RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000496447.5

PTPRF-215, Transcript of protein tyrosine phosphatase, receptor type F, human

TSL 1 (best)

Gene PTPRF, Length 5,887 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
PTPRF-215	ENST00000496447	LRRC40	Q9H9A6	602 aa		13.54	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	SMPD4	Q9NXE4	827 aa		13.54	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	DRG1	Q9Y295	367 aa	Known RBP	13.54	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	MTO1	Q9Y2Z2	717 aa	Known RBP	13.54	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447		H3BQF6	201 aa		13.54	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	AKAP3	O75969	853 aa		13.54	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	RARRES1	P49788	294 aa		13.54	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	NCKAP1L	P55160	1127 aa		13.54	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	CYP2W1	Q8TAV3	490 aa		13.54	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	BTN2A2	Q8WVV5	523 aa		13.54	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	ZNF229	Q9UJW7	825 aa		13.54	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	NR2E3	Q9Y5X4	410 aa		13.54	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	DYRK3	O43781	588 aa		13.54	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	TSPAN3	O60637	253 aa		13.54	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	ERVK-10	P10266	1014 aa		13.54	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	RFX3	P48380	749 aa		13.54	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	SERPINB10	P48595	397 aa		13.54	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	CENPA	P49450	140 aa		13.54	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	SEC24C	P53992	1094 aa		13.54	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	CNTN1	Q12860	1018 aa		13.54	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	CDC16	Q13042	620 aa		13.54	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	IKBKE	Q14164	716 aa		13.54	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	MMGT1	Q8N4V1	131 aa		13.54	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	TSPAN16	Q9UKR8	245 aa		13.54	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	FBXL21	Q9UKT6	434 aa		13.54	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447		F8W810	466 aa		13.54	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	PLSCR1	O15162	318 aa		13.54	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	YWHAQ	P27348	245 aa		13.54	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	APOL2	Q9BQE5	337 aa		13.54	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	DGKI	O75912	1065 aa		13.54	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	CABYR	O75952	493 aa		13.54	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	ATP6V1G2	O95670	118 aa		13.54	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	SERPINB8	P50452	374 aa		13.54	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	ADIG	Q0VDE8	80 aa		13.54	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	AASDH	Q4L235	1098 aa	Predicted RBP	13.54	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	SPOCD1	Q6ZMY3	1216 aa		13.54	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	ASB7	Q9H672	318 aa		13.54	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	A1CF	Q9NQ94	594 aa	Known RBP	13.54	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	UXT	Q9UBK9	157 aa	Predicted RBP	13.54	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	FAM86B1	E9PN63	330 aa		13.53	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447		F8VZ95	297 aa		13.53	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	ACKR2	O00590	384 aa		13.53	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	FAM86B2	P0C5J1	330 aa		13.53	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	DARS	P14868	501 aa	Known RBP	13.53	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	PRIM2	P49643	509 aa		13.53	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	RENBP	P51606	427 aa		13.53	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	LAYN	Q6UX15	382 aa		13.53	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	RUVBL2	Q9Y230	463 aa	Known RBP	13.53	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	LRRIQ1	Q96JM4	1722 aa		13.53	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	TIMM44	O43615	452 aa		13.53	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	TCN1	P20061	433 aa	Predicted RBP	13.53	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	IGFBP4	P22692	258 aa		13.53	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	ATXN3	P54252	364 aa	Predicted RBP	13.53	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	SGCG	Q13326	291 aa		13.53	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	MTA1	Q13330	715 aa		13.53	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	CNGA3	Q16281	694 aa		13.53	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	TTI2	Q6NXR4	508 aa		13.53	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	FBXO36	Q8NEA4	188 aa		13.53	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	ZNF483	Q8TF39	744 aa	Predicted RBP	13.53	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	SLC5A5	Q92911	643 aa		13.53	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	FAM136A	Q96C01	138 aa		13.53	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	SEPT3	Q9UH03	358 aa		13.53	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	COL5A2	P05997	1499 aa	Predicted RBP	13.53	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	RTN3	O95197	1032 aa	Predicted RBP	13.53	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	LGALS2	P05162	132 aa		13.53	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	PKN1	Q16512	942 aa		13.53	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	PREPL	Q4J6C6	727 aa	Predicted RBP	13.53	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	SETD3	Q86TU7	594 aa	Predicted RBP	13.53	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	LPCAT1	Q8NF37	534 aa		13.53	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	CSGALNACT1	Q8TDX6	532 aa		13.53	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	TBC1D13	Q9NVG8	400 aa		13.53	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	INTS13	Q9NVM9	706 aa		13.53	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	NFASC	O94856	1347 aa		13.53	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	TBC1D4	O60343	1298 aa		13.53	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	MSC	O60682	206 aa		13.53	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	PROSC	O94903	275 aa		13.53	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	POTEA	Q6S8J7	498 aa		13.53	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	LRRC6	Q86X45	466 aa		13.53	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	SPIRE2	Q8WWL2	714 aa		13.53	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	DMAP1	Q9NPF5	467 aa	Predicted RBP	13.53	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	GLRA3	O75311	464 aa		13.52	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	GLP2R	O95838	553 aa		13.52	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	CYP2F1	P24903	491 aa		13.52	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	GPC1	P35052	558 aa		13.52	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	ANXA11	P50995	505 aa	Known RBP	13.52	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	MAPK7	Q13164	816 aa		13.52	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	SLC29A2	Q14542	456 aa		13.52	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	BBS7	Q8IWZ6	715 aa		13.52	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	SLC20A1	Q8WUM9	679 aa		13.52	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	ADAM2	Q99965	735 aa		13.52	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	SHCBP1L	Q9BZQ2	653 aa		13.52	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	RRN3	Q9NYV6	651 aa		13.52	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	PREX1	Q8TCU6	1659 aa		13.52	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	LACTBL1	A8MY62	500 aa		13.52	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	IFRD1	O00458	451 aa	Predicted RBP	13.52	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	RAMP2	O60895	175 aa		13.52	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	SLITRK3	O94933	977 aa		13.52	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	FSBP	O95073	299 aa		13.52	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	SLC39A12	Q504Y0	691 aa		13.52	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	ANKS6	Q68DC2	871 aa		13.52	□□□□□ -0.24

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