RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000563559.5

RRN3-205, Transcript of RRN3 homolog, RNA polymerase I transcription factor, human

TSL 5 BASIC

Gene RRN3, Length 2,128 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytosol .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
RRN3-205	ENST00000563559	BCL2L13	Q9BXK5	485 aa		23.54	■■□□□ 1.36
RRN3-205	ENST00000563559	PCDHB15	Q9Y5E8	787 aa		23.54	■■□□□ 1.36
RRN3-205	ENST00000563559	FTSJ3	Q8IY81	847 aa	Known RBP	23.53	■■□□□ 1.36
RRN3-205	ENST00000563559	SLC4A3	P48751	1232 aa		23.52	■■□□□ 1.36
RRN3-205	ENST00000563559	DZIP1L	Q8IYY4	767 aa	Known RBP	23.52	■■□□□ 1.36
RRN3-205	ENST00000563559	STAG3	Q9UJ98	1225 aa		23.52	■■□□□ 1.36
RRN3-205	ENST00000563559	PNPLA6	Q8IY17	1366 aa		23.52	■■□□□ 1.36
RRN3-205	ENST00000563559	ARHGEF40	Q8TER5	1519 aa		23.51	■■□□□ 1.35
RRN3-205	ENST00000563559	DIAPH1	O60610	1272 aa	Known RBP	23.51	■■□□□ 1.35
RRN3-205	ENST00000563559	CDK19	Q9BWU1	502 aa		23.51	■■□□□ 1.35
RRN3-205	ENST00000563559	NFKBIB	Q15653	356 aa		23.5	■■□□□ 1.35
RRN3-205	ENST00000563559	TRIM35	Q9UPQ4	493 aa		23.5	■■□□□ 1.35
RRN3-205	ENST00000563559	FBXO31	Q5XUX0	539 aa	Predicted RBP	23.49	■■□□□ 1.35
RRN3-205	ENST00000563559	RERE	Q9P2R6	1566 aa		23.49	■■□□□ 1.35
RRN3-205	ENST00000563559	DLC1	Q96QB1	1528 aa		23.49	■■□□□ 1.35
RRN3-205	ENST00000563559	SMC4	Q9NTJ3	1288 aa		23.48	■■□□□ 1.35
RRN3-205	ENST00000563559	TNN	Q9UQP3	1299 aa		23.48	■■□□□ 1.35
RRN3-205	ENST00000563559	EXOSC9	Q06265	439 aa	Known RBP	23.48	■■□□□ 1.35
RRN3-205	ENST00000563559	TSR2	Q969E8	191 aa	Known RBP	23.48	■■□□□ 1.35
RRN3-205	ENST00000563559	UPF2	Q9HAU5	1272 aa	Known RBP	23.48	■■□□□ 1.35
RRN3-205	ENST00000563559	USP19	O94966	1318 aa		23.48	■■□□□ 1.35
RRN3-205	ENST00000563559	KIF20B	Q96Q89	1820 aa		23.47	■■□□□ 1.35
RRN3-205	ENST00000563559	AGL	P35573	1532 aa		23.47	■■□□□ 1.35
RRN3-205	ENST00000563559	BECN1	Q14457	450 aa		23.47	■■□□□ 1.35
RRN3-205	ENST00000563559	PDZRN3	Q9UPQ7	1066 aa		23.47	■■□□□ 1.35
RRN3-205	ENST00000563559	CABP1	Q9NZU7	370 aa		23.46	■■□□□ 1.35
RRN3-205	ENST00000563559	FCHSD2	O94868	740 aa		23.45	■■□□□ 1.35
RRN3-205	ENST00000563559	RIPK4	P57078	832 aa		23.45	■■□□□ 1.35
RRN3-205	ENST00000563559	DDX19B	Q9UMR2	479 aa		23.45	■■□□□ 1.35
RRN3-205	ENST00000563559	CDC42BPG	Q6DT37	1551 aa		23.45	■■□□□ 1.34
RRN3-205	ENST00000563559	ATP7B	P35670	1465 aa		23.45	■■□□□ 1.34
