RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000558836.5

CUX1-217, Transcript of cut like homeobox 1, human

TSL 5

Gene CUX1, Length 2,965 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Cytoplasm, Cytosol, Exosome, Nucleus .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
CUX1-217	ENST00000558836	PCDH9	Q9HC56	1237 aa		11.1	□□□□□ -0.63
CUX1-217	ENST00000558836	HESX1	Q9UBX0	185 aa		11.1	□□□□□ -0.63
CUX1-217	ENST00000558836	MYO18A	Q92614	2054 aa	Known RBP	11.1	□□□□□ -0.63
CUX1-217	ENST00000558836	SMIM35	A0A1B0GVV1	85 aa		11.1	□□□□□ -0.63
CUX1-217	ENST00000558836	KPNA7	A9QM74	516 aa		11.1	□□□□□ -0.63
CUX1-217	ENST00000558836	RASA4B	C9J798	803 aa		11.1	□□□□□ -0.63
CUX1-217	ENST00000558836		F5H423	210 aa	Predicted RBP	11.1	□□□□□ -0.63
CUX1-217	ENST00000558836		H7C0C1	242 aa		11.1	□□□□□ -0.63
CUX1-217	ENST00000558836	RASA4	O43374	803 aa		11.1	□□□□□ -0.63
CUX1-217	ENST00000558836	IL4R	P24394	825 aa		11.1	□□□□□ -0.63
CUX1-217	ENST00000558836	SDC4	P31431	198 aa		11.1	□□□□□ -0.63
CUX1-217	ENST00000558836	ATP5O	P48047	213 aa		11.1	□□□□□ -0.63
CUX1-217	ENST00000558836	ZKSCAN8	Q15776	578 aa	Predicted RBP	11.1	□□□□□ -0.63
CUX1-217	ENST00000558836	BBS9	Q3SYG4	887 aa		11.1	□□□□□ -0.63
CUX1-217	ENST00000558836	GKAP1	Q5VSY0	366 aa	Predicted RBP	11.1	□□□□□ -0.63
CUX1-217	ENST00000558836	ALKAL1	Q6UXT8	129 aa		11.1	□□□□□ -0.63
CUX1-217	ENST00000558836	C4orf33	Q8N1A6	199 aa		11.1	□□□□□ -0.63
CUX1-217	ENST00000558836	P3H4	Q92791	437 aa		11.1	□□□□□ -0.63
CUX1-217	ENST00000558836	MBLAC1	A4D2B0	266 aa	Predicted RBP	11.1	□□□□□ -0.63
CUX1-217	ENST00000558836	TCP11X1	B4DZS4	312 aa		11.1	□□□□□ -0.63
CUX1-217	ENST00000558836	APOC4-APOC2	K7ER74	178 aa		11.1	□□□□□ -0.63
CUX1-217	ENST00000558836	MCF2L	O15068	1137 aa		11.1	□□□□□ -0.63
CUX1-217	ENST00000558836	APOC2	P02655	101 aa		11.1	□□□□□ -0.63
CUX1-217	ENST00000558836	RARB	P10826	455 aa		11.1	□□□□□ -0.63
CUX1-217	ENST00000558836	PTPN7	P35236	360 aa		11.1	□□□□□ -0.63
CUX1-217	ENST00000558836	SLC6A3	Q01959	620 aa		11.1	□□□□□ -0.63
CUX1-217	ENST00000558836	MORF4L2	Q15014	288 aa		11.1	□□□□□ -0.63
CUX1-217	ENST00000558836	HIF1A	Q16665	826 aa		11.1	□□□□□ -0.63
CUX1-217	ENST00000558836	PKDCC	Q504Y2	493 aa		11.1	□□□□□ -0.63
CUX1-217	ENST00000558836	WDR83	Q9BRX9	315 aa	Known RBP	11.1	□□□□□ -0.63
CUX1-217	ENST00000558836	STMN4	Q9H169	189 aa	Predicted RBP	11.1	□□□□□ -0.63
