RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000543658.5

DDB1-223, Transcript of damage specific DNA binding protein 1, human

TSL 4

Gene DDB1, Length 571 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytosol, Nucleus, Ribosome .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
DDB1-223	ENST00000543658	SFMBT2	Q5VUG0	894 aa		12.7	□□□□□ -0.38
DDB1-223	ENST00000543658	WSCD1	Q658N2	575 aa		12.7	□□□□□ -0.38
DDB1-223	ENST00000543658	FAM109B	Q6ICB4	259 aa	Predicted RBP	12.7	□□□□□ -0.38
DDB1-223	ENST00000543658	OVOS1	Q6IE37	1185 aa		12.7	□□□□□ -0.38
DDB1-223	ENST00000543658	ZNF280D	Q6N043	979 aa		12.7	□□□□□ -0.38
DDB1-223	ENST00000543658	PDXDC1	Q6P996	788 aa		12.7	□□□□□ -0.38
DDB1-223	ENST00000543658	PDCL2	Q8N4E4	241 aa		12.7	□□□□□ -0.38
DDB1-223	ENST00000543658	RBBP8NL	Q8NC74	664 aa	Predicted RBP	12.7	□□□□□ -0.38
DDB1-223	ENST00000543658	KAT5	Q92993	513 aa		12.7	□□□□□ -0.38
DDB1-223	ENST00000543658	TNIP3	Q96KP6	325 aa		12.7	□□□□□ -0.38
DDB1-223	ENST00000543658	KREMEN1	Q96MU8	473 aa		12.7	□□□□□ -0.38
DDB1-223	ENST00000543658	TTPAL	Q9BTX7	342 aa		12.7	□□□□□ -0.38
DDB1-223	ENST00000543658	C11orf84	Q9BUA3	381 aa	Predicted RBP	12.7	□□□□□ -0.38
DDB1-223	ENST00000543658	HERC2P3	Q9BVR0	1158 aa		12.7	□□□□□ -0.38
DDB1-223	ENST00000543658	PBX4	Q9BYU1	374 aa		12.7	□□□□□ -0.38
DDB1-223	ENST00000543658	NKX2-4	Q9H2Z4	354 aa		12.7	□□□□□ -0.38
DDB1-223	ENST00000543658	MTUS1	Q9ULD2	1270 aa		12.7	□□□□□ -0.38
DDB1-223	ENST00000543658	BARX2	Q9UMQ3	279 aa	Predicted RBP	12.7	□□□□□ -0.38
DDB1-223	ENST00000543658	LPXN	O60711	386 aa		12.69	□□□□□ -0.38
DDB1-223	ENST00000543658	MFAP3L	O75121	409 aa		12.69	□□□□□ -0.38
DDB1-223	ENST00000543658	SOD2	P04179	222 aa		12.69	□□□□□ -0.38
DDB1-223	ENST00000543658	CYP11A1	P05108	521 aa		12.69	□□□□□ -0.38
DDB1-223	ENST00000543658	RB1	P06400	928 aa		12.69	□□□□□ -0.38
DDB1-223	ENST00000543658	FER	P16591	822 aa		12.69	□□□□□ -0.38
DDB1-223	ENST00000543658	TKT	P29401	623 aa	Known RBP	12.69	□□□□□ -0.38
DDB1-223	ENST00000543658	SOX5	P35711	763 aa		12.69	□□□□□ -0.38
DDB1-223	ENST00000543658	GNL1	P36915	607 aa	Predicted RBP	12.69	□□□□□ -0.38
DDB1-223	ENST00000543658	GLUD2	P49448	558 aa		12.69	□□□□□ -0.38
DDB1-223	ENST00000543658	PDE6C	P51160	858 aa		12.69	□□□□□ -0.38
DDB1-223	ENST00000543658	NDST1	P52848	882 aa		12.69	□□□□□ -0.38
DDB1-223	ENST00000543658	CDH8	P55286	799 aa		12.69	□□□□□ -0.38
