RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000481019.5

PTPRF-213, Transcript of protein tyrosine phosphatase, receptor type F, human

TSL 3

Gene PTPRF, Length 459 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
PTPRF-213	ENST00000481019	GJA4	P35212	333 aa		12.82	□□□□□ -0.36
PTPRF-213	ENST00000481019	ATP5C1	P36542	298 aa	Known RBP	12.82	□□□□□ -0.36
PTPRF-213	ENST00000481019	IFNAR2	P48551	515 aa		12.82	□□□□□ -0.36
PTPRF-213	ENST00000481019	PDE6C	P51160	858 aa		12.82	□□□□□ -0.36
PTPRF-213	ENST00000481019	SLC8A3	P57103	927 aa		12.82	□□□□□ -0.36
PTPRF-213	ENST00000481019	EFEMP1	Q12805	493 aa		12.82	□□□□□ -0.36
PTPRF-213	ENST00000481019	PON2	Q15165	354 aa		12.82	□□□□□ -0.36
PTPRF-213	ENST00000481019	PDGFRL	Q15198	375 aa		12.82	□□□□□ -0.36
PTPRF-213	ENST00000481019	TAF3	Q5VWG9	929 aa		12.82	□□□□□ -0.36
PTPRF-213	ENST00000481019	BSPRY	Q5W0U4	402 aa		12.82	□□□□□ -0.36
PTPRF-213	ENST00000481019	CC2D1A	Q6P1N0	951 aa	Predicted RBP	12.82	□□□□□ -0.36
PTPRF-213	ENST00000481019	ZNF852	Q6ZMS4	543 aa		12.82	□□□□□ -0.36
PTPRF-213	ENST00000481019	TMC6	Q7Z403	805 aa		12.82	□□□□□ -0.36
PTPRF-213	ENST00000481019	NOP9	Q86U38	636 aa	Known RBP	12.82	□□□□□ -0.36
PTPRF-213	ENST00000481019	MIB1	Q86YT6	1006 aa		12.82	□□□□□ -0.36
PTPRF-213	ENST00000481019	FMNL3	Q8IVF7	1028 aa		12.82	□□□□□ -0.36
PTPRF-213	ENST00000481019	SCUBE3	Q8IX30	993 aa		12.82	□□□□□ -0.36
PTPRF-213	ENST00000481019	ADGRG2	Q8IZP9	1017 aa		12.82	□□□□□ -0.36
PTPRF-213	ENST00000481019	SIX6OS1	Q8N1H7	587 aa		12.82	□□□□□ -0.36
PTPRF-213	ENST00000481019	ZNF276	Q8N554	614 aa		12.82	□□□□□ -0.36
PTPRF-213	ENST00000481019	DTWD2	Q8NBA8	298 aa		12.82	□□□□□ -0.36
PTPRF-213	ENST00000481019	SLC20A1	Q8WUM9	679 aa		12.82	□□□□□ -0.36
PTPRF-213	ENST00000481019	EZH1	Q92800	747 aa	Predicted RBP	12.82	□□□□□ -0.36
PTPRF-213	ENST00000481019	SHD	Q96IW2	340 aa		12.82	□□□□□ -0.36
PTPRF-213	ENST00000481019	HSFY1	Q96LI6	401 aa		12.82	□□□□□ -0.36
PTPRF-213	ENST00000481019	FAM81B	Q96LP2	452 aa		12.82	□□□□□ -0.36
PTPRF-213	ENST00000481019	ERGIC2	Q96RQ1	377 aa		12.82	□□□□□ -0.36
PTPRF-213	ENST00000481019	RASAL2	Q9UJF2	1139 aa		12.82	□□□□□ -0.36
PTPRF-213	ENST00000481019	E2F8	A0AVK6	867 aa		12.81	□□□□□ -0.36
PTPRF-213	ENST00000481019		E5RJQ4	531 aa		12.81	□□□□□ -0.36
PTPRF-213	ENST00000481019	STC2	O76061	302 aa		12.81	□□□□□ -0.36
