RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000558285.5

USP3-208, Transcript of ubiquitin specific peptidase 3, human

TSL 1 (best) BASIC

Gene USP3, Length 1,742 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytosol .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
USP3-208	ENST00000558285	NRXN1	Q9ULB1	1477 aa		12.47	□□□□□ -0.41
USP3-208	ENST00000558285	POGK	Q9P215	609 aa		12.46	□□□□□ -0.41
USP3-208	ENST00000558285	YTHDC2	Q9H6S0	1430 aa	Known RBP	12.46	□□□□□ -0.41
USP3-208	ENST00000558285	DSG3	P32926	999 aa		12.45	□□□□□ -0.42
USP3-208	ENST00000558285	ROBO2	Q9HCK4	1378 aa		12.45	□□□□□ -0.42
USP3-208	ENST00000558285	ROBO1	Q9Y6N7	1651 aa		12.45	□□□□□ -0.42
USP3-208	ENST00000558285	SIPA1L2	Q9P2F8	1722 aa	Predicted RBP	12.45	□□□□□ -0.42
USP3-208	ENST00000558285	EIF3A	Q14152	1382 aa	Known RBP	12.45	□□□□□ -0.42
USP3-208	ENST00000558285	JCAD	Q9P266	1359 aa		12.44	□□□□□ -0.42
USP3-208	ENST00000558285	CFAP70	Q5T0N1	1121 aa		12.43	□□□□□ -0.42
USP3-208	ENST00000558285	TMEM132E	Q6IEE7	984 aa		12.43	□□□□□ -0.42
USP3-208	ENST00000558285	SETD1A	O15047	1707 aa	Known RBP	12.43	□□□□□ -0.42
USP3-208	ENST00000558285	MST1R	Q04912	1400 aa		12.42	□□□□□ -0.42
USP3-208	ENST00000558285	LRRC59	Q96AG4	307 aa	Known RBP	12.42	□□□□□ -0.42
USP3-208	ENST00000558285	KNDC1	Q76NI1	1749 aa		12.41	□□□□□ -0.42
USP3-208	ENST00000558285	SPATA31A6	Q5VVP1	1343 aa		12.41	□□□□□ -0.42
USP3-208	ENST00000558285	BRINP3	Q76B58	766 aa		12.41	□□□□□ -0.42
USP3-208	ENST00000558285	CDC42BPG	Q6DT37	1551 aa		12.4	□□□□□ -0.42
USP3-208	ENST00000558285	DLC1	Q96QB1	1528 aa		12.4	□□□□□ -0.42
USP3-208	ENST00000558285	AHDC1	Q5TGY3	1603 aa	Predicted RBP	12.4	□□□□□ -0.42
USP3-208	ENST00000558285	NPHP3	Q7Z494	1330 aa		12.4	□□□□□ -0.42
USP3-208	ENST00000558285	ASXL1	Q8IXJ9	1541 aa		12.4	□□□□□ -0.42
USP3-208	ENST00000558285	PHLPP1	O60346	1717 aa		12.4	□□□□□ -0.43
USP3-208	ENST00000558285	C1orf167	Q5SNV9	1468 aa		12.39	□□□□□ -0.43
USP3-208	ENST00000558285	MEX3C	Q5U5Q3	659 aa	Known RBP	12.39	□□□□□ -0.43
USP3-208	ENST00000558285	PRAM1	Q96QH2	718 aa		12.39	□□□□□ -0.43
USP3-208	ENST00000558285	NEUROD1	Q13562	356 aa		12.38	□□□□□ -0.43
USP3-208	ENST00000558285	ESCO1	Q5FWF5	840 aa		12.38	□□□□□ -0.43
USP3-208	ENST00000558285	WAPL	Q7Z5K2	1190 aa		12.38	□□□□□ -0.43
USP3-208	ENST00000558285	NALCN	Q8IZF0	1738 aa		12.38	□□□□□ -0.43
USP3-208	ENST00000558285	TONSL	Q96HA7	1378 aa		12.38	□□□□□ -0.43
