RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000621870.4

GGA3-223, Transcript of golgi associated, gamma adaptin ear containing, ARF binding protein 3, human

TSL 1 (best)

Gene GGA3, Length 4,034 nt, Biotype nonsense mediated decay, Subcellular localisation Cytosol .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
GGA3-223	ENST00000621870	LNX1	Q8TBB1	728 aa	Predicted RBP	9.45	□□□□□ -0.9
GGA3-223	ENST00000621870	RUBCN	Q92622	972 aa		9.45	□□□□□ -0.9
GGA3-223	ENST00000621870	SEMA3C	Q99985	751 aa		9.45	□□□□□ -0.9
GGA3-223	ENST00000621870	FAM167B	Q9BTA0	163 aa		9.45	□□□□□ -0.9
GGA3-223	ENST00000621870	TRIM15	Q9C019	465 aa		9.45	□□□□□ -0.9
GGA3-223	ENST00000621870	WHRN	Q9P202	907 aa		9.45	□□□□□ -0.9
GGA3-223	ENST00000621870	CACNG4	Q9UBN1	327 aa		9.45	□□□□□ -0.9
GGA3-223	ENST00000621870	GABRQ	Q9UN88	632 aa		9.45	□□□□□ -0.9
GGA3-223	ENST00000621870	NAALADL1	Q9UQQ1	740 aa		9.45	□□□□□ -0.9
GGA3-223	ENST00000621870	ITM2B	Q9Y287	266 aa		9.45	□□□□□ -0.9
GGA3-223	ENST00000621870	USH1C	Q9Y6N9	552 aa		9.45	□□□□□ -0.9
GGA3-223	ENST00000621870	ANKRD26	Q9UPS8	1709 aa		9.45	□□□□□ -0.9
GGA3-223	ENST00000621870	ARVCF	O00192	962 aa		9.45	□□□□□ -0.9
GGA3-223	ENST00000621870	AIM2	O14862	343 aa		9.45	□□□□□ -0.9
GGA3-223	ENST00000621870	CCL16	O15467	120 aa		9.45	□□□□□ -0.9
GGA3-223	ENST00000621870	CAND2	O75155	1236 aa		9.45	□□□□□ -0.9
GGA3-223	ENST00000621870	ZNF7	P17097	686 aa	Predicted RBP	9.45	□□□□□ -0.9
GGA3-223	ENST00000621870	PAX3	P23760	479 aa		9.45	□□□□□ -0.9
GGA3-223	ENST00000621870	CCND3	P30281	292 aa	Predicted RBP	9.45	□□□□□ -0.9
GGA3-223	ENST00000621870	HAL	P42357	657 aa		9.45	□□□□□ -0.9
GGA3-223	ENST00000621870	ABCG1	P45844	678 aa		9.45	□□□□□ -0.9
GGA3-223	ENST00000621870	SETMAR	Q53H47	684 aa	Predicted RBP	9.45	□□□□□ -0.9
GGA3-223	ENST00000621870	VSTM1	Q6UX27	236 aa		9.45	□□□□□ -0.9
GGA3-223	ENST00000621870	PRR23C	Q6ZRP0	262 aa		9.45	□□□□□ -0.9
GGA3-223	ENST00000621870	SLC26A11	Q86WA9	606 aa		9.45	□□□□□ -0.9
GGA3-223	ENST00000621870	IRF2BP1	Q8IU81	584 aa		9.45	□□□□□ -0.9
GGA3-223	ENST00000621870	TAGAP	Q8N103	731 aa		9.45	□□□□□ -0.9
GGA3-223	ENST00000621870	ZNF557	Q8N988	423 aa	Predicted RBP	9.45	□□□□□ -0.9
GGA3-223	ENST00000621870	USP6NL	Q92738	828 aa		9.45	□□□□□ -0.9
GGA3-223	ENST00000621870	PHF21B	Q96EK2	531 aa		9.45	□□□□□ -0.9
GGA3-223	ENST00000621870	MCRS1	Q96EZ8	462 aa		9.45	□□□□□ -0.9
