RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000636147.1

CLN3-244, Transcript of CLN3, battenin, human

APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC

Gene CLN3, Length 3,832 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
CLN3-244	ENST00000636147	AFAP1	Q8N556	730 aa		13.6	□□□□□ -0.23
CLN3-244	ENST00000636147	NUCB2	P80303	420 aa		13.6	□□□□□ -0.23
CLN3-244	ENST00000636147	RBM42	Q9BTD8	480 aa	Known RBP	13.6	□□□□□ -0.23
CLN3-244	ENST00000636147	ISY1	Q9ULR0	285 aa	Known RBP	13.6	□□□□□ -0.23
CLN3-244	ENST00000636147	CHD1L	Q86WJ1	897 aa		13.6	□□□□□ -0.23
CLN3-244	ENST00000636147	WDR63	Q8IWG1	891 aa		13.6	□□□□□ -0.23
CLN3-244	ENST00000636147	HMOX1	P09601	288 aa		13.59	□□□□□ -0.23
CLN3-244	ENST00000636147	DRC7	Q8IY82	874 aa		13.59	□□□□□ -0.23
CLN3-244	ENST00000636147	BCL11B	Q9C0K0	894 aa	Predicted RBP	13.59	□□□□□ -0.23
CLN3-244	ENST00000636147	CABP2	Q9NPB3	220 aa		13.59	□□□□□ -0.23
CLN3-244	ENST00000636147	UQCRHL	A0A096LP55	91 aa		13.59	□□□□□ -0.23
CLN3-244	ENST00000636147	UQCRH	P07919	91 aa		13.59	□□□□□ -0.23
CLN3-244	ENST00000636147	TRIM27	P14373	513 aa		13.59	□□□□□ -0.23
CLN3-244	ENST00000636147	MCC	P23508	829 aa		13.59	□□□□□ -0.23
CLN3-244	ENST00000636147	SYAP1	Q96A49	352 aa	Predicted RBP	13.59	□□□□□ -0.23
CLN3-244	ENST00000636147	PRDM10	Q9NQV6	1147 aa		13.59	□□□□□ -0.23
CLN3-244	ENST00000636147	KIF16B	Q96L93	1317 aa		13.58	□□□□□ -0.23
CLN3-244	ENST00000636147	ARHGEF11	O15085	1522 aa		13.58	□□□□□ -0.23
CLN3-244	ENST00000636147	PTPRG	P23470	1445 aa		13.58	□□□□□ -0.24
CLN3-244	ENST00000636147	NINL	Q9Y2I6	1382 aa		13.58	□□□□□ -0.24
CLN3-244	ENST00000636147	CDC45	O75419	566 aa		13.57	□□□□□ -0.24
CLN3-244	ENST00000636147	IQGAP2	Q13576	1575 aa		13.57	□□□□□ -0.24
CLN3-244	ENST00000636147	CIZ1	Q9ULV3	898 aa	Predicted RBP	13.57	□□□□□ -0.24
CLN3-244	ENST00000636147	GPATCH8	Q9UKJ3	1502 aa	Known RBP	13.57	□□□□□ -0.24
CLN3-244	ENST00000636147	PRAG1	Q86YV5	1406 aa		13.56	□□□□□ -0.24
CLN3-244	ENST00000636147	RILPL2	Q969X0	211 aa		13.56	□□□□□ -0.24
CLN3-244	ENST00000636147	PDCL3	Q9H2J4	239 aa		13.56	□□□□□ -0.24
CLN3-244	ENST00000636147	HDGFL2	Q7Z4V5	671 aa	Predicted RBP	13.56	□□□□□ -0.24
CLN3-244	ENST00000636147	DIAPH1	O60610	1272 aa	Known RBP	13.56	□□□□□ -0.24
CLN3-244	ENST00000636147	MINK1	Q8N4C8	1332 aa	Predicted RBP	13.56	□□□□□ -0.24
CLN3-244	ENST00000636147	CFAP44	Q96MT7	982 aa		13.55	□□□□□ -0.24
