RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000486404.5

CHMP3-208, Transcript of charged multivesicular body protein 3, human

TSL 3

Gene CHMP3, Length 650 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Cytosol, Ribosome .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
CHMP3-208	ENST00000486404	ZSCAN32	Q9NX65	697 aa		13.59	□□□□□ -0.23
CHMP3-208	ENST00000486404	IL37	Q9NZH6	218 aa		13.59	□□□□□ -0.23
CHMP3-208	ENST00000486404	TBC1D14	Q9P2M4	693 aa		13.59	□□□□□ -0.23
CHMP3-208	ENST00000486404	RWDD2A	Q9UIY3	292 aa		13.59	□□□□□ -0.23
CHMP3-208	ENST00000486404	NAGPA	Q9UK23	515 aa		13.59	□□□□□ -0.23
CHMP3-208	ENST00000486404	LSM7	Q9UK45	103 aa	Known RBP	13.59	□□□□□ -0.23
CHMP3-208	ENST00000486404	HHLA1	C9JL84	531 aa		13.58	□□□□□ -0.24
CHMP3-208	ENST00000486404	TRDMT1	O14717	391 aa	Known RBP	13.58	□□□□□ -0.24
CHMP3-208	ENST00000486404	CYP17A1	P05093	508 aa		13.58	□□□□□ -0.24
CHMP3-208	ENST00000486404	ZDHHC11B	P0C7U3	371 aa		13.58	□□□□□ -0.24
CHMP3-208	ENST00000486404	DRD1	P21728	446 aa		13.58	□□□□□ -0.24
CHMP3-208	ENST00000486404	PSEN1	P49768	467 aa		13.58	□□□□□ -0.24
CHMP3-208	ENST00000486404	ARHGAP17	Q68EM7	881 aa		13.58	□□□□□ -0.24
CHMP3-208	ENST00000486404	FSTL4	Q6MZW2	842 aa		13.58	□□□□□ -0.24
CHMP3-208	ENST00000486404	TMEM270	Q6UE05	265 aa		13.58	□□□□□ -0.24
CHMP3-208	ENST00000486404	TRIM59	Q8IWR1	403 aa		13.58	□□□□□ -0.24
CHMP3-208	ENST00000486404	CHFR	Q96EP1	664 aa		13.58	□□□□□ -0.24
CHMP3-208	ENST00000486404	CNOT6L	Q96LI5	555 aa	Known RBP	13.58	□□□□□ -0.24
CHMP3-208	ENST00000486404	CDK5RAP1	Q96SZ6	601 aa	Known RBP	13.58	□□□□□ -0.24
CHMP3-208	ENST00000486404	DACH1	Q9UI36	760 aa		13.58	□□□□□ -0.24
CHMP3-208	ENST00000486404	PCDHB4	Q9Y5E5	795 aa		13.58	□□□□□ -0.24
CHMP3-208	ENST00000486404	VPS13A	Q96RL7	3174 aa		13.58	□□□□□ -0.24
CHMP3-208	ENST00000486404	FAM186A	A6NE01	2351 aa		13.58	□□□□□ -0.24
CHMP3-208	ENST00000486404		A0A1W2PQH9	124 aa		13.57	□□□□□ -0.24
CHMP3-208	ENST00000486404	E2F8	A0AVK6	867 aa		13.57	□□□□□ -0.24
CHMP3-208	ENST00000486404	GOLGA6L22	H0YM25	854 aa		13.57	□□□□□ -0.24
CHMP3-208	ENST00000486404	PMM2	O15305	246 aa		13.57	□□□□□ -0.24
CHMP3-208	ENST00000486404	ATG13	O75143	517 aa		13.57	□□□□□ -0.24
CHMP3-208	ENST00000486404	RNF40	O75150	1001 aa		13.57	□□□□□ -0.24
CHMP3-208	ENST00000486404	EGF	P01133	1207 aa		13.57	□□□□□ -0.24
CHMP3-208	ENST00000486404	RALA	P11233	206 aa		13.57	□□□□□ -0.24
