RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000566472.1

CLN3-223, Transcript of CLN3, battenin, human

TSL 4

Gene CLN3, Length 551 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
CLN3-223	ENST00000566472	ACVR2B	Q13705	512 aa		6.55	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	GRB14	Q14449	540 aa		6.55	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	SPARCL1	Q14515	664 aa		6.55	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	TMED2	Q15363	201 aa		6.55	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	GRIK4	Q16099	956 aa		6.55	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	HIF1A	Q16665	826 aa		6.55	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	KCTD19	Q17RG1	926 aa	Predicted RBP	6.55	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	DUSP28	Q4G0W2	176 aa		6.55	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	PKDCC	Q504Y2	493 aa		6.55	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	BOLA3	Q53S33	107 aa		6.55	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	FAM102A	Q5T9C2	384 aa	Predicted RBP	6.55	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	C9orf131	Q5VYM1	1079 aa		6.55	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	IQSEC1	Q6DN90	963 aa		6.55	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	DLK2	Q6UY11	383 aa		6.55	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	ARC	Q7LC44	396 aa		6.55	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	SESTD1	Q86VW0	696 aa		6.55	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	GLIS1	Q8NBF1	620 aa		6.55	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	KCTD6	Q8NC69	237 aa		6.55	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	BEST2	Q8NFU1	509 aa		6.55	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	NLRP7	Q8WX94	980 aa		6.55	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	CPT1B	Q92523	772 aa		6.55	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	KAT2B	Q92831	832 aa		6.55	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	ALKBH8	Q96BT7	664 aa	Known RBP	6.55	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	RTP4	Q96DX8	246 aa		6.55	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	SNX27	Q96L92	541 aa		6.55	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	HEXIM2	Q96MH2	286 aa	Known RBP	6.55	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	ELAC2	Q9BQ52	826 aa	Known RBP	6.55	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	TMEM121	Q9BTD3	319 aa		6.55	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	DHRS4	Q9BTZ2	278 aa		6.55	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	SLC4A5	Q9BY07	1137 aa		6.55	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	GCOM2	Q9BZD3	368 aa	Predicted RBP	6.55	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	ACSS3	Q9H6R3	686 aa		6.55	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	KCNK9	Q9NPC2	374 aa		6.55	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	DNAJC17	Q9NVM6	304 aa	Known RBP	6.55	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	HAUS2	Q9NVX0	235 aa		6.55	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	SLC5A4	Q9NY91	659 aa		6.55	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	CTNNAL1	Q9UBT7	734 aa		6.55	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	HMGXB4	Q9UGU5	601 aa		6.55	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	SLC12A4	Q9UP95	1085 aa		6.55	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	EP400	Q96L91	3159 aa		6.55	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	CLUH	O75153	1309 aa		6.54	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	SBF1	O95248	1867 aa		6.54	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	SMIM35	A0A1B0GVV1	85 aa		6.54	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	BCLAF3	A2AJT9	711 aa	Known RBP	6.54	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	TCP11X1	B4DZS4	312 aa		6.54	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	RASA4B	C9J798	803 aa		6.54	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472		H3BRB1	525 aa		6.54	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	PDHX	O00330	501 aa		6.54	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	MDM4	O15151	490 aa		6.54	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	CHAD	O15335	359 aa		6.54	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	RASA4	O43374	803 aa		6.54	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	XPOT	O43592	962 aa	Known RBP	6.54	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	PRPSAP2	O60256	369 aa		6.54	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	RASSF9	O75901	435 aa		6.54	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	FAM155B	O75949	473 aa		6.54	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	ZWINT	O95229	277 aa		6.54	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	ASMTL	O95671	621 aa		6.54	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	SNAI1	O95863	264 aa	Predicted RBP	6.54	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	IFNB1	P01574	187 aa		6.54	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	CD4	P01730	458 aa		6.54	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	VTN	P04004	478 aa		6.54	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	GSTA2	P09210	222 aa		6.54	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	FAM163B	P0C2L3	166 aa		6.54	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	ZSCAN5DP	P0CG00	497 aa		6.54	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	RBP3	P10745	1247 aa		6.54	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	ZFX	P17010	805 aa	Predicted RBP	6.54	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	GCA	P28676	217 aa		6.54	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	PNPLA4	P41247	253 aa		6.54	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	SKIV2L2	P42285	1042 aa	Known RBP	6.54	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	MAGEA6	P43360	314 aa		6.54	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	PTPN9	P43378	593 aa		6.54	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	ACADSB	P45954	432 aa		6.54	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	IFNAR2	P48551	515 aa		6.54	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	RPL34	P49207	117 aa	Known RBP	6.54	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	YARS	P54577	528 aa	Known RBP	6.54	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	CDH8	P55286	799 aa		6.54	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	GEMIN4	P57678	1058 aa	Known RBP	6.54	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	PLCB3	Q01970	1234 aa		6.54	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	CCDC15	Q0P6D6	951 aa		6.54	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	PDIA2	Q13087	525 aa	Known RBP	6.54	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	MTFR1	Q15390	333 aa		6.54	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	ZBTB6	Q15916	424 aa		6.54	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	DGKD	Q16760	1214 aa		6.54	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	GOLGA7B	Q2TAP0	167 aa		6.54	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	CCDC38	Q502W7	563 aa		6.54	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	SPDYA	Q5MJ70	313 aa		6.54	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	RNF43	Q68DV7	783 aa		6.54	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	OR6B2	Q6IFH4	312 aa		6.54	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	CYP4F22	Q6NT55	531 aa		6.54	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	SLC27A1	Q6PCB7	646 aa		6.54	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	OLFML1	Q6UWY5	402 aa		6.54	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	FAM183BP	Q6ZVS7	135 aa		6.54	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	MOB2	Q70IA6	237 aa		6.54	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	TRPM8	Q7Z2W7	1104 aa		6.54	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	SPATA21	Q7Z572	469 aa		6.54	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	TMEM110	Q86TL2	294 aa		6.54	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	CDR2L	Q86X02	465 aa	Predicted RBP	6.54	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	CDKL3	Q8IVW4	592 aa	Predicted RBP	6.54	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	SRRM1	Q8IYB3	904 aa	Known RBP	6.54	□□□□□ -1.36
CLN3-223	ENST00000566472	ZBED8	Q8IZ13	594 aa		6.54	□□□□□ -1.36

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