RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000437607.1

PTPRF-208, Transcript of protein tyrosine phosphatase, receptor type F, human

TSL 1 (best)

Gene PTPRF, Length 788 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
PTPRF-208	ENST00000437607	CDK17	Q00537	523 aa		12.81	□□□□□ -0.36
PTPRF-208	ENST00000437607	INCA1	Q0VD86	236 aa		12.81	□□□□□ -0.36
PTPRF-208	ENST00000437607	TAF12	Q16514	161 aa		12.81	□□□□□ -0.36
PTPRF-208	ENST00000437607	DDR2	Q16832	855 aa		12.81	□□□□□ -0.36
PTPRF-208	ENST00000437607	ST3GAL2	Q16842	350 aa		12.81	□□□□□ -0.36
PTPRF-208	ENST00000437607	MON1A	Q86VX9	555 aa		12.81	□□□□□ -0.36
PTPRF-208	ENST00000437607	OSTM1	Q86WC4	334 aa		12.81	□□□□□ -0.36
PTPRF-208	ENST00000437607	FAM71A	Q8IYT1	594 aa		12.81	□□□□□ -0.36
PTPRF-208	ENST00000437607	DCP1B	Q8IZD4	617 aa	Known RBP	12.81	□□□□□ -0.36
PTPRF-208	ENST00000437607	PDCL2	Q8N4E4	241 aa		12.81	□□□□□ -0.36
PTPRF-208	ENST00000437607	UBR7	Q8N806	425 aa		12.81	□□□□□ -0.36
PTPRF-208	ENST00000437607	LOXL4	Q96JB6	756 aa		12.81	□□□□□ -0.36
PTPRF-208	ENST00000437607	SNX25	Q9H3E2	840 aa		12.81	□□□□□ -0.36
PTPRF-208	ENST00000437607	KCNF1	Q9H3M0	494 aa		12.81	□□□□□ -0.36
PTPRF-208	ENST00000437607	SMOC1	Q9H4F8	434 aa		12.81	□□□□□ -0.36
PTPRF-208	ENST00000437607	KIF9	Q9HAQ2	790 aa		12.81	□□□□□ -0.36
PTPRF-208	ENST00000437607	L1RE1	Q9UN81	338 aa		12.81	□□□□□ -0.36
PTPRF-208	ENST00000437607	MAGED2	Q9UNF1	606 aa	Predicted RBP	12.81	□□□□□ -0.36
PTPRF-208	ENST00000437607	IGF2BP2	Q9Y6M1	599 aa	Known RBP eCLIP	12.81	□□□□□ -0.36
PTPRF-208	ENST00000437607	SPEG	Q15772	3267 aa		12.81	□□□□□ -0.36
PTPRF-208	ENST00000437607	GON4L	Q3T8J9	2241 aa		12.81	□□□□□ -0.36
PTPRF-208	ENST00000437607	SSU72P8	A0A1W2PR75	194 aa		12.8	□□□□□ -0.36
PTPRF-208	ENST00000437607	SOWAHD	A6NJG2	315 aa		12.8	□□□□□ -0.36
PTPRF-208	ENST00000437607	SOBP	A7XYQ1	873 aa		12.8	□□□□□ -0.36
PTPRF-208	ENST00000437607	CYP26A1	O43174	497 aa		12.8	□□□□□ -0.36
PTPRF-208	ENST00000437607	CILP	O75339	1184 aa		12.8	□□□□□ -0.36
PTPRF-208	ENST00000437607	ACO1	P21399	889 aa	Known RBP	12.8	□□□□□ -0.36
PTPRF-208	ENST00000437607	ANXA13	P27216	316 aa		12.8	□□□□□ -0.36
PTPRF-208	ENST00000437607	GNA15	P30679	374 aa		12.8	□□□□□ -0.36
PTPRF-208	ENST00000437607	PTK2	Q05397	1052 aa		12.8	□□□□□ -0.36
PTPRF-208	ENST00000437607	GRSF1	Q12849	480 aa	Known RBP eCLIP	12.8	□□□□□ -0.36
PTPRF-208	ENST00000437607	ZNF268	Q14587	947 aa	Predicted RBP	12.8	□□□□□ -0.36
