q9Y570	386 aa		11.15	□□□□□ -0.62
CLN3-244	ENST00000636147	ZBTB24	O43167	697 aa	Predicted RBP	11.15	□□□□□ -0.62
CLN3-244	ENST00000636147	DENR	O43583	198 aa	Known RBP	11.15	□□□□□ -0.62
CLN3-244	ENST00000636147	CYP2C8	P10632	490 aa		11.15	□□□□□ -0.62
CLN3-244	ENST00000636147	MAP3K7CL	P57077	242 aa		11.15	□□□□□ -0.62
CLN3-244	ENST00000636147	CCNA1	P78396	465 aa		11.15	□□□□□ -0.62
CLN3-244	ENST00000636147	BST2	Q10589	180 aa	Known RBP	11.15	□□□□□ -0.62
CLN3-244	ENST00000636147	NAB1	Q13506	487 aa		11.15	□□□□□ -0.62
CLN3-244	ENST00000636147	VPS72	Q15906	364 aa		11.15	□□□□□ -0.62
CLN3-244	ENST00000636147	ZNF276	Q8N554	614 aa		11.15	□□□□□ -0.62
CLN3-244	ENST00000636147	MRPL45	Q9BRJ2	306 aa	Known RBP	11.15	□□□□□ -0.62
CLN3-244	ENST00000636147	FANCE	Q9HB96	536 aa		11.15	□□□□□ -0.62
CLN3-244	ENST00000636147	SNTG2	Q9NY99	539 aa		11.15	□□□□□ -0.62
CLN3-244	ENST00000636147	ADAM28	Q9UKQ2	775 aa		11.15	□□□□□ -0.62
CLN3-244	ENST00000636147	RAD54B	Q9Y620	910 aa		11.15	□□□□□ -0.62
CLN3-244	ENST00000636147	PLCH1	Q4KWH8	1693 aa		11.15	□□□□□ -0.62
CLN3-244	ENST00000636147		A0A1B0GUL6	1792 aa		11.15	□□□□□ -0.62
CLN3-244	ENST00000636147	EI24	O14681	340 aa		11.15	□□□□□ -0.63
CLN3-244	ENST00000636147	MGEA5	O60502	916 aa		11.15	□□□□□ -0.63
CLN3-244	ENST00000636147	ALOX15	P16050	662 aa	Predicted RBP	11.15	□□□□□ -0.63
CLN3-244	ENST00000636147	ATP5F1	P24539	256 aa	Predicted RBP	11.15	□□□□□ -0.63
CLN3-244	ENST00000636147	NMBR	P28336	390 aa		11.15	□□□□□ -0.63
CLN3-244	ENST00000636147	TTK	P33981	857 aa		11.15	□□□□□ -0.63
CLN3-244	ENST00000636147	ACADSB	P45954	432 aa		11.15	□□□□□ -0.63
CLN3-244	ENST00000636147	NDST2	P52849	883 aa		11.15	□□□□□ -0.63
CLN3-244	ENST00000636147	REP15	Q6BDI9	236 aa		11.15	□□□□□ -0.63
CLN3-244	ENST00000636147	NCCRP1	Q6ZVX7	275 aa	Predicted RBP	11.15	□□□□□ -0.63
CLN3-244	ENST00000636147	NT5DC4	Q86YG4	428 aa		11.15	□□□□□ -0.63
CLN3-244	ENST00000636147	CNTD1	Q8N815	330 aa		11.15	□□□□□ -0.63
CLN3-244	ENST00000636147	OR52K2	Q8NGK3	314 aa		11.15	□□□□□ -0.63
CLN3-244	ENST00000636147	OR2T34	Q8NGX1	318 aa		11.15	□□□□□ -0.63
CLN3-244	ENST00000636147	OR2T3	Q8NH03	318 aa		11.15	□□□□□ -0.63
CLN3-244	ENST00000636147	FIG4	Q92562	907 aa		11.15	□□□□□ -0.63
