RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000409945.1

USP40-202, Transcript of ubiquitin specific peptidase 40, humanhuman

TSL 2 BASIC

Gene USP40, Length 1,946 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytoplasm, Nucleus, Ribosome .

RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP40-202ENST00000409945 DUSP8Q13202 625 aa7.2□□□□□ -1.26
USP40-202ENST00000409945 GRB14Q14449 540 aa7.2□□□□□ -1.26
USP40-202ENST00000409945 RNF220Q5VTB9 566 aa7.2□□□□□ -1.26
USP40-202ENST00000409945 SRGAP1Q7Z6B7 1085 aa7.2□□□□□ -1.26
USP40-202ENST00000409945 CPXCR1Q8N123 301 aa7.2□□□□□ -1.26
USP40-202ENST00000409945 C3orf20Q8ND61 904 aa7.2□□□□□ -1.26
USP40-202ENST00000409945 CHST13Q8NET6 341 aa7.2□□□□□ -1.26
USP40-202ENST00000409945 TTC17Q96AE7 1141 aa7.2□□□□□ -1.26
USP40-202ENST00000409945 PAWRQ96IZ0 340 aaKnown RBP7.2□□□□□ -1.26
USP40-202ENST00000409945 LRRC37BQ96QE4 947 aa7.2□□□□□ -1.26
USP40-202ENST00000409945 GJD2Q9UKL4 321 aa7.2□□□□□ -1.26
USP40-202ENST00000409945 GREB1LQ9C091 1923 aaPredicted RBP7.2□□□□□ -1.26
USP40-202ENST00000409945 CAPN8A6NHC0 703 aa7.19□□□□□ -1.26
USP40-202ENST00000409945 ATP2A1O14983 1001 aa7.19□□□□□ -1.26
USP40-202ENST00000409945 MTSS1O43312 755 aa7.19□□□□□ -1.26
USP40-202ENST00000409945 CNMDO75829 334 aa7.19□□□□□ -1.26
USP40-202ENST00000409945 SGPL1O95470 568 aa7.19□□□□□ -1.26
USP40-202ENST00000409945 CD1AP06126 327 aa7.19□□□□□ -1.26
USP40-202ENST00000409945 C8AP07357 584 aa7.19□□□□□ -1.26
USP40-202ENST00000409945 HOXC6P09630 235 aa7.19□□□□□ -1.26
USP40-202ENST00000409945 KITP10721 976 aa7.19□□□□□ -1.26
USP40-202ENST00000409945 GYPEP15421 78 aa7.19□□□□□ -1.26
USP40-202ENST00000409945 PIK3CBP42338 1070 aa7.19□□□□□ -1.26
USP40-202ENST00000409945 TRAF1Q13077 416 aa7.19□□□□□ -1.26
USP40-202ENST00000409945 XRRA1Q6P2D8 792 aa7.19□□□□□ -1.26
USP40-202ENST00000409945 CMTM4Q8IZR5 234 aa7.19□□□□□ -1.26
USP40-202ENST00000409945 ANKRD35Q8N283 1001 aa7.19□□□□□ -1.26
USP40-202ENST00000409945 NCOA7Q8NI08 942 aa7.19□□□□□ -1.26
USP40-202ENST00000409945 U2AF1L4Q8WU68 220 aaKnown RBP7.19□□□□□ -1.26
USP40-202ENST00000409945 NEIL1Q96FI4 390 aaPredicted RBP7.19□□□□□ -1.26
USP40-202ENST00000409945 TMEM176AQ96HP8 235 aa7.19□□□□□ -1.26
USP40-202ENST00000409945 CDK5RAP3Q96JB5 506 aa7.19□□□□□ -1.26
USP40-202ENST00000409945 DEFB118Q96PH6 123 aa7.19□□□□□ -1.26
USP40-202ENST00000409945 SLC38A3Q99624 504 aa7.19□□□□□ -1.26
USP40-202ENST00000409945 XRN2Q9H0D6 950 aaKnown RBP eCLIP7.19□□□□□ -1.26
USP40-202ENST00000409945 FBXO28Q9NVF7 368 aa7.19□□□□□ -1.26
USP40-202ENST00000409945 RTEL1Q9NZ71 1219 aa7.19□□□□□ -1.26
USP40-202ENST00000409945 TAGLN3Q9UI15 199 aa7.19□□□□□ -1.26
USP40-202ENST00000409945 SLC45A2Q9UMX9 530 aa7.19□□□□□ -1.26
USP40-202ENST00000409945 ADAMTS5Q9UNA0 930 aa7.19□□□□□ -1.26
USP40-202ENST00000409945 ZSWIM8A7E2V4 1837 aa7.19□□□□□ -1.26
USP40-202ENST00000409945 RBBP6Q7Z6E9 1792 aaKnown RBP7.19□□□□□ -1.26
USP40-202ENST00000409945 KIAA0100Q14667 2235 aaKnown RBP7.19□□□□□ -1.26
USP40-202ENST00000409945 TCRBV7S2A1N4TA0A589 114 aa7.19□□□□□ -1.26
USP40-202ENST00000409945 CFAP69A5D8W1 941 aa7.19□□□□□ -1.26
USP40-202ENST00000409945 B4DLN1 442 aa7.19□□□□□ -1.26
USP40-202ENST00000409945 DHX16O60231 1041 aaKnown RBP7.19□□□□□ -1.26
USP40-202ENST00000409945 PQBP1O60828 265 aaKnown RBP7.19□□□□□ -1.26
