RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000489247.1

ATG4A-208, Transcript of autophagy related 4A cysteine peptidase, human

TSL 2

Gene ATG4A, Length 623 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Cytosol, Ribosome .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
ATG4A-208	ENST00000489247	CENPI	Q92674	756 aa	Predicted RBP	5.79	□□□□□ -1.48
ATG4A-208	ENST00000489247	FAF2	Q96CS3	445 aa		5.79	□□□□□ -1.48
ATG4A-208	ENST00000489247	TNIP3	Q96KP6	325 aa		5.79	□□□□□ -1.48
ATG4A-208	ENST00000489247	CAPNS2	Q96L46	248 aa		5.79	□□□□□ -1.48
ATG4A-208	ENST00000489247	ZIM3	Q96PE6	472 aa		5.79	□□□□□ -1.48
ATG4A-208	ENST00000489247	SLC9A7	Q96T83	725 aa		5.79	□□□□□ -1.48
ATG4A-208	ENST00000489247	HNRNPAB	Q99729	332 aa	Known RBP	5.79	□□□□□ -1.48
ATG4A-208	ENST00000489247	TRIM51	Q9BSJ1	452 aa		5.79	□□□□□ -1.48
ATG4A-208	ENST00000489247	EPB41L4B	Q9H329	900 aa		5.79	□□□□□ -1.48
ATG4A-208	ENST00000489247	PRDM16	Q9HAZ2	1276 aa		5.79	□□□□□ -1.48
ATG4A-208	ENST00000489247	UBN1	Q9NPG3	1134 aa		5.79	□□□□□ -1.48
ATG4A-208	ENST00000489247	CHST7	Q9NS84	486 aa		5.79	□□□□□ -1.48
ATG4A-208	ENST00000489247	ASNSD1	Q9NWL6	643 aa		5.79	□□□□□ -1.48
ATG4A-208	ENST00000489247	RNF186	Q9NXI6	227 aa		5.79	□□□□□ -1.48
ATG4A-208	ENST00000489247	HESX1	Q9UBX0	185 aa		5.79	□□□□□ -1.48
ATG4A-208	ENST00000489247	DDX20	Q9UHI6	824 aa	Known RBP	5.79	□□□□□ -1.48
ATG4A-208	ENST00000489247	SNX9	Q9Y5X1	595 aa		5.79	□□□□□ -1.48
ATG4A-208	ENST00000489247		A0A1W2PQH9	124 aa		5.78	□□□□□ -1.48
ATG4A-208	ENST00000489247	CCDC85C	A6NKD9	419 aa		5.78	□□□□□ -1.48
ATG4A-208	ENST00000489247	SRRM3	A6NNA2	597 aa	Predicted RBP	5.78	□□□□□ -1.48
ATG4A-208	ENST00000489247	PRR33	A8MZF0	331 aa		5.78	□□□□□ -1.48
ATG4A-208	ENST00000489247	HMGB1P1	B2RPK0	211 aa	Predicted RBP	5.78	□□□□□ -1.48
ATG4A-208	ENST00000489247		E5RJQ4	531 aa		5.78	□□□□□ -1.48
ATG4A-208	ENST00000489247	XPO1	O14980	1071 aa	Known RBP	5.78	□□□□□ -1.48
ATG4A-208	ENST00000489247	PAPSS1	O43252	624 aa	Predicted RBP	5.78	□□□□□ -1.48
ATG4A-208	ENST00000489247	HUS1	O60921	280 aa		5.78	□□□□□ -1.48
ATG4A-208	ENST00000489247	TCEA3	O75764	348 aa		5.78	□□□□□ -1.48
ATG4A-208	ENST00000489247	TRUB2	O95900	331 aa	Known RBP	5.78	□□□□□ -1.48
ATG4A-208	ENST00000489247	KRT1	P04264	644 aa		5.78	□□□□□ -1.48
ATG4A-208	ENST00000489247	ITGAV	P06756	1048 aa		5.78	□□□□□ -1.48
ATG4A-208	ENST00000489247	COL6A1	P12109	1028 aa		5.78	□□□□□ -1.48
