RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000561689.6

CLN3-209, Transcript of CLN3, battenin, humanhuman

TSL 2

Gene CLN3, Length 1,957 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLN3-209ENST00000561689 TCF25Q9BQ70 676 aa21.98■■□□□ 1.11
CLN3-209ENST00000561689 OSBPL2Q9H1P3 480 aa21.98■■□□□ 1.11
CLN3-209ENST00000561689 HPCAL4Q9UM19 191 aa21.98■■□□□ 1.11
CLN3-209ENST00000561689 DCLK1O15075 740 aa21.98■■□□□ 1.11
CLN3-209ENST00000561689 TGM5O43548 720 aa21.98■■□□□ 1.11
CLN3-209ENST00000561689 RBL1P28749 1068 aa21.98■■□□□ 1.11
CLN3-209ENST00000561689 EPHB2P29323 1055 aa21.98■■□□□ 1.11
CLN3-209ENST00000561689 HCAR3P49019 387 aa21.98■■□□□ 1.11
CLN3-209ENST00000561689 ERVFC1P60507 584 aa21.98■■□□□ 1.11
CLN3-209ENST00000561689 CREMQ03060 361 aa21.98■■□□□ 1.11
CLN3-209ENST00000561689 C9orf50Q5SZB4 431 aa21.98■■□□□ 1.11
CLN3-209ENST00000561689 TAB3Q8N5C8 712 aaPredicted RBP21.98■■□□□ 1.11
CLN3-209ENST00000561689 SLC39A13Q96H72 371 aa21.98■■□□□ 1.11
CLN3-209ENST00000561689 C17orf80Q9BSJ5 609 aa21.98■■□□□ 1.11
CLN3-209ENST00000561689 USP29Q9HBJ7 922 aa21.98■■□□□ 1.11
CLN3-209ENST00000561689 OLA1Q9NTK5 396 aaKnown RBP21.98■■□□□ 1.11
CLN3-209ENST00000561689 ANAPC5Q9UJX4 755 aa21.98■■□□□ 1.11
CLN3-209ENST00000561689 SSX2IPQ9Y2D8 614 aa21.98■■□□□ 1.11
CLN3-209ENST00000561689 INSL5Q9Y5Q6 135 aa21.98■■□□□ 1.11
CLN3-209ENST00000561689 LINC01553A4QN01 128 aa21.97■■□□□ 1.11
CLN3-209ENST00000561689 GRXCR1A8MXD5 290 aa21.97■■□□□ 1.11
CLN3-209ENST00000561689 KCNN4O15554 427 aa21.97■■□□□ 1.11
CLN3-209ENST00000561689 HMBSP08397 361 aa21.97■■□□□ 1.11
CLN3-209ENST00000561689 DHX9Q08211 1270 aaKnown RBP21.97■■□□□ 1.11
CLN3-209ENST00000561689 PLD1Q13393 1074 aa21.97■■□□□ 1.11
CLN3-209ENST00000561689 VEPH1Q14D04 833 aa21.97■■□□□ 1.11
CLN3-209ENST00000561689 ADAM7Q9H2U9 754 aa21.97■■□□□ 1.11
CLN3-209ENST00000561689 SLC12A8A0AV02 714 aa21.96■■□□□ 1.11
CLN3-209ENST00000561689 ZNF840PA6NDX5 716 aa21.96■■□□□ 1.11
CLN3-209ENST00000561689 ARHGEF15O94989 841 aa21.96■■□□□ 1.11
CLN3-209ENST00000561689 STIP1P31948 543 aaKnown RBP21.96■■□□□ 1.11
CLN3-209ENST00000561689 RPL22P35268 128 aaKnown RBP21.96■■□□□ 1.11
CLN3-209ENST00000561689 HSPA9P38646 679 aaKnown RBP21.96■■□□□ 1.11
CLN3-209ENST00000561689 FAM109BQ6ICB4 259 aaPredicted RBP21.96■■□□□ 1.11
CLN3-209ENST00000561689 RWDD4Q6NW29 188 aaKnown RBP21.96■■□□□ 1.11
CLN3-209ENST00000561689 TMC3Q7Z5M5 1100 aa21.96■■□□□ 1.11
CLN3-209ENST00000561689 TP53INP2Q8IXH6 220 aa21.96■■□□□ 1.11
CLN3-209ENST00000561689 PRDM16Q9HAZ2 1276 aa21.96■■□□□ 1.11
CLN3-209ENST00000561689 ENTPD7Q9NQZ7 604 aa21.96■■□□□ 1.11
CLN3-209ENST00000561689 MTRF1LQ9UGC7 380 aaKnown RBP21.96■■□□□ 1.11
CLN3-209ENST00000561689 DNAJB1P25685 340 aa21.96■■□□□ 1.11
CLN3-209ENST00000561689 PAFAH1B3Q15102 231 aaKnown RBP21.96■■□□□ 1.11
CLN3-209ENST00000561689 DNAJB7Q7Z6W7 309 aaPredicted RBP21.96■■□□□ 1.11
CLN3-209ENST00000561689 KRT222Q8N1A0 295 aa21.96■■□□□ 1.11
CLN3-209ENST00000561689 MREGQ8N565 214 aa21.96■■□□□ 1.11
CLN3-209ENST00000561689 MYRFLQ96LU7 910 aa21.96■■□□□ 1.11
CLN3-209ENST00000561689 OLFM3Q96PB7 478 aa21.96■■□□□ 1.11
CLN3-209ENST00000561689 ATP8A1Q9Y2Q0 1164 aa21.96■■□□□ 1.11
CLN3-209ENST00000561689 HS3ST4Q9Y661 456 aa21.96■■□□□ 1.11