CUX1-217	ENST00000558836	PLEKHA5	Q9HAU0	1116 aa		11.1	□□□□□ -0.63
CUX1-217	ENST00000558836	TMPRSS4	Q9NRS4	437 aa		11.1	□□□□□ -0.63
CUX1-217	ENST00000558836	XPO7	Q9UIA9	1087 aa	Known RBP	11.1	□□□□□ -0.63
CUX1-217	ENST00000558836	IPP	Q9Y573	584 aa		11.1	□□□□□ -0.63
CUX1-217	ENST00000558836	TIMM13	Q9Y5L4	95 aa	Predicted RBP	11.1	□□□□□ -0.63
CUX1-217	ENST00000558836	ZSWIM8	A7E2V4	1837 aa		11.09	□□□□□ -0.63
CUX1-217	ENST00000558836	CDH16	O75309	829 aa		11.09	□□□□□ -0.63
CUX1-217	ENST00000558836	PGK1	P00558	417 aa		11.09	□□□□□ -0.63
CUX1-217	ENST00000558836	HDAC4	P56524	1084 aa		11.09	□□□□□ -0.63
CUX1-217	ENST00000558836	GPX6	P59796	221 aa		11.09	□□□□□ -0.63
CUX1-217	ENST00000558836	PKN2	Q16513	984 aa	Known RBP	11.09	□□□□□ -0.63
CUX1-217	ENST00000558836	UBXN11	Q5T124	520 aa		11.09	□□□□□ -0.63
CUX1-217	ENST00000558836	CXCL17	Q6UXB2	119 aa		11.09	□□□□□ -0.63
CUX1-217	ENST00000558836	CACNA2D3	Q8IZS8	1091 aa		11.09	□□□□□ -0.63
CUX1-217	ENST00000558836	CCHCR1	Q8TD31	782 aa		11.09	□□□□□ -0.63
CUX1-217	ENST00000558836	LPP	Q93052	612 aa		11.09	□□□□□ -0.63
CUX1-217	ENST00000558836	SNRNP25	Q9BV90	132 aa	Known RBP	11.09	□□□□□ -0.63
CUX1-217	ENST00000558836	OSBPL7	Q9BZF2	842 aa		11.09	□□□□□ -0.63
CUX1-217	ENST00000558836	AP5M1	Q9H0R1	490 aa		11.09	□□□□□ -0.63
CUX1-217	ENST00000558836	FGFR1OP2	Q9NVK5	253 aa		11.09	□□□□□ -0.63
CUX1-217	ENST00000558836	FARP1	Q9Y4F1	1045 aa	Predicted RBP	11.09	□□□□□ -0.63
CUX1-217	ENST00000558836	KRT15	P19012	456 aa		11.09	□□□□□ -0.63
CUX1-217	ENST00000558836	CTGF	P29279	349 aa		11.09	□□□□□ -0.63
CUX1-217	ENST00000558836	TKT	P29401	623 aa	Known RBP	11.09	□□□□□ -0.63
CUX1-217	ENST00000558836	PCK1	P35558	622 aa		11.09	□□□□□ -0.63
CUX1-217	ENST00000558836	FKBP1B	P68106	108 aa		11.09	□□□□□ -0.63
CUX1-217	ENST00000558836	ADAM17	P78536	824 aa		11.09	□□□□□ -0.63
CUX1-217	ENST00000558836	TAZ	Q16635	292 aa		11.09	□□□□□ -0.63
CUX1-217	ENST00000558836	CENPU	Q71F23	418 aa		11.09	□□□□□ -0.63
CUX1-217	ENST00000558836	CTU1	Q7Z7A3	348 aa	Known RBP	11.09	□□□□□ -0.63
CUX1-217	ENST00000558836	NT5DC4	Q86YG4	428 aa		11.09	□□□□□ -0.63
CUX1-217	ENST00000558836	IGDCC3	Q8IVU1	814 aa		11.09	□□□□□ -0.63
CUX1-217	ENST00000558836	PYROXD2	Q8N2H3	581 aa		11.09	□□□□□ -0.63
CUX1-217	ENST00000558836	SMG8	Q8ND04	991 aa	Known RBP	11.09	□□□□□ -0.63
CUX1-217	ENST00000558836	PCDH19	Q8TAB3	1148 aa		11.09	□□□□□ -0.63