DDB1-223	ENST00000543658	BPIFB4	P59827	614 aa		12.69	□□□□□ -0.38
DDB1-223	ENST00000543658	SMAD3	P84022	425 aa	Known RBP	12.69	□□□□□ -0.38
DDB1-223	ENST00000543658	TSPY1	Q01534	308 aa		12.69	□□□□□ -0.38
DDB1-223	ENST00000543658	ZNF394	Q53GI3	561 aa		12.69	□□□□□ -0.38
DDB1-223	ENST00000543658	TDRD12	Q587J7	1177 aa	Known RBP	12.69	□□□□□ -0.38
DDB1-223	ENST00000543658	SMYD5	Q6GMV2	418 aa		12.69	□□□□□ -0.38
DDB1-223	ENST00000543658	ANKS3	Q6ZW76	656 aa		12.69	□□□□□ -0.38
DDB1-223	ENST00000543658	DDX53	Q86TM3	631 aa	Known RBP	12.69	□□□□□ -0.38
DDB1-223	ENST00000543658	UNC93A	Q86WB7	457 aa		12.69	□□□□□ -0.38
DDB1-223	ENST00000543658	TMEM173	Q86WV6	379 aa	Predicted RBP	12.69	□□□□□ -0.38
DDB1-223	ENST00000543658	KLHL23	Q8NBE8	558 aa		12.69	□□□□□ -0.38
DDB1-223	ENST00000543658	FBXO22	Q8NEZ5	403 aa		12.69	□□□□□ -0.38
DDB1-223	ENST00000543658	SHC3	Q92529	594 aa		12.69	□□□□□ -0.38
DDB1-223	ENST00000543658	MRPL45	Q9BRJ2	306 aa	Known RBP	12.69	□□□□□ -0.38
DDB1-223	ENST00000543658	C17orf80	Q9BSJ5	609 aa		12.69	□□□□□ -0.38
DDB1-223	ENST00000543658	NT5C1A	Q9BXI3	368 aa		12.69	□□□□□ -0.38
DDB1-223	ENST00000543658	NAA15	Q9BXJ9	866 aa	Known RBP	12.69	□□□□□ -0.38
DDB1-223	ENST00000543658	GPR62	Q9BZJ7	368 aa		12.69	□□□□□ -0.38
DDB1-223	ENST00000543658	TTYH3	Q9C0H2	523 aa		12.69	□□□□□ -0.38
DDB1-223	ENST00000543658	DDX43	Q9NXZ2	648 aa	Known RBP	12.69	□□□□□ -0.38
DDB1-223	ENST00000543658	AJAP1	Q9UKB5	411 aa	Predicted RBP	12.69	□□□□□ -0.38
DDB1-223	ENST00000543658	SSX2IP	Q9Y2D8	614 aa		12.69	□□□□□ -0.38
DDB1-223	ENST00000543658	TIMM13	Q9Y5L4	95 aa	Predicted RBP	12.69	□□□□□ -0.38
DDB1-223	ENST00000543658	CILP	O75339	1184 aa		12.68	□□□□□ -0.38
DDB1-223	ENST00000543658	GFPT2	O94808	682 aa		12.68	□□□□□ -0.38
DDB1-223	ENST00000543658	CD19	P15391	556 aa		12.68	□□□□□ -0.38
DDB1-223	ENST00000543658	DNAJB2	P25686	324 aa		12.68	□□□□□ -0.38
DDB1-223	ENST00000543658	PBX2	P40425	430 aa		12.68	□□□□□ -0.38
DDB1-223	ENST00000543658	FXR1	P51114	621 aa	Known RBP eCLIP	12.68	□□□□□ -0.38	1e-6	■■■□□ 17.1
DDB1-223	ENST00000543658	ADK	P55263	362 aa	Known RBP	12.68	□□□□□ -0.38
DDB1-223	ENST00000543658	JAM2	P57087	298 aa		12.68	□□□□□ -0.38
DDB1-223	ENST00000543658	PLCB3	Q01970	1234 aa		12.68	□□□□□ -0.38
DDB1-223	ENST00000543658	CREM	Q03060	361 aa		12.68	□□□□□ -0.38
DDB1-223	ENST00000543658	ARID5A	Q03989	594 aa		12.68	□□□□□ -0.38
DDB1-223	ENST00000543658	UBE3A	Q05086	875 aa		12.68	□□□□□ -0.38
