RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000636147.1

CLN3-244, Transcript of CLN3, battenin, human

APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC

Gene CLN3, Length 3,832 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
CLN3-244	ENST00000636147	ITFG2	Q969R8	447 aa		11.36	□□□□□ -0.59
CLN3-244	ENST00000636147	GFM2	Q969S9	779 aa	Known RBP	11.36	□□□□□ -0.59
CLN3-244	ENST00000636147	PTCD3	Q96EY7	689 aa	Known RBP	11.36	□□□□□ -0.59
CLN3-244	ENST00000636147	CNDP1	Q96KN2	507 aa		11.36	□□□□□ -0.59
CLN3-244	ENST00000636147	ZFR	Q96KR1	1074 aa	Known RBP	11.36	□□□□□ -0.59
CLN3-244	ENST00000636147	SLC17A6	Q9P2U8	582 aa		11.36	□□□□□ -0.59
CLN3-244	ENST00000636147	GNE	Q9Y223	722 aa	Known RBP	11.36	□□□□□ -0.59
CLN3-244	ENST00000636147	CDYL	Q9Y232	598 aa		11.36	□□□□□ -0.59
CLN3-244	ENST00000636147	CNTNAP2	Q9UHC6	1331 aa		11.36	□□□□□ -0.59
CLN3-244	ENST00000636147	LRCH4	O75427	683 aa		11.36	□□□□□ -0.59
CLN3-244	ENST00000636147	CST3	P01034	146 aa	Predicted RBP	11.36	□□□□□ -0.59
CLN3-244	ENST00000636147	KLF1	Q13351	362 aa	Predicted RBP	11.36	□□□□□ -0.59
CLN3-244	ENST00000636147	NADK2	Q4G0N4	442 aa		11.36	□□□□□ -0.59
CLN3-244	ENST00000636147	TNFAIP8L3	Q5GJ75	292 aa		11.36	□□□□□ -0.59
CLN3-244	ENST00000636147	C1orf220	Q5T0J3	134 aa		11.36	□□□□□ -0.59
CLN3-244	ENST00000636147	SEL1L3	Q68CR1	1132 aa		11.36	□□□□□ -0.59
CLN3-244	ENST00000636147	STRA8	Q7Z7C7	330 aa		11.36	□□□□□ -0.59
CLN3-244	ENST00000636147	NCAPG2	Q86XI2	1143 aa		11.36	□□□□□ -0.59
CLN3-244	ENST00000636147	DDHD1	Q8NEL9	900 aa		11.36	□□□□□ -0.59
CLN3-244	ENST00000636147	SKA1	Q96BD8	255 aa		11.36	□□□□□ -0.59
CLN3-244	ENST00000636147	MFSD14A	Q96MC6	490 aa		11.36	□□□□□ -0.59
CLN3-244	ENST00000636147	PDCD2L	Q9BRP1	358 aa		11.36	□□□□□ -0.59
CLN3-244	ENST00000636147	MED10	Q9BTT4	135 aa		11.36	□□□□□ -0.59
CLN3-244	ENST00000636147	ADNP	Q9H2P0	1102 aa		11.36	□□□□□ -0.59
CLN3-244	ENST00000636147	CYP4F12	Q9HCS2	524 aa		11.36	□□□□□ -0.59
CLN3-244	ENST00000636147	PFDN4	Q9NQP4	134 aa		11.36	□□□□□ -0.59
CLN3-244	ENST00000636147	ARHGEF38	Q9NXL2	777 aa		11.36	□□□□□ -0.59
CLN3-244	ENST00000636147	CHD4	Q14839	1912 aa		11.36	□□□□□ -0.59
CLN3-244	ENST00000636147	SDR42E2	A6NKP2	422 aa		11.36	□□□□□ -0.59
CLN3-244	ENST00000636147	ITGB3	P05106	788 aa		11.36	□□□□□ -0.59
CLN3-244	ENST00000636147	ME2	P23368	584 aa		11.36	□□□□□ -0.59
