RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000561689.6

CLN3-209, Transcript of CLN3, battenin, humanhuman

TSL 2

Gene CLN3, Length 1,957 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

Download Table  
RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLN3-209ENST00000561689 NT5C3BQ969T7 300 aa22.2■■□□□ 1.14
CLN3-209ENST00000561689 NPY6RQ99463 290 aa22.2■■□□□ 1.14
CLN3-209ENST00000561689 LRRC19Q9H756 370 aa22.2■■□□□ 1.14
CLN3-209ENST00000561689 CDY1Q9Y6F8 540 aa22.2■■□□□ 1.14
CLN3-209ENST00000561689 SOAT2O75908 522 aa22.19■■□□□ 1.14
CLN3-209ENST00000561689 FGBP02675 491 aa22.19■■□□□ 1.14
CLN3-209ENST00000561689 RPL17P18621 184 aaKnown RBP22.19■■□□□ 1.14
CLN3-209ENST00000561689 PTPN7P35236 360 aa22.19■■□□□ 1.14
CLN3-209ENST00000561689 CDH6P55285 790 aa22.19■■□□□ 1.14
CLN3-209ENST00000561689 FPGSQ05932 587 aa22.19■■□□□ 1.14
CLN3-209ENST00000561689 GPR17Q13304 367 aa22.19■■□□□ 1.14
CLN3-209ENST00000561689 TMCO3Q6UWJ1 677 aa22.19■■□□□ 1.14
CLN3-209ENST00000561689 STRADAQ7RTN6 431 aa22.19■■□□□ 1.14
CLN3-209ENST00000561689 IFT20Q8IY31 132 aa22.19■■□□□ 1.14
CLN3-209ENST00000561689 CCDC105Q8IYK2 499 aa22.19■■□□□ 1.14
CLN3-209ENST00000561689 C7orf61Q8IZ16 206 aa22.19■■□□□ 1.14
CLN3-209ENST00000561689 C12orf50Q8NA57 414 aaPredicted RBP22.19■■□□□ 1.14
CLN3-209ENST00000561689 ADAM32Q8TC27 787 aa22.19■■□□□ 1.14
CLN3-209ENST00000561689 TRIM51Q9BSJ1 452 aa22.19■■□□□ 1.14
CLN3-209ENST00000561689 SNRNP25Q9BV90 132 aaKnown RBP22.19■■□□□ 1.14
CLN3-209ENST00000561689 DCLK3Q9C098 648 aa22.19■■□□□ 1.14
CLN3-209ENST00000561689 ZNF446Q9NWS9 450 aa22.19■■□□□ 1.14
CLN3-209ENST00000561689 STAP1Q9ULZ2 295 aa22.19■■□□□ 1.14
CLN3-209ENST00000561689 M0QYT0 321 aa22.19■■□□□ 1.14
CLN3-209ENST00000561689 ADAM12O43184 909 aa22.19■■□□□ 1.14
CLN3-209ENST00000561689 EPHB4P54760 987 aa22.19■■□□□ 1.14
CLN3-209ENST00000561689 DYNLT1P63172 113 aa22.19■■□□□ 1.14
CLN3-209ENST00000561689 MMRN1Q13201 1228 aa22.19■■□□□ 1.14
CLN3-209ENST00000561689 NME3Q13232 169 aa22.19■■□□□ 1.14
CLN3-209ENST00000561689 PPIGQ13427 754 aaKnown RBP eCLIP22.19■■□□□ 1.146e-7■■□□□ 11.8
CLN3-209ENST00000561689 CA9Q16790 459 aa22.19■■□□□ 1.14
CLN3-209ENST00000561689 KIAA1841Q6NSI8 718 aa22.19■■□□□ 1.14
CLN3-209ENST00000561689 VSTM1Q6UX27 236 aa22.19■■□□□ 1.14
CLN3-209ENST00000561689 FAM131BQ86XD5 332 aa22.19■■□□□ 1.14
CLN3-209ENST00000561689 RNF168Q8IYW5 571 aaPredicted RBP22.19■■□□□ 1.14
CLN3-209ENST00000561689 SLC39A11Q8N1S5 342 aa22.19■■□□□ 1.14
CLN3-209ENST00000561689 SLC7A14Q8TBB6 771 aa22.19■■□□□ 1.14
CLN3-209ENST00000561689 GPR152Q8TDT2 470 aa22.19■■□□□ 1.14
CLN3-209ENST00000561689 IFT81Q8WYA0 676 aa22.19■■□□□ 1.14
CLN3-209ENST00000561689 IRGQQ8WZA9 623 aa22.19■■□□□ 1.14
CLN3-209ENST00000561689 NCAPGQ9BPX3 1015 aa22.19■■□□□ 1.14
CLN3-209ENST00000561689 GDF3Q9NR23 364 aa22.19■■□□□ 1.14
CLN3-209ENST00000561689 SLTMQ9NWH9 1034 aaKnown RBP eCLIP22.19■■□□□ 1.14
CLN3-209ENST00000561689 PCYOX1Q9UHG3 505 aa22.19■■□□□ 1.14
CLN3-209ENST00000561689 NLRC5Q86WI3 1866 aa22.18■■□□□ 1.14
CLN3-209ENST00000561689 MTMR11A4FU01 709 aa22.18■■□□□ 1.14
CLN3-209ENST00000561689 PTGIRP43119 386 aa22.18■■□□□ 1.14
CLN3-209ENST00000561689 KRT81Q14533 505 aa22.18■■□□□ 1.14
