RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000484986.1

PTPRN-215, Transcript of protein tyrosine phosphatase, receptor type N, human

TSL 4

Gene PTPRN, Length 545 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
PTPRN-215	ENST00000484986	LRPPRC	P42704	1394 aa	Known RBP	32.86	■■■□□ 2.85
PTPRN-215	ENST00000484986	STK26	Q9P289	416 aa		32.86	■■■□□ 2.85
PTPRN-215	ENST00000484986	CDC42BPG	Q6DT37	1551 aa		32.86	■■■□□ 2.85
PTPRN-215	ENST00000484986	ESCO1	Q5FWF5	840 aa		32.85	■■■□□ 2.85
PTPRN-215	ENST00000484986	NGLY1	Q96IV0	654 aa		32.85	■■■□□ 2.85
PTPRN-215	ENST00000484986	ABCC11	Q96J66	1382 aa		32.84	■■■□□ 2.85
PTPRN-215	ENST00000484986	NPHP3	Q7Z494	1330 aa		32.84	■■■□□ 2.85
PTPRN-215	ENST00000484986	ADAMTS2	O95450	1211 aa		32.84	■■■□□ 2.85
PTPRN-215	ENST00000484986	QTRT2	Q9H974	415 aa	Known RBP	32.84	■■■□□ 2.85
PTPRN-215	ENST00000484986	UPF1	Q92900	1129 aa	Known RBP eCLIP	32.83	■■■□□ 2.85
PTPRN-215	ENST00000484986	RBM6	P78332	1123 aa	Known RBP	32.82	■■■□□ 2.84
PTPRN-215	ENST00000484986	PIK3C2G	O75747	1445 aa		32.82	■■■□□ 2.84
PTPRN-215	ENST00000484986	WAPL	Q7Z5K2	1190 aa		32.8	■■■□□ 2.84
PTPRN-215	ENST00000484986	TMEM132E	Q6IEE7	984 aa		32.79	■■■□□ 2.84
PTPRN-215	ENST00000484986	IFT172	Q9UG01	1749 aa		32.77	■■■□□ 2.84
PTPRN-215	ENST00000484986	SIRT1	Q96EB6	747 aa		32.75	■■■□□ 2.83
PTPRN-215	ENST00000484986	FOXO3	O43524	673 aa		32.74	■■■□□ 2.83
PTPRN-215	ENST00000484986	YTHDC2	Q9H6S0	1430 aa	Known RBP	32.74	■■■□□ 2.83
PTPRN-215	ENST00000484986	C14orf93	Q9H972	538 aa	Known RBP	32.73	■■■□□ 2.83
PTPRN-215	ENST00000484986	USP21	Q9UK80	565 aa		32.73	■■■□□ 2.83
PTPRN-215	ENST00000484986	FNBP4	Q8N3X1	1017 aa	Predicted RBP	32.71	■■■□□ 2.83
PTPRN-215	ENST00000484986	KNDC1	Q76NI1	1749 aa		32.71	■■■□□ 2.83
PTPRN-215	ENST00000484986	PLEKHH1	Q9ULM0	1364 aa		32.7	■■■□□ 2.83
PTPRN-215	ENST00000484986	PXDN	Q92626	1479 aa		32.7	■■■□□ 2.83
PTPRN-215	ENST00000484986	NUTM2F	A1L443	756 aa		32.7	■■■□□ 2.83
PTPRN-215	ENST00000484986	TRPC5	Q9UL62	973 aa	Predicted RBP	32.7	■■■□□ 2.83
PTPRN-215	ENST00000484986	COL22A1	Q8NFW1	1626 aa	Predicted RBP	32.69	■■■□□ 2.82
PTPRN-215	ENST00000484986	RGS12	O14924	1447 aa		32.69	■■■□□ 2.82
PTPRN-215	ENST00000484986	DHX57	Q6P158	1386 aa	Known RBP	32.68	■■■□□ 2.82
PTPRN-215	ENST00000484986	MYOM2	P54296	1465 aa		32.67	■■■□□ 2.82
PTPRN-215	ENST00000484986	NRXN1	Q9ULB1	1477 aa		32.67	■■■□□ 2.82
