RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000431283.1

PTPN4-204, Transcript of protein tyrosine phosphatase, non-receptor type 4, human

TSL 3

Gene PTPN4, Length 630 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytoplasm, Nucleus .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
PTPN4-204	ENST00000431283	BAP1	Q92560	729 aa		11.36	□□□□□ -0.59
PTPN4-204	ENST00000431283	DDRGK1	Q96HY6	314 aa		11.36	□□□□□ -0.59
PTPN4-204	ENST00000431283	KDM4C	Q9H3R0	1056 aa		11.36	□□□□□ -0.59
PTPN4-204	ENST00000431283	QPCT	Q16769	361 aa		11.35	□□□□□ -0.59
PTPN4-204	ENST00000431283	GPBP1L1	Q9HC44	474 aa	Predicted RBP	11.34	□□□□□ -0.59
PTPN4-204	ENST00000431283	WASF2	Q9Y6W5	498 aa		11.34	□□□□□ -0.59
PTPN4-204	ENST00000431283	LILRB3	O75022	631 aa		11.33	□□□□□ -0.6
PTPN4-204	ENST00000431283	ZNF511	Q8NB15	262 aa		11.33	□□□□□ -0.6
PTPN4-204	ENST00000431283	SMCP	P49901	116 aa	Predicted RBP	11.32	□□□□□ -0.6
PTPN4-204	ENST00000431283	MAP10	Q9P2G4	905 aa		11.31	□□□□□ -0.6
PTPN4-204	ENST00000431283	PLEKHG3	A1L390	1219 aa		11.3	□□□□□ -0.6
PTPN4-204	ENST00000431283	VARS	P26640	1264 aa	Known RBP	11.3	□□□□□ -0.6
PTPN4-204	ENST00000431283	AGER	Q15109	404 aa		11.3	□□□□□ -0.6
PTPN4-204	ENST00000431283	ARMC2	Q8NEN0	867 aa		11.29	□□□□□ -0.6
PTPN4-204	ENST00000431283	HPS1	Q92902	700 aa		11.29	□□□□□ -0.6
PTPN4-204	ENST00000431283	PER1	O15534	1290 aa	Predicted RBP	11.28	□□□□□ -0.6
PTPN4-204	ENST00000431283	SKIV2L	Q15477	1246 aa	Known RBP	11.28	□□□□□ -0.6
PTPN4-204	ENST00000431283	SH3D19	Q5HYK7	790 aa		11.28	□□□□□ -0.6
PTPN4-204	ENST00000431283	RTL5	Q5HYW3	569 aa	Predicted RBP	11.28	□□□□□ -0.6
PTPN4-204	ENST00000431283	FAM117A	Q9C073	453 aa		11.28	□□□□□ -0.6
PTPN4-204	ENST00000431283	SIAH2	O43255	324 aa		11.27	□□□□□ -0.61
PTPN4-204	ENST00000431283	F12	P00748	615 aa	Predicted RBP	11.27	□□□□□ -0.61
PTPN4-204	ENST00000431283	FAM174A	Q8TBP5	190 aa		11.27	□□□□□ -0.61
PTPN4-204	ENST00000431283	POTEC	B2RU33	542 aa		11.26	□□□□□ -0.61
PTPN4-204	ENST00000431283	C11orf95	C9JLR9	678 aa	Predicted RBP	11.26	□□□□□ -0.61
PTPN4-204	ENST00000431283	DACH1	Q9UI36	760 aa		11.26	□□□□□ -0.61
PTPN4-204	ENST00000431283	NBPF14	Q5TI25	921 aa		11.24	□□□□□ -0.61
PTPN4-204	ENST00000431283	BPHL	Q86WA6	291 aa	Predicted RBP	11.24	□□□□□ -0.61
PTPN4-204	ENST00000431283	TLL2	Q9Y6L7	1015 aa		11.24	□□□□□ -0.61
PTPN4-204	ENST00000431283	ATP13A2	Q9NQ11	1180 aa		11.23	□□□□□ -0.61
PTPN4-204	ENST00000431283	GMPR2	Q9P2T1	348 aa	Known RBP	11.23	□□□□□ -0.61
