RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000496447.5

PTPRF-215, Transcript of protein tyrosine phosphatase, receptor type F, human

TSL 1 (best)

Gene PTPRF, Length 5,887 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
PTPRF-215	ENST00000496447	C10orf88	Q9H8K7	445 aa		13.58	□□□□□ -0.23
PTPRF-215	ENST00000496447	MST1R	Q04912	1400 aa		13.58	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	STARD3	Q14849	445 aa		13.58	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	MRGBP	Q9NV56	204 aa		13.58	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	HOXC6	P09630	235 aa		13.58	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	BLVRA	P53004	296 aa		13.58	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	CAMK2G	Q13555	558 aa	Predicted RBP	13.58	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	PLEKHA8	Q96JA3	519 aa		13.58	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	ZFYVE19	Q96K21	471 aa		13.58	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	PNKP	Q96T60	521 aa		13.58	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	CCDC159	P0C7I6	412 aa		13.58	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	GEMIN4	P57678	1058 aa	Known RBP	13.58	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	DDX39B	Q13838	428 aa	Known RBP	13.58	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	PTPA	Q15257	358 aa		13.58	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	AGAP9	Q5VTM2	703 aa		13.58	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	ZNF555	Q8NEP9	628 aa		13.58	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	PDGFC	Q9NRA1	345 aa		13.58	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	NMRK1	Q9NWW6	199 aa		13.58	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	RNF112	Q9ULX5	631 aa		13.58	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	DAB2	P98082	770 aa		13.57	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	C16orf89	Q6UX73	402 aa		13.57	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	ROPN1B	Q9BZX4	212 aa	Predicted RBP	13.57	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	ROPN1	Q9HAT0	212 aa	Predicted RBP	13.57	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	CDY2A	Q9Y6F7	541 aa		13.57	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	CDY1	Q9Y6F8	540 aa		13.57	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	LSM8	O95777	96 aa	Known RBP	13.57	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	FNTA	P49354	379 aa		13.57	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	SWT1	Q5T5J6	900 aa	Known RBP	13.57	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	RIBC1	Q8N443	379 aa	Predicted RBP	13.57	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	CNPY3	Q9BT09	278 aa		13.57	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	NFKBIZ	Q9BYH8	718 aa		13.57	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	FBXO44	Q9H4M3	255 aa		13.57	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	COPS7B	Q9H9Q2	264 aa	Predicted RBP	13.57	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	TRPV2	Q9Y5S1	764 aa		13.57	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	EVPLL	A8MZ36	301 aa		13.57	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	SOX11	P35716	441 aa		13.57	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	BTK	Q06187	659 aa		13.57	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	TFDP3	Q5H9I0	405 aa		13.57	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	WDR93	Q6P2C0	686 aa		13.57	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	LVRN	Q6Q4G3	990 aa		13.57	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	OR2W6P	Q8NHA6	318 aa		13.57	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	CLPB	Q9H078	707 aa		13.57	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	GGT7	Q9UJ14	662 aa		13.57	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	KRT87P	A6NCN2	255 aa		13.57	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	PCDH8	O95206	1070 aa		13.57	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	CRTAM	O95727	393 aa		13.57	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	AXL	P30530	894 aa		13.57	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	MIEF2	Q96C03	454 aa		13.57	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	MAML3	Q96JK9	1138 aa		13.57	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	FHDC1	Q9C0D6	1143 aa	Predicted RBP	13.57	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	CARD9	Q9H257	536 aa		13.57	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	GID8	Q9NWU2	228 aa		13.57	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	CACNA2D2	Q9NY47	1150 aa		13.57	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	FZD1	Q9UP38	647 aa		13.57	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	AKAP10	O43572	662 aa		13.57	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	DEAF1	O75398	565 aa	Predicted RBP	13.57	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	PDE5A	O76074	875 aa		13.57	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	ADCYAP1R1	P41586	468 aa		13.57	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	MRPS15	P82914	257 aa	Known RBP	13.57	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	MYO1H	Q8N1T3	1032 aa		13.57	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	WNK4	Q96J92	1243 aa		13.57	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	IDI2	Q9BXS1	227 aa		13.57	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	ADGRE3	Q9BY15	652 aa		13.57	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	ATXN3L	Q9H3M9	355 aa		13.57	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	UTP6	Q9NYH9	597 aa	Known RBP	13.57	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	USP18	Q9UMW8	372 aa		13.57	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	PHF20L1	A8MW92	1017 aa		13.56	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	TRIM49D1	C9J1S8	452 aa		13.56	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	KLHL2	O95198	593 aa		13.56	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	PLEK	P08567	350 aa	Predicted RBP	13.56	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	FKBP1A	P62942	108 aa	Known RBP	13.56	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	VGLL4	Q14135	290 aa		13.56	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	ZNF410	Q86VK4	478 aa		13.56	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	TRAPPC12	Q8WVT3	735 aa		13.56	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	ZFP42	Q96MM3	310 aa		13.56	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	FICD	Q9BVA6	458 aa		13.56	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	HPS4	Q9NQG7	708 aa		13.56	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	KBTBD4	Q9NVX7	518 aa		13.56	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	AIM2	O14862	343 aa		13.56	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	XYLB	O75191	536 aa		13.56	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	SEC24D	O94855	1032 aa	Predicted RBP	13.56	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	APOA4	P06727	396 aa		13.56	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	PLCL1	Q15111	1095 aa		13.56	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	CHI3L2	Q15782	390 aa		13.56	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	DNAL1	Q4LDG9	190 aa		13.56	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	IQSEC1	Q6DN90	963 aa		13.56	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	JADE3	Q92613	823 aa		13.56	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	E2F7	Q96AV8	911 aa		13.56	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	DNAJC7	Q99615	494 aa		13.56	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	NT5M	Q9NPB1	228 aa		13.56	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	MAN1C1	Q9NR34	630 aa		13.56	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	LZTS1	Q9Y250	596 aa		13.56	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	IGF2BP3	O00425	579 aa	Known RBP eCLIP	13.56	□□□□□ -0.24	8e-7	■■□□□ 11.5
PTPRF-215	ENST00000496447	ACAT1	P24752	427 aa	Known RBP	13.56	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	CNTN2	Q02246	1040 aa		13.56	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	PPIL2	Q13356	520 aa		13.56	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	DDX42	Q86XP3	938 aa	Known RBP eCLIP	13.56	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	CCNJL	Q8IV13	435 aa		13.56	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	RXFP2	Q8WXD0	754 aa		13.56	□□□□□ -0.24
PTPRF-215	ENST00000496447	UBE2O	Q9C0C9	1292 aa	Known RBP	13.56	□□□□□ -0.24

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