RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000496447.5

PTPRF-215, Transcript of protein tyrosine phosphatase, receptor type F, human

TSL 1 (best)

Gene PTPRF, Length 5,887 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
PTPRF-215	ENST00000496447	PPL	O60437	1756 aa		13.28	□□□□□ -0.28
PTPRF-215	ENST00000496447	FGB	P02675	491 aa		13.28	□□□□□ -0.28
PTPRF-215	ENST00000496447	DNTT	P04053	509 aa		13.28	□□□□□ -0.28
PTPRF-215	ENST00000496447	CCNH	P51946	323 aa	Predicted RBP	13.28	□□□□□ -0.28
PTPRF-215	ENST00000496447	ZNF621	Q6ZSS3	439 aa		13.28	□□□□□ -0.28
PTPRF-215	ENST00000496447	DEFB107A	Q8IZN7	70 aa		13.28	□□□□□ -0.28
PTPRF-215	ENST00000496447	STAG3L4	Q8TBR4	150 aa		13.28	□□□□□ -0.28
PTPRF-215	ENST00000496447	ALG9	Q9H6U8	611 aa		13.28	□□□□□ -0.28
PTPRF-215	ENST00000496447	NRDE2	Q9H7Z3	1164 aa		13.28	□□□□□ -0.28
PTPRF-215	ENST00000496447	CNTNAP1	P78357	1384 aa		13.28	□□□□□ -0.28
PTPRF-215	ENST00000496447	FAM124A	Q86V42	546 aa		13.28	□□□□□ -0.28
PTPRF-215	ENST00000496447	ZCCHC9	Q8N567	271 aa	Known RBP	13.28	□□□□□ -0.28
PTPRF-215	ENST00000496447	CENPT	Q96BT3	561 aa		13.28	□□□□□ -0.28
PTPRF-215	ENST00000496447	DUSP16	Q9BY84	665 aa		13.28	□□□□□ -0.28
PTPRF-215	ENST00000496447	ARHGAP28	Q9P2N2	729 aa		13.28	□□□□□ -0.28
PTPRF-215	ENST00000496447	KL	Q9UEF7	1012 aa		13.28	□□□□□ -0.28
PTPRF-215	ENST00000496447	ADAM28	Q9UKQ2	775 aa		13.28	□□□□□ -0.28
PTPRF-215	ENST00000496447	CNOT3	O75175	753 aa	Known RBP	13.28	□□□□□ -0.28
PTPRF-215	ENST00000496447	FTH1	P02794	183 aa		13.28	□□□□□ -0.28
PTPRF-215	ENST00000496447	CYP1A2	P05177	515 aa		13.28	□□□□□ -0.28
PTPRF-215	ENST00000496447	TTPA	P49638	278 aa		13.28	□□□□□ -0.28
PTPRF-215	ENST00000496447	RPS6KA3	P51812	740 aa		13.28	□□□□□ -0.28
PTPRF-215	ENST00000496447	MSLN	Q13421	630 aa	Predicted RBP	13.28	□□□□□ -0.28
PTPRF-215	ENST00000496447	KCNA10	Q16322	511 aa		13.28	□□□□□ -0.28
PTPRF-215	ENST00000496447	C9orf57	Q5W0N0	161 aa		13.28	□□□□□ -0.28
PTPRF-215	ENST00000496447	FAM45BP	Q6NSW5	357 aa		13.28	□□□□□ -0.28
PTPRF-215	ENST00000496447	GET4	Q7L5D6	327 aa	Predicted RBP	13.28	□□□□□ -0.28
PTPRF-215	ENST00000496447	GATAD2A	Q86YP4	633 aa		13.28	□□□□□ -0.28
PTPRF-215	ENST00000496447	ITFG2	Q969R8	447 aa		13.28	□□□□□ -0.28
PTPRF-215	ENST00000496447	PSME2	Q9UL46	239 aa		13.28	□□□□□ -0.28
PTPRF-215	ENST00000496447		A0A0B4J269	797 aa		13.28	□□□□□ -0.28