DDB1-223	ENST00000543658	PTK2	Q05397	1052 aa		12.68	□□□□□ -0.38
DDB1-223	ENST00000543658	INCA1	Q0VD86	236 aa		12.68	□□□□□ -0.38
DDB1-223	ENST00000543658	TBX2	Q13207	712 aa	Predicted RBP	12.68	□□□□□ -0.38
DDB1-223	ENST00000543658	CTXN3	Q4LDR2	81 aa		12.68	□□□□□ -0.38
DDB1-223	ENST00000543658	VARS2	Q5ST30	1063 aa	Known RBP	12.68	□□□□□ -0.38
DDB1-223	ENST00000543658	DPY19L2P1	Q6NXN4	242 aa		12.68	□□□□□ -0.38
DDB1-223	ENST00000543658	CD300LG	Q6UXG3	332 aa		12.68	□□□□□ -0.38
DDB1-223	ENST00000543658	VPS52	Q8N1B4	723 aa		12.68	□□□□□ -0.38
DDB1-223	ENST00000543658	OR8K1	Q8NGG5	319 aa		12.68	□□□□□ -0.38
DDB1-223	ENST00000543658	BCL7C	Q8WUZ0	217 aa	Predicted RBP	12.68	□□□□□ -0.38
DDB1-223	ENST00000543658	BAP1	Q92560	729 aa		12.68	□□□□□ -0.38
DDB1-223	ENST00000543658	TIFA	Q96CG3	184 aa		12.68	□□□□□ -0.38
DDB1-223	ENST00000543658	SYT15	Q9BQS2	421 aa		12.68	□□□□□ -0.38
DDB1-223	ENST00000543658	OXCT2	Q9BYC2	517 aa	Predicted RBP	12.68	□□□□□ -0.38
DDB1-223	ENST00000543658	SDCBP2	Q9H190	292 aa		12.68	□□□□□ -0.38
DDB1-223	ENST00000543658	PDCL3	Q9H2J4	239 aa		12.68	□□□□□ -0.38
DDB1-223	ENST00000543658	ENTPD7	Q9NQZ7	604 aa		12.68	□□□□□ -0.38
DDB1-223	ENST00000543658	ABHD10	Q9NUJ1	306 aa		12.68	□□□□□ -0.38
DDB1-223	ENST00000543658	YBX2	Q9Y2T7	364 aa	Known RBP	12.68	□□□□□ -0.38
DDB1-223	ENST00000543658	TNRC18	O15417	2968 aa	Predicted RBP	12.68	□□□□□ -0.38
DDB1-223	ENST00000543658	PTPRD	P23468	1912 aa		12.68	□□□□□ -0.38
DDB1-223	ENST00000543658	ATG2A	Q2TAZ0	1938 aa		12.67	□□□□□ -0.38
DDB1-223	ENST00000543658	C5orf67	F2Z3F1	127 aa		12.67	□□□□□ -0.38
DDB1-223	ENST00000543658	FOXN3	O00409	490 aa	Predicted RBP	12.67	□□□□□ -0.38
DDB1-223	ENST00000543658	C2CD2L	O14523	706 aa		12.67	□□□□□ -0.38
DDB1-223	ENST00000543658	MED7	O43513	233 aa		12.67	□□□□□ -0.38
DDB1-223	ENST00000543658	PAEP	P09466	180 aa		12.67	□□□□□ -0.38
DDB1-223	ENST00000543658	PDGFRB	P09619	1106 aa		12.67	□□□□□ -0.38
DDB1-223	ENST00000543658	PNMA6A	P0CW24	399 aa	Predicted RBP	12.67	□□□□□ -0.38
DDB1-223	ENST00000543658	FGFR3	P22607	806 aa		12.67	□□□□□ -0.38
DDB1-223	ENST00000543658	IGFBP6	P24592	240 aa	Predicted RBP	12.67	□□□□□ -0.38
DDB1-223	ENST00000543658	GNA15	P30679	374 aa		12.67	□□□□□ -0.38
DDB1-223	ENST00000543658	ERVK-21	P61565	698 aa		12.67	□□□□□ -0.38
DDB1-223	ENST00000543658	TAP1	Q03518	808 aa		12.67	□□□□□ -0.38

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