GGA3-223	ENST00000621870	ZYG11B	Q9C0D3	744 aa		9.45	□□□□□ -0.9
GGA3-223	ENST00000621870	KNTC1	P50748	2209 aa		9.45	□□□□□ -0.9
GGA3-223	ENST00000621870	MYBPHL	A2RUH7	354 aa		9.45	□□□□□ -0.9
GGA3-223	ENST00000621870	WAS	P42768	502 aa		9.45	□□□□□ -0.9
GGA3-223	ENST00000621870	CD151	P48509	253 aa		9.45	□□□□□ -0.9
GGA3-223	ENST00000621870	MBTD1	Q05BQ5	628 aa		9.45	□□□□□ -0.9
GGA3-223	ENST00000621870	PTPN20	Q4JDL3	420 aa		9.45	□□□□□ -0.9
GGA3-223	ENST00000621870	KIRREL3	Q8IZU9	778 aa		9.45	□□□□□ -0.9
GGA3-223	ENST00000621870	VPS37A	Q8NEZ2	397 aa		9.45	□□□□□ -0.9
GGA3-223	ENST00000621870	FLCN	Q8NFG4	579 aa		9.45	□□□□□ -0.9
GGA3-223	ENST00000621870	JOSD2	Q8TAC2	188 aa		9.45	□□□□□ -0.9
GGA3-223	ENST00000621870	ING5	Q8WYH8	240 aa		9.45	□□□□□ -0.9
GGA3-223	ENST00000621870	BAP1	Q92560	729 aa		9.45	□□□□□ -0.9
GGA3-223	ENST00000621870	CPXM1	Q96SM3	734 aa		9.45	□□□□□ -0.9
GGA3-223	ENST00000621870	ZCCHC2	Q9C0B9	1178 aa	Known RBP	9.45	□□□□□ -0.9
GGA3-223	ENST00000621870	RIC8B	Q9NVN3	520 aa		9.45	□□□□□ -0.9
GGA3-223	ENST00000621870	AURKC	Q9UQB9	309 aa		9.45	□□□□□ -0.9
GGA3-223	ENST00000621870	IGF2BP3	O00425	579 aa	Known RBP eCLIP	9.44	□□□□□ -0.9
GGA3-223	ENST00000621870	H2AFY	O75367	372 aa	Known RBP	9.44	□□□□□ -0.9
GGA3-223	ENST00000621870	DGKI	O75912	1065 aa		9.44	□□□□□ -0.9
GGA3-223	ENST00000621870	LUC7L3	O95232	432 aa	Known RBP	9.44	□□□□□ -0.9
GGA3-223	ENST00000621870	ALOX15	P16050	662 aa	Predicted RBP	9.44	□□□□□ -0.9
GGA3-223	ENST00000621870	CDC25C	P30307	473 aa		9.44	□□□□□ -0.9
GGA3-223	ENST00000621870	SOAT1	P35610	550 aa		9.44	□□□□□ -0.9
GGA3-223	ENST00000621870	MAP2K2	P36507	400 aa		9.44	□□□□□ -0.9
GGA3-223	ENST00000621870	MARCKSL1	P49006	195 aa		9.44	□□□□□ -0.9
GGA3-223	ENST00000621870	SNRPD1	P62314	119 aa	Known RBP	9.44	□□□□□ -0.9
GGA3-223	ENST00000621870	TBX2	Q13207	712 aa	Predicted RBP	9.44	□□□□□ -0.9
GGA3-223	ENST00000621870	VARS2	Q5ST30	1063 aa	Known RBP	9.44	□□□□□ -0.9
GGA3-223	ENST00000621870	LRIG3	Q6UXM1	1119 aa		9.44	□□□□□ -0.9
GGA3-223	ENST00000621870	TMC5	Q6UXY8	1006 aa		9.44	□□□□□ -0.9
GGA3-223	ENST00000621870	SLC44A2	Q8IWA5	706 aa	Predicted RBP	9.44	□□□□□ -0.9
GGA3-223	ENST00000621870	RIBC1	Q8N443	379 aa	Predicted RBP	9.44	□□□□□ -0.9
GGA3-223	ENST00000621870	OR6K2	Q8NGY2	324 aa		9.44	□□□□□ -0.9
GGA3-223	ENST00000621870	ZNF296	Q8WUU4	475 aa	Predicted RBP	9.44	□□□□□ -0.9