ATG4A-208	ENST00000489247	TCF4	P15884	667 aa		5.78	□□□□□ -1.48
ATG4A-208	ENST00000489247	GPD1	P21695	349 aa		5.78	□□□□□ -1.48
ATG4A-208	ENST00000489247	KDELR1	P24390	212 aa		5.78	□□□□□ -1.48
ATG4A-208	ENST00000489247	AKAP5	P24588	427 aa		5.78	□□□□□ -1.48
ATG4A-208	ENST00000489247	PSMA2	P25787	234 aa		5.78	□□□□□ -1.48
ATG4A-208	ENST00000489247	IL1R2	P27930	398 aa		5.78	□□□□□ -1.48
ATG4A-208	ENST00000489247	CCND3	P30281	292 aa	Predicted RBP	5.78	□□□□□ -1.48
ATG4A-208	ENST00000489247	MIP	P30301	263 aa		5.78	□□□□□ -1.48
ATG4A-208	ENST00000489247	GNL1	P36915	607 aa	Predicted RBP	5.78	□□□□□ -1.48
ATG4A-208	ENST00000489247	LHX1	P48742	406 aa		5.78	□□□□□ -1.48
ATG4A-208	ENST00000489247	VCP	P55072	806 aa	Known RBP	5.78	□□□□□ -1.48
ATG4A-208	ENST00000489247	FAM189B	P81408	668 aa		5.78	□□□□□ -1.48
ATG4A-208	ENST00000489247	SLC6A3	Q01959	620 aa		5.78	□□□□□ -1.48
ATG4A-208	ENST00000489247	HLTF	Q14527	1009 aa	Known RBP eCLIP	5.78	□□□□□ -1.48
ATG4A-208	ENST00000489247	LPIN1	Q14693	890 aa		5.78	□□□□□ -1.48
ATG4A-208	ENST00000489247	PDK2	Q15119	407 aa		5.78	□□□□□ -1.48
ATG4A-208	ENST00000489247	KCNA10	Q16322	511 aa		5.78	□□□□□ -1.48
ATG4A-208	ENST00000489247	CCDC14	Q49A88	953 aa		5.78	□□□□□ -1.48
ATG4A-208	ENST00000489247	BOLA3	Q53S33	107 aa		5.78	□□□□□ -1.48
ATG4A-208	ENST00000489247	TNFAIP8L3	Q5GJ75	292 aa		5.78	□□□□□ -1.48
ATG4A-208	ENST00000489247	GLRA4	Q5JXX5	417 aa		5.78	□□□□□ -1.48
ATG4A-208	ENST00000489247	AGBL2	Q5U5Z8	902 aa		5.78	□□□□□ -1.48
ATG4A-208	ENST00000489247	SLC6A19	Q695T7	634 aa		5.78	□□□□□ -1.48
ATG4A-208	ENST00000489247	TXNRD3NB	Q6F5E7	133 aa		5.78	□□□□□ -1.48
ATG4A-208	ENST00000489247	TWF2	Q6IBS0	349 aa	Known RBP	5.78	□□□□□ -1.48
ATG4A-208	ENST00000489247	TRNP1	Q6NT89	227 aa		5.78	□□□□□ -1.48
ATG4A-208	ENST00000489247	PMF1	Q6P1K2	205 aa		5.78	□□□□□ -1.48
ATG4A-208	ENST00000489247	CEP128	Q6ZU80	1094 aa		5.78	□□□□□ -1.48
ATG4A-208	ENST00000489247	FAM183BP	Q6ZVS7	135 aa		5.78	□□□□□ -1.48
ATG4A-208	ENST00000489247	TRMT10C	Q7L0Y3	403 aa	Known RBP	5.78	□□□□□ -1.48
ATG4A-208	ENST00000489247	RNF180	Q86T96	592 aa		5.78	□□□□□ -1.48
ATG4A-208	ENST00000489247	ACOT1	Q86TX2	421 aa		5.78	□□□□□ -1.48
ATG4A-208	ENST00000489247	OSTM1	Q86WC4	334 aa		5.78	□□□□□ -1.48
ATG4A-208	ENST00000489247	DDX42	Q86XP3	938 aa	Known RBP eCLIP	5.78	□□□□□ -1.48
ATG4A-208	ENST00000489247	PSTK	Q8IV42	348 aa	Known RBP	5.78	□□□□□ -1.48