PTPN4-204	ENST00000431283	ARID5B	Q14865	1188 aa		11.22	□□□□□ -0.61
PTPN4-204	ENST00000431283	FOXJ1	Q92949	421 aa		11.22	□□□□□ -0.61
PTPN4-204	ENST00000431283	ZNF775	Q96BV0	537 aa	Predicted RBP	11.22	□□□□□ -0.61
PTPN4-204	ENST00000431283	SENP2	Q9HC62	589 aa		11.22	□□□□□ -0.61
PTPN4-204	ENST00000431283	NEUROD2	Q15784	382 aa		11.21	□□□□□ -0.61
PTPN4-204	ENST00000431283	CAPN5	O15484	640 aa	Predicted RBP	11.2	□□□□□ -0.62
PTPN4-204	ENST00000431283	PROCA1	Q8NCQ7	364 aa	Predicted RBP	11.2	□□□□□ -0.62
PTPN4-204	ENST00000431283	CTDSPL2	Q05D32	466 aa		11.19	□□□□□ -0.62
PTPN4-204	ENST00000431283	MPND	Q8N594	471 aa		11.19	□□□□□ -0.62
PTPN4-204	ENST00000431283	NNT	Q13423	1086 aa		11.18	□□□□□ -0.62
PTPN4-204	ENST00000431283	KIFC2	Q96AC6	838 aa		11.18	□□□□□ -0.62
PTPN4-204	ENST00000431283	AP1G2	O75843	785 aa		11.17	□□□□□ -0.62
PTPN4-204	ENST00000431283	ADH1C	P00326	375 aa		11.16	□□□□□ -0.62
PTPN4-204	ENST00000431283	GPKOW	Q92917	476 aa	Predicted RBP eCLIP	11.16	□□□□□ -0.62
PTPN4-204	ENST00000431283	GNL3	Q9BVP2	549 aa	Known RBP eCLIP	11.16	□□□□□ -0.62
PTPN4-204	ENST00000431283	MAGEB6P1	A0A0J9YX57	407 aa		11.15	□□□□□ -0.62
PTPN4-204	ENST00000431283	PNMA1	Q8ND90	353 aa		11.15	□□□□□ -0.62
PTPN4-204	ENST00000431283	PCMTD1	Q96MG8	357 aa	Predicted RBP	11.15	□□□□□ -0.62
PTPN4-204	ENST00000431283	PPP2R2D	Q66LE6	453 aa		11.14	□□□□□ -0.63
PTPN4-204	ENST00000431283	TRIM47	Q96LD4	638 aa		11.14	□□□□□ -0.63
PTPN4-204	ENST00000431283	LRRN4	Q8WUT4	740 aa		11.13	□□□□□ -0.63
PTPN4-204	ENST00000431283	CDK15	Q96Q40	435 aa		11.13	□□□□□ -0.63
PTPN4-204	ENST00000431283	CARD14	Q9BXL6	1004 aa		11.13	□□□□□ -0.63
PTPN4-204	ENST00000431283	WDR4	P57081	412 aa	Known RBP	11.12	□□□□□ -0.63
PTPN4-204	ENST00000431283	NR5A1	Q13285	461 aa		11.12	□□□□□ -0.63
PTPN4-204	ENST00000431283	C4orf48	Q5BLP8	95 aa		11.11	□□□□□ -0.63
PTPN4-204	ENST00000431283	IL27	Q8NEV9	243 aa		11.11	□□□□□ -0.63
PTPN4-204	ENST00000431283	FKBPL	Q9UIM3	349 aa		11.11	□□□□□ -0.63
PTPN4-204	ENST00000431283	BMP1	P13497	986 aa		11.1	□□□□□ -0.63
PTPN4-204	ENST00000431283	TPRN	Q4KMQ1	711 aa		11.1	□□□□□ -0.63
PTPN4-204	ENST00000431283	VASH1	Q7L8A9	365 aa	Predicted RBP	11.1	□□□□□ -0.63
PTPN4-204	ENST00000431283	SH3BP5L	Q7L8J4	393 aa		11.1	□□□□□ -0.63
PTPN4-204	ENST00000431283	GOPC	Q9HD26	462 aa		11.1	□□□□□ -0.63
PTPN4-204	ENST00000431283	SNRPB	P14678	240 aa	Known RBP	11.09	□□□□□ -0.63
