RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000557005.1

SYNE2-223, Transcript of spectrin repeat containing nuclear envelope protein 2, human

TSL 2

Gene SYNE2, Length 5,804 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Nucleus .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
SYNE2-223	ENST00000557005	BCAT1	P54687	386 aa		5.06	□□□□□ -1.6
SYNE2-223	ENST00000557005	CERCAM	Q5T4B2	595 aa		5.06	□□□□□ -1.6
SYNE2-223	ENST00000557005	BROX	Q5VW32	411 aa		5.06	□□□□□ -1.6
SYNE2-223	ENST00000557005	PAOX	Q6QHF9	649 aa		5.06	□□□□□ -1.6
SYNE2-223	ENST00000557005	ZYG11A	Q6WRX3	759 aa		5.06	□□□□□ -1.6
SYNE2-223	ENST00000557005	ATG14	Q6ZNE5	492 aa		5.06	□□□□□ -1.6
SYNE2-223	ENST00000557005	LRRC8D	Q7L1W4	858 aa		5.06	□□□□□ -1.6
SYNE2-223	ENST00000557005	NANOGNB	Q7Z5D8	188 aa		5.06	□□□□□ -1.6
SYNE2-223	ENST00000557005	OFCC1	Q8IZS5	231 aa		5.06	□□□□□ -1.6
SYNE2-223	ENST00000557005	DEFB106A	Q8N104	65 aa		5.06	□□□□□ -1.6
SYNE2-223	ENST00000557005	SIX5	Q8N196	739 aa		5.06	□□□□□ -1.6
SYNE2-223	ENST00000557005	DHRSX	Q8N5I4	330 aa		5.06	□□□□□ -1.6
SYNE2-223	ENST00000557005	CCDC185	Q8N715	623 aa		5.06	□□□□□ -1.6
SYNE2-223	ENST00000557005	ITFG1	Q8TB96	612 aa		5.06	□□□□□ -1.6
SYNE2-223	ENST00000557005	DNAJB14	Q8TBM8	379 aa		5.06	□□□□□ -1.6
SYNE2-223	ENST00000557005	ABHD8	Q96I13	439 aa		5.06	□□□□□ -1.6
SYNE2-223	ENST00000557005	ACO2	Q99798	780 aa	Known RBP	5.06	□□□□□ -1.6
SYNE2-223	ENST00000557005	FDXACB1	Q9BRP7	624 aa	Predicted RBP	5.06	□□□□□ -1.6
SYNE2-223	ENST00000557005	EXOSC4	Q9NPD3	245 aa	Known RBP	5.06	□□□□□ -1.6
SYNE2-223	ENST00000557005	ABCB10	Q9NRK6	738 aa		5.06	□□□□□ -1.6
SYNE2-223	ENST00000557005	ANAPC2	Q9UJX6	822 aa		5.06	□□□□□ -1.6
SYNE2-223	ENST00000557005	SIPA1L3	O60292	1781 aa	Predicted RBP	5.05	□□□□□ -1.6
SYNE2-223	ENST00000557005	IGLV3-22	A0A075B6J6	115 aa		5.05	□□□□□ -1.6
SYNE2-223	ENST00000557005		C9JVG2	144 aa		5.05	□□□□□ -1.6
SYNE2-223	ENST00000557005	KCNK1	O00180	336 aa		5.05	□□□□□ -1.6
SYNE2-223	ENST00000557005	VWA5A	O00534	786 aa		5.05	□□□□□ -1.6
SYNE2-223	ENST00000557005	ATP6V1G1	O75348	118 aa		5.05	□□□□□ -1.6
SYNE2-223	ENST00000557005	DDHD2	O94830	711 aa		5.05	□□□□□ -1.6
SYNE2-223	ENST00000557005	CCR10	P46092	362 aa		5.05	□□□□□ -1.6
SYNE2-223	ENST00000557005	CD151	P48509	253 aa		5.05	□□□□□ -1.6