CLN3-244	ENST00000636147	USP19	O94966	1318 aa		13.55	□□□□□ -0.24
CLN3-244	ENST00000636147	CSPP1	Q1MSJ5	1256 aa		13.55	□□□□□ -0.24
CLN3-244	ENST00000636147	CHMP3	Q9Y3E7	222 aa		13.55	□□□□□ -0.24
CLN3-244	ENST00000636147	GOLGA6L4	A6NEF3	574 aa		13.54	□□□□□ -0.24
CLN3-244	ENST00000636147	TERF2IP	Q9NYB0	399 aa		13.54	□□□□□ -0.24
CLN3-244	ENST00000636147	URB2	Q14146	1524 aa	Known RBP	13.54	□□□□□ -0.24
CLN3-244	ENST00000636147	SYCE3	A1L190	88 aa		13.54	□□□□□ -0.24
CLN3-244	ENST00000636147	THUMPD2	Q9BTF0	503 aa	Known RBP	13.54	□□□□□ -0.24
CLN3-244	ENST00000636147	KCNJ4	P48050	445 aa		13.54	□□□□□ -0.24
CLN3-244	ENST00000636147	NEK4	P51957	841 aa		13.54	□□□□□ -0.24
CLN3-244	ENST00000636147	RBM27	Q9P2N5	1060 aa	Known RBP	13.53	□□□□□ -0.24
CLN3-244	ENST00000636147	NPM1	P06748	294 aa	Known RBP eCLIP	13.53	□□□□□ -0.24
CLN3-244	ENST00000636147	ANTXR1	Q9H6X2	564 aa		13.53	□□□□□ -0.24
CLN3-244	ENST00000636147	BLM	P54132	1417 aa	Predicted RBP	13.53	□□□□□ -0.24
CLN3-244	ENST00000636147	KIAA0586	Q9BVV6	1533 aa		13.53	□□□□□ -0.24
CLN3-244	ENST00000636147	TAOK2	Q9UL54	1235 aa		13.53	□□□□□ -0.24
CLN3-244	ENST00000636147	EVC2	Q86UK5	1308 aa		13.53	□□□□□ -0.24
CLN3-244	ENST00000636147	BCORL1	Q5H9F3	1711 aa		13.53	□□□□□ -0.24
CLN3-244	ENST00000636147	BAG4	O95429	457 aa	Known RBP	13.52	□□□□□ -0.24
CLN3-244	ENST00000636147	INTS3	Q68E01	1043 aa	Known RBP	13.52	□□□□□ -0.24
CLN3-244	ENST00000636147	PLPPR3	Q6T4P5	718 aa		13.52	□□□□□ -0.24
CLN3-244	ENST00000636147	ANO2	Q9NQ90	1003 aa		13.52	□□□□□ -0.24
CLN3-244	ENST00000636147	UHRF1BP1	Q6BDS2	1440 aa		13.52	□□□□□ -0.24
CLN3-244	ENST00000636147	ZMYM4	Q5VZL5	1548 aa		13.52	□□□□□ -0.24
CLN3-244	ENST00000636147	GAS2L3	Q86XJ1	694 aa		13.52	□□□□□ -0.25
CLN3-244	ENST00000636147	REC8	O95072	547 aa		13.52	□□□□□ -0.25
CLN3-244	ENST00000636147	TMPO	P42166	694 aa	Known RBP	13.52	□□□□□ -0.25
CLN3-244	ENST00000636147	MAP7D2	Q96T17	732 aa		13.52	□□□□□ -0.25
CLN3-244	ENST00000636147	CARD14	Q9BXL6	1004 aa		13.52	□□□□□ -0.25
CLN3-244	ENST00000636147	NSD3	Q9BZ95	1437 aa		13.52	□□□□□ -0.25
CLN3-244	ENST00000636147	CTTNBP2	Q8WZ74	1663 aa		13.51	□□□□□ -0.25
CLN3-244	ENST00000636147	CDK11B	P21127	795 aa	Known RBP	13.51	□□□□□ -0.25
CLN3-244	ENST00000636147	OS9	Q13438	667 aa	Predicted RBP	13.51	□□□□□ -0.25
CLN3-244	ENST00000636147	RABEP1	Q15276	862 aa		13.51	□□□□□ -0.25
CLN3-244	ENST00000636147	CCDC39	Q9UFE4	941 aa		13.51	□□□□□ -0.25
