RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000544547.5

LIMS1-215, Transcript of LIM zinc finger domain containing 1, humanhuman

APPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC

Gene LIMS1, Length 4,461 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytosol .

Download Table  
RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMS1-215ENST00000544547 PMLP29590 882 aa14.86□□□□□ -0.03
LIMS1-215ENST00000544547 NFIAQ12857 509 aa14.86□□□□□ -0.03
LIMS1-215ENST00000544547 FAM160B1Q5W0V3 765 aa14.86□□□□□ -0.03
LIMS1-215ENST00000544547 PRR5LQ6MZQ0 368 aa14.86□□□□□ -0.03
LIMS1-215ENST00000544547 ZDHHC24Q6UX98 284 aa14.86□□□□□ -0.03
LIMS1-215ENST00000544547 B3GNT6Q6ZMB0 384 aa14.86□□□□□ -0.03
LIMS1-215ENST00000544547 TSHZ1Q6ZSZ6 1077 aa14.86□□□□□ -0.03
LIMS1-215ENST00000544547 ALYREFQ86V81 257 aaKnown RBP14.86□□□□□ -0.03
LIMS1-215ENST00000544547 TTC13Q8NBP0 860 aa14.86□□□□□ -0.03
LIMS1-215ENST00000544547 OR6Y1Q8NGX8 325 aa14.86□□□□□ -0.03
LIMS1-215ENST00000544547 CMTM5Q96DZ9 223 aa14.86□□□□□ -0.03
LIMS1-215ENST00000544547 CCDC134Q9H6E4 229 aa14.86□□□□□ -0.03
LIMS1-215ENST00000544547 C20orf96Q9NUD7 363 aaPredicted RBP14.86□□□□□ -0.03
LIMS1-215ENST00000544547 AFDNP55196 1824 aaKnown RBP14.86□□□□□ -0.03
LIMS1-215ENST00000544547 ABL2P42684 1182 aa14.85□□□□□ -0.03
LIMS1-215ENST00000544547 ACAD10Q6JQN1 1059 aa14.85□□□□□ -0.03
LIMS1-215ENST00000544547 RSBN1LQ6PCB5 846 aaPredicted RBP14.85□□□□□ -0.03
LIMS1-215ENST00000544547 EEPD1Q7L9B9 569 aa14.85□□□□□ -0.03
LIMS1-215ENST00000544547 RCOR2Q8IZ40 523 aa14.85□□□□□ -0.03
LIMS1-215ENST00000544547 GRHL1Q9NZI5 618 aa14.85□□□□□ -0.03
LIMS1-215ENST00000544547 TLK1Q9UKI8 766 aa14.85□□□□□ -0.03
LIMS1-215ENST00000544547 CAMTA1Q9Y6Y1 1673 aa14.85□□□□□ -0.03
LIMS1-215ENST00000544547 BTNL10A8MVZ5 291 aa14.85□□□□□ -0.03
LIMS1-215ENST00000544547 RBP3P10745 1247 aa14.85□□□□□ -0.03
LIMS1-215ENST00000544547 HDAC4P56524 1084 aa14.85□□□□□ -0.03
LIMS1-215ENST00000544547 PDK3Q15120 406 aa14.85□□□□□ -0.03
LIMS1-215ENST00000544547 CNPY1Q3B7I2 92 aa14.85□□□□□ -0.03
LIMS1-215ENST00000544547 KCNT1Q5JUK3 1230 aa14.85□□□□□ -0.03
LIMS1-215ENST00000544547 LPCAT2Q7L5N7 544 aa14.85□□□□□ -0.03
LIMS1-215ENST00000544547 DPP9Q86TI2 863 aa14.85□□□□□ -0.03