PTPRF-215	ENST00000496447	NEDD8-MDP1	E9PL57	170 aa		13.28	□□□□□ -0.28
PTPRF-215	ENST00000496447	QSOX1	O00391	747 aa		13.28	□□□□□ -0.28
PTPRF-215	ENST00000496447	LTA4H	P09960	611 aa	Known RBP	13.28	□□□□□ -0.28
PTPRF-215	ENST00000496447	JAK1	P23458	1154 aa		13.28	□□□□□ -0.28
PTPRF-215	ENST00000496447	ST3GAL1	Q11201	340 aa		13.28	□□□□□ -0.28
PTPRF-215	ENST00000496447	ITGB3BP	Q13352	177 aa	Predicted RBP	13.28	□□□□□ -0.28
PTPRF-215	ENST00000496447	GPR158	Q5T848	1215 aa		13.28	□□□□□ -0.28
PTPRF-215	ENST00000496447	ETNPPL	Q8TBG4	499 aa		13.28	□□□□□ -0.28
PTPRF-215	ENST00000496447	FAM45A	Q8TCE6	357 aa		13.28	□□□□□ -0.28
PTPRF-215	ENST00000496447	SELENOM	Q8WWX9	145 aa		13.28	□□□□□ -0.28
PTPRF-215	ENST00000496447	MYOC	Q99972	504 aa		13.28	□□□□□ -0.28
PTPRF-215	ENST00000496447	R3HDM2	Q9Y2K5	976 aa	Known RBP	13.28	□□□□□ -0.28
PTPRF-215	ENST00000496447	DERA	Q9Y315	318 aa		13.28	□□□□□ -0.28
PTPRF-215	ENST00000496447	KIF1A	Q12756	1690 aa		13.28	□□□□□ -0.28
PTPRF-215	ENST00000496447	ZSCAN5DP	P0CG00	497 aa		13.27	□□□□□ -0.28
PTPRF-215	ENST00000496447	TKT	P29401	623 aa	Known RBP	13.27	□□□□□ -0.28
PTPRF-215	ENST00000496447	FEN1	P39748	380 aa	Known RBP	13.27	□□□□□ -0.28
PTPRF-215	ENST00000496447	MTTP	P55157	894 aa		13.27	□□□□□ -0.28
PTPRF-215	ENST00000496447	KHDRBS1	Q07666	443 aa	Known RBP eCLIP	13.27	□□□□□ -0.28
PTPRF-215	ENST00000496447	FGD3	Q5JSP0	725 aa		13.27	□□□□□ -0.28
PTPRF-215	ENST00000496447	ZNF697	Q5TEC3	545 aa		13.27	□□□□□ -0.28
PTPRF-215	ENST00000496447	LYPLAL1	Q5VWZ2	237 aa		13.27	□□□□□ -0.28
PTPRF-215	ENST00000496447	COMMD2	Q86X83	199 aa		13.27	□□□□□ -0.28
PTPRF-215	ENST00000496447	FAM71A	Q8IYT1	594 aa		13.27	□□□□□ -0.28
PTPRF-215	ENST00000496447	NAT16	Q8N8M0	369 aa		13.27	□□□□□ -0.28
PTPRF-215	ENST00000496447	C12orf29	Q8N999	325 aa		13.27	□□□□□ -0.28
PTPRF-215	ENST00000496447	COL26A1	Q96A83	441 aa		13.27	□□□□□ -0.28
PTPRF-215	ENST00000496447	MRPL45	Q9BRJ2	306 aa	Known RBP	13.27	□□□□□ -0.28
PTPRF-215	ENST00000496447	ROGDI	Q9GZN7	287 aa		13.27	□□□□□ -0.28
PTPRF-215	ENST00000496447	FBXO6	Q9NRD1	293 aa	Predicted RBP	13.27	□□□□□ -0.28
PTPRF-215	ENST00000496447	AGO1	Q9UL18	857 aa	Known RBP	13.27	□□□□□ -0.28
PTPRF-215	ENST00000496447	YDJC	A8MPS7	323 aa		13.27	□□□□□ -0.28
PTPRF-215	ENST00000496447	OR6A2	O95222	327 aa		13.27	□□□□□ -0.28
PTPRF-215	ENST00000496447	RPA3	P35244	121 aa	Predicted RBP	13.27	□□□□□ -0.28