CLN3-209ENST00000561689 BSPRYQ5W0U4 402 aa22.18■■□□□ 1.14
CLN3-209ENST00000561689 CCDC185Q8N715 623 aa22.18■■□□□ 1.14
CLN3-209ENST00000561689 COLGALT1Q8NBJ5 622 aa22.18■■□□□ 1.14
CLN3-209ENST00000561689 FBXO22Q8NEZ5 403 aa22.18■■□□□ 1.14
CLN3-209ENST00000561689 TEKT4Q8WW24 435 aa22.18■■□□□ 1.14
CLN3-209ENST00000561689 CASKIN2Q8WXE0 1202 aa22.18■■□□□ 1.14
CLN3-209ENST00000561689 RUBCNQ92622 972 aa22.18■■□□□ 1.14
CLN3-209ENST00000561689 HAUS1Q96CS2 278 aa22.18■■□□□ 1.14
CLN3-209ENST00000561689 CRISPLD1Q9H336 500 aa22.18■■□□□ 1.14
CLN3-209ENST00000561689 ARFGAP3Q9NP61 516 aa22.18■■□□□ 1.14
CLN3-209ENST00000561689 SPDYE4A6NLX3 237 aa22.18■■□□□ 1.14
CLN3-209ENST00000561689 ERLIN1O75477 346 aa22.18■■□□□ 1.14
CLN3-209ENST00000561689 VNN2O95498 520 aa22.18■■□□□ 1.14
CLN3-209ENST00000561689 FNTAP49354 379 aa22.18■■□□□ 1.14
CLN3-209ENST00000561689 CARSP49589 748 aaKnown RBP22.18■■□□□ 1.14
CLN3-209ENST00000561689 ARSEP51690 589 aa22.18■■□□□ 1.14
CLN3-209ENST00000561689 DHX34Q14147 1143 aaKnown RBP22.18■■□□□ 1.14
CLN3-209ENST00000561689 TAZQ16635 292 aa22.18■■□□□ 1.14
CLN3-209ENST00000561689 ERMARDQ5T6L9 678 aa22.18■■□□□ 1.14
CLN3-209ENST00000561689 JAMLQ86YT9 394 aa22.18■■□□□ 1.14
CLN3-209ENST00000561689 TMEM169Q96HH4 297 aa22.18■■□□□ 1.14
CLN3-209ENST00000561689 C8orf48Q96LL4 319 aa22.18■■□□□ 1.14
CLN3-209ENST00000561689 MAGEB5Q9BZ81 275 aa22.18■■□□□ 1.14
CLN3-209ENST00000561689 CXXC1Q9P0U4 656 aaPredicted RBP22.18■■□□□ 1.14
CLN3-209ENST00000561689 TRIM66O15016 1216 aa22.17■■□□□ 1.14
CLN3-209ENST00000561689 CST8O60676 142 aa22.17■■□□□ 1.14
CLN3-209ENST00000561689 SYN1P17600 705 aa22.17■■□□□ 1.14
CLN3-209ENST00000561689 LAG3P18627 525 aa22.17■■□□□ 1.14
CLN3-209ENST00000561689 MAGEA11P43364 429 aa22.17■■□□□ 1.14
CLN3-209ENST00000561689 DPYSL3Q14195 570 aa22.17■■□□□ 1.14
CLN3-209ENST00000561689 PSMD5Q16401 504 aa22.17■■□□□ 1.14
CLN3-209ENST00000561689 MGAT5BQ3V5L5 792 aa22.17■■□□□ 1.14
CLN3-209ENST00000561689 DDX42Q86XP3 938 aaKnown RBP eCLIP22.17■■□□□ 1.14
CLN3-209ENST00000561689 SCML4Q8N228 414 aa22.17■■□□□ 1.14
CLN3-209ENST00000561689 HNRNPLLQ8WVV9 542 aaKnown RBP22.17■■□□□ 1.14
CLN3-209ENST00000561689 SEPT5Q99719 369 aaPredicted RBP22.17■■□□□ 1.14
CLN3-209ENST00000561689 TRIM31Q9BZY9 425 aa22.17■■□□□ 1.14
CLN3-209ENST00000561689 PIGVQ9NUD9 493 aa22.17■■□□□ 1.14
CLN3-209ENST00000561689 MTRRQ9UBK8 725 aa22.17■■□□□ 1.14
CLN3-209ENST00000561689 MDM4O15151 490 aa22.16■■□□□ 1.14
CLN3-209ENST00000561689 ENDOD1O94919 500 aa22.16■■□□□ 1.14
CLN3-209ENST00000561689 RDXP35241 583 aaKnown RBP22.16■■□□□ 1.14
CLN3-209ENST00000561689 PGFP49763 221 aa22.16■■□□□ 1.14
CLN3-209ENST00000561689 DEUP1Q05D60 604 aa22.16■■□□□ 1.14
CLN3-209ENST00000561689 DUSP4Q13115 394 aa22.16■■□□□ 1.14
CLN3-209ENST00000561689 CCNG2Q16589 344 aa22.16■■□□□ 1.14
CLN3-209ENST00000561689 BEND6Q5SZJ8 279 aaPredicted RBP22.16■■□□□ 1.14
CLN3-209ENST00000561689 BNIPLQ7Z465 357 aa22.16■■□□□ 1.14
CLN3-209ENST00000561689 RFX6Q8HWS3 928 aa22.16■■□□□ 1.14
CLN3-209ENST00000561689 OXCT2Q9BYC2 517 aaPredicted RBP22.16■■□□□ 1.14
CLN3-209ENST00000561689 SPG21Q9NZD8 308 aa22.16■■□□□ 1.14
CLN3-209ENST00000561689 SAE1Q9UBE0 346 aaPredicted RBP22.16■■□□□ 1.14
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 30.7 ms