RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000565379.1

NME3-208, Transcript of NME/NM23 nucleoside diphosphate kinase 3, human

TSL 2

Gene NME3, Length 911 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
NME3-208	ENST00000565379	OR5B17	Q8NGF7	314 aa		27.93	■■■□□ 2.06
NME3-208	ENST00000565379	FAM200A	Q8TCP9	573 aa		27.93	■■■□□ 2.06
NME3-208	ENST00000565379	SLC35C1	Q96A29	364 aa		27.93	■■■□□ 2.06
NME3-208	ENST00000565379	GOLGA2P5	Q9HBQ8	144 aa		27.93	■■■□□ 2.06
NME3-208	ENST00000565379	UTP18	Q9Y5J1	556 aa	Known RBP eCLIP	27.93	■■■□□ 2.06
NME3-208	ENST00000565379	PIEZO1	Q92508	2521 aa		27.93	■■■□□ 2.06
NME3-208	ENST00000565379	PTPRJ	Q12913	1337 aa		27.92	■■■□□ 2.06
NME3-208	ENST00000565379	PIR	O00625	290 aa		27.92	■■■□□ 2.06
NME3-208	ENST00000565379	N4BP1	O75113	896 aa	Known RBP	27.92	■■■□□ 2.06
NME3-208	ENST00000565379	B3GAT3	O94766	335 aa		27.92	■■■□□ 2.06
NME3-208	ENST00000565379	C4BPA	P04003	597 aa	Known RBP	27.92	■■■□□ 2.06
NME3-208	ENST00000565379	SP100	P23497	879 aa	Predicted RBP	27.92	■■■□□ 2.06
NME3-208	ENST00000565379	ELAVL2	Q12926	359 aa	Known RBP	27.92	■■■□□ 2.06
NME3-208	ENST00000565379	NCAPH	Q15003	741 aa		27.92	■■■□□ 2.06
NME3-208	ENST00000565379	ZACN	Q401N2	412 aa		27.92	■■■□□ 2.06
NME3-208	ENST00000565379	C1orf220	Q5T0J3	134 aa		27.92	■■■□□ 2.06
NME3-208	ENST00000565379	CDKAL1	Q5VV42	579 aa		27.92	■■■□□ 2.06
NME3-208	ENST00000565379	LMBRD2	Q68DH5	695 aa	Predicted RBP	27.92	■■■□□ 2.06
NME3-208	ENST00000565379	KRT39	Q6A163	491 aa		27.92	■■■□□ 2.06
NME3-208	ENST00000565379	DHX40	Q8IX18	779 aa	Known RBP	27.92	■■■□□ 2.06
NME3-208	ENST00000565379	LRRC52	Q8N7C0	313 aa		27.92	■■■□□ 2.06
NME3-208	ENST00000565379	ZNF516	Q92618	1163 aa		27.92	■■■□□ 2.06
NME3-208	ENST00000565379	RPGRIP1	Q96KN7	1286 aa		27.92	■■■□□ 2.06
NME3-208	ENST00000565379	ZNF560	Q96MR9	790 aa		27.92	■■■□□ 2.06
NME3-208	ENST00000565379	SAMSN1	Q9NSI8	373 aa	Known RBP	27.92	■■■□□ 2.06
NME3-208	ENST00000565379	FANCL	Q9NW38	375 aa		27.92	■■■□□ 2.06
NME3-208	ENST00000565379	KCNJ18	B7U540	433 aa		27.91	■■■□□ 2.06
NME3-208	ENST00000565379	LOC730098	B7Z3J9	87 aa		27.91	■■■□□ 2.06
NME3-208	ENST00000565379	PMM2	O15305	246 aa		27.91	■■■□□ 2.06
NME3-208	ENST00000565379	TRAPPC3	O43617	180 aa		27.91	■■■□□ 2.06
NME3-208	ENST00000565379	PHACTR2	O75167	634 aa		27.91	■■■□□ 2.06
NME3-208	ENST00000565379	TADA2A	O75478	443 aa		27.91	■■■□□ 2.06
NME3-208	ENST00000565379	TRIM49	P0CI25	452 aa		27.91	■■■□□ 2.06
NME3-208	ENST00000565379	TRIM49C	P0CI26	452 aa		27.91	■■■□□ 2.06
NME3-208	ENST00000565379	MTIF2	P46199	727 aa	Known RBP	27.91	■■■□□ 2.06