GGA3-223	ENST00000621870	APBB2	Q92870	758 aa		9.44	□□□□□ -0.9
GGA3-223	ENST00000621870	OTULIN	Q96BN8	352 aa		9.44	□□□□□ -0.9
GGA3-223	ENST00000621870	L2HGDH	Q9H9P8	463 aa		9.44	□□□□□ -0.9
GGA3-223	ENST00000621870	WDR41	Q9HAD4	459 aa		9.44	□□□□□ -0.9
GGA3-223	ENST00000621870	CFAP97	Q9P2B7	532 aa		9.44	□□□□□ -0.9
GGA3-223	ENST00000621870	DNAJC16	Q9Y2G8	782 aa		9.44	□□□□□ -0.9
GGA3-223	ENST00000621870	CRYL1	Q9Y2S2	319 aa		9.44	□□□□□ -0.9
GGA3-223	ENST00000621870	XRN1	Q8IZH2	1706 aa	Known RBP	9.44	□□□□□ -0.9
GGA3-223	ENST00000621870	ZNF536	O15090	1300 aa		9.44	□□□□□ -0.9
GGA3-223	ENST00000621870	WDR27	A2RRH5	827 aa		9.44	□□□□□ -0.9
GGA3-223	ENST00000621870	XPO1	O14980	1071 aa	Known RBP	9.44	□□□□□ -0.9
GGA3-223	ENST00000621870	ATP5H	O75947	161 aa		9.44	□□□□□ -0.9
GGA3-223	ENST00000621870	CTSE	P14091	401 aa		9.44	□□□□□ -0.9
GGA3-223	ENST00000621870	GRK3	P35626	688 aa		9.44	□□□□□ -0.9
GGA3-223	ENST00000621870	CD86	P42081	329 aa		9.44	□□□□□ -0.9
GGA3-223	ENST00000621870	CRADD	P78560	199 aa		9.44	□□□□□ -0.9
GGA3-223	ENST00000621870	PRSS55	Q6UWB4	352 aa	Predicted RBP	9.44	□□□□□ -0.9
GGA3-223	ENST00000621870	DACT3	Q96B18	629 aa	Predicted RBP	9.44	□□□□□ -0.9
GGA3-223	ENST00000621870	VAT1	Q99536	393 aa		9.44	□□□□□ -0.9
GGA3-223	ENST00000621870	ILKAP	Q9H0C8	392 aa	Predicted RBP	9.44	□□□□□ -0.9
GGA3-223	ENST00000621870	APOBEC3C	Q9NRW3	190 aa	Known RBP eCLIP	9.44	□□□□□ -0.9
GGA3-223	ENST00000621870	TMEM51	Q9NW97	253 aa		9.44	□□□□□ -0.9
GGA3-223	ENST00000621870	GMIP	Q9P107	970 aa		9.44	□□□□□ -0.9
GGA3-223	ENST00000621870	L1RE1	Q9UN81	338 aa		9.44	□□□□□ -0.9
GGA3-223	ENST00000621870	ARL2BP	Q9Y2Y0	163 aa		9.44	□□□□□ -0.9
GGA3-223	ENST00000621870	APC2	O95996	2303 aa		9.44	□□□□□ -0.9
GGA3-223	ENST00000621870	GLRA3	O75311	464 aa		9.44	□□□□□ -0.9
GGA3-223	ENST00000621870	GNRH1	P01148	92 aa		9.44	□□□□□ -0.9
GGA3-223	ENST00000621870	H2AFX	P16104	143 aa	Predicted RBP	9.44	□□□□□ -0.9
GGA3-223	ENST00000621870	TCN1	P20061	433 aa	Predicted RBP	9.44	□□□□□ -0.9
GGA3-223	ENST00000621870	PSMB4	P28070	264 aa		9.44	□□□□□ -0.9
GGA3-223	ENST00000621870	FLT3	P36888	993 aa		9.44	□□□□□ -0.9
GGA3-223	ENST00000621870	MARS	P56192	900 aa	Known RBP	9.44	□□□□□ -0.9
GGA3-223	ENST00000621870	HSPA14	Q0VDF9	509 aa		9.44	□□□□□ -0.9

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