RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000470268.1

SF3B1-208, Transcript of splicing factor 3b subunit 1, human

TSL 2

Gene SF3B1, Length 2,003 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Nucleus .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
SF3B1-208	ENST00000470268	NDUFV1	P49821	464 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SF3B1-208	ENST00000470268	BCAT1	P54687	386 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SF3B1-208	ENST00000470268	GALC	P54803	685 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SF3B1-208	ENST00000470268	BST2	Q10589	180 aa	Known RBP	4.96	□□□□□ -1.62
SF3B1-208	ENST00000470268	SMC1A	Q14683	1233 aa	Known RBP	4.96	□□□□□ -1.62
SF3B1-208	ENST00000470268	TAF5	Q15542	800 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SF3B1-208	ENST00000470268	MAPRE1	Q15691	268 aa	Known RBP	4.96	□□□□□ -1.62
SF3B1-208	ENST00000470268	NFE2	Q16621	373 aa	Predicted RBP	4.96	□□□□□ -1.62
SF3B1-208	ENST00000470268	CYP4A22	Q5TCH4	519 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SF3B1-208	ENST00000470268	ACAD10	Q6JQN1	1059 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SF3B1-208	ENST00000470268	SEZ6L2	Q6UXD5	910 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SF3B1-208	ENST00000470268	SYT10	Q6XYQ8	523 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SF3B1-208	ENST00000470268	MMS22L	Q6ZRQ5	1243 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SF3B1-208	ENST00000470268	BEND4	Q6ZU67	534 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SF3B1-208	ENST00000470268	MON1B	Q7L1V2	547 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SF3B1-208	ENST00000470268	PHF13	Q86YI8	300 aa	Predicted RBP	4.96	□□□□□ -1.62
SF3B1-208	ENST00000470268	SPATA2L	Q8IUW3	424 aa	Predicted RBP	4.96	□□□□□ -1.62
SF3B1-208	ENST00000470268	REXO1L1P	Q8IX06	675 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SF3B1-208	ENST00000470268	MCOLN2	Q8IZK6	566 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SF3B1-208	ENST00000470268	TMEM35B	Q8NCS4	154 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SF3B1-208	ENST00000470268	SPPL2B	Q8TCT7	592 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SF3B1-208	ENST00000470268	MICAL1	Q8TDZ2	1067 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SF3B1-208	ENST00000470268	CLEC4C	Q8WTT0	213 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SF3B1-208	ENST00000470268	NDRG1	Q92597	394 aa	Known RBP	4.96	□□□□□ -1.62
SF3B1-208	ENST00000470268	SMARCD1	Q96GM5	515 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SF3B1-208	ENST00000470268	FUBP3	Q96I24	572 aa	Known RBP eCLIP	4.96	□□□□□ -1.62
SF3B1-208	ENST00000470268	SRPK1	Q96SB4	655 aa	Known RBP	4.96	□□□□□ -1.62
SF3B1-208	ENST00000470268	DPH2	Q9BQC3	489 aa	Predicted RBP	4.96	□□□□□ -1.62
SF3B1-208	ENST00000470268	C11orf70	Q9BRQ4	267 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SF3B1-208	ENST00000470268	THAP2	Q9H0W7	228 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SF3B1-208	ENST00000470268	PDCL3	Q9H2J4	239 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SF3B1-208	ENST00000470268	NGRN	Q9NPE2	291 aa	Known RBP	4.96	□□□□□ -1.62
SF3B1-208	ENST00000470268	APOBEC3C	Q9NRW3	190 aa	Known RBP eCLIP	4.96	□□□□□ -1.62
SF3B1-208	ENST00000470268	HESX1	Q9UBX0	185 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SF3B1-208	ENST00000470268	TRIM10	Q9UDY6	481 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SF3B1-208	ENST00000470268	STK39	Q9UEW8	545 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SF3B1-208	ENST00000470268	NOL12	Q9UGY1	213 aa	Known RBP eCLIP	4.96	□□□□□ -1.62
SF3B1-208	ENST00000470268	AFF4	Q9UHB7	1163 aa	Known RBP	4.96	□□□□□ -1.62
SF3B1-208	ENST00000470268	PCDHA13	Q9Y5I0	950 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SF3B1-208	ENST00000470268		V9GYY5	206 aa	Predicted RBP	4.96	□□□□□ -1.62
SF3B1-208	ENST00000470268	PAPSS1	O43252	624 aa	Predicted RBP	4.96	□□□□□ -1.62
SF3B1-208	ENST00000470268	CLASP2	O75122	1294 aa	Known RBP	4.96	□□□□□ -1.62
SF3B1-208	ENST00000470268	RTN2	O75298	545 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SF3B1-208	ENST00000470268	UBOX5	O94941	541 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SF3B1-208	ENST00000470268	SETSIP	P0DME0	302 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SF3B1-208	ENST00000470268	HAPLN1	P10915	354 aa	Predicted RBP	4.96	□□□□□ -1.62
SF3B1-208	ENST00000470268	EPCAM	P16422	314 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SF3B1-208	ENST00000470268	RRM1	P23921	792 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SF3B1-208	ENST00000470268	ARHGAP25	P42331	645 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SF3B1-208	ENST00000470268	NSF	P46459	744 aa	Known RBP	4.96	□□□□□ -1.62
SF3B1-208	ENST00000470268	GABRB2	P47870	512 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SF3B1-208	ENST00000470268	CLCN4	P51793	760 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SF3B1-208	ENST00000470268	KCNC3	Q14003	757 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SF3B1-208	ENST00000470268	BBS9	Q3SYG4	887 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SF3B1-208	ENST00000470268	MGAT5B	Q3V5L5	792 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SF3B1-208	ENST00000470268	RAB41	Q5JT25	222 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SF3B1-208	ENST00000470268	TPGS2	Q68CL5	300 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SF3B1-208	ENST00000470268	TRIM72	Q6ZMU5	477 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SF3B1-208	ENST00000470268	C4orf50	Q6ZRC1	276 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SF3B1-208	ENST00000470268	BHLHA9	Q7RTU4	235 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SF3B1-208	ENST00000470268	TMEM110	Q86TL2	294 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SF3B1-208	ENST00000470268	RBM23	Q86U06	439 aa	Known RBP	4.96	□□□□□ -1.62
SF3B1-208	ENST00000470268	VPS36	Q86VN1	386 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SF3B1-208	ENST00000470268	XYLT1	Q86Y38	959 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SF3B1-208	ENST00000470268	VN1R2	Q8NFZ6	395 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SF3B1-208	ENST00000470268	SCAMP5	Q8TAC9	235 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SF3B1-208	ENST00000470268	WDR24	Q96S15	920 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SF3B1-208	ENST00000470268	SEPT5	Q99719	369 aa	Predicted RBP	4.96	□□□□□ -1.62
SF3B1-208	ENST00000470268	TRIM7	Q9C029	511 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SF3B1-208	ENST00000470268	CSTF2T	Q9H0L4	616 aa	Known RBP eCLIP	4.96	□□□□□ -1.62
SF3B1-208	ENST00000470268	PRDM12	Q9H4Q4	367 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SF3B1-208	ENST00000470268	CYP4F11	Q9HBI6	524 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SF3B1-208	ENST00000470268	DMAP1	Q9NPF5	467 aa	Predicted RBP	4.96	□□□□□ -1.62
SF3B1-208	ENST00000470268	ST7	Q9NRC1	585 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SF3B1-208	ENST00000470268	ADAM22	Q9P0K1	906 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SF3B1-208	ENST00000470268	FBXW11	Q9UKB1	542 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SF3B1-208	ENST00000470268	COG5	Q9UP83	839 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SF3B1-208	ENST00000470268	PPP2R2C	Q9Y2T4	447 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SF3B1-208	ENST00000470268	HCFC2	Q9Y5Z7	792 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SF3B1-208	ENST00000470268	PDE4DIP	Q5VU43	2346 aa		4.95	□□□□□ -1.62
SF3B1-208	ENST00000470268	TRANK1	O15050	2925 aa		4.95	□□□□□ -1.62
SF3B1-208	ENST00000470268	NLRC5	Q86WI3	1866 aa		4.95	□□□□□ -1.62
SF3B1-208	ENST00000470268	TLDC2	A0PJX2	215 aa		4.95	□□□□□ -1.62
SF3B1-208	ENST00000470268	ANKRD62	A6NC57	917 aa		4.95	□□□□□ -1.62
SF3B1-208	ENST00000470268	H2AFZ	P0C0S5	128 aa		4.95	□□□□□ -1.62
SF3B1-208	ENST00000470268	TMEM253	P0C7T8	217 aa		4.95	□□□□□ -1.62
SF3B1-208	ENST00000470268	LCP1	P13796	627 aa		4.95	□□□□□ -1.62
SF3B1-208	ENST00000470268	KLRC2	P26717	231 aa		4.95	□□□□□ -1.62
SF3B1-208	ENST00000470268	MAP4	P27816	1152 aa	Known RBP	4.95	□□□□□ -1.62
SF3B1-208	ENST00000470268	GBP1	P32455	592 aa		4.95	□□□□□ -1.62
SF3B1-208	ENST00000470268	MAGEA11	P43364	429 aa		4.95	□□□□□ -1.62
SF3B1-208	ENST00000470268	VAV2	P52735	878 aa		4.95	□□□□□ -1.62
SF3B1-208	ENST00000470268	SLC5A3	P53794	718 aa		4.95	□□□□□ -1.62
SF3B1-208	ENST00000470268	ADIG	Q0VDE8	80 aa		4.95	□□□□□ -1.62
SF3B1-208	ENST00000470268	SMARCB1	Q12824	385 aa		4.95	□□□□□ -1.62
SF3B1-208	ENST00000470268	SPA17	Q15506	151 aa		4.95	□□□□□ -1.62
SF3B1-208	ENST00000470268	TRNP1	Q6NT89	227 aa		4.95	□□□□□ -1.62
SF3B1-208	ENST00000470268	OLFML1	Q6UWY5	402 aa		4.95	□□□□□ -1.62
SF3B1-208	ENST00000470268	VSTM1	Q6UX27	236 aa		4.95	□□□□□ -1.62
SF3B1-208	ENST00000470268	C6orf15	Q6UXA7	325 aa	Predicted RBP	4.95	□□□□□ -1.62

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