CLN3-244	ENST00000636147	PRKAR2B	P31323	418 aa		13.51	□□□□□ -0.25
CLN3-244	ENST00000636147	TBC1D9	Q6ZT07	1266 aa		13.51	□□□□□ -0.25
CLN3-244	ENST00000636147	NUP153	P49790	1475 aa	Known RBP	13.5	□□□□□ -0.25
CLN3-244	ENST00000636147	GAS2L2	Q8NHY3	880 aa		13.5	□□□□□ -0.25
CLN3-244	ENST00000636147	ZHX1	Q9UKY1	873 aa	Predicted RBP	13.5	□□□□□ -0.25
CLN3-244	ENST00000636147	PHF14	O94880	888 aa		13.49	□□□□□ -0.25
CLN3-244	ENST00000636147	GCC1	Q96CN9	775 aa		13.49	□□□□□ -0.25
CLN3-244	ENST00000636147	GPRASP1	Q5JY77	1395 aa		13.49	□□□□□ -0.25
CLN3-244	ENST00000636147	HMMR	O75330	724 aa		13.49	□□□□□ -0.25
CLN3-244	ENST00000636147	GCC2	Q8IWJ2	1684 aa		13.49	□□□□□ -0.25
CLN3-244	ENST00000636147	ADGRF5	Q8IZF2	1346 aa		13.48	□□□□□ -0.25
CLN3-244	ENST00000636147	FSD2	A1L4K1	749 aa		13.48	□□□□□ -0.25
CLN3-244	ENST00000636147	API5	Q9BZZ5	524 aa	Known RBP	13.48	□□□□□ -0.25
CLN3-244	ENST00000636147	ZFP91-CNTF	A0A0A6YYC7	529 aa	Predicted RBP	13.47	□□□□□ -0.25
CLN3-244	ENST00000636147	COL17A1	Q9UMD9	1497 aa	Predicted RBP	13.47	□□□□□ -0.25
CLN3-244	ENST00000636147	KDM5C	P41229	1560 aa		13.47	□□□□□ -0.25
CLN3-244	ENST00000636147	KIF14	Q15058	1648 aa		13.47	□□□□□ -0.25
CLN3-244	ENST00000636147	ZNF521	Q96K83	1311 aa		13.47	□□□□□ -0.25
CLN3-244	ENST00000636147	KLHL40	Q2TBA0	621 aa		13.47	□□□□□ -0.25
CLN3-244	ENST00000636147	ARHGAP5	Q13017	1502 aa		13.47	□□□□□ -0.25
CLN3-244	ENST00000636147	NECTIN2	Q92692	538 aa		13.47	□□□□□ -0.25
CLN3-244	ENST00000636147	RAB3GAP1	Q15042	981 aa		13.46	□□□□□ -0.25
CLN3-244	ENST00000636147	STAC3	Q96MF2	364 aa		13.46	□□□□□ -0.25
CLN3-244	ENST00000636147	GDPD2	Q9HCC8	539 aa		13.46	□□□□□ -0.25
CLN3-244	ENST00000636147	CCDC27	Q2M243	656 aa		13.46	□□□□□ -0.25
CLN3-244	ENST00000636147	NUTM2F	A1L443	756 aa		13.46	□□□□□ -0.26
CLN3-244	ENST00000636147	SMARCA5	O60264	1052 aa	Predicted RBP	13.46	□□□□□ -0.26
CLN3-244	ENST00000636147	ZSCAN23	Q3MJ62	389 aa		13.46	□□□□□ -0.26
CLN3-244	ENST00000636147	TSPY26P	Q9H489	355 aa		13.46	□□□□□ -0.26
CLN3-244	ENST00000636147	PRIM1	P49642	420 aa	Known RBP	13.45	□□□□□ -0.26
CLN3-244	ENST00000636147	TWISTNB	Q3B726	338 aa	Predicted RBP	13.45	□□□□□ -0.26
CLN3-244	ENST00000636147	ZNF592	Q92610	1267 aa		13.45	□□□□□ -0.26
CLN3-244	ENST00000636147	ERBB4	Q15303	1308 aa		13.45	□□□□□ -0.26
CLN3-244	ENST00000636147	MAGI1	Q96QZ7	1491 aa	Predicted RBP	13.45	□□□□□ -0.26

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