USP40-202ENST00000409945 MRPL12P52815 198 aaKnown RBP7.19□□□□□ -1.26
USP40-202ENST00000409945 PTTG1IPP53801 180 aa7.19□□□□□ -1.26
USP40-202ENST00000409945 KIAA1755Q5JYT7 1200 aa7.19□□□□□ -1.26
USP40-202ENST00000409945 C10orf62Q5T681 223 aaPredicted RBP7.19□□□□□ -1.26
USP40-202ENST00000409945 TCERG1LQ5VWI1 586 aa7.19□□□□□ -1.26
USP40-202ENST00000409945 TBC1D10CQ8IV04 446 aa7.19□□□□□ -1.26
USP40-202ENST00000409945 TMEM47Q9BQJ4 181 aa7.19□□□□□ -1.26
USP40-202ENST00000409945 ACAD9Q9H845 621 aa7.19□□□□□ -1.26
USP40-202ENST00000409945 MANSC1Q9H8J5 431 aa7.19□□□□□ -1.26
USP40-202ENST00000409945 SLC38A10Q9HBR0 1119 aa7.19□□□□□ -1.26
USP40-202ENST00000409945 KMT5AQ9NQR1 393 aa7.19□□□□□ -1.26
USP40-202ENST00000409945 IL17RBQ9NRM6 502 aa7.19□□□□□ -1.26
USP40-202ENST00000409945 CNPY2Q9Y2B0 182 aa7.19□□□□□ -1.26
USP40-202ENST00000409945 PFASO15067 1338 aa7.18□□□□□ -1.26
USP40-202ENST00000409945 LAMA4Q16363 1823 aa7.18□□□□□ -1.26
USP40-202ENST00000409945 ANO9A1A5B4 782 aa7.18□□□□□ -1.26
USP40-202ENST00000409945 NMT2O60551 498 aa7.18□□□□□ -1.26
USP40-202ENST00000409945 GASTP01350 101 aa7.18□□□□□ -1.26
USP40-202ENST00000409945 RAP2AP10114 183 aa7.18□□□□□ -1.26
USP40-202ENST00000409945 EN2P19622 333 aaPredicted RBP7.18□□□□□ -1.26
USP40-202ENST00000409945 CFPP27918 469 aa7.18□□□□□ -1.26
USP40-202ENST00000409945 PRIM2P49643 509 aa7.18□□□□□ -1.26
USP40-202ENST00000409945 ALDH5A1P51649 535 aaPredicted RBP7.18□□□□□ -1.26
USP40-202ENST00000409945 APBA1Q02410 837 aa7.18□□□□□ -1.26
USP40-202ENST00000409945 LONRF1Q17RB8 773 aa7.18□□□□□ -1.26
USP40-202ENST00000409945 ASPRV1Q53RT3 343 aa7.18□□□□□ -1.26
USP40-202ENST00000409945 IL31RAQ8NI17 732 aa7.18□□□□□ -1.26
USP40-202ENST00000409945 FEZF2Q8TBJ5 459 aa7.18□□□□□ -1.26
USP40-202ENST00000409945 TRIB2Q92519 343 aa7.18□□□□□ -1.26
USP40-202ENST00000409945 USP6NLQ92738 828 aa7.18□□□□□ -1.26
USP40-202ENST00000409945 TBCBQ99426 244 aa7.18□□□□□ -1.26
USP40-202ENST00000409945 LSM14BQ9BX40 385 aaKnown RBP7.18□□□□□ -1.26
USP40-202ENST00000409945 RAVER2Q9HCJ3 691 aaKnown RBP7.18□□□□□ -1.26
USP40-202ENST00000409945 NRBP1Q9UHY1 535 aa7.18□□□□□ -1.26
USP40-202ENST00000409945 DAAM1Q9Y4D1 1078 aa7.18□□□□□ -1.26
USP40-202ENST00000409945 NEDD4P46934 1319 aa7.18□□□□□ -1.26
USP40-202ENST00000409945 CXorf49A8MYA2 514 aaPredicted RBP7.17□□□□□ -1.26
USP40-202ENST00000409945 IFIT3O14879 490 aaKnown RBP7.17□□□□□ -1.26
USP40-202ENST00000409945 PARP1P09874 1014 aaKnown RBP7.17□□□□□ -1.26
USP40-202ENST00000409945 ALAS1P13196 640 aa7.17□□□□□ -1.26
USP40-202ENST00000409945 HDCP19113 662 aa7.17□□□□□ -1.26
USP40-202ENST00000409945 GAGE13Q4V321 117 aa7.17□□□□□ -1.26
USP40-202ENST00000409945 FRMD5Q7Z6J6 570 aa7.17□□□□□ -1.26
USP40-202ENST00000409945 FAM90A1Q86YD7 464 aa7.17□□□□□ -1.26
USP40-202ENST00000409945 PLXDC1Q8IUK5 500 aa7.17□□□□□ -1.26
USP40-202ENST00000409945 TMTC2Q8N394 836 aa7.17□□□□□ -1.26
USP40-202ENST00000409945 LRTOMTQ8WZ04 291 aa7.17□□□□□ -1.26
USP40-202ENST00000409945 MAP4K1Q92918 833 aa7.17□□□□□ -1.26
USP40-202ENST00000409945 MRGPRX1Q96LB2 322 aa7.17□□□□□ -1.26
USP40-202ENST00000409945 CPEB1Q9BZB8 566 aaKnown RBP7.17□□□□□ -1.26
USP40-202ENST00000409945 MRPS18AQ9NVS2 196 aaKnown RBP7.17□□□□□ -1.26
USP40-202ENST00000409945 PUF60Q9UHX1 559 aaKnown RBP7.17□□□□□ -1.26
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 18.4 ms