LIMS1-215ENST00000544547 ZNF333Q96JL9 665 aa14.85□□□□□ -0.03
LIMS1-215ENST00000544547 PRPSAP1Q14558 356 aa14.85□□□□□ -0.03
LIMS1-215ENST00000544547 MFSD4BQ5TF39 518 aa14.85□□□□□ -0.03
LIMS1-215ENST00000544547 MFSD5Q6N075 450 aa14.85□□□□□ -0.03
LIMS1-215ENST00000544547 TMEM179Q6ZVK1 233 aa14.85□□□□□ -0.03
LIMS1-215ENST00000544547 TMEM35BQ8NCS4 154 aa14.85□□□□□ -0.03
LIMS1-215ENST00000544547 GSTCDQ8NEC7 633 aa14.85□□□□□ -0.03
LIMS1-215ENST00000544547 CCDC68Q9H2F9 335 aa14.85□□□□□ -0.03
LIMS1-215ENST00000544547 RIOX1Q9H6W3 641 aa14.85□□□□□ -0.03
LIMS1-215ENST00000544547 ZDHHC18Q9NUE0 388 aa14.85□□□□□ -0.03
LIMS1-215ENST00000544547 SOX13Q9UN79 622 aa14.85□□□□□ -0.03
LIMS1-215ENST00000544547 PRPSAP2O60256 369 aa14.84□□□□□ -0.03
LIMS1-215ENST00000544547 TPST1O60507 370 aa14.84□□□□□ -0.03
LIMS1-215ENST00000544547 OCA2Q04671 838 aa14.84□□□□□ -0.03
LIMS1-215ENST00000544547 OR6B2Q6IFH4 312 aa14.84□□□□□ -0.03
LIMS1-215ENST00000544547 DDHD1Q8NEL9 900 aa14.84□□□□□ -0.03
LIMS1-215ENST00000544547 PARVAQ9NVD7 372 aa14.84□□□□□ -0.03
LIMS1-215ENST00000544547 ETNK2Q9NVF9 386 aa14.84□□□□□ -0.03
LIMS1-215ENST00000544547 DNPEPQ9ULA0 475 aa14.84□□□□□ -0.03
LIMS1-215ENST00000544547 STRIP2Q9ULQ0 834 aa14.84□□□□□ -0.03
LIMS1-215ENST00000544547 DNAJC16Q9Y2G8 782 aa14.84□□□□□ -0.03
LIMS1-215ENST00000544547 RGPD2P0DJD1 1756 aa14.84□□□□□ -0.03
LIMS1-215ENST00000544547 C2CD2LO14523 706 aa14.84□□□□□ -0.03
LIMS1-215ENST00000544547 SERPINB5P36952 375 aa14.84□□□□□ -0.03
LIMS1-215ENST00000544547 SNRNP35Q16560 246 aaKnown RBP14.84□□□□□ -0.03
LIMS1-215ENST00000544547 ZBTB33Q86T24 672 aa14.84□□□□□ -0.03
LIMS1-215ENST00000544547 TRABD2AQ86V40 505 aa14.84□□□□□ -0.03
LIMS1-215ENST00000544547 ZSWIM2Q8NEG5 633 aa14.84□□□□□ -0.03
LIMS1-215ENST00000544547 BEGAINQ9BUH8 593 aa14.84□□□□□ -0.03
LIMS1-215ENST00000544547 NDUFB10O96000 172 aa14.84□□□□□ -0.03
LIMS1-215ENST00000544547 CCNG2Q16589 344 aa14.84□□□□□ -0.03
LIMS1-215ENST00000544547 TMEM119Q4V9L6 283 aa14.84□□□□□ -0.03
LIMS1-215ENST00000544547 CDC42EP5Q6NZY7 148 aa14.84□□□□□ -0.03
LIMS1-215ENST00000544547 PDZD4Q76G19 769 aaPredicted RBP14.84□□□□□ -0.03
LIMS1-215ENST00000544547 DRAXINQ8NBI3 349 aaPredicted RBP14.84□□□□□ -0.03
LIMS1-215ENST00000544547 USP6NLQ92738 828 aa14.84□□□□□ -0.03