PTPRF-213	ENST00000481019	GFPT2	O94808	682 aa		12.81	□□□□□ -0.36
PTPRF-213	ENST00000481019	CHRNB1	P11230	501 aa		12.81	□□□□□ -0.36
PTPRF-213	ENST00000481019	CYP11B1	P15538	503 aa		12.81	□□□□□ -0.36
PTPRF-213	ENST00000481019	CHRNB2	P17787	502 aa		12.81	□□□□□ -0.36
PTPRF-213	ENST00000481019	RFX1	P22670	979 aa		12.81	□□□□□ -0.36
PTPRF-213	ENST00000481019	MLLT6	P55198	1093 aa	Predicted RBP	12.81	□□□□□ -0.36
PTPRF-213	ENST00000481019	PTK2	Q05397	1052 aa		12.81	□□□□□ -0.36
PTPRF-213	ENST00000481019	PDCL	Q13371	301 aa		12.81	□□□□□ -0.36
PTPRF-213	ENST00000481019	GAS6	Q14393	721 aa		12.81	□□□□□ -0.36
PTPRF-213	ENST00000481019	TAF5	Q15542	800 aa		12.81	□□□□□ -0.36
PTPRF-213	ENST00000481019	FSTL4	Q6MZW2	842 aa		12.81	□□□□□ -0.36
PTPRF-213	ENST00000481019	KLHDC10	Q6PID8	442 aa		12.81	□□□□□ -0.36
PTPRF-213	ENST00000481019	RHBDF2	Q6PJF5	856 aa		12.81	□□□□□ -0.36
PTPRF-213	ENST00000481019		Q6ZNB5	142 aa		12.81	□□□□□ -0.36
PTPRF-213	ENST00000481019	C12orf40	Q86WS4	652 aa		12.81	□□□□□ -0.36
PTPRF-213	ENST00000481019	SFTPA1	Q8IWL2	248 aa		12.81	□□□□□ -0.36
PTPRF-213	ENST00000481019	MAML2	Q8IZL2	1156 aa	Predicted RBP	12.81	□□□□□ -0.36
PTPRF-213	ENST00000481019	SCML4	Q8N228	414 aa		12.81	□□□□□ -0.36
PTPRF-213	ENST00000481019	C1orf131	Q8NDD1	294 aa	Known RBP	12.81	□□□□□ -0.36
PTPRF-213	ENST00000481019	CLDN23	Q96B33	292 aa		12.81	□□□□□ -0.36
PTPRF-213	ENST00000481019	PCMTD1	Q96MG8	357 aa	Predicted RBP	12.81	□□□□□ -0.36
PTPRF-213	ENST00000481019	CPXM1	Q96SM3	734 aa		12.81	□□□□□ -0.36
PTPRF-213	ENST00000481019	EDEM3	Q9BZQ6	932 aa		12.81	□□□□□ -0.36
PTPRF-213	ENST00000481019	NACA2	Q9H009	215 aa		12.81	□□□□□ -0.36
PTPRF-213	ENST00000481019	C8orf33	Q9H7E9	229 aa	Predicted RBP	12.81	□□□□□ -0.36
PTPRF-213	ENST00000481019	CNGB3	Q9NQW8	809 aa		12.81	□□□□□ -0.36
PTPRF-213	ENST00000481019	ST7	Q9NRC1	585 aa		12.81	□□□□□ -0.36
PTPRF-213	ENST00000481019	C2orf42	Q9NWW7	574 aa		12.81	□□□□□ -0.36
PTPRF-213	ENST00000481019	SFMBT1	Q9UHJ3	866 aa		12.81	□□□□□ -0.36
PTPRF-213	ENST00000481019	DNMT3L	Q9UJW3	386 aa		12.81	□□□□□ -0.36
PTPRF-213	ENST00000481019	NOCT	Q9UK39	431 aa	Known RBP	12.81	□□□□□ -0.36
PTPRF-213	ENST00000481019	PCDHGC3	Q9UN70	934 aa		12.81	□□□□□ -0.36
PTPRF-213	ENST00000481019	CACNA1H	O95180	2353 aa		12.8	□□□□□ -0.36
PTPRF-213	ENST00000481019	MAN2B1	O00754	1011 aa		12.8	□□□□□ -0.36
PTPRF-213	ENST00000481019	MSI1	O43347	362 aa	Known RBP	12.8	□□□□□ -0.36