PTPRF-208	ENST00000437607	ZNF77	Q15935	545 aa		12.8	□□□□□ -0.36
PTPRF-208	ENST00000437607	AASDH	Q4L235	1098 aa	Predicted RBP	12.8	□□□□□ -0.36
PTPRF-208	ENST00000437607	N4BP2L1	Q5TBK1	243 aa	Predicted RBP	12.8	□□□□□ -0.36
PTPRF-208	ENST00000437607	WDR59	Q6PJI9	974 aa		12.8	□□□□□ -0.36
PTPRF-208	ENST00000437607	TMEM139	Q8IV31	216 aa		12.8	□□□□□ -0.36
PTPRF-208	ENST00000437607	TMEM86A	Q8N2M4	240 aa		12.8	□□□□□ -0.36
PTPRF-208	ENST00000437607	EPS8L1	Q8TE68	723 aa		12.8	□□□□□ -0.36
PTPRF-208	ENST00000437607	ZC3H10	Q96K80	434 aa	Known RBP	12.8	□□□□□ -0.36
PTPRF-208	ENST00000437607	CCDC42	Q96M95	316 aa		12.8	□□□□□ -0.36
PTPRF-208	ENST00000437607	HHIP	Q96QV1	700 aa		12.8	□□□□□ -0.36
PTPRF-208	ENST00000437607	CYP2S1	Q96SQ9	504 aa		12.8	□□□□□ -0.36
PTPRF-208	ENST00000437607	ACBD6	Q9BR61	282 aa		12.8	□□□□□ -0.36
PTPRF-208	ENST00000437607	SDCBP2	Q9H190	292 aa		12.8	□□□□□ -0.36
PTPRF-208	ENST00000437607	DUSP15	Q9H1R2	295 aa	Predicted RBP	12.8	□□□□□ -0.36
PTPRF-208	ENST00000437607	SEPT11	Q9NVA2	429 aa	Known RBP	12.8	□□□□□ -0.36
PTPRF-208	ENST00000437607	SLC8A2	Q9UPR5	921 aa		12.8	□□□□□ -0.36
PTPRF-208	ENST00000437607	PCNX2	A6NKB5	2137 aa		12.79	□□□□□ -0.36
PTPRF-208	ENST00000437607	AKR1B10	O60218	316 aa		12.79	□□□□□ -0.36
PTPRF-208	ENST00000437607	ATG13	O75143	517 aa		12.79	□□□□□ -0.36
PTPRF-208	ENST00000437607	TACC1	O75410	805 aa		12.79	□□□□□ -0.36
PTPRF-208	ENST00000437607	PAEP	P09466	180 aa		12.79	□□□□□ -0.36
PTPRF-208	ENST00000437607	CSH1	P0DML2	217 aa		12.79	□□□□□ -0.36
PTPRF-208	ENST00000437607	CSH2	P0DML3	217 aa		12.79	□□□□□ -0.36
PTPRF-208	ENST00000437607	CD19	P15391	556 aa		12.79	□□□□□ -0.36
PTPRF-208	ENST00000437607	DRD1	P21728	446 aa		12.79	□□□□□ -0.36
PTPRF-208	ENST00000437607	PML	P29590	882 aa		12.79	□□□□□ -0.36
PTPRF-208	ENST00000437607	ZNF132	P52740	706 aa		12.79	□□□□□ -0.36
PTPRF-208	ENST00000437607	CDH8	P55286	799 aa		12.79	□□□□□ -0.36
PTPRF-208	ENST00000437607	TSPY1	Q01534	308 aa		12.79	□□□□□ -0.36
PTPRF-208	ENST00000437607	USP4	Q13107	963 aa		12.79	□□□□□ -0.36
PTPRF-208	ENST00000437607	MAPK8IP2	Q13387	824 aa	Predicted RBP	12.79	□□□□□ -0.36
PTPRF-208	ENST00000437607	MTF1	Q14872	753 aa		12.79	□□□□□ -0.36
PTPRF-208	ENST00000437607	SOWAHA	Q2M3V2	549 aa		12.79	□□□□□ -0.36
PTPRF-208	ENST00000437607	PLK5	Q496M5	336 aa		12.79	□□□□□ -0.36
PTPRF-208	ENST00000437607	ZNF394	Q53GI3	561 aa		12.79	□□□□□ -0.36