USP3-208	ENST00000558285	MED1	Q15648	1581 aa	Predicted RBP	12.37	□□□□□ -0.43
USP3-208	ENST00000558285	TRAK1	Q9UPV9	953 aa		12.37	□□□□□ -0.43
USP3-208	ENST00000558285	PSME1	Q06323	249 aa		12.36	□□□□□ -0.43
USP3-208	ENST00000558285	KIAA1210	Q9ULL0	1709 aa		12.35	□□□□□ -0.43
USP3-208	ENST00000558285	ANKAR	Q7Z5J8	1434 aa		12.34	□□□□□ -0.43
USP3-208	ENST00000558285	ZBTB22	O15209	634 aa		12.34	□□□□□ -0.43
USP3-208	ENST00000558285	SAFB2	Q14151	953 aa	Known RBP eCLIP	12.34	□□□□□ -0.43
USP3-208	ENST00000558285	L3MBTL2	Q969R5	705 aa		12.34	□□□□□ -0.43
USP3-208	ENST00000558285	ADGRB1	O14514	1584 aa		12.33	□□□□□ -0.44
USP3-208	ENST00000558285	COL16A1	Q07092	1604 aa	Predicted RBP	12.33	□□□□□ -0.44
USP3-208	ENST00000558285	PLEKHH1	Q9ULM0	1364 aa		12.32	□□□□□ -0.44
USP3-208	ENST00000558285	NPM3	O75607	178 aa	Known RBP	12.32	□□□□□ -0.44
USP3-208	ENST00000558285	ZNF772	Q68DY9	489 aa	Predicted RBP	12.32	□□□□□ -0.44
USP3-208	ENST00000558285	ORAI2	Q96SN7	254 aa		12.32	□□□□□ -0.44
USP3-208	ENST00000558285	CLSPN	Q9HAW4	1339 aa		12.32	□□□□□ -0.44
USP3-208	ENST00000558285	KIF1A	Q12756	1690 aa		12.32	□□□□□ -0.44
USP3-208	ENST00000558285	SIN3A	Q96ST3	1273 aa		12.31	□□□□□ -0.44
USP3-208	ENST00000558285	PHF8	Q9UPP1	1060 aa		12.31	□□□□□ -0.44
USP3-208	ENST00000558285	NHSL1	Q5SYE7	1610 aa		12.31	□□□□□ -0.44
USP3-208	ENST00000558285	SOS2	Q07890	1332 aa	Predicted RBP	12.31	□□□□□ -0.44
USP3-208	ENST00000558285	ROCK2	O75116	1388 aa	Known RBP	12.31	□□□□□ -0.44
USP3-208	ENST00000558285	GPRASP1	Q5JY77	1395 aa		12.31	□□□□□ -0.44
USP3-208	ENST00000558285	WASL	O00401	505 aa	Predicted RBP	12.31	□□□□□ -0.44
USP3-208	ENST00000558285	MINK1	Q8N4C8	1332 aa	Predicted RBP	12.3	□□□□□ -0.44
USP3-208	ENST00000558285	ADGRB2	O60241	1585 aa		12.3	□□□□□ -0.44
USP3-208	ENST00000558285	NUTM2F	A1L443	756 aa		12.3	□□□□□ -0.44
USP3-208	ENST00000558285	CAPN15	O75808	1086 aa		12.3	□□□□□ -0.44
USP3-208	ENST00000558285	SHPRH	Q149N8	1683 aa		12.3	□□□□□ -0.44
USP3-208	ENST00000558285	CENPJ	Q9HC77	1338 aa	Predicted RBP	12.3	□□□□□ -0.44
USP3-208	ENST00000558285	NUTM2B	A6NNL0	878 aa	Predicted RBP	12.29	□□□□□ -0.44
USP3-208	ENST00000558285	NUTM2E	B1AL46	878 aa	Predicted RBP	12.29	□□□□□ -0.44
USP3-208	ENST00000558285	FOXO3	O43524	673 aa		12.29	□□□□□ -0.44
USP3-208	ENST00000558285	HAP1	P54257	671 aa	Predicted RBP	12.29	□□□□□ -0.44
USP3-208	ENST00000558285	NUTM2A	Q8IVF1	878 aa	Predicted RBP	12.29	□□□□□ -0.44
USP3-208	ENST00000558285	TIMELESS	Q9UNS1	1208 aa		12.29	□□□□□ -0.44
