RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000292535.11

CUX1-201, Transcript of cut like homeobox 1, humanhuman

APPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC

Gene CUX1, Length 13,747 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytoplasm, Cytosol, Exosome, Nucleus .

RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CUX1-201ENST00000292535 MICAL2O94851 1124 aa9.47□□□□□ -0.89
CUX1-201ENST00000292535 POMCP01189 267 aa9.47□□□□□ -0.89
CUX1-201ENST00000292535 IFNA16P05015 189 aa9.47□□□□□ -0.89
CUX1-201ENST00000292535 MTM1Q13496 603 aa9.47□□□□□ -0.89
CUX1-201ENST00000292535 CRELD1Q96HD1 420 aa9.47□□□□□ -0.89
CUX1-201ENST00000292535 MLPHQ9BV36 600 aaPredicted RBP9.47□□□□□ -0.89
CUX1-201ENST00000292535 CXorf56Q9H5V9 222 aa9.47□□□□□ -0.89
CUX1-201ENST00000292535 CBX5P45973 191 aa9.47□□□□□ -0.89
CUX1-201ENST00000292535 PDX1P52945 283 aa9.47□□□□□ -0.89
CUX1-201ENST00000292535 MILR1Q7Z6M3 343 aa9.47□□□□□ -0.89
CUX1-201ENST00000292535 C8orf59Q8N0T1 100 aaPredicted RBP9.47□□□□□ -0.89
CUX1-201ENST00000292535 CKLFQ9UBR5 152 aa9.47□□□□□ -0.89
CUX1-201ENST00000292535 ZMYM5Q9UJ78 669 aa9.47□□□□□ -0.89
CUX1-201ENST00000292535 USP42Q9H9J4 1324 aaKnown RBP9.47□□□□□ -0.89
CUX1-201ENST00000292535 RAP1GAPP47736 663 aa9.47□□□□□ -0.89
CUX1-201ENST00000292535 CLCN3P51790 818 aa9.47□□□□□ -0.89
CUX1-201ENST00000292535 LGALS3BPQ08380 585 aa9.47□□□□□ -0.89
CUX1-201ENST00000292535 SPOCD1Q6ZMY3 1216 aa9.47□□□□□ -0.89
CUX1-201ENST00000292535 MYCBPAPQ8TBZ2 947 aa9.47□□□□□ -0.89
CUX1-201ENST00000292535 POPDC2Q9HBU9 364 aa9.47□□□□□ -0.89
CUX1-201ENST00000292535 A1CFQ9NQ94 594 aaKnown RBP9.47□□□□□ -0.89
CUX1-201ENST00000292535 WDR27A2RRH5 827 aa9.47□□□□□ -0.89
CUX1-201ENST00000292535 GCATO75600 419 aa9.47□□□□□ -0.89
CUX1-201ENST00000292535 TRAF3Q13114 568 aa9.47□□□□□ -0.89
CUX1-201ENST00000292535 ACAP1Q15027 740 aa9.47□□□□□ -0.89
CUX1-201ENST00000292535 DOK6Q6PKX4 331 aa9.47□□□□□ -0.89
CUX1-201ENST00000292535 STX12Q86Y82 276 aa9.47□□□□□ -0.89
CUX1-201ENST00000292535 MARCH2Q9P0N8 246 aa9.47□□□□□ -0.89
CUX1-201ENST00000292535 PCDHGC5Q9Y5F6 944 aa9.47□□□□□ -0.89
CUX1-201ENST00000292535 TULP4Q9NRJ4 1543 aa9.47□□□□□ -0.89
CUX1-201ENST00000292535 KELP23276 732 aa9.47□□□□□ -0.89
CUX1-201ENST00000292535 C1QBPQ07021 282 aaKnown RBP9.47□□□□□ -0.89
CUX1-201ENST00000292535 WASHC2DQ5SRD0 308 aa9.47□□□□□ -0.89
CUX1-201ENST00000292535 DDI2Q5TDH0 399 aa9.47□□□□□ -0.89
CUX1-201ENST00000292535 GALNT18Q6P9A2 607 aa9.47□□□□□ -0.89
CUX1-201ENST00000292535 SOHLH2Q9NX45 425 aa9.47□□□□□ -0.89
CUX1-201ENST00000292535 ERGIC3Q9Y282 383 aa9.47□□□□□ -0.89
CUX1-201ENST00000292535 HMGCRP04035 888 aa9.46□□□□□ -0.89
CUX1-201ENST00000292535 TYMPP19971 482 aa9.46□□□□□ -0.89
CUX1-201ENST00000292535 SNRPD1P62314 119 aaKnown RBP9.46□□□□□ -0.89
CUX1-201ENST00000292535 LPIN1Q14693 890 aa9.46□□□□□ -0.89
CUX1-201ENST00000292535 ARHGEF19Q8IW93 802 aa9.46□□□□□ -0.89
CUX1-201ENST00000292535 SEC22BO75396 215 aa9.46□□□□□ -0.89
CUX1-201ENST00000292535 RGS20O76081 388 aa9.46□□□□□ -0.89
CUX1-201ENST00000292535 GRM3Q14832 879 aa9.46□□□□□ -0.89
CUX1-201ENST00000292535 PRAMEF18Q5VWM3 479 aa9.46□□□□□ -0.89
CUX1-201ENST00000292535 SLC9A8Q9Y2E8 581 aa9.46□□□□□ -0.89
CUX1-201ENST00000292535 IQGAP3Q86VI3 1631 aa9.46□□□□□ -0.89