CHMP3-208	ENST00000486404	ADH5	P11766	374 aa		13.57	□□□□□ -0.24
CHMP3-208	ENST00000486404	ATP5C1	P36542	298 aa	Known RBP	13.57	□□□□□ -0.24
CHMP3-208	ENST00000486404	KIF11	P52732	1056 aa		13.57	□□□□□ -0.24
CHMP3-208	ENST00000486404	ZXDB	P98169	803 aa		13.57	□□□□□ -0.24
CHMP3-208	ENST00000486404	BST2	Q10589	180 aa	Known RBP	13.57	□□□□□ -0.24
CHMP3-208	ENST00000486404	KCNH2	Q12809	1159 aa		13.57	□□□□□ -0.24
CHMP3-208	ENST00000486404	FBXO43	Q4G163	708 aa		13.57	□□□□□ -0.24
CHMP3-208	ENST00000486404	C10orf120	Q5SQS8	335 aa		13.57	□□□□□ -0.24
CHMP3-208	ENST00000486404	RSRC2	Q7L4I2	434 aa	Known RBP	13.57	□□□□□ -0.24
CHMP3-208	ENST00000486404	CCDC186	Q7Z3E2	898 aa		13.57	□□□□□ -0.24
CHMP3-208	ENST00000486404	ARHGAP18	Q8N392	663 aa		13.57	□□□□□ -0.24
CHMP3-208	ENST00000486404	MLKL	Q8NB16	471 aa		13.57	□□□□□ -0.24
CHMP3-208	ENST00000486404	CCDC26	Q8TAB7	109 aa		13.57	□□□□□ -0.24
CHMP3-208	ENST00000486404	OTUB2	Q96DC9	234 aa		13.57	□□□□□ -0.24
CHMP3-208	ENST00000486404	INTS2	Q9H0H0	1204 aa	Known RBP	13.57	□□□□□ -0.24
CHMP3-208	ENST00000486404	LINC00597	Q9H2U6	94 aa		13.57	□□□□□ -0.24
CHMP3-208	ENST00000486404	CYLD	Q9NQC7	956 aa		13.57	□□□□□ -0.24
CHMP3-208	ENST00000486404	TSPAN16	Q9UKR8	245 aa		13.57	□□□□□ -0.24
CHMP3-208	ENST00000486404	MYO15A	Q9UKN7	3530 aa		13.56	□□□□□ -0.24
CHMP3-208	ENST00000486404	SETSIP	P0DME0	302 aa		13.56	□□□□□ -0.24
CHMP3-208	ENST00000486404	VDR	P11473	427 aa		13.56	□□□□□ -0.24
CHMP3-208	ENST00000486404	RARG	P13631	454 aa		13.56	□□□□□ -0.24
CHMP3-208	ENST00000486404	GALK1	P51570	392 aa		13.56	□□□□□ -0.24
CHMP3-208	ENST00000486404	MARS	P56192	900 aa	Known RBP	13.56	□□□□□ -0.24
CHMP3-208	ENST00000486404	GCNT1	Q02742	428 aa		13.56	□□□□□ -0.24
CHMP3-208	ENST00000486404	GAS6	Q14393	721 aa		13.56	□□□□□ -0.24
CHMP3-208	ENST00000486404	DHCR24	Q15392	516 aa		13.56	□□□□□ -0.24
CHMP3-208	ENST00000486404	BTBD8	Q5XKL5	378 aa		13.56	□□□□□ -0.24
CHMP3-208	ENST00000486404	NAIF1	Q69YI7	327 aa	Predicted RBP	13.56	□□□□□ -0.24
CHMP3-208	ENST00000486404	HEATR6	Q6AI08	1181 aa	Known RBP	13.56	□□□□□ -0.24
CHMP3-208	ENST00000486404	MAMSTR	Q6ZN01	415 aa		13.56	□□□□□ -0.24
CHMP3-208	ENST00000486404	RRAGA	Q7L523	313 aa		13.56	□□□□□ -0.24
CHMP3-208	ENST00000486404	PIGZ	Q86VD9	579 aa		13.56	□□□□□ -0.24
CHMP3-208	ENST00000486404	SIX6OS1	Q8N1H7	587 aa		13.56	□□□□□ -0.24
CHMP3-208	ENST00000486404	ANKRD52	Q8NB46	1076 aa		13.56	□□□□□ -0.24
