RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000488520.5

USP4-213, Transcript of ubiquitin specific peptidase 4, human

TSL 3

Gene USP4, Length 1,155 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
USP4-213	ENST00000488520	MKRN3	Q13064	507 aa	Known RBP	13.13	□□□□□ -0.31
USP4-213	ENST00000488520	LRRC59	Q96AG4	307 aa	Known RBP	13.13	□□□□□ -0.31
USP4-213	ENST00000488520	COLQ	Q9Y215	455 aa	Predicted RBP	13.13	□□□□□ -0.31
USP4-213	ENST00000488520	ZFP91-CNTF	A0A0A6YYC7	529 aa	Predicted RBP	13.12	□□□□□ -0.31
USP4-213	ENST00000488520	RGL2	O15211	777 aa		13.12	□□□□□ -0.31
USP4-213	ENST00000488520	ZFP91	Q96JP5	570 aa	Predicted RBP	13.12	□□□□□ -0.31
USP4-213	ENST00000488520	QTRT2	Q9H974	415 aa	Known RBP	13.12	□□□□□ -0.31
USP4-213	ENST00000488520	CABP2	Q9NPB3	220 aa		13.12	□□□□□ -0.31
USP4-213	ENST00000488520	NEXMIF	Q5QGS0	1516 aa		13.12	□□□□□ -0.31
USP4-213	ENST00000488520	RGS12	O14924	1447 aa		13.12	□□□□□ -0.31
USP4-213	ENST00000488520	PNPLA6	Q8IY17	1366 aa		13.11	□□□□□ -0.31
USP4-213	ENST00000488520	IRX5	P78411	483 aa	Predicted RBP	13.11	□□□□□ -0.31
USP4-213	ENST00000488520	ADGRL3	Q9HAR2	1447 aa		13.11	□□□□□ -0.31
USP4-213	ENST00000488520	ADAMTS2	O95450	1211 aa		13.1	□□□□□ -0.31
USP4-213	ENST00000488520	PLCG2	P16885	1265 aa		13.1	□□□□□ -0.31
USP4-213	ENST00000488520	PPL	O60437	1756 aa		13.09	□□□□□ -0.31
USP4-213	ENST00000488520	RBM6	P78332	1123 aa	Known RBP	13.09	□□□□□ -0.31
USP4-213	ENST00000488520	NGLY1	Q96IV0	654 aa		13.09	□□□□□ -0.31
USP4-213	ENST00000488520	LAMC1	P11047	1609 aa		13.09	□□□□□ -0.31
USP4-213	ENST00000488520	OCEL1	Q9H607	264 aa		13.07	□□□□□ -0.32
USP4-213	ENST00000488520	C1orf167	Q5SNV9	1468 aa		13.07	□□□□□ -0.32
USP4-213	ENST00000488520	RGPD8	O14715	1765 aa	Predicted RBP	13.07	□□□□□ -0.32
USP4-213	ENST00000488520	ORAI2	Q96SN7	254 aa		13.06	□□□□□ -0.32
USP4-213	ENST00000488520	BRWD3	Q6RI45	1802 aa		13.06	□□□□□ -0.32
USP4-213	ENST00000488520	EP400	Q96L91	3159 aa		13.06	□□□□□ -0.32
USP4-213	ENST00000488520	COL22A1	Q8NFW1	1626 aa	Predicted RBP	13.05	□□□□□ -0.32
USP4-213	ENST00000488520	SRCAP	Q6ZRS2	3230 aa		13.03	□□□□□ -0.32
USP4-213	ENST00000488520	POTEJ	P0CG39	1038 aa		13.03	□□□□□ -0.32
USP4-213	ENST00000488520	USP21	Q9UK80	565 aa		13.03	□□□□□ -0.32
USP4-213	ENST00000488520	BCLAF1	Q9NYF8	920 aa	Known RBP eCLIP	13.02	□□□□□ -0.33
USP4-213	ENST00000488520	ROBO2	Q9HCK4	1378 aa		13.02	□□□□□ -0.33
