RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000409251.7

PTPRN-202, Transcript of protein tyrosine phosphatase, receptor type N, humanhuman

TSL 1 (best) BASIC

Gene PTPRN, Length 3,622 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PTPRN-202ENST00000409251 CDH3P22223 829 aa13.15□□□□□ -0.3
PTPRN-202ENST00000409251 LMO2P25791 158 aa13.15□□□□□ -0.3
PTPRN-202ENST00000409251 GRIA3P42263 894 aa13.15□□□□□ -0.3
PTPRN-202ENST00000409251 ATXN1P54253 815 aaKnown RBP13.15□□□□□ -0.3
PTPRN-202ENST00000409251 PACS1Q6VY07 963 aa13.15□□□□□ -0.3
PTPRN-202ENST00000409251 RNF19BQ6ZMZ0 732 aa13.15□□□□□ -0.3
PTPRN-202ENST00000409251 PLD6Q8N2A8 252 aaKnown RBP13.15□□□□□ -0.3
PTPRN-202ENST00000409251 PSD4Q8NDX1 1056 aa13.15□□□□□ -0.3
PTPRN-202ENST00000409251 SHCBP1Q8NEM2 672 aa13.15□□□□□ -0.3
PTPRN-202ENST00000409251 CNDP1Q96KN2 507 aa13.15□□□□□ -0.3
PTPRN-202ENST00000409251 KLHL32Q96NJ5 620 aa13.15□□□□□ -0.3
PTPRN-202ENST00000409251 BTBD9Q96Q07 612 aa13.15□□□□□ -0.3
PTPRN-202ENST00000409251 OSBPL6Q9BZF3 934 aa13.15□□□□□ -0.3
PTPRN-202ENST00000409251 PCDH18Q9HCL0 1135 aa13.15□□□□□ -0.3
PTPRN-202ENST00000409251 AP4S1Q9Y587 144 aa13.15□□□□□ -0.3
PTPRN-202ENST00000409251 OTOFQ9HC10 1997 aa13.15□□□□□ -0.3
PTPRN-202ENST00000409251 GOLGA4Q13439 2230 aaKnown RBP13.15□□□□□ -0.3
PTPRN-202ENST00000409251 TK2O00142 265 aa13.15□□□□□ -0.3
PTPRN-202ENST00000409251 KCNK1O00180 336 aa13.15□□□□□ -0.3
PTPRN-202ENST00000409251 GMNNO75496 209 aa13.15□□□□□ -0.3
PTPRN-202ENST00000409251 ARRB2P32121 409 aa13.15□□□□□ -0.3
PTPRN-202ENST00000409251 EMP3P54852 163 aa13.15□□□□□ -0.3
PTPRN-202ENST00000409251 IL1RL1Q01638 556 aa13.15□□□□□ -0.3
PTPRN-202ENST00000409251 GBE1Q04446 702 aa13.15□□□□□ -0.3
PTPRN-202ENST00000409251 FOXD4Q12950 439 aaPredicted RBP13.15□□□□□ -0.3
PTPRN-202ENST00000409251 SPIDRQ14159 915 aa13.15□□□□□ -0.3
PTPRN-202ENST00000409251 TBCCQ15814 346 aa13.15□□□□□ -0.3
PTPRN-202ENST00000409251 FSCN1Q16658 493 aaKnown RBP13.15□□□□□ -0.3
PTPRN-202ENST00000409251 TEX44Q53QW1 395 aa13.15□□□□□ -0.3
PTPRN-202ENST00000409251 GALNT18Q6P9A2 607 aa13.15□□□□□ -0.3
PTPRN-202ENST00000409251 KBTBD6Q86V97 674 aa13.15□□□□□ -0.3
PTPRN-202ENST00000409251 CLEC4CQ8WTT0 213 aa13.15□□□□□ -0.3