CUX1-217	ENST00000558836	PYROXD1	Q8WU10	500 aa		11.09	□□□□□ -0.63
CUX1-217	ENST00000558836	THOC1	Q96FV9	657 aa	Known RBP	11.09	□□□□□ -0.63
CUX1-217	ENST00000558836	CCDC77	Q9BR77	488 aa		11.09	□□□□□ -0.63
CUX1-217	ENST00000558836	RSAD1	Q9HA92	442 aa		11.09	□□□□□ -0.63
CUX1-217	ENST00000558836	CNTN3	Q9P232	1028 aa		11.09	□□□□□ -0.63
CUX1-217	ENST00000558836	UBQLN1	Q9UMX0	589 aa	Known RBP	11.09	□□□□□ -0.63
CUX1-217	ENST00000558836	MFHAS1	Q9Y4C4	1052 aa		11.09	□□□□□ -0.63
CUX1-217	ENST00000558836	CAPN7	Q9Y6W3	813 aa		11.09	□□□□□ -0.63
CUX1-217	ENST00000558836		A0A087WUV0	522 aa	Predicted RBP	11.08	□□□□□ -0.64
CUX1-217	ENST00000558836		A0A1W2PPM1	405 aa		11.08	□□□□□ -0.64
CUX1-217	ENST00000558836	PIR	O00625	290 aa		11.08	□□□□□ -0.64
CUX1-217	ENST00000558836	KCNN4	O15554	427 aa		11.08	□□□□□ -0.64
CUX1-217	ENST00000558836	BEST1	O76090	585 aa		11.08	□□□□□ -0.64
CUX1-217	ENST00000558836	MAGEA9	P43362	315 aa		11.08	□□□□□ -0.64
CUX1-217	ENST00000558836	NDUFV1	P49821	464 aa		11.08	□□□□□ -0.64
CUX1-217	ENST00000558836	GSC	P56915	257 aa	Predicted RBP	11.08	□□□□□ -0.64
CUX1-217	ENST00000558836	PITX1	P78337	314 aa	Predicted RBP	11.08	□□□□□ -0.64
CUX1-217	ENST00000558836	FSCN1	Q16658	493 aa	Known RBP	11.08	□□□□□ -0.64
CUX1-217	ENST00000558836	GNAS	Q5JWF2	1037 aa		11.08	□□□□□ -0.64
CUX1-217	ENST00000558836	FBXW10	Q5XX13	1052 aa		11.08	□□□□□ -0.64
CUX1-217	ENST00000558836	C3orf62	Q6ZUJ4	267 aa		11.08	□□□□□ -0.64
CUX1-217	ENST00000558836	CROCCP2	Q86T23	111 aa		11.08	□□□□□ -0.64
CUX1-217	ENST00000558836	TADA2B	Q86TJ2	420 aa		11.08	□□□□□ -0.64
CUX1-217	ENST00000558836	TMEM110	Q86TL2	294 aa		11.08	□□□□□ -0.64
CUX1-217	ENST00000558836	PQLC3	Q8N755	202 aa		11.08	□□□□□ -0.64
CUX1-217	ENST00000558836	PLD5	Q8N7P1	536 aa		11.08	□□□□□ -0.64
CUX1-217	ENST00000558836	FBXO36	Q8NEA4	188 aa		11.08	□□□□□ -0.64
CUX1-217	ENST00000558836	WNT8B	Q93098	351 aa		11.08	□□□□□ -0.64
CUX1-217	ENST00000558836	FAM149B1	Q96BN6	582 aa		11.08	□□□□□ -0.64
CUX1-217	ENST00000558836	CENPT	Q96BT3	561 aa		11.08	□□□□□ -0.64
CUX1-217	ENST00000558836	RNF157	Q96PX1	679 aa		11.08	□□□□□ -0.64
CUX1-217	ENST00000558836	KLF6	Q99612	283 aa	Predicted RBP	11.08	□□□□□ -0.64
CUX1-217	ENST00000558836	SLC4A5	Q9BY07	1137 aa		11.08	□□□□□ -0.64
CUX1-217	ENST00000558836	SNX25	Q9H3E2	840 aa		11.08	□□□□□ -0.64

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