USP4-213	ENST00000488520	MAMSTR	Q6ZN01	415 aa		13.01	□□□□□ -0.33
USP4-213	ENST00000488520	EFCAB3	Q8N7B9	438 aa		13.01	□□□□□ -0.33
USP4-213	ENST00000488520	BCL11B	Q9C0K0	894 aa	Predicted RBP	13.01	□□□□□ -0.33
USP4-213	ENST00000488520	SOS2	Q07890	1332 aa	Predicted RBP	13.01	□□□□□ -0.33
USP4-213	ENST00000488520	ATAD2	Q6PL18	1390 aa		13.01	□□□□□ -0.33
USP4-213	ENST00000488520	PTCH1	Q13635	1447 aa		13	□□□□□ -0.33
USP4-213	ENST00000488520	STK25	O00506	426 aa		13	□□□□□ -0.33
USP4-213	ENST00000488520	OTUD5	Q96G74	571 aa		13	□□□□□ -0.33
USP4-213	ENST00000488520	TRPC5	Q9UL62	973 aa	Predicted RBP	13	□□□□□ -0.33
USP4-213	ENST00000488520	PDCD7	Q8N8D1	485 aa	Known RBP	12.99	□□□□□ -0.33
USP4-213	ENST00000488520	STK24	Q9Y6E0	443 aa		12.99	□□□□□ -0.33
USP4-213	ENST00000488520	TNKS1BP1	Q9C0C2	1729 aa	Known RBP	12.99	□□□□□ -0.33
USP4-213	ENST00000488520	IFT172	Q9UG01	1749 aa		12.99	□□□□□ -0.33
USP4-213	ENST00000488520	XPC	Q01831	940 aa	Predicted RBP	12.98	□□□□□ -0.33
USP4-213	ENST00000488520	SCUBE2	Q9NQ36	999 aa		12.98	□□□□□ -0.33
USP4-213	ENST00000488520	ATRN	O75882	1429 aa		12.97	□□□□□ -0.33
USP4-213	ENST00000488520	NUTM2F	A1L443	756 aa		12.97	□□□□□ -0.33
USP4-213	ENST00000488520	ESCO1	Q5FWF5	840 aa		12.97	□□□□□ -0.33
USP4-213	ENST00000488520	NAIP	Q13075	1403 aa		12.96	□□□□□ -0.33
USP4-213	ENST00000488520	CDC42BPG	Q6DT37	1551 aa		12.96	□□□□□ -0.33
USP4-213	ENST00000488520	FNBP4	Q8N3X1	1017 aa	Predicted RBP	12.96	□□□□□ -0.33
USP4-213	ENST00000488520	FMN2	Q9NZ56	1722 aa		12.96	□□□□□ -0.34
USP4-213	ENST00000488520	HFM1	A2PYH4	1435 aa		12.96	□□□□□ -0.34
USP4-213	ENST00000488520	KNDC1	Q76NI1	1749 aa		12.95	□□□□□ -0.34
USP4-213	ENST00000488520	MYOM2	P54296	1465 aa		12.95	□□□□□ -0.34
USP4-213	ENST00000488520	PXDN	Q92626	1479 aa		12.95	□□□□□ -0.34
USP4-213	ENST00000488520	NPHP3	Q7Z494	1330 aa		12.94	□□□□□ -0.34
USP4-213	ENST00000488520	BCL9L	Q86UU0	1499 aa		12.94	□□□□□ -0.34
USP4-213	ENST00000488520	SOX12	O15370	315 aa		12.94	□□□□□ -0.34
USP4-213	ENST00000488520	FOXO3	O43524	673 aa		12.94	□□□□□ -0.34
USP4-213	ENST00000488520	STK26	Q9P289	416 aa		12.94	□□□□□ -0.34
USP4-213	ENST00000488520	PLCH1	Q4KWH8	1693 aa		12.93	□□□□□ -0.34
USP4-213	ENST00000488520	GLI3	P10071	1580 aa		12.93	□□□□□ -0.34
USP4-213	ENST00000488520	KIF1A	Q12756	1690 aa		12.93	□□□□□ -0.34
USP4-213	ENST00000488520	RPGRIP1L	Q68CZ1	1315 aa		12.92	□□□□□ -0.34