PTPRN-202ENST00000409251 DGCR6LQ9BY27 220 aa13.15□□□□□ -0.3
PTPRN-202ENST00000409251 MAF1Q9H063 256 aa13.15□□□□□ -0.3
PTPRN-202ENST00000409251 KATNBL1Q9H079 304 aa13.15□□□□□ -0.3
PTPRN-202ENST00000409251 MARCH7Q9H992 704 aa13.15□□□□□ -0.3
PTPRN-202ENST00000409251 PTPRFP10586 1907 aa13.15□□□□□ -0.3
PTPRN-202ENST00000409251 LCTP09848 1927 aa13.15□□□□□ -0.3
PTPRN-202ENST00000409251 CASTOR2A6NHX0 329 aa13.15□□□□□ -0.3
PTPRN-202ENST00000409251 SLC15A5A6NIM6 579 aa13.15□□□□□ -0.3
PTPRN-202ENST00000409251 AP3B1O00203 1094 aa13.15□□□□□ -0.3
PTPRN-202ENST00000409251 CLDN5O00501 218 aa13.15□□□□□ -0.3
PTPRN-202ENST00000409251 NCAM1P13591 858 aa13.15□□□□□ -0.3
PTPRN-202ENST00000409251 ALDH4A1P30038 563 aa13.15□□□□□ -0.3
PTPRN-202ENST00000409251 SLC10A2Q12908 348 aaPredicted RBP13.15□□□□□ -0.3
PTPRN-202ENST00000409251 PGS1Q32NB8 556 aa13.15□□□□□ -0.3
PTPRN-202ENST00000409251 HEATR6Q6AI08 1181 aaKnown RBP13.15□□□□□ -0.3
PTPRN-202ENST00000409251 C14orf80Q86SX3 495 aa13.15□□□□□ -0.3
PTPRN-202ENST00000409251 PAK5Q9P286 719 aa13.15□□□□□ -0.3
PTPRN-202ENST00000409251 TRIP12Q14669 1992 aaPredicted RBP13.15□□□□□ -0.3
PTPRN-202ENST00000409251 UNC80Q8N2C7 3258 aa13.15□□□□□ -0.31
PTPRN-202ENST00000409251 C7orf72A4D263 438 aa13.14□□□□□ -0.31
PTPRN-202ENST00000409251 FGF3P11487 239 aaPredicted RBP13.14□□□□□ -0.31
PTPRN-202ENST00000409251 HNRNPLP14866 589 aaKnown RBP eCLIP13.14□□□□□ -0.31
PTPRN-202ENST00000409251 SLC26A2P50443 739 aa13.14□□□□□ -0.31
PTPRN-202ENST00000409251 RELAQ04206 551 aa13.14□□□□□ -0.31
PTPRN-202ENST00000409251 PTPN11Q06124 597 aaPredicted RBP13.14□□□□□ -0.31
PTPRN-202ENST00000409251 ITGA7Q13683 1181 aa13.14□□□□□ -0.31
PTPRN-202ENST00000409251 HNRNPDQ14103 355 aaKnown RBP13.14□□□□□ -0.31
PTPRN-202ENST00000409251 C16orf89Q6UX73 402 aa13.14□□□□□ -0.31
PTPRN-202ENST00000409251 ATG14Q6ZNE5 492 aa13.14□□□□□ -0.31
PTPRN-202ENST00000409251 SETD3Q86TU7 594 aaPredicted RBP13.14□□□□□ -0.31
PTPRN-202ENST00000409251 ZNF677Q86XU0 584 aa13.14□□□□□ -0.31
PTPRN-202ENST00000409251 FAM110BQ8TC76 370 aa13.14□□□□□ -0.31
PTPRN-202ENST00000409251 LGMNQ99538 433 aa13.14□□□□□ -0.31
PTPRN-202ENST00000409251 SSU72Q9NP77 194 aaKnown RBP13.14□□□□□ -0.31