SYNE2-223	ENST00000557005	NPY2R	P49146	381 aa		5.05	□□□□□ -1.6
SYNE2-223	ENST00000557005	TRAF3	Q13114	568 aa		5.05	□□□□□ -1.6
SYNE2-223	ENST00000557005	BFSP2	Q13515	415 aa		5.05	□□□□□ -1.6
SYNE2-223	ENST00000557005	CCNI	Q14094	377 aa		5.05	□□□□□ -1.6
SYNE2-223	ENST00000557005	DGCR6	Q14129	220 aa		5.05	□□□□□ -1.6
SYNE2-223	ENST00000557005	NOMO1	Q15155	1222 aa		5.05	□□□□□ -1.6
SYNE2-223	ENST00000557005	FAM98B	Q52LJ0	330 aa	Known RBP	5.05	□□□□□ -1.6
SYNE2-223	ENST00000557005	SAMD4B	Q5PRF9	694 aa	Known RBP	5.05	□□□□□ -1.6
SYNE2-223	ENST00000557005	EMC10	Q5UCC4	262 aa		5.05	□□□□□ -1.6
SYNE2-223	ENST00000557005	TAF2	Q6P1X5	1199 aa		5.05	□□□□□ -1.6
SYNE2-223	ENST00000557005	CHSY1	Q86X52	802 aa		5.05	□□□□□ -1.6
SYNE2-223	ENST00000557005	TAGAP	Q8N103	731 aa		5.05	□□□□□ -1.6
SYNE2-223	ENST00000557005	PYROXD2	Q8N2H3	581 aa		5.05	□□□□□ -1.6
SYNE2-223	ENST00000557005	NAT8L	Q8N9F0	302 aa		5.05	□□□□□ -1.6
SYNE2-223	ENST00000557005	FNDC5	Q8NAU1	212 aa		5.05	□□□□□ -1.6
SYNE2-223	ENST00000557005	BORCS5	Q969J3	196 aa		5.05	□□□□□ -1.6
SYNE2-223	ENST00000557005	AKT1S1	Q96B36	256 aa		5.05	□□□□□ -1.6
SYNE2-223	ENST00000557005	CCDC126	Q96EE4	140 aa		5.05	□□□□□ -1.6
SYNE2-223	ENST00000557005	MIPEP	Q99797	713 aa		5.05	□□□□□ -1.6
SYNE2-223	ENST00000557005	SH3GL1	Q99961	368 aa		5.05	□□□□□ -1.6
SYNE2-223	ENST00000557005	PDCD2L	Q9BRP1	358 aa		5.05	□□□□□ -1.6
SYNE2-223	ENST00000557005	PORCN	Q9H237	461 aa		5.05	□□□□□ -1.6
SYNE2-223	ENST00000557005	CNGB3	Q9NQW8	809 aa		5.05	□□□□□ -1.6
SYNE2-223	ENST00000557005	PTTG2	Q9NZH5	202 aa		5.05	□□□□□ -1.6
SYNE2-223	ENST00000557005	CRYL1	Q9Y2S2	319 aa		5.05	□□□□□ -1.6
SYNE2-223	ENST00000557005	RAP2C	Q9Y3L5	183 aa		5.05	□□□□□ -1.6
SYNE2-223	ENST00000557005	ASTN2	O75129	1339 aa	Predicted RBP	5.05	□□□□□ -1.6
SYNE2-223	ENST00000557005	SYNDIG1L	A6NDD5	238 aa		5.05	□□□□□ -1.6
SYNE2-223	ENST00000557005	HNRNPCL2	B2RXH8	293 aa		5.05	□□□□□ -1.6
SYNE2-223	ENST00000557005	TMEM63A	O94886	807 aa		5.05	□□□□□ -1.6
SYNE2-223	ENST00000557005	LDLR	P01130	860 aa		5.05	□□□□□ -1.6
SYNE2-223	ENST00000557005	USP17L7	P0C7H9	530 aa		5.05	□□□□□ -1.6
SYNE2-223	ENST00000557005	NFKB1	P19838	968 aa		5.05	□□□□□ -1.6
SYNE2-223	ENST00000557005	PRDX6	P30041	224 aa		5.05	□□□□□ -1.6
SYNE2-223	ENST00000557005	ADSS	P30520	456 aa		5.05	□□□□□ -1.6
SYNE2-223	ENST00000557005	MOGS	Q13724	837 aa		5.05	□□□□□ -1.6