NME3-208	ENST00000565379	BIRC3	Q13489	604 aa		27.91	■■■□□ 2.06
NME3-208	ENST00000565379	KCNJ12	Q14500	433 aa		27.91	■■■□□ 2.06
NME3-208	ENST00000565379	IQCB1	Q15051	598 aa		27.91	■■■□□ 2.06
NME3-208	ENST00000565379	C15orf39	Q6ZRI6	1047 aa		27.91	■■■□□ 2.06
NME3-208	ENST00000565379	SV2A	Q7L0J3	742 aa		27.91	■■■□□ 2.06
NME3-208	ENST00000565379	CREBRF	Q8IUR6	639 aa		27.91	■■■□□ 2.06
NME3-208	ENST00000565379	SLC22A17	Q8WUG5	538 aa		27.91	■■■□□ 2.06
NME3-208	ENST00000565379	CASP10	Q92851	521 aa		27.91	■■■□□ 2.06
NME3-208	ENST00000565379	KCNH6	Q9H252	994 aa		27.91	■■■□□ 2.06
NME3-208	ENST00000565379	CBX8	Q9HC52	389 aa		27.91	■■■□□ 2.06
NME3-208	ENST00000565379	ADAM28	Q9UKQ2	775 aa		27.91	■■■□□ 2.06
NME3-208	ENST00000565379	FSD2	A1L4K1	749 aa		27.9	■■■□□ 2.06
NME3-208	ENST00000565379	P4HA2	O15460	535 aa		27.9	■■■□□ 2.06
NME3-208	ENST00000565379	ITGB3	P05106	788 aa		27.9	■■■□□ 2.06
NME3-208	ENST00000565379	TPM2	P07951	284 aa		27.9	■■■□□ 2.06
NME3-208	ENST00000565379	CETN1	Q12798	172 aa		27.9	■■■□□ 2.06
NME3-208	ENST00000565379	TRPC3	Q13507	836 aa		27.9	■■■□□ 2.06
NME3-208	ENST00000565379	TCP11X2	Q5H9J9	407 aa		27.9	■■■□□ 2.06
NME3-208	ENST00000565379	B3GALT6	Q96L58	329 aa		27.9	■■■□□ 2.06
NME3-208	ENST00000565379	PAAF1	Q9BRP4	392 aa		27.9	■■■□□ 2.06
NME3-208	ENST00000565379	PHF7	Q9BWX1	381 aa	Predicted RBP	27.9	■■■□□ 2.06
NME3-208	ENST00000565379	NUB1	Q9Y5A7	615 aa		27.9	■■■□□ 2.06
NME3-208	ENST00000565379	IRAK3	Q9Y616	596 aa		27.9	■■■□□ 2.06
NME3-208	ENST00000565379	TECTA	O75443	2155 aa		27.89	■■■□□ 2.06
NME3-208	ENST00000565379	ARHGEF37	A1IGU5	675 aa		27.89	■■■□□ 2.06
NME3-208	ENST00000565379	C2CD2L	O14523	706 aa		27.89	■■■□□ 2.06
NME3-208	ENST00000565379	LILRB3	O75022	631 aa		27.89	■■■□□ 2.06
NME3-208	ENST00000565379	KRT19	P08727	400 aa		27.89	■■■□□ 2.06
NME3-208	ENST00000565379	SRGAP2B	P0DMP2	458 aa		27.89	■■■□□ 2.06
NME3-208	ENST00000565379	POLR2B	P30876	1174 aa	Known RBP	27.89	■■■□□ 2.06
NME3-208	ENST00000565379	ATIC	P31939	592 aa		27.89	■■■□□ 2.06
NME3-208	ENST00000565379	GCLM	P48507	274 aa		27.89	■■■□□ 2.06
NME3-208	ENST00000565379	MXI1	P50539	228 aa		27.89	■■■□□ 2.06
NME3-208	ENST00000565379	GUCY2F	P51841	1108 aa		27.89	■■■□□ 2.06
NME3-208	ENST00000565379	PPP3CA	Q08209	521 aa		27.89	■■■□□ 2.06
NME3-208	ENST00000565379	MYO1E	Q12965	1108 aa		27.89	■■■□□ 2.06
NME3-208	ENST00000565379	CBX2	Q14781	532 aa	Predicted RBP	27.89	■■■□□ 2.06
NME3-208	ENST00000565379	MAN2A1	Q16706	1144 aa		27.89	■■■□□ 2.06
NME3-208	ENST00000565379	RARS2	Q5T160	578 aa	Known RBP	27.89	■■■□□ 2.06
NME3-208	ENST00000565379	TDRD10	Q5VZ19	366 aa	Known RBP	