ATG4A-208	ENST00000489247	CCDC105	Q8IYK2	499 aa		5.78	□□□□□ -1.48
ATG4A-208	ENST00000489247	ADGRF2	Q8IZF7	708 aa		5.78	□□□□□ -1.48
ATG4A-208	ENST00000489247	ALLC	Q8N6M5	410 aa		5.78	□□□□□ -1.48
ATG4A-208	ENST00000489247	CCDC89	Q8N998	374 aa		5.78	□□□□□ -1.48
ATG4A-208	ENST00000489247	C12orf29	Q8N999	325 aa		5.78	□□□□□ -1.48
ATG4A-208	ENST00000489247	MFSD2A	Q8NA29	543 aa		5.78	□□□□□ -1.48
ATG4A-208	ENST00000489247	B3GALNT2	Q8NCR0	500 aa		5.78	□□□□□ -1.48
ATG4A-208	ENST00000489247	APPL2	Q8NEU8	664 aa		5.78	□□□□□ -1.48
ATG4A-208	ENST00000489247	FBXO25	Q8TCJ0	367 aa		5.78	□□□□□ -1.48
ATG4A-208	ENST00000489247	RAPGEF5	Q92565	580 aa		5.78	□□□□□ -1.48
ATG4A-208	ENST00000489247	NT5C3B	Q969T7	300 aa		5.78	□□□□□ -1.48
ATG4A-208	ENST00000489247	SNF8	Q96H20	258 aa		5.78	□□□□□ -1.48
ATG4A-208	ENST00000489247	UROC1	Q96N76	676 aa		5.78	□□□□□ -1.48
ATG4A-208	ENST00000489247	TM9SF2	Q99805	663 aa		5.78	□□□□□ -1.48
ATG4A-208	ENST00000489247	DDX23	Q9BUQ8	820 aa	Known RBP	5.78	□□□□□ -1.48
ATG4A-208	ENST00000489247	PABPC3	Q9H361	631 aa	Known RBP	5.78	□□□□□ -1.48
ATG4A-208	ENST00000489247	AGO3	Q9H9G7	860 aa	Known RBP	5.78	□□□□□ -1.48
ATG4A-208	ENST00000489247	RSAD1	Q9HA92	442 aa		5.78	□□□□□ -1.48
ATG4A-208	ENST00000489247	TMBIM4	Q9HC24	238 aa		5.78	□□□□□ -1.48
ATG4A-208	ENST00000489247	SAGE1	Q9NXZ1	904 aa		5.78	□□□□□ -1.48
ATG4A-208	ENST00000489247	ZKSCAN7	Q9P0L1	754 aa	Predicted RBP	5.78	□□□□□ -1.48
ATG4A-208	ENST00000489247	MTRF1L	Q9UGC7	380 aa	Known RBP	5.78	□□□□□ -1.48
ATG4A-208	ENST00000489247	ADAM21	Q9UKJ8	722 aa		5.78	□□□□□ -1.48
ATG4A-208	ENST00000489247	PADI3	Q9ULW8	664 aa		5.78	□□□□□ -1.48
ATG4A-208	ENST00000489247	GINS2	Q9Y248	185 aa		5.78	□□□□□ -1.48
ATG4A-208	ENST00000489247	R3HDM2	Q9Y2K5	976 aa	Known RBP	5.78	□□□□□ -1.48
ATG4A-208	ENST00000489247	FAN1	Q9Y2M0	1017 aa		5.78	□□□□□ -1.48
ATG4A-208	ENST00000489247	SNX24	Q9Y343	169 aa		5.78	□□□□□ -1.48
ATG4A-208	ENST00000489247	PTCH2	Q9Y6C5	1203 aa		5.78	□□□□□ -1.48
ATG4A-208	ENST00000489247	COL4A4	P53420	1690 aa	Predicted RBP	5.78	□□□□□ -1.48
ATG4A-208	ENST00000489247	ARHGEF37	A1IGU5	675 aa		5.77	□□□□□ -1.49
ATG4A-208	ENST00000489247	ARL5C	A6NH57	179 aa		5.77	□□□□□ -1.49
ATG4A-208	ENST00000489247		A8MXQ7	604 aa		5.77	□□□□□ -1.49
ATG4A-208	ENST00000489247		B2RBV5	119 aa		5.77	□□□□□ -1.49

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