SYNE2-223	ENST00000557005	CCDC142	Q17RM4	750 aa		5.05	□□□□□ -1.6
SYNE2-223	ENST00000557005	CEP78	Q5JTW2	689 aa		5.05	□□□□□ -1.6
SYNE2-223	ENST00000557005	NIPA1	Q7RTP0	329 aa		5.05	□□□□□ -1.6
SYNE2-223	ENST00000557005	GALNT5	Q7Z7M9	940 aa		5.05	□□□□□ -1.6
SYNE2-223	ENST00000557005	SLCO6A1	Q86UG4	719 aa		5.05	□□□□□ -1.6
SYNE2-223	ENST00000557005	AKAP14	Q86UN6	197 aa		5.05	□□□□□ -1.6
SYNE2-223	ENST00000557005	TRPC4AP	Q8TEL6	797 aa		5.05	□□□□□ -1.6
SYNE2-223	ENST00000557005	OSCP1	Q8WVF1	389 aa		5.05	□□□□□ -1.6
SYNE2-223	ENST00000557005	HTRA1	Q92743	480 aa		5.05	□□□□□ -1.6
SYNE2-223	ENST00000557005	ACOX2	Q99424	681 aa		5.05	□□□□□ -1.6
SYNE2-223	ENST00000557005	AGAP2	Q99490	1192 aa		5.05	□□□□□ -1.6
SYNE2-223	ENST00000557005	SPON2	Q9BUD6	331 aa		5.05	□□□□□ -1.6
SYNE2-223	ENST00000557005	SDCBP2	Q9H190	292 aa		5.05	□□□□□ -1.6
SYNE2-223	ENST00000557005	EPB41L4B	Q9H329	900 aa		5.05	□□□□□ -1.6
SYNE2-223	ENST00000557005	PRDM5	Q9NQX1	630 aa	Predicted RBP	5.05	□□□□□ -1.6
SYNE2-223	ENST00000557005	LIMD1	Q9UGP4	676 aa		5.05	□□□□□ -1.6
SYNE2-223	ENST00000557005	SLC7A8	Q9UHI5	535 aa		5.05	□□□□□ -1.6
SYNE2-223	ENST00000557005	POMP	Q9Y244	141 aa		5.05	□□□□□ -1.6
SYNE2-223	ENST00000557005	MYH3	P11055	1940 aa		5.05	□□□□□ -1.6
SYNE2-223	ENST00000557005	KIF13A	Q9H1H9	1805 aa		5.05	□□□□□ -1.6
SYNE2-223	ENST00000557005	DCC	P43146	1447 aa		5.05	□□□□□ -1.6
SYNE2-223	ENST00000557005	IGKV6D-41	A0A0C4DH26	115 aa		5.05	□□□□□ -1.6
SYNE2-223	ENST00000557005	STX16-NPEPL1	H3BU86	382 aa		5.05	□□□□□ -1.6
SYNE2-223	ENST00000557005	MFSD11	O43934	449 aa		5.05	□□□□□ -1.6
SYNE2-223	ENST00000557005	CD4	P01730	458 aa		5.05	□□□□□ -1.6
SYNE2-223	ENST00000557005	PCNA	P12004	261 aa		5.05	□□□□□ -1.6
SYNE2-223	ENST00000557005	IL1R2	P27930	398 aa		5.05	□□□□□ -1.6
SYNE2-223	ENST00000557005	TAF6	P49848	677 aa		5.05	□□□□□ -1.6
SYNE2-223	ENST00000557005	CAPS	Q13938	189 aa		5.05	□□□□□ -1.6
SYNE2-223	ENST00000557005	DEPDC1	Q5TB30	811 aa		5.05	□□□□□ -1.6
SYNE2-223	ENST00000557005	IL23R	Q5VWK5	629 aa		5.05	□□□□□ -1.6
SYNE2-223	ENST00000557005	SCIMP	Q6UWF3	145 aa		5.05	□□□□□ -1.6
SYNE2-223	ENST00000557005	STK32C	Q86UX6	486 aa		5.05	□□□□□ -1.6
SYNE2-223	ENST00000557005	PSTK	Q8IV42	348 aa	Known RBP	5.05	□□□□□ -1.6

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