PTPRN-202ENST00000409251 GJD2Q9UKL4 321 aa13.14□□□□□ -0.31
PTPRN-202ENST00000409251 TSPAN16Q9UKR8 245 aa13.14□□□□□ -0.31
PTPRN-202ENST00000409251 KIAA0100Q14667 2235 aaKnown RBP13.14□□□□□ -0.31
PTPRN-202ENST00000409251 TMEM247A6NEH6 219 aa13.14□□□□□ -0.31
PTPRN-202ENST00000409251 APOL1O14791 398 aa13.14□□□□□ -0.31
PTPRN-202ENST00000409251 PLIN3O60664 434 aa13.14□□□□□ -0.31
PTPRN-202ENST00000409251 MICAL2O94851 1124 aa13.14□□□□□ -0.31
PTPRN-202ENST00000409251 VAPBO95292 243 aa13.14□□□□□ -0.31
PTPRN-202ENST00000409251 ERBB2P04626 1255 aa13.14□□□□□ -0.31
PTPRN-202ENST00000409251 HOXA11P31270 313 aaPredicted RBP13.14□□□□□ -0.31
PTPRN-202ENST00000409251 PSEN2P49810 448 aa13.14□□□□□ -0.31
PTPRN-202ENST00000409251 PRKCZQ05513 592 aa13.14□□□□□ -0.31
PTPRN-202ENST00000409251 LSM12Q3MHD2 195 aaKnown RBP13.14□□□□□ -0.31
PTPRN-202ENST00000409251 PPP1R26Q5T8A7 1209 aaPredicted RBP13.14□□□□□ -0.31
PTPRN-202ENST00000409251 CENPSQ8N2Z9 138 aa13.14□□□□□ -0.31
PTPRN-202ENST00000409251 PNPLA1Q8N8W4 532 aa13.14□□□□□ -0.31
PTPRN-202ENST00000409251 HEPHQ9BQS7 1158 aa13.14□□□□□ -0.31
PTPRN-202ENST00000409251 CORO1BQ9BR76 489 aa13.14□□□□□ -0.31
PTPRN-202ENST00000409251 CXorf21Q9HAI6 301 aa13.14□□□□□ -0.31
PTPRN-202ENST00000409251 POPDC2Q9HBU9 364 aa13.14□□□□□ -0.31
PTPRN-202ENST00000409251 TRPC7Q9HCX4 862 aa13.14□□□□□ -0.31
PTPRN-202ENST00000409251 POLE4Q9NR33 117 aa13.14□□□□□ -0.31
PTPRN-202ENST00000409251 C6orf203Q9P0P8 240 aaPredicted RBP13.14□□□□□ -0.31
PTPRN-202ENST00000409251 ZNF229Q9UJW7 825 aa13.14□□□□□ -0.31
PTPRN-202ENST00000409251 ITGA11Q9UKX5 1188 aa13.14□□□□□ -0.31
PTPRN-202ENST00000409251 GMEB1Q9Y692 573 aa13.14□□□□□ -0.31
PTPRN-202ENST00000409251 PRRC2BQ5JSZ5 2229 aaKnown RBP13.14□□□□□ -0.31
PTPRN-202ENST00000409251 GLRA3O75311 464 aa13.14□□□□□ -0.31
PTPRN-202ENST00000409251 POMCP01189 267 aa13.14□□□□□ -0.31
PTPRN-202ENST00000409251 PIGRP01833 764 aa13.14□□□□□ -0.31
PTPRN-202ENST00000409251 RCVRNP35243 200 aa13.14□□□□□ -0.31
PTPRN-202ENST00000409251 NUP107P57740 925 aa13.14□□□□□ -0.31
PTPRN-202ENST00000409251 CAP1Q01518 475 aa13.14□□□□□ -0.31
PTPRN-202ENST00000409251 ZNF460Q14592 562 aa13.14□□□□□ -0.31
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 27 ms