USP3-208	ENST00000558285	FMN2	Q9NZ56	1722 aa		12.29	□□□□□ -0.44
USP3-208	ENST00000558285	SP7	Q8TDD2	431 aa	Predicted RBP	12.28	□□□□□ -0.44
USP3-208	ENST00000558285	NGDN	Q8NEJ9	315 aa	Known RBP	12.28	□□□□□ -0.44
USP3-208	ENST00000558285	ARHGEF10	O15013	1369 aa		12.28	□□□□□ -0.44
USP3-208	ENST00000558285	PNPLA6	Q8IY17	1366 aa		12.28	□□□□□ -0.44
USP3-208	ENST00000558285	KRT28	Q7Z3Y7	464 aa		12.27	□□□□□ -0.45
USP3-208	ENST00000558285	HIRIP3	Q9BW71	556 aa	Predicted RBP	12.27	□□□□□ -0.45
USP3-208	ENST00000558285	TULP4	Q9NRJ4	1543 aa		12.27	□□□□□ -0.45
USP3-208	ENST00000558285	SRPK2	P78362	688 aa	Known RBP	12.26	□□□□□ -0.45
USP3-208	ENST00000558285	PCGF6	Q9BYE7	350 aa		12.25	□□□□□ -0.45
USP3-208	ENST00000558285	CCDC61	Q9Y6R9	512 aa		12.25	□□□□□ -0.45
USP3-208	ENST00000558285	EVC2	Q86UK5	1308 aa		12.25	□□□□□ -0.45
USP3-208	ENST00000558285	SBNO1	A3KN83	1393 aa		12.25	□□□□□ -0.45
USP3-208	ENST00000558285	NBPF1	Q3BBV0	1214 aa		12.25	□□□□□ -0.45
USP3-208	ENST00000558285	CARD11	Q9BXL7	1154 aa		12.25	□□□□□ -0.45
USP3-208	ENST00000558285	SOCS7	O14512	581 aa		12.24	□□□□□ -0.45
USP3-208	ENST00000558285	LMOD2	Q6P5Q4	547 aa		12.24	□□□□□ -0.45
USP3-208	ENST00000558285	DDX17	Q92841	729 aa	Known RBP	12.24	□□□□□ -0.45
USP3-208	ENST00000558285	NUDT16	Q96DE0	195 aa	Known RBP	12.24	□□□□□ -0.45
USP3-208	ENST00000558285	NGLY1	Q96IV0	654 aa		12.24	□□□□□ -0.45
USP3-208	ENST00000558285	CDK19	Q9BWU1	502 aa		12.24	□□□□□ -0.45
USP3-208	ENST00000558285	ARHGEF28	Q8N1W1	1705 aa	Known RBP	12.24	□□□□□ -0.45
USP3-208	ENST00000558285	SPATA31A3	Q5VYP0	1347 aa		12.23	□□□□□ -0.45
USP3-208	ENST00000558285	PXDN	Q92626	1479 aa		12.23	□□□□□ -0.45
USP3-208	ENST00000558285	C8orf37	Q96NL8	207 aa		12.23	□□□□□ -0.45
USP3-208	ENST00000558285	TNS3	Q68CZ2	1445 aa		12.22	□□□□□ -0.45
USP3-208	ENST00000558285	PMFBP1	Q8TBY8	1022 aa		12.22	□□□□□ -0.45
USP3-208	ENST00000558285	CCER1	Q8TC90	406 aa	Predicted RBP	12.22	□□□□□ -0.45
USP3-208	ENST00000558285	ITSN1	Q15811	1721 aa		12.22	□□□□□ -0.45
USP3-208	ENST00000558285	BRD4	O60885	1362 aa	Predicted RBP	12.21	□□□□□ -0.45
USP3-208	ENST00000558285	ADAMTS2	O95450	1211 aa		12.21	□□□□□ -0.45
USP3-208	ENST00000558285	XPC	Q01831	940 aa	Predicted RBP	12.21	□□□□□ -0.45
USP3-208	ENST00000558285	TRPM1	Q7Z4N2	1603 aa		12.21	□□□□□ -0.46
USP3-208	ENST00000558285	PAK3	O75914	559 aa	Predicted RBP	12.2	□□□□□ -0.46

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