PTPRF-208	ENST00000437607	INTS6L	Q5JSJ4	861 aa	Known RBP	12.79	□□□□□ -0.36
PTPRF-208	ENST00000437607	DPH6	Q7L8W6	267 aa		12.79	□□□□□ -0.36
PTPRF-208	ENST00000437607	CCDC170	Q8IYT3	715 aa		12.79	□□□□□ -0.36
PTPRF-208	ENST00000437607	CAMKK1	Q8N5S9	505 aa		12.79	□□□□□ -0.36
PTPRF-208	ENST00000437607	OR6B3	Q8NGW1	331 aa		12.79	□□□□□ -0.36
PTPRF-208	ENST00000437607	SPATA18	Q8TC71	538 aa		12.79	□□□□□ -0.36
PTPRF-208	ENST00000437607	MRPS31	Q92665	395 aa	Known RBP	12.79	□□□□□ -0.36
PTPRF-208	ENST00000437607	TRMT2B	Q96GJ1	504 aa	Known RBP	12.79	□□□□□ -0.36
PTPRF-208	ENST00000437607	MYRFL	Q96LU7	910 aa		12.79	□□□□□ -0.36
PTPRF-208	ENST00000437607	ZNF830	Q96NB3	372 aa	Predicted RBP	12.79	□□□□□ -0.36
PTPRF-208	ENST00000437607	HNRNPUL1	Q9BUJ2	856 aa	Known RBP eCLIP	12.79	□□□□□ -0.36
PTPRF-208	ENST00000437607	NT5C1A	Q9BXI3	368 aa		12.79	□□□□□ -0.36
PTPRF-208	ENST00000437607	HAUS4	Q9H6D7	363 aa		12.79	□□□□□ -0.36
PTPRF-208	ENST00000437607	ECT2	Q9H8V3	914 aa		12.79	□□□□□ -0.36
PTPRF-208	ENST00000437607	NHEJ1	Q9H9Q4	299 aa	Predicted RBP	12.79	□□□□□ -0.36
PTPRF-208	ENST00000437607	DDX43	Q9NXZ2	648 aa	Known RBP	12.79	□□□□□ -0.36
PTPRF-208	ENST00000437607	ARHGAP20	Q9P2F6	1191 aa		12.79	□□□□□ -0.36
PTPRF-208	ENST00000437607	HMGXB4	Q9UGU5	601 aa		12.79	□□□□□ -0.36
PTPRF-208	ENST00000437607	GTF3C4	Q9UKN8	822 aa		12.79	□□□□□ -0.36
PTPRF-208	ENST00000437607	CNTN6	Q9UQ52	1028 aa		12.79	□□□□□ -0.36
PTPRF-208	ENST00000437607	ANTXRL	A6NF34	631 aa		12.78	□□□□□ -0.36
PTPRF-208	ENST00000437607		A8MXQ7	604 aa		12.78	□□□□□ -0.36
PTPRF-208	ENST00000437607	DCLK1	O15075	740 aa		12.78	□□□□□ -0.36
PTPRF-208	ENST00000437607	THAP12	O43422	761 aa		12.78	□□□□□ -0.36
PTPRF-208	ENST00000437607	PLEK	P08567	350 aa	Predicted RBP	12.78	□□□□□ -0.36
PTPRF-208	ENST00000437607	CYP11B1	P15538	503 aa		12.78	□□□□□ -0.36
PTPRF-208	ENST00000437607	KCNA4	P22459	653 aa		12.78	□□□□□ -0.36
PTPRF-208	ENST00000437607	WARS	P23381	471 aa	Known RBP	12.78	□□□□□ -0.36
PTPRF-208	ENST00000437607	EIF4A3	P38919	411 aa	Known RBP	12.78	□□□□□ -0.36
PTPRF-208	ENST00000437607	KIF11	P52732	1056 aa		12.78	□□□□□ -0.36
PTPRF-208	ENST00000437607	NDST1	P52848	882 aa		12.78	□□□□□ -0.36
PTPRF-208	ENST00000437607	PDGFRL	Q15198	375 aa		12.78	□□□□□ -0.36
PTPRF-208	ENST00000437607	NFE2	Q16621	373 aa	Predicted RBP	12.78	□□□□□ -0.36

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