RRN3-205	ENST00000563559	SENP3	Q9H4L4	574 aa	Predicted RBP	23.44	■■□□□ 1.34
RRN3-205	ENST00000563559	ATF7IP	Q6VMQ6	1270 aa		23.43	■■□□□ 1.34
RRN3-205	ENST00000563559	IPO8	O15397	1037 aa	Known RBP	23.42	■■□□□ 1.34
RRN3-205	ENST00000563559	SSH1	Q8WYL5	1049 aa		23.42	■■□□□ 1.34
RRN3-205	ENST00000563559	TRIM27	P14373	513 aa		23.42	■■□□□ 1.34
RRN3-205	ENST00000563559	HDAC1	Q13547	482 aa	Predicted RBP	23.42	■■□□□ 1.34
RRN3-205	ENST00000563559	KIF16B	Q96L93	1317 aa		23.42	■■□□□ 1.34
RRN3-205	ENST00000563559	A2ML1	A8K2U0	1454 aa		23.41	■■□□□ 1.34
RRN3-205	ENST00000563559	SEC24B	O95487	1268 aa		23.41	■■□□□ 1.34
RRN3-205	ENST00000563559	ZNF428	Q96B54	188 aa		23.41	■■□□□ 1.34
RRN3-205	ENST00000563559	SPATA31D1	Q6ZQQ2	1576 aa		23.4	■■□□□ 1.34
RRN3-205	ENST00000563559	ALDH1L2	Q3SY69	923 aa		23.39	■■□□□ 1.34
RRN3-205	ENST00000563559	FAM69C	Q0P6D2	419 aa		23.39	■■□□□ 1.33
RRN3-205	ENST00000563559	GSE1	Q14687	1217 aa		23.39	■■□□□ 1.33
RRN3-205	ENST00000563559	RIMS2	Q9UQ26	1411 aa		23.38	■■□□□ 1.33
RRN3-205	ENST00000563559	CYB5RL	Q6IPT4	315 aa		23.37	■■□□□ 1.33
RRN3-205	ENST00000563559	ITPRIP	Q8IWB1	547 aa		23.37	■■□□□ 1.33
RRN3-205	ENST00000563559	NOB1	Q9ULX3	412 aa	Known RBP	23.37	■■□□□ 1.33
RRN3-205	ENST00000563559	CALD1	Q05682	793 aa	Known RBP	23.36	■■□□□ 1.33
RRN3-205	ENST00000563559	TBC1D32	Q96NH3	1257 aa		23.36	■■□□□ 1.33
RRN3-205	ENST00000563559	FAM135B	Q49AJ0	1406 aa		23.36	■■□□□ 1.33
RRN3-205	ENST00000563559	DIP2B	Q9P265	1576 aa		23.36	■■□□□ 1.33
RRN3-205	ENST00000563559	RSPH6A	Q9H0K4	717 aa		23.35	■■□□□ 1.33
RRN3-205	ENST00000563559	POLK	Q9UBT6	870 aa		23.35	■■□□□ 1.33
RRN3-205	ENST00000563559	LRRC7	Q96NW7	1537 aa		23.35	■■□□□ 1.33
RRN3-205	ENST00000563559	PPIP5K1	Q6PFW1	1433 aa		23.35	■■□□□ 1.33
RRN3-205	ENST00000563559	SETD1A	O15047	1707 aa	Known RBP	23.34	■■□□□ 1.33
RRN3-205	ENST00000563559	BRPF1	P55201	1214 aa	Predicted RBP	23.34	■■□□□ 1.33
RRN3-205	ENST00000563559	SUGP2	Q8IX01	1082 aa	Known RBP eCLIP	23.34	■■□□□ 1.33
RRN3-205	ENST00000563559	EDC4	Q6P2E9	1401 aa	Known RBP	23.34	■■□□□ 1.33
RRN3-205	ENST00000563559	ABCF1	Q8NE71	845 aa	Known RBP eCLIP	23.33	■■□□□ 1.33
RRN3-205	ENST00000563559	PRKAR2B	P31323	418 aa		23.33	■■□□□ 1.32
RRN3-205	ENST00000563559	WAPL	Q7Z5K2	1190 aa		23.33	■■□□□ 1.32
RRN3-205	ENST00000563559	ZBTB40	Q9NUA8	1239 aa		23.32	■■□□□ 1.32
RRN3-205	ENST00000563559	RIMBP3C	A6NJZ7	1639 aa		23.32	■■□□□ 1.32