CLN3-209ENST00000561689 RANBP2P49792 3224 aaKnown RBP21.95■■□□□ 1.11
CLN3-209ENST00000561689 BCLAF3A2AJT9 711 aaKnown RBP21.95■■□□□ 1.1
CLN3-209ENST00000561689 HIDE1A8MVS5 230 aa21.95■■□□□ 1.1
CLN3-209ENST00000561689 SLC2A3P11169 496 aa21.95■■□□□ 1.1
CLN3-209ENST00000561689 EPHB3P54753 998 aa21.95■■□□□ 1.1
CLN3-209ENST00000561689 XRCC4Q13426 336 aa21.95■■□□□ 1.1
CLN3-209ENST00000561689 TRIP4Q15650 581 aaPredicted RBP21.95■■□□□ 1.1
CLN3-209ENST00000561689 SLC45A4Q5BKX6 768 aa21.95■■□□□ 1.1
CLN3-209ENST00000561689 PLPP4Q5VZY2 271 aa21.95■■□□□ 1.1
CLN3-209ENST00000561689 RHBDF2Q6PJF5 856 aa21.95■■□□□ 1.1
CLN3-209ENST00000561689 CDKL3Q8IVW4 592 aaPredicted RBP21.95■■□□□ 1.1
CLN3-209ENST00000561689 PDZD8Q8NEN9 1154 aa21.95■■□□□ 1.1
CLN3-209ENST00000561689 PWWP2AQ96N64 755 aa21.95■■□□□ 1.1
CLN3-209ENST00000561689 KLHL5Q96PQ7 755 aa21.95■■□□□ 1.1
CLN3-209ENST00000561689 LGMNQ99538 433 aa21.95■■□□□ 1.1
CLN3-209ENST00000561689 VIPAS39Q9H9C1 493 aa21.95■■□□□ 1.1
CLN3-209ENST00000561689 CHD7Q9P2D1 2997 aa21.95■■□□□ 1.1
CLN3-209ENST00000561689 DNALI1O14645 258 aaPredicted RBP21.94■■□□□ 1.1
CLN3-209ENST00000561689 ZNF135P52742 658 aaPredicted RBP21.94■■□□□ 1.1
CLN3-209ENST00000561689 NPWQ8N729 165 aa21.94■■□□□ 1.1
CLN3-209ENST00000561689 BBOF1Q8ND07 529 aa21.94■■□□□ 1.1
CLN3-209ENST00000561689 POF1BQ8WVV4 589 aa21.94■■□□□ 1.1
CLN3-209ENST00000561689 OVCA2Q8WZ82 227 aa21.94■■□□□ 1.1
CLN3-209ENST00000561689 LRRC45Q96CN5 670 aa21.94■■□□□ 1.1
CLN3-209ENST00000561689 FAM129AQ9BZQ8 928 aa21.94■■□□□ 1.1
CLN3-209ENST00000561689 NACA2Q9H009 215 aa21.94■■□□□ 1.1
CLN3-209ENST00000561689 TRPM5Q9NZQ8 1165 aa21.94■■□□□ 1.1
CLN3-209ENST00000561689 TPX2Q9ULW0 747 aaKnown RBP21.94■■□□□ 1.1
CLN3-209ENST00000561689 NEU3Q9UQ49 428 aa21.94■■□□□ 1.1
CLN3-209ENST00000561689 NR2E3Q9Y5X4 410 aa21.94■■□□□ 1.1
CLN3-209ENST00000561689 GREB1Q4ZG55 1949 aa21.94■■□□□ 1.1
CLN3-209ENST00000561689 ZNF638Q14966 1978 aaKnown RBP21.94■■□□□ 1.1
CLN3-209ENST00000561689 APOEP02649 317 aa21.94■■□□□ 1.1
CLN3-209ENST00000561689 CHKAP35790 457 aa21.94■■□□□ 1.1
CLN3-209ENST00000561689 FAM193AP78312 1265 aa21.94■■□□□ 1.1
CLN3-209ENST00000561689 PIK3R6Q5UE93 754 aa21.94■■□□□ 1.1
CLN3-209ENST00000561689 HIBCHQ6NVY1 386 aaPredicted RBP21.94■■□□□ 1.1
CLN3-209ENST00000561689 BZW1Q7L1Q6 419 aaKnown RBP21.94■■□□□ 1.1
CLN3-209ENST00000561689 C14orf80Q86SX3 495 aa21.94■■□□□ 1.1
CLN3-209ENST00000561689 CCDC25Q86WR0 208 aa21.94■■□□□ 1.1
CLN3-209ENST00000561689 SPPL3Q8TCT6 385 aa21.94■■□□□ 1.1
CLN3-209ENST00000561689 QKIQ96PU8 341 aaKnown RBP eCLIP21.94■■□□□ 1.1
CLN3-209ENST00000561689 MAFFQ9ULX9 164 aa21.94■■□□□ 1.1
CLN3-209ENST00000561689 PPFIA2O75334 1257 aa21.93■■□□□ 1.1
CLN3-209ENST00000561689 ADH1AP07327 375 aa21.93■■□□□ 1.1
CLN3-209ENST00000561689 ATP5C1P36542 298 aaKnown RBP21.93■■□□□ 1.1
CLN3-209ENST00000561689 HSD17B3P37058 310 aa21.93■■□□□ 1.1
CLN3-209ENST00000561689 MLLT6P55198 1093 aaPredicted RBP21.93■■□□□ 1.1
CLN3-209ENST00000561689 HECTD3Q5T447 861 aa21.93■■□□□ 1.1
CLN3-209ENST00000561689 SNX30Q5VWJ9 437 aa21.93■■□□□ 1.1
CLN3-209ENST00000561689 TFB1MQ8WVM0 346 aaKnown RBP21.93■■□□□ 1.1
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 74.4 ms