PTPRN-215	ENST00000484986	XPC	Q01831	940 aa	Predicted RBP	32.66	■■■□□ 2.82
PTPRN-215	ENST00000484986	RAB3GAP2	Q9H2M9	1393 aa		32.66	■■■□□ 2.82
PTPRN-215	ENST00000484986	CFAP70	Q5T0N1	1121 aa		32.64	■■■□□ 2.82
PTPRN-215	ENST00000484986	FMN2	Q9NZ56	1722 aa		32.59	■■■□□ 2.81
PTPRN-215	ENST00000484986	SPATA31A3	Q5VYP0	1347 aa		32.57	■■■□□ 2.8
PTPRN-215	ENST00000484986	KIF1A	Q12756	1690 aa		32.57	■■■□□ 2.8
PTPRN-215	ENST00000484986	ATRN	O75882	1429 aa		32.57	■■■□□ 2.8
PTPRN-215	ENST00000484986	KRT28	Q7Z3Y7	464 aa		32.56	■■■□□ 2.8
PTPRN-215	ENST00000484986	PRAM1	Q96QH2	718 aa		32.56	■■■□□ 2.8
PTPRN-215	ENST00000484986	PHF8	Q9UPP1	1060 aa		32.55	■■■□□ 2.8
PTPRN-215	ENST00000484986	ATAD2	Q6PL18	1390 aa		32.55	■■■□□ 2.8
PTPRN-215	ENST00000484986	PSME1	Q06323	249 aa		32.54	■■■□□ 2.8
PTPRN-215	ENST00000484986	POGK	Q9P215	609 aa		32.53	■■■□□ 2.8
PTPRN-215	ENST00000484986	BCL9L	Q86UU0	1499 aa		32.52	■■■□□ 2.8
PTPRN-215	ENST00000484986	SAFB2	Q14151	953 aa	Known RBP eCLIP	32.5	■■■□□ 2.79
PTPRN-215	ENST00000484986	STAC3	Q96MF2	364 aa		32.5	■■■□□ 2.79
PTPRN-215	ENST00000484986	DLC1	Q96QB1	1528 aa		32.5	■■■□□ 2.79
PTPRN-215	ENST00000484986	HRC	P23327	699 aa		32.48	■■■□□ 2.79
PTPRN-215	ENST00000484986	GJD4	Q96KN9	370 aa	Predicted RBP	32.47	■■■□□ 2.79
PTPRN-215	ENST00000484986	TNS3	Q68CZ2	1445 aa		32.45	■■■□□ 2.79
PTPRN-215	ENST00000484986	HAP1	P54257	671 aa	Predicted RBP	32.45	■■■□□ 2.79
PTPRN-215	ENST00000484986	UNC5CL	Q8IV45	518 aa		32.45	■■■□□ 2.79
PTPRN-215	ENST00000484986	MARF1	Q9Y4F3	1742 aa	Known RBP	32.45	■■■□□ 2.78
PTPRN-215	ENST00000484986	SBNO1	A3KN83	1393 aa		32.45	■■■□□ 2.78
PTPRN-215	ENST00000484986	ANKAR	Q7Z5J8	1434 aa		32.44	■■■□□ 2.78
PTPRN-215	ENST00000484986	DCAF11	Q8TEB1	546 aa		32.44	■■■□□ 2.78
PTPRN-215	ENST00000484986	TRAK1	Q9UPV9	953 aa		32.42	■■■□□ 2.78
PTPRN-215	ENST00000484986	KDM2A	Q9Y2K7	1162 aa		32.42	■■■□□ 2.78
PTPRN-215	ENST00000484986	ARHGEF10	O15013	1369 aa		32.42	■■■□□ 2.78
PTPRN-215	ENST00000484986	ADGRB1	O14514	1584 aa		32.41	■■■□□ 2.78
PTPRN-215	ENST00000484986	SLIT2	O94813	1529 aa		32.41	■■■□□ 2.78
PTPRN-215	ENST00000484986	EIF3A	Q14152	1382 aa	Known RBP	32.4	■■■□□ 2.78
PTPRN-215	ENST00000484986	LMOD2	Q6P5Q4	547 aa		32.38	■■■□□ 2.77
PTPRN-215	ENST00000484986	ADGRB2	O60241	1585 aa		32.37	■■■□□ 2.77
PTPRN-215	ENST00000484986	CCDC125	Q86Z20	511 aa		32.37	■■■□□ 2.77
PTPRN-215	ENST00000484986	USP32	Q8NFA0	1604 aa		32.37	■■■□□ 2.77