LIMS1-215ENST00000544547 MTMR9Q96QG7 549 aa14.84□□□□□ -0.03
LIMS1-215ENST00000544547 CCDC90BQ9GZT6 254 aa14.84□□□□□ -0.03
LIMS1-215ENST00000544547 ING2Q9H160 280 aa14.84□□□□□ -0.03
LIMS1-215ENST00000544547 COG5Q9UP83 839 aa14.84□□□□□ -0.03
LIMS1-215ENST00000544547 ZMPSTE24O75844 475 aa14.84□□□□□ -0.03
LIMS1-215ENST00000544547 MMP10P09238 476 aa14.84□□□□□ -0.03
LIMS1-215ENST00000544547 PSMC3P17980 439 aa14.84□□□□□ -0.03
LIMS1-215ENST00000544547 GSTA3Q16772 222 aa14.84□□□□□ -0.03
LIMS1-215ENST00000544547 CDCA2Q69YH5 1023 aaPredicted RBP14.84□□□□□ -0.03
LIMS1-215ENST00000544547 ZNF786Q8N393 782 aa14.84□□□□□ -0.03
LIMS1-215ENST00000544547 DCAF4Q8WV16 495 aa14.84□□□□□ -0.03
LIMS1-215ENST00000544547 DNAAF2Q9NVR5 837 aaKnown RBP14.84□□□□□ -0.03
LIMS1-215ENST00000544547 TMEM59LQ9UK28 342 aa14.84□□□□□ -0.03
LIMS1-215ENST00000544547 SPATA31A1Q5TZJ5 1347 aa14.84□□□□□ -0.03
LIMS1-215ENST00000544547 E9PBE3 544 aa14.83□□□□□ -0.03
LIMS1-215ENST00000544547 KLHL41O60662 606 aa14.83□□□□□ -0.03
LIMS1-215ENST00000544547 SESN2P58004 480 aaPredicted RBP14.83□□□□□ -0.03
LIMS1-215ENST00000544547 ROR1Q01973 937 aa14.83□□□□□ -0.03
LIMS1-215ENST00000544547 CEP55Q53EZ4 464 aa14.83□□□□□ -0.03
LIMS1-215ENST00000544547 NOP9Q86U38 636 aaKnown RBP14.83□□□□□ -0.03
LIMS1-215ENST00000544547 KIAA2013Q8IYS2 634 aa14.83□□□□□ -0.03
LIMS1-215ENST00000544547 CATSPER1Q8NEC5 780 aa14.83□□□□□ -0.03
LIMS1-215ENST00000544547 NR1H4Q96RI1 486 aaPredicted RBP14.83□□□□□ -0.03
LIMS1-215ENST00000544547 STX18Q9P2W9 335 aaKnown RBP14.83□□□□□ -0.03
LIMS1-215ENST00000544547 SLC24A2Q9UI40 661 aa14.83□□□□□ -0.03
LIMS1-215ENST00000544547 TTC36A6NLP5 189 aa14.83□□□□□ -0.04
LIMS1-215ENST00000544547 PIK3R2O00459 728 aa14.83□□□□□ -0.04
LIMS1-215ENST00000544547 GZMAP12544 262 aa14.83□□□□□ -0.04
LIMS1-215ENST00000544547 MAPK10P53779 464 aa14.83□□□□□ -0.04
LIMS1-215ENST00000544547 CDH6P55285 790 aa14.83□□□□□ -0.04
LIMS1-215ENST00000544547 OCRLQ01968 901 aa14.83□□□□□ -0.04
LIMS1-215ENST00000544547 ANO4Q32M45 955 aa14.83□□□□□ -0.04
LIMS1-215ENST00000544547 MTERF2Q49AM1 385 aa14.83□□□□□ -0.04
LIMS1-215ENST00000544547 LRRC8EQ6NSJ5 796 aa14.83□□□□□ -0.04
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 50.4 ms