PTPRF-213	ENST00000481019	MED7	O43513	233 aa		12.8	□□□□□ -0.36
PTPRF-213	ENST00000481019	GALR2	O43603	387 aa	Predicted RBP	12.8	□□□□□ -0.36
PTPRF-213	ENST00000481019	ERBB2	P04626	1255 aa		12.8	□□□□□ -0.36
PTPRF-213	ENST00000481019	MME	P08473	750 aa		12.8	□□□□□ -0.36
PTPRF-213	ENST00000481019	RALA	P11233	206 aa		12.8	□□□□□ -0.36
PTPRF-213	ENST00000481019	OPRD1	P41143	372 aa		12.8	□□□□□ -0.36
PTPRF-213	ENST00000481019	SLC6A11	P48066	632 aa		12.8	□□□□□ -0.36
PTPRF-213	ENST00000481019	PSEN1	P49768	467 aa		12.8	□□□□□ -0.36
PTPRF-213	ENST00000481019	GALK1	P51570	392 aa		12.8	□□□□□ -0.36
PTPRF-213	ENST00000481019	DHCR24	Q15392	516 aa		12.8	□□□□□ -0.36
PTPRF-213	ENST00000481019	MEA1	Q16626	185 aa		12.8	□□□□□ -0.36
PTPRF-213	ENST00000481019	PTPN20	Q4JDL3	420 aa		12.8	□□□□□ -0.36
PTPRF-213	ENST00000481019	FIGN	Q5HY92	759 aa		12.8	□□□□□ -0.36
PTPRF-213	ENST00000481019	PKN3	Q6P5Z2	889 aa		12.8	□□□□□ -0.36
PTPRF-213	ENST00000481019		Q6ZS52	159 aa		12.8	□□□□□ -0.36
PTPRF-213	ENST00000481019	HTR3D	Q70Z44	454 aa		12.8	□□□□□ -0.36
PTPRF-213	ENST00000481019	TMEM110	Q86TL2	294 aa		12.8	□□□□□ -0.36
PTPRF-213	ENST00000481019	RALGPS2	Q86X27	583 aa	Predicted RBP	12.8	□□□□□ -0.36
PTPRF-213	ENST00000481019	TMEM25	Q86YD3	366 aa		12.8	□□□□□ -0.36
PTPRF-213	ENST00000481019	CNGA4	Q8IV77	575 aa		12.8	□□□□□ -0.36
PTPRF-213	ENST00000481019	SPC24	Q8NBT2	197 aa		12.8	□□□□□ -0.36
PTPRF-213	ENST00000481019	EPS8L1	Q8TE68	723 aa		12.8	□□□□□ -0.36
PTPRF-213	ENST00000481019	STK32A	Q8WU08	396 aa		12.8	□□□□□ -0.36
PTPRF-213	ENST00000481019	ATP2A3	Q93084	1043 aa		12.8	□□□□□ -0.36
PTPRF-213	ENST00000481019	NUCKS1	Q9H1E3	243 aa	Known RBP	12.8	□□□□□ -0.36
PTPRF-213	ENST00000481019	LMAN1L	Q9HAT1	526 aa		12.8	□□□□□ -0.36
PTPRF-213	ENST00000481019	POLR3B	Q9NW08	1133 aa	Predicted RBP	12.8	□□□□□ -0.36
PTPRF-213	ENST00000481019	CACNA1I	Q9P0X4	2223 aa		12.79	□□□□□ -0.36
PTPRF-213	ENST00000481019	SLC12A8	A0AV02	714 aa		12.79	□□□□□ -0.36
PTPRF-213	ENST00000481019	TRIM24	O15164	1050 aa		12.79	□□□□□ -0.36
PTPRF-213	ENST00000481019	EGF	P01133	1207 aa		12.79	□□□□□ -0.36
PTPRF-213	ENST00000481019	LTF	P02788	710 aa		12.79	□□□□□ -0.36
PTPRF-213	ENST00000481019	SOX5	P35711	763 aa		12.79	□□□□□ -0.36
PTPRF-213	ENST00000481019	PITX1	P78337	314 aa	Predicted RBP	12.79	□□□□□ -0.36

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