CLN3-244	ENST00000636147	ETFB	P38117	255 aa		11.36	□□□□□ -0.59
CLN3-244	ENST00000636147	WASHC5	Q12768	1159 aa		11.36	□□□□□ -0.59
CLN3-244	ENST00000636147	STRIP1	Q5VSL9	837 aa		11.36	□□□□□ -0.59
CLN3-244	ENST00000636147	LRRC38	Q5VT99	294 aa		11.36	□□□□□ -0.59
CLN3-244	ENST00000636147	FAM160B1	Q5W0V3	765 aa		11.36	□□□□□ -0.59
CLN3-244	ENST00000636147	DDX1	Q92499	740 aa	Known RBP	11.36	□□□□□ -0.59
CLN3-244	ENST00000636147	RCN3	Q96D15	328 aa		11.36	□□□□□ -0.59
CLN3-244	ENST00000636147	FIZ1	Q96SL8	496 aa		11.36	□□□□□ -0.59
CLN3-244	ENST00000636147	APOBEC3G	Q9HC16	384 aa	Known RBP	11.36	□□□□□ -0.59
CLN3-244	ENST00000636147	TJP2	Q9UDY2	1190 aa		11.36	□□□□□ -0.59
CLN3-244	ENST00000636147	ZNRF3	Q9ULT6	936 aa		11.36	□□□□□ -0.59
CLN3-244	ENST00000636147	NR2E3	Q9Y5X4	410 aa		11.36	□□□□□ -0.59
CLN3-244	ENST00000636147	KDM1A	O60341	852 aa		11.35	□□□□□ -0.59
CLN3-244	ENST00000636147	ICAM1	P05362	532 aa		11.35	□□□□□ -0.59
CLN3-244	ENST00000636147	TNFSF9	P41273	254 aa		11.35	□□□□□ -0.59
CLN3-244	ENST00000636147	ZC3H12A	Q5D1E8	599 aa	Known RBP	11.35	□□□□□ -0.59
CLN3-244	ENST00000636147	PATL1	Q86TB9	770 aa	Known RBP	11.35	□□□□□ -0.59
CLN3-244	ENST00000636147	CHSY1	Q86X52	802 aa		11.35	□□□□□ -0.59
CLN3-244	ENST00000636147	C12orf56	Q8IXR9	622 aa		11.35	□□□□□ -0.59
CLN3-244	ENST00000636147	RMND5B	Q96G75	393 aa	Predicted RBP	11.35	□□□□□ -0.59
CLN3-244	ENST00000636147	C17orf75	Q9HAS0	396 aa		11.35	□□□□□ -0.59
CLN3-244	ENST00000636147	ZNF536	O15090	1300 aa		11.35	□□□□□ -0.59
CLN3-244	ENST00000636147	CIC	Q96RK0	1608 aa	Predicted RBP	11.35	□□□□□ -0.59
CLN3-244	ENST00000636147	ADCY6	O43306	1168 aa		11.35	□□□□□ -0.59
CLN3-244	ENST00000636147	TRMU	O75648	421 aa	Known RBP	11.35	□□□□□ -0.59
CLN3-244	ENST00000636147	SORBS2	O94875	1100 aa	Known RBP	11.35	□□□□□ -0.59
CLN3-244	ENST00000636147	LSM8	O95777	96 aa	Known RBP	11.35	□□□□□ -0.59
CLN3-244	ENST00000636147	F7	P08709	466 aa	Predicted RBP	11.35	□□□□□ -0.59
CLN3-244	ENST00000636147	NAGLU	P54802	743 aa		11.35	□□□□□ -0.59
CLN3-244	ENST00000636147	PTPN20	Q4JDL3	420 aa		11.35	□□□□□ -0.59
CLN3-244	ENST00000636147	BOLA3	Q53S33	107 aa		11.35	□□□□□ -0.59
CLN3-244	ENST00000636147	UNC5A	Q6ZN44	842 aa		11.35	□□□□□ -0.59
CLN3-244	ENST00000636147	UNC5B	Q8IZJ1	945 aa		11.35	□□□□□ -0.59
CLN3-244	ENST00000636147	NLGN1	Q8N2Q7	840 aa		11.35	□□□□□ -0.59
CLN3-244	ENST00000636147	USP33	Q8TEY7	942 aa		11.35	□□□□□ -0.59