CHMP3-208	ENST00000486404	RBBP8NL	Q8NC74	664 aa	Predicted RBP	13.56	□□□□□ -0.24
CHMP3-208	ENST00000486404	SECISBP2L	Q93073	1101 aa	Known RBP	13.56	□□□□□ -0.24
CHMP3-208	ENST00000486404	ACD	Q96AP0	544 aa		13.56	□□□□□ -0.24
CHMP3-208	ENST00000486404	ZFR	Q96KR1	1074 aa	Known RBP	13.56	□□□□□ -0.24
CHMP3-208	ENST00000486404	IPO9	Q96P70	1041 aa	Known RBP	13.56	□□□□□ -0.24
CHMP3-208	ENST00000486404	LRRC4	Q9HBW1	653 aa		13.56	□□□□□ -0.24
CHMP3-208	ENST00000486404	NCDN	Q9UBB6	729 aa		13.56	□□□□□ -0.24
CHMP3-208	ENST00000486404	DNMT3L	Q9UJW3	386 aa		13.56	□□□□□ -0.24
CHMP3-208	ENST00000486404	RAB23	Q9ULC3	237 aa		13.56	□□□□□ -0.24
CHMP3-208	ENST00000486404	KIAA1257	Q9ULG3	409 aa		13.56	□□□□□ -0.24
CHMP3-208	ENST00000486404	SMG5	Q9UPR3	1016 aa	Known RBP	13.56	□□□□□ -0.24
CHMP3-208	ENST00000486404	SLC8A2	Q9UPR5	921 aa		13.56	□□□□□ -0.24
CHMP3-208	ENST00000486404	RIF1	Q5UIP0	2472 aa	Known RBP	13.55	□□□□□ -0.24
CHMP3-208	ENST00000486404	USP34	Q70CQ2	3546 aa		13.55	□□□□□ -0.24
CHMP3-208	ENST00000486404	PALM2-AKAP2	B1ALY0	433 aa	Predicted RBP	13.55	□□□□□ -0.24
CHMP3-208	ENST00000486404		M0QYV0	167 aa		13.55	□□□□□ -0.24
CHMP3-208	ENST00000486404	XPO1	O14980	1071 aa	Known RBP	13.55	□□□□□ -0.24
CHMP3-208	ENST00000486404	PAPSS2	O95340	614 aa	Predicted RBP	13.55	□□□□□ -0.24
CHMP3-208	ENST00000486404	PAEP	P09466	180 aa		13.55	□□□□□ -0.24
CHMP3-208	ENST00000486404	KRT5	P13647	590 aa		13.55	□□□□□ -0.24
CHMP3-208	ENST00000486404	MTIF2	P46199	727 aa	Known RBP	13.55	□□□□□ -0.24
CHMP3-208	ENST00000486404	PGF	P49763	221 aa		13.55	□□□□□ -0.24
CHMP3-208	ENST00000486404	TKTL1	P51854	596 aa		13.55	□□□□□ -0.24
CHMP3-208	ENST00000486404	KDSR	Q06136	332 aa		13.55	□□□□□ -0.24
CHMP3-208	ENST00000486404	ADIG	Q0VDE8	80 aa		13.55	□□□□□ -0.24
CHMP3-208	ENST00000486404	TTC30A	Q86WT1	665 aa		13.55	□□□□□ -0.24
CHMP3-208	ENST00000486404	MIB1	Q86YT6	1006 aa		13.55	□□□□□ -0.24
CHMP3-208	ENST00000486404	FAM114A1	Q8IWE2	563 aa		13.55	□□□□□ -0.24
CHMP3-208	ENST00000486404	BBS7	Q8IWZ6	715 aa		13.55	□□□□□ -0.24
CHMP3-208	ENST00000486404	UBR7	Q8N806	425 aa		13.55	□□□□□ -0.24
CHMP3-208	ENST00000486404	ZBTB44	Q8NCP5	570 aa		13.55	□□□□□ -0.24
CHMP3-208	ENST00000486404	RPLP0P6	Q8NHW5	317 aa		13.55	□□□□□ -0.24
CHMP3-208	ENST00000486404	NMUR1	Q9HB89	426 aa		13.55	□□□□□ -0.24
CHMP3-208	ENST00000486404	MTPAP	Q9NVV4	582 aa	Known RBP eCLIP	13.55	□□□□□ -0.24

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