PTPRF-215	ENST00000496447	CDK16	Q00536	496 aa		13.27	□□□□□ -0.28
PTPRF-215	ENST00000496447	SMARCB1	Q12824	385 aa		13.27	□□□□□ -0.28
PTPRF-215	ENST00000496447	DUSP4	Q13115	394 aa		13.27	□□□□□ -0.28
PTPRF-215	ENST00000496447	PFKFB4	Q16877	469 aa		13.27	□□□□□ -0.28
PTPRF-215	ENST00000496447	LRRC38	Q5VT99	294 aa		13.27	□□□□□ -0.28
PTPRF-215	ENST00000496447	SLC9A9	Q8IVB4	645 aa		13.27	□□□□□ -0.28
PTPRF-215	ENST00000496447	SPPL2B	Q8TCT7	592 aa		13.27	□□□□□ -0.28
PTPRF-215	ENST00000496447	BTBD10	Q9BSF8	475 aa		13.27	□□□□□ -0.28
PTPRF-215	ENST00000496447	TLR10	Q9BXR5	811 aa		13.27	□□□□□ -0.28
PTPRF-215	ENST00000496447	SIK3	Q9Y2K2	1263 aa		13.27	□□□□□ -0.28
PTPRF-215	ENST00000496447	UQCRB	P14927	111 aa		13.27	□□□□□ -0.29
PTPRF-215	ENST00000496447	SOX6	P35712	828 aa		13.27	□□□□□ -0.29
PTPRF-215	ENST00000496447	ABCG1	P45844	678 aa		13.27	□□□□□ -0.29
PTPRF-215	ENST00000496447	ZNHIT3	Q15649	155 aa	Predicted RBP	13.27	□□□□□ -0.29
PTPRF-215	ENST00000496447	CASP12	Q6UXS9	341 aa		13.27	□□□□□ -0.29
PTPRF-215	ENST00000496447	TSHZ1	Q6ZSZ6	1077 aa		13.27	□□□□□ -0.29
PTPRF-215	ENST00000496447	SLC24A5	Q71RS6	500 aa		13.27	□□□□□ -0.29
PTPRF-215	ENST00000496447	MON1A	Q86VX9	555 aa		13.27	□□□□□ -0.29
PTPRF-215	ENST00000496447	DNAJC19	Q96DA6	116 aa		13.27	□□□□□ -0.29
PTPRF-215	ENST00000496447	EXOC2	Q96KP1	924 aa		13.27	□□□□□ -0.29
PTPRF-215	ENST00000496447	RNF157	Q96PX1	679 aa		13.27	□□□□□ -0.29
PTPRF-215	ENST00000496447	CFAP97	Q9P2B7	532 aa		13.27	□□□□□ -0.29
PTPRF-215	ENST00000496447	DUSP12	Q9UNI6	340 aa		13.27	□□□□□ -0.29
PTPRF-215	ENST00000496447	SH3GLB1	Q9Y371	365 aa		13.27	□□□□□ -0.29
PTPRF-215	ENST00000496447	RPTOR	Q8N122	1335 aa		13.27	□□□□□ -0.29
PTPRF-215	ENST00000496447	CCDC189	A1A4V9	331 aa		13.27	□□□□□ -0.29
PTPRF-215	ENST00000496447	TPP1	O14773	563 aa		13.27	□□□□□ -0.29
PTPRF-215	ENST00000496447	MRAS	O14807	208 aa		13.27	□□□□□ -0.29
PTPRF-215	ENST00000496447	SGTA	O43765	313 aa		13.27	□□□□□ -0.29
PTPRF-215	ENST00000496447	GOT1	P17174	413 aa		13.27	□□□□□ -0.29
PTPRF-215	ENST00000496447	S100A1	P23297	94 aa		13.27	□□□□□ -0.29
PTPRF-215	ENST00000496447	C1D	Q13901	141 aa	Known RBP	13.27	□□□□□ -0.29
PTPRF-215	ENST00000496447	NDUFA5	Q16718	116 aa		13.27	□□□□□ -0.29
PTPRF-215	ENST00000496447	SPRYD7	Q5W111	196 aa		13.27	□□□□□ -0.29
PTPRF-215	ENST00000496447	ZBTB49	Q6ZSB9	765 aa		13.27	□□□□□ -0.29

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