CLN3-244	ENST00000636147	TSPAN17	Q96FV3	270 aa		11.15	□□□□□ -0.63
CLN3-244	ENST00000636147	FBXL20	Q96IG2	436 aa		11.15	□□□□□ -0.63
CLN3-244	ENST00000636147	SLC29A1	Q99808	456 aa		11.15	□□□□□ -0.63
CLN3-244	ENST00000636147	BDH2	Q9BUT1	245 aa		11.15	□□□□□ -0.63
CLN3-244	ENST00000636147	SMARCAD1	Q9H4L7	1026 aa		11.15	□□□□□ -0.63
CLN3-244	ENST00000636147	ABCB10	Q9NRK6	738 aa		11.15	□□□□□ -0.63
CLN3-244	ENST00000636147	CPSF3	Q9UKF6	684 aa	Known RBP	11.15	□□□□□ -0.63
CLN3-244	ENST00000636147	OAZ3	Q9UMX2	235 aa		11.15	□□□□□ -0.63
CLN3-244	ENST00000636147	TIMM13	Q9Y5L4	95 aa	Predicted RBP	11.15	□□□□□ -0.63
CLN3-244	ENST00000636147	GMEB1	Q9Y692	573 aa		11.15	□□□□□ -0.63
CLN3-244	ENST00000636147	HACD1	B0YJ81	288 aa		11.14	□□□□□ -0.63
CLN3-244	ENST00000636147	GPR25	O00155	361 aa		11.14	□□□□□ -0.63
CLN3-244	ENST00000636147	BCAS2	O75934	225 aa	Predicted RBP	11.14	□□□□□ -0.63
CLN3-244	ENST00000636147	MFN2	O95140	757 aa		11.14	□□□□□ -0.63
CLN3-244	ENST00000636147	AKAP5	P24588	427 aa		11.14	□□□□□ -0.63
CLN3-244	ENST00000636147	RAB10	P61026	200 aa		11.14	□□□□□ -0.63
CLN3-244	ENST00000636147	SQLE	Q14534	574 aa		11.14	□□□□□ -0.63
CLN3-244	ENST00000636147	TWF2	Q6IBS0	349 aa	Known RBP	11.14	□□□□□ -0.63
CLN3-244	ENST00000636147	FBXO30	Q8TB52	745 aa		11.14	□□□□□ -0.63
CLN3-244	ENST00000636147	ISOC1	Q96CN7	298 aa		11.14	□□□□□ -0.63
CLN3-244	ENST00000636147	ZNF778	Q96MU6	729 aa		11.14	□□□□□ -0.63
CLN3-244	ENST00000636147	ZBTB18	Q99592	522 aa		11.14	□□□□□ -0.63
CLN3-244	ENST00000636147	HMG20A	Q9NP66	347 aa		11.14	□□□□□ -0.63
CLN3-244	ENST00000636147	ANAPC2	Q9UJX6	822 aa		11.14	□□□□□ -0.63
CLN3-244	ENST00000636147	CNOT6	Q9ULM6	557 aa	Known RBP	11.14	□□□□□ -0.63
CLN3-244	ENST00000636147	CROCC	Q5TZA2	2017 aa		11.14	□□□□□ -0.63
CLN3-244	ENST00000636147	YBX3	P16989	372 aa	Known RBP eCLIP	11.14	□□□□□ -0.63
CLN3-244	ENST00000636147	RXRB	P28702	533 aa		11.14	□□□□□ -0.63
CLN3-244	ENST00000636147	ARL2	P36404	184 aa		11.14	□□□□□ -0.63
CLN3-244	ENST00000636147	IREB2	P48200	963 aa	Known RBP	11.14	□□□□□ -0.63
CLN3-244	ENST00000636147	TKTL1	P51854	596 aa		11.14	□□□□□ -0.63

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