USP4-213	ENST00000488520	TRIM26	Q12899	539 aa	Predicted RBP	12.92	□□□□□ -0.34
USP4-213	ENST00000488520	WAPL	Q7Z5K2	1190 aa		12.92	□□□□□ -0.34
USP4-213	ENST00000488520	PRAG1	Q86YV5	1406 aa		12.92	□□□□□ -0.34
USP4-213	ENST00000488520	ABCA3	Q99758	1704 aa		12.92	□□□□□ -0.34
USP4-213	ENST00000488520	RRBP1	Q9P2E9	1410 aa	Known RBP	12.91	□□□□□ -0.34
USP4-213	ENST00000488520	L3MBTL3	Q96JM7	780 aa	Predicted RBP	12.91	□□□□□ -0.34
USP4-213	ENST00000488520	GJD4	Q96KN9	370 aa	Predicted RBP	12.91	□□□□□ -0.34
USP4-213	ENST00000488520	USP32	Q8NFA0	1604 aa		12.91	□□□□□ -0.34
USP4-213	ENST00000488520	ADGRF5	Q8IZF2	1346 aa		12.9	□□□□□ -0.34
USP4-213	ENST00000488520	RGL3	Q3MIN7	710 aa		12.9	□□□□□ -0.34
USP4-213	ENST00000488520	AMER1	Q5JTC6	1135 aa	Predicted RBP	12.9	□□□□□ -0.34
USP4-213	ENST00000488520	NWD2	Q9ULI1	1742 aa		12.89	□□□□□ -0.35
USP4-213	ENST00000488520	TMEM132E	Q6IEE7	984 aa		12.89	□□□□□ -0.35
USP4-213	ENST00000488520	DPY19L2	Q6NUT2	758 aa		12.88	□□□□□ -0.35
USP4-213	ENST00000488520	CCDC125	Q86Z20	511 aa		12.88	□□□□□ -0.35
USP4-213	ENST00000488520	PHF8	Q9UPP1	1060 aa		12.88	□□□□□ -0.35
USP4-213	ENST00000488520	LRPPRC	P42704	1394 aa	Known RBP	12.88	□□□□□ -0.35
USP4-213	ENST00000488520	PLEKHH1	Q9ULM0	1364 aa		12.88	□□□□□ -0.35
USP4-213	ENST00000488520	RALGAPB	Q86X10	1494 aa		12.88	□□□□□ -0.35
USP4-213	ENST00000488520	UNC5CL	Q8IV45	518 aa		12.87	□□□□□ -0.35
USP4-213	ENST00000488520	HS6ST3	Q8IZP7	471 aa		12.87	□□□□□ -0.35
USP4-213	ENST00000488520	SLIT2	O94813	1529 aa		12.86	□□□□□ -0.35
USP4-213	ENST00000488520	HAP1	P54257	671 aa	Predicted RBP	12.85	□□□□□ -0.35
USP4-213	ENST00000488520	NLRP6	P59044	892 aa		12.85	□□□□□ -0.35
USP4-213	ENST00000488520	KRT28	Q7Z3Y7	464 aa		12.85	□□□□□ -0.35
USP4-213	ENST00000488520	DEFB132	Q7Z7B7	95 aa		12.85	□□□□□ -0.35
USP4-213	ENST00000488520	CABLES1	Q8TDN4	633 aa		12.85	□□□□□ -0.35
USP4-213	ENST00000488520	SPATA31A3	Q5VYP0	1347 aa		12.85	□□□□□ -0.35
USP4-213	ENST00000488520	CCDC9	Q9Y3X0	531 aa	Known RBP	12.84	□□□□□ -0.35
USP4-213	ENST00000488520	CCDC144A	A2RUR9	1427 aa		12.84	□□□□□ -0.35
USP4-213	ENST00000488520	TECPR2	O15040	1411 aa		12.84	□□□□□ -0.35
USP4-213	ENST00000488520	BLM	P54132	1417 aa	Predicted RBP	12.84	□□□□□ -0.35
USP4-213	ENST00000488520	NRAP	Q86VF7	1730 aa		12.83	□□□□□ -0.36
USP4-213	ENST00000488520		G3V3G9	751 aa		12.83	□□□□□ -0.36

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