RRN3-205	ENST00000563559	RIMBP3B	A6NNM3	1639 aa		23.32	■■□□□ 1.32
RRN3-205	ENST00000563559	RIMBP3	Q9UFD9	1639 aa		23.32	■■□□□ 1.32
RRN3-205	ENST00000563559	SMC5	Q8IY18	1101 aa		23.32	■■□□□ 1.32
RRN3-205	ENST00000563559	CHMP4B	Q9H444	224 aa	Known RBP	23.31	■■□□□ 1.32
RRN3-205	ENST00000563559	CPSF1	Q10570	1443 aa	Known RBP	23.31	■■□□□ 1.32
RRN3-205	ENST00000563559	NFE2L2	Q16236	605 aa		23.3	■■□□□ 1.32
RRN3-205	ENST00000563559	TMEM57	Q8N5G2	664 aa		23.3	■■□□□ 1.32
RRN3-205	ENST00000563559	WASL	O00401	505 aa	Predicted RBP	23.3	■■□□□ 1.32
RRN3-205	ENST00000563559	MAP2	P11137	1827 aa	Known RBP	23.29	■■□□□ 1.32
RRN3-205	ENST00000563559	FRAT2	O75474	233 aa	Predicted RBP	23.29	■■□□□ 1.32
RRN3-205	ENST00000563559	AATK	Q6ZMQ8	1374 aa		23.29	■■□□□ 1.32
RRN3-205	ENST00000563559	CDK12	Q9NYV4	1490 aa	Predicted RBP	23.28	■■□□□ 1.32
RRN3-205	ENST00000563559	SIRT1	Q96EB6	747 aa		23.28	■■□□□ 1.32
RRN3-205	ENST00000563559	HDGF	P51858	240 aa	Known RBP	23.27	■■□□□ 1.32
RRN3-205	ENST00000563559	GNAI1	P63096	354 aa		23.26	■■□□□ 1.31
RRN3-205	ENST00000563559	ARHGAP45	Q92619	1136 aa		23.26	■■□□□ 1.31
RRN3-205	ENST00000563559	TSPOAP1	O95153	1857 aa		23.26	■■□□□ 1.31
RRN3-205	ENST00000563559	IFT57	Q9NWB7	429 aa		23.26	■■□□□ 1.31
RRN3-205	ENST00000563559	LMOD3	Q0VAK6	560 aa		23.25	■■□□□ 1.31
RRN3-205	ENST00000563559	IL13	P35225	146 aa		23.24	■■□□□ 1.31
RRN3-205	ENST00000563559	NRXN3	Q9Y4C0	1643 aa		23.24	■■□□□ 1.31
RRN3-205	ENST00000563559	COG3	Q96JB2	828 aa		23.23	■■□□□ 1.31
RRN3-205	ENST00000563559	CCDC61	Q9Y6R9	512 aa		23.23	■■□□□ 1.31
RRN3-205	ENST00000563559	KNDC1	Q76NI1	1749 aa		23.22	■■□□□ 1.31
RRN3-205	ENST00000563559	PHACTR3	Q96KR7	559 aa		23.22	■■□□□ 1.31
RRN3-205	ENST00000563559	TECPR2	O15040	1411 aa		23.22	■■□□□ 1.31
RRN3-205	ENST00000563559	HMOX1	P09601	288 aa		23.21	■■□□□ 1.31
RRN3-205	ENST00000563559	NUCB1	Q02818	461 aa		23.21	■■□□□ 1.31
RRN3-205	ENST00000563559	NUDT16	Q96DE0	195 aa	Known RBP	23.21	■■□□□ 1.31
RRN3-205	ENST00000563559	TBC1D2	Q9BYX2	928 aa		23.21	■■□□□ 1.31
RRN3-205	ENST00000563559	C22orf23	Q9BZE7	217 aa		23.21	■■□□□ 1.31
RRN3-205	ENST00000563559	ESF1	Q9H501	851 aa	Known RBP	23.21	■■□□□ 1.31
RRN3-205	ENST00000563559	EMILIN1	Q9Y6C2	1016 aa		23.21	■■□□□ 1.31
RRN3-205	ENST00000563559	MET	P08581	1390 aa		23.21	■■□□□ 1.31

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