CUX1-201ENST00000292535 IRGMA1A4Y4 181 aa9.46□□□□□ -0.89
CUX1-201ENST00000292535 GTPBP1O00178 669 aaKnown RBP9.46□□□□□ -0.89
CUX1-201ENST00000292535 HTR1BP28222 390 aa9.46□□□□□ -0.89
CUX1-201ENST00000292535 NPTX2P47972 431 aa9.46□□□□□ -0.89
CUX1-201ENST00000292535 TUFMP49411 452 aaKnown RBP9.46□□□□□ -0.89
CUX1-201ENST00000292535 R3HDM1Q15032 1099 aaKnown RBP9.46□□□□□ -0.89
CUX1-201ENST00000292535 FBXL19Q6PCT2 694 aa9.46□□□□□ -0.89
CUX1-201ENST00000292535 HTR3CQ8WXA8 447 aa9.46□□□□□ -0.89
CUX1-201ENST00000292535 NRDE2Q9H7Z3 1164 aa9.46□□□□□ -0.89
CUX1-201ENST00000292535 AGO4Q9HCK5 861 aaKnown RBP9.46□□□□□ -0.89
CUX1-201ENST00000292535 ANGPT4Q9Y264 503 aa9.46□□□□□ -0.89
CUX1-201ENST00000292535 LYVE1Q9Y5Y7 322 aa9.46□□□□□ -0.89
CUX1-201ENST00000292535 CNTNAP2Q9UHC6 1331 aa9.46□□□□□ -0.89
CUX1-201ENST00000292535 ATG2BQ96BY7 2078 aa9.46□□□□□ -0.89
CUX1-201ENST00000292535 HOXC12P31275 282 aa9.46□□□□□ -0.89
CUX1-201ENST00000292535 RPL4P36578 427 aaKnown RBP9.46□□□□□ -0.89
CUX1-201ENST00000292535 IKBKEQ14164 716 aa9.46□□□□□ -0.89
CUX1-201ENST00000292535 MZT2BQ6NZ67 158 aa9.46□□□□□ -0.89
CUX1-201ENST00000292535 R3HCC1LQ7Z5L2 792 aaKnown RBP9.46□□□□□ -0.89
CUX1-201ENST00000292535 CASKIN2Q8WXE0 1202 aa9.46□□□□□ -0.89
CUX1-201ENST00000292535 NECTIN3Q9NQS3 549 aa9.46□□□□□ -0.89
CUX1-201ENST00000292535 RPS6KA6Q9UK32 745 aa9.46□□□□□ -0.89
CUX1-201ENST00000292535 PAEPP09466 180 aa9.46□□□□□ -0.89
CUX1-201ENST00000292535 AKR1A1P14550 325 aa9.46□□□□□ -0.89
CUX1-201ENST00000292535 LAMTOR4Q0VGL1 99 aa9.46□□□□□ -0.89
CUX1-201ENST00000292535 ZNF846Q147U1 533 aa9.46□□□□□ -0.89
CUX1-201ENST00000292535 TSC22D1Q15714 1073 aa9.46□□□□□ -0.89
CUX1-201ENST00000292535 OTUD3Q5T2D3 398 aaPredicted RBP9.46□□□□□ -0.89
CUX1-201ENST00000292535 SERPINA13PQ6UXR4 307 aa9.46□□□□□ -0.89
CUX1-201ENST00000292535 BTN2A1Q7KYR7 527 aa9.46□□□□□ -0.89
CUX1-201ENST00000292535 COLGALT2Q8IYK4 626 aa9.46□□□□□ -0.89
CUX1-201ENST00000292535 LRRC34Q8IZ02 419 aa9.46□□□□□ -0.89
CUX1-201ENST00000292535 NKAPQ8N5F7 415 aaKnown RBP9.46□□□□□ -0.89
CUX1-201ENST00000292535 MCRS1Q96EZ8 462 aa9.46□□□□□ -0.89
CUX1-201ENST00000292535 H3BNH8 94 aa9.46□□□□□ -0.9
CUX1-201ENST00000292535 BACE1P56817 501 aa9.46□□□□□ -0.9
CUX1-201ENST00000292535 GJB7Q6PEY0 223 aa9.46□□□□□ -0.9
CUX1-201ENST00000292535 BEND7Q8N7W2 519 aaPredicted RBP9.46□□□□□ -0.9
CUX1-201ENST00000292535 REPS2Q8NFH8 660 aa9.46□□□□□ -0.9
CUX1-201ENST00000292535 MAGEB3O15480 346 aa9.46□□□□□ -0.9
CUX1-201ENST00000292535 RAB11FIP1Q6WKZ4 1283 aaPredicted RBP9.46□□□□□ -0.9
CUX1-201ENST00000292535 ABRAQ8N0Z2 381 aa9.46□□□□□ -0.9
CUX1-201ENST00000292535 GDPD5Q8WTR4 605 aa9.46□□□□□ -0.9
CUX1-201ENST00000292535 HNRNPLLQ8WVV9 542 aaKnown RBP9.46□□□□□ -0.9
CUX1-201ENST00000292535 CXorf40BQ96DE9 158 aa9.46□□□□□ -0.9
CUX1-201ENST00000292535 OMA1Q96E52 524 aa9.46□□□□□ -0.9
CUX1-201ENST00000292535 EHD4Q9H223 541 aa9.46□□□□□ -0.9
CUX1-201ENST00000292535 HAO1Q9UJM8 370 aa9.46□□□□□ -0.9
CUX1-201ENST00000292535 FARP2O94887 1054 aaPredicted RBP9.46□□□□□ -0.9
CUX1-201ENST00000292535 ENDOD1O94919 500 aa9.46□□□□□ -0.9
CUX1-201ENST00000292535 LTA4HP09960 611 aaKnown RBP9.46□□□□□ -0.9
CUX1-201ENST00000292535 GPD2P43304 727 aa9.46□□□□□ -0.9
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 39.8 ms