PTPRN-215	ENST00000484986	PMFBP1	Q8TBY8	1022 aa		32.36	■■■□□ 2.77
PTPRN-215	ENST00000484986	TNKS1BP1	Q9C0C2	1729 aa	Known RBP	32.36	■■■□□ 2.77
PTPRN-215	ENST00000484986	RGPD8	O14715	1765 aa	Predicted RBP	32.35	■■■□□ 2.77
PTPRN-215	ENST00000484986	CABLES1	Q8TDN4	633 aa		32.34	■■■□□ 2.77
PTPRN-215	ENST00000484986	HIRIP3	Q9BW71	556 aa	Predicted RBP	32.34	■■■□□ 2.77
PTPRN-215	ENST00000484986	MINK1	Q8N4C8	1332 aa	Predicted RBP	32.33	■■■□□ 2.77
PTPRN-215	ENST00000484986	RALGAPB	Q86X10	1494 aa		32.33	■■■□□ 2.77
PTPRN-215	ENST00000484986	GPRASP1	Q5JY77	1395 aa		32.32	■■■□□ 2.77
PTPRN-215	ENST00000484986	WASL	O00401	505 aa	Predicted RBP	32.3	■■■□□ 2.76
PTPRN-215	ENST00000484986	PLEKHG5	O94827	1062 aa		32.29	■■■□□ 2.76
PTPRN-215	ENST00000484986	VPS72	Q15906	364 aa		32.29	■■■□□ 2.76
PTPRN-215	ENST00000484986	TULP4	Q9NRJ4	1543 aa		32.27	■■■□□ 2.76
PTPRN-215	ENST00000484986	EP400	Q96L91	3159 aa		32.27	■■■□□ 2.76
PTPRN-215	ENST00000484986	GLI3	P10071	1580 aa		32.25	■■■□□ 2.75
PTPRN-215	ENST00000484986	PRR36	Q9H6K5	1346 aa		32.25	■■■□□ 2.75
PTPRN-215	ENST00000484986	NGDN	Q8NEJ9	315 aa	Known RBP	32.23	■■■□□ 2.75
PTPRN-215	ENST00000484986	CCDC9	Q9Y3X0	531 aa	Known RBP	32.23	■■■□□ 2.75
PTPRN-215	ENST00000484986	FAM83G	A6ND36	823 aa		32.22	■■■□□ 2.75
PTPRN-215	ENST00000484986	ZRANB1	Q9UGI0	708 aa		32.21	■■■□□ 2.75
PTPRN-215	ENST00000484986	NWD2	Q9ULI1	1742 aa		32.2	■■■□□ 2.75
PTPRN-215	ENST00000484986	SEPT12	Q8IYM1	358 aa		32.2	■■■□□ 2.75
PTPRN-215	ENST00000484986	ONECUT3	O60422	494 aa	Predicted RBP	32.19	■■■□□ 2.74
PTPRN-215	ENST00000484986	ABCA3	Q99758	1704 aa		32.17	■■■□□ 2.74
PTPRN-215	ENST00000484986	BLM	P54132	1417 aa	Predicted RBP	32.17	■■■□□ 2.74
PTPRN-215	ENST00000484986	PLCH1	Q4KWH8	1693 aa		32.16	■■■□□ 2.74
PTPRN-215	ENST00000484986	TRPM3	Q9HCF6	1732 aa	Predicted RBP	32.16	■■■□□ 2.74
PTPRN-215	ENST00000484986	PAK3	O75914	559 aa	Predicted RBP	32.15	■■■□□ 2.74
PTPRN-215	ENST00000484986	NUDT16	Q96DE0	195 aa	Known RBP	32.15	■■■□□ 2.74
PTPRN-215	ENST00000484986	BTG4	Q9NY30	223 aa		32.13	■■■□□ 2.73
PTPRN-215	ENST00000484986	ALS2	Q96Q42	1657 aa		32.11	■■■□□ 2.73
PTPRN-215	ENST00000484986	SF3B2	Q13435	895 aa	Known RBP	32.11	■■■□□ 2.73
PTPRN-215	ENST00000484986	KRT27	Q7Z3Y8	459 aa		32.11	■■■□□ 2.73
PTPRN-215	ENST00000484986	ARHGEF28	Q8N1W1	1705 aa	Known RBP	32.11	■■■□□ 2.73

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