PTPN4-204	ENST00000431283	SCARF1	Q14162	830 aa		11.09	□□□□□ -0.63
PTPN4-204	ENST00000431283	NR6A1	Q15406	480 aa		11.09	□□□□□ -0.63
PTPN4-204	ENST00000431283	SH3RF1	Q7Z6J0	888 aa		11.09	□□□□□ -0.63
PTPN4-204	ENST00000431283	ARHGAP9	Q9BRR9	750 aa		11.09	□□□□□ -0.63
PTPN4-204	ENST00000431283	PDXDC2P	Q6P474	469 aa		11.08	□□□□□ -0.64
PTPN4-204	ENST00000431283	ZC3H4	Q9UPT8	1303 aa	Known RBP	11.08	□□□□□ -0.64
PTPN4-204	ENST00000431283	FSHR	P23945	695 aa		11.07	□□□□□ -0.64
PTPN4-204	ENST00000431283	RFC5	P40937	340 aa		11.07	□□□□□ -0.64
PTPN4-204	ENST00000431283	ZBTB33	Q86T24	672 aa		11.07	□□□□□ -0.64
PTPN4-204	ENST00000431283	C1QTNF2	Q9BXJ5	285 aa		11.07	□□□□□ -0.64
PTPN4-204	ENST00000431283	ZIC2	O95409	532 aa	Predicted RBP	11.06	□□□□□ -0.64
PTPN4-204	ENST00000431283	USP17L8	P0C7I0	530 aa		11.06	□□□□□ -0.64
PTPN4-204	ENST00000431283	TIMP2	P16035	220 aa		11.06	□□□□□ -0.64
PTPN4-204	ENST00000431283	PTK2	Q05397	1052 aa		11.06	□□□□□ -0.64
PTPN4-204	ENST00000431283	FBXO31	Q5XUX0	539 aa	Predicted RBP	11.06	□□□□□ -0.64
PTPN4-204	ENST00000431283	TRMT44	Q8IYL2	757 aa	Known RBP	11.06	□□□□□ -0.64
PTPN4-204	ENST00000431283	MAP4K5	Q9Y4K4	846 aa		11.06	□□□□□ -0.64
PTPN4-204	ENST00000431283	UPP2	O95045	317 aa		11.05	□□□□□ -0.64
PTPN4-204	ENST00000431283	TMEM259	Q4ZIN3	620 aa		11.05	□□□□□ -0.64
PTPN4-204	ENST00000431283	TREML4	Q6UXN2	200 aa		11.05	□□□□□ -0.64
PTPN4-204	ENST00000431283	TRIM46	Q7Z4K8	759 aa		11.05	□□□□□ -0.64
PTPN4-204	ENST00000431283	SLC10A4	Q96EP9	437 aa		11.05	□□□□□ -0.64
PTPN4-204	ENST00000431283	GRM5	P41594	1212 aa		11.04	□□□□□ -0.64
PTPN4-204	ENST00000431283	BRPF1	P55201	1214 aa	Predicted RBP	11.04	□□□□□ -0.64
PTPN4-204	ENST00000431283	MRPL14	Q6P1L8	145 aa	Known RBP	11.04	□□□□□ -0.64
PTPN4-204	ENST00000431283	WFS1	O76024	890 aa		11.03	□□□□□ -0.64
PTPN4-204	ENST00000431283	ERFE	Q4G0M1	354 aa		11.03	□□□□□ -0.64
PTPN4-204	ENST00000431283	CDV3	Q9UKY7	258 aa	Known RBP	11.03	□□□□□ -0.64
PTPN4-204	ENST00000431283	NR3C2	P08235	984 aa		11.02	□□□□□ -0.65
PTPN4-204	ENST00000431283	ITPKC	Q96DU7	683 aa		11.02	□□□□□ -0.65
PTPN4-204	ENST00000431283	ZFP42	Q96MM3	310 aa		11.02	□□□□□ -0.65
PTPN4-204	ENST00000431283	CCDC116	Q8IYX3	515 aa		11.01	□□□□□ -0.65
PTPN4-204	ENST00000431283	PURB	Q96QR8	312 aa	Known RBP	11.01	□□□□□ -0.65
PTPN4-204	ENST00000431283	ZFAND3	Q9H8U3	227 aa		11.01	□□□□□ -0.65
PTPN4-204	ENST00000431283	GPSM3	Q9Y4H4	160 aa		11.01	□□□□□ -0.65

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