CLN3-244	ENST00000636147	ZNF516	Q92618	1163 aa		11.35	□□□□□ -0.59
CLN3-244	ENST00000636147	GATA6	Q92908	595 aa		11.35	□□□□□ -0.59
CLN3-244	ENST00000636147	ATG4C	Q96DT6	458 aa		11.35	□□□□□ -0.59
CLN3-244	ENST00000636147	C7orf26	Q96N11	449 aa		11.35	□□□□□ -0.59
CLN3-244	ENST00000636147	LENG8	Q96PV6	779 aa	Predicted RBP	11.35	□□□□□ -0.59
CLN3-244	ENST00000636147	CNPY3	Q9BT09	278 aa		11.35	□□□□□ -0.59
CLN3-244	ENST00000636147	RPAP3	Q9H6T3	665 aa	Predicted RBP	11.35	□□□□□ -0.59
CLN3-244	ENST00000636147	GPAM	Q9HCL2	828 aa		11.35	□□□□□ -0.59
CLN3-244	ENST00000636147	UBP1	Q9NZI7	540 aa		11.35	□□□□□ -0.59
CLN3-244	ENST00000636147	ASB3	Q9Y575	518 aa		11.35	□□□□□ -0.59
CLN3-244	ENST00000636147	SNX9	Q9Y5X1	595 aa		11.35	□□□□□ -0.59
CLN3-244	ENST00000636147	XPOT	O43592	962 aa	Known RBP	11.35	□□□□□ -0.59
CLN3-244	ENST00000636147	ITM2A	O43736	263 aa		11.35	□□□□□ -0.59
CLN3-244	ENST00000636147	CYP1A1	P04798	512 aa	Predicted RBP	11.35	□□□□□ -0.59
CLN3-244	ENST00000636147	PDGFRB	P09619	1106 aa		11.35	□□□□□ -0.59
CLN3-244	ENST00000636147	ABCD1	P33897	745 aa		11.35	□□□□□ -0.59
CLN3-244	ENST00000636147	OGDH	Q02218	1023 aa		11.35	□□□□□ -0.59
CLN3-244	ENST00000636147	PTP4A2	Q12974	167 aa		11.35	□□□□□ -0.59
CLN3-244	ENST00000636147	NEDD8	Q15843	81 aa		11.35	□□□□□ -0.59
CLN3-244	ENST00000636147	DGKD	Q16760	1214 aa		11.35	□□□□□ -0.59
CLN3-244	ENST00000636147	CCDC92	Q53HC0	331 aa	Predicted RBP	11.35	□□□□□ -0.59
CLN3-244	ENST00000636147	KCNT2	Q6UVM3	1135 aa		11.35	□□□□□ -0.59
CLN3-244	ENST00000636147	PDZD4	Q76G19	769 aa	Predicted RBP	11.35	□□□□□ -0.59
CLN3-244	ENST00000636147	GIPC3	Q8TF64	312 aa		11.35	□□□□□ -0.59
CLN3-244	ENST00000636147	PDCD6IP	Q8WUM4	868 aa	Known RBP	11.35	□□□□□ -0.59
CLN3-244	ENST00000636147	PBXIP1	Q96AQ6	731 aa		11.35	□□□□□ -0.59
CLN3-244	ENST00000636147	FRMD8	Q9BZ67	464 aa	Predicted RBP	11.35	□□□□□ -0.59
CLN3-244	ENST00000636147	FNDC3A	Q9Y2H6	1198 aa	Known RBP	11.35	□□□□□ -0.59
CLN3-244	ENST00000636147	KCNK1	O00180	336 aa		11.34	□□□□□ -0.59
CLN3-244	ENST00000636147	GNGT2	O14610	69 aa		11.34	□□□□□ -0.59
CLN3-244	ENST00000636147	CSH1	P0DML2	217 aa		11.34	□□□□□ -0.59
CLN3-244	ENST00000636147	CSH2	P0DML3	217 aa		11.34	□□□□□ -0.59
CLN3-244	ENST00000636147	TGM2	P21980	687 aa		11.34	□□□□□ -0.59
CLN3-244	ENST00000636147	NR1H2	P55055	460 aa		11.34	□□□□□ -0.59

Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 25.1 ms