RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000466048.6

USP54-210, Transcript of ubiquitin specific peptidase 54, humanhuman

TSL 5

Gene USP54, Length 4,674 nt, Biotype nonsense mediated decay, Subcellular localisation Nucleus .

RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP54-210ENST00000466048 FAM47EQ6ZV65 393 aa7.87□□□□□ -1.15
USP54-210ENST00000466048 TRIM63Q969Q1 353 aa7.87□□□□□ -1.15
USP54-210ENST00000466048 CMTM5Q96DZ9 223 aa7.87□□□□□ -1.15
USP54-210ENST00000466048 SERPINB11Q96P15 392 aa7.87□□□□□ -1.15
USP54-210ENST00000466048 FRMD8Q9BZ67 464 aaPredicted RBP7.87□□□□□ -1.15
USP54-210ENST00000466048 KLC2Q9H0B6 622 aa7.87□□□□□ -1.15
USP54-210ENST00000466048 ING2Q9H160 280 aa7.87□□□□□ -1.15
USP54-210ENST00000466048 SDCBP2Q9H190 292 aa7.87□□□□□ -1.15
USP54-210ENST00000466048 AP4S1Q9Y587 144 aa7.87□□□□□ -1.15
USP54-210ENST00000466048 TCRBV5S1A1TA0A578 114 aa7.86□□□□□ -1.15
USP54-210ENST00000466048 F5H5T6 163 aa7.86□□□□□ -1.15
USP54-210ENST00000466048 H0Y626 953 aa7.86□□□□□ -1.15
USP54-210ENST00000466048 NCAM2O15394 837 aa7.86□□□□□ -1.15
USP54-210ENST00000466048 DNAJC6O75061 913 aa7.86□□□□□ -1.15
USP54-210ENST00000466048 KRT38O76015 456 aa7.86□□□□□ -1.15
USP54-210ENST00000466048 TRIM16O95361 564 aa7.86□□□□□ -1.15
USP54-210ENST00000466048 ITGAVP06756 1048 aa7.86□□□□□ -1.15
USP54-210ENST00000466048 HOXC8P31273 242 aa7.86□□□□□ -1.15
USP54-210ENST00000466048 RPL21P46778 160 aaKnown RBP7.86□□□□□ -1.15
USP54-210ENST00000466048 ACOT1Q86TX2 421 aa7.86□□□□□ -1.15
USP54-210ENST00000466048 SERINC5Q86VE9 423 aa7.86□□□□□ -1.15
USP54-210ENST00000466048 HORMAD1Q86X24 394 aa7.86□□□□□ -1.15
USP54-210ENST00000466048 KLHL23Q8NBE8 558 aa7.86□□□□□ -1.15
USP54-210ENST00000466048 UBA3Q8TBC4 463 aa7.86□□□□□ -1.15
USP54-210ENST00000466048 NXF3Q9H4D5 531 aaKnown RBP7.86□□□□□ -1.15
USP54-210ENST00000466048 ZNF229Q9UJW7 825 aa7.86□□□□□ -1.15
USP54-210ENST00000466048 BLOC1S6Q9UL45 172 aa7.86□□□□□ -1.15
USP54-210ENST00000466048 hCG_1818297A0A087WSY0 165 aa7.86□□□□□ -1.15
USP54-210ENST00000466048 ZNF559-ZNF177A0A0A6YYI6 481 aaPredicted RBP7.86□□□□□ -1.15
USP54-210ENST00000466048 ZNF487B1APH4 448 aa7.86□□□□□ -1.15
USP54-210ENST00000466048 MYL4P12829 197 aa7.86□□□□□ -1.15
USP54-210ENST00000466048 PAX7P23759 505 aa7.86□□□□□ -1.15
USP54-210ENST00000466048 RPL7AP62424 266 aaKnown RBP7.86□□□□□ -1.15
USP54-210ENST00000466048 SKOR1P84550 965 aa7.86□□□□□ -1.15
USP54-210ENST00000466048 TMPRSS15P98073 1019 aa7.86□□□□□ -1.15
USP54-210ENST00000466048 ZNF177Q13360 481 aaPredicted RBP7.86□□□□□ -1.15
USP54-210ENST00000466048 TPGS2Q68CL5 300 aa7.86□□□□□ -1.15
USP54-210ENST00000466048 BBS12Q6ZW61 710 aa7.86□□□□□ -1.15
USP54-210ENST00000466048 KIRREL3Q8IZU9 778 aa7.86□□□□□ -1.15
USP54-210ENST00000466048 WDTC1Q8N5D0 677 aa7.86□□□□□ -1.15
USP54-210ENST00000466048 FAM81AQ8TBF8 368 aa7.86□□□□□ -1.15
USP54-210ENST00000466048 NKD2Q969F2 451 aaPredicted RBP7.86□□□□□ -1.15
USP54-210ENST00000466048 SKA1Q96BD8 255 aa7.86□□□□□ -1.15
USP54-210ENST00000466048 TMEM109Q9BVC6 243 aa7.86□□□□□ -1.15
USP54-210ENST00000466048 CFHR5Q9BXR6 569 aa7.86□□□□□ -1.15
USP54-210ENST00000466048 SLC4A5Q9BY07 1137 aa7.86□□□□□ -1.15
USP54-210ENST00000466048 PHACTR1Q9C0D0 580 aa7.86□□□□□ -1.15
USP54-210ENST00000466048 MCOLN1Q9GZU1 580 aa7.86□□□□□ -1.15
USP54-210ENST00000466048 PCDH9Q9HC56 1237 aa7.86□□□□□ -1.15
USP54-210ENST00000466048 FAM49BQ9NUQ9 324 aa7.86□□□□□ -1.15
USP54-210ENST00000466048 DZANK1Q9NVP4 752 aa7.86□□□□□ -1.15
USP54-210ENST00000466048 RHBDL2Q9NX52 303 aa7.86□□□□□ -1.15
USP54-210ENST00000466048 FAM120AQ9NZB2 1118 aaKnown RBP eCLIP7.86□□□□□ -1.15
USP54-210ENST00000466048 USP18Q9UMW8 372 aa7.86□□□□□ -1.15
USP54-210ENST00000466048 MRPS17Q9Y2R5 130 aaKnown RBP7.86□□□□□ -1.15
USP54-210ENST00000466048 CLUHO75153 1309 aa7.86□□□□□ -1.15
USP54-210ENST00000466048 TRAV19A0A0A6YYK7 116 aa7.86□□□□□ -1.15
USP54-210ENST00000466048 SGK1O00141 431 aa7.86□□□□□ -1.15
USP54-210ENST00000466048 COPEO14579 308 aa7.86□□□□□ -1.15
USP54-210ENST00000466048 LIASO43766 372 aa7.86□□□□□ -1.15
USP54-210ENST00000466048 ATP6V1G2O95670 118 aa7.86□□□□□ -1.15
USP54-210ENST00000466048 CFHP08603 1231 aa7.86□□□□□ -1.15
USP54-210ENST00000466048 TGM2P21980 687 aa7.86□□□□□ -1.15
USP54-210ENST00000466048 RAP1GDS1P52306 607 aa7.86□□□□□ -1.15
USP54-210ENST00000466048 STARD3Q14849 445 aa7.86□□□□□ -1.15
USP54-210ENST00000466048 MORF4L2Q15014 288 aa7.86□□□□□ -1.15
USP54-210ENST00000466048 C2CD6Q53TS8 623 aa7.86□□□□□ -1.15
USP54-210ENST00000466048 WASHC2DQ5SRD0 308 aa7.86□□□□□ -1.15
USP54-210ENST00000466048 ZNF697Q5TEC3 545 aa7.86□□□□□ -1.15
USP54-210ENST00000466048 IZUMO3Q5VZ72 239 aa7.86□□□□□ -1.15
USP54-210ENST00000466048 METTL3Q86U44 580 aaKnown RBP7.86□□□□□ -1.15
USP54-210ENST00000466048 ECHDC2Q86YB7 292 aa7.86□□□□□ -1.15
USP54-210ENST00000466048 PHOSPHO2Q8TCD6 241 aa7.86□□□□□ -1.15
USP54-210ENST00000466048 CPXM1Q96SM3 734 aa7.86□□□□□ -1.15
USP54-210ENST00000466048 RAD9AQ99638 391 aa7.86□□□□□ -1.15
USP54-210ENST00000466048 SPON2Q9BUD6 331 aa7.86□□□□□ -1.15
USP54-210ENST00000466048 KRT82Q9NSB4 513 aa7.86□□□□□ -1.15
USP54-210ENST00000466048 ZDHHC18Q9NUE0 388 aa7.86□□□□□ -1.15
USP54-210ENST00000466048 SYBUQ9NX95 663 aa7.86□□□□□ -1.15
USP54-210ENST00000466048 PKD2L2Q9NZM6 624 aa7.86□□□□□ -1.15
USP54-210ENST00000466048 SCHIP1Q9P0W5 487 aaPredicted RBP7.86□□□□□ -1.15
USP54-210ENST00000466048 TUBGCP4Q9UGJ1 667 aa7.86□□□□□ -1.15
USP54-210ENST00000466048 A0A0U1RQF3 1178 aa7.85□□□□□ -1.15
USP54-210ENST00000466048 F8VP50 259 aa7.85□□□□□ -1.15
USP54-210ENST00000466048 TRUB2O95900 331 aaKnown RBP7.85□□□□□ -1.15
USP54-210ENST00000466048 CHN1P15882 459 aa7.85□□□□□ -1.15
USP54-210ENST00000466048 STIP1P31948 543 aaKnown RBP7.85□□□□□ -1.15
USP54-210ENST00000466048 SERPINB8P50452 374 aa7.85□□□□□ -1.15
USP54-210ENST00000466048 NUP107P57740 925 aa7.85□□□□□ -1.15
USP54-210ENST00000466048 NME3Q13232 169 aa7.85□□□□□ -1.15
USP54-210ENST00000466048 KLF1Q13351 362 aaPredicted RBP7.85□□□□□ -1.15
USP54-210ENST00000466048 SIX1Q15475 284 aaPredicted RBP7.85□□□□□ -1.15
USP54-210ENST00000466048 MAPRE2Q15555 327 aa7.85□□□□□ -1.15
USP54-210ENST00000466048 PPP6R3Q5H9R7 873 aaPredicted RBP7.85□□□□□ -1.15
USP54-210ENST00000466048 AADACL2Q6P093 401 aa7.85□□□□□ -1.15
USP54-210ENST00000466048 MFSD7Q6UXD7 560 aa7.85□□□□□ -1.15
USP54-210ENST00000466048 TMEM110Q86TL2 294 aa7.85□□□□□ -1.15
USP54-210ENST00000466048 PYROXD1Q8WU10 500 aa7.85□□□□□ -1.15
USP54-210ENST00000466048 IFT43Q96FT9 208 aa7.85□□□□□ -1.15
USP54-210ENST00000466048 MRPL45Q9BRJ2 306 aaKnown RBP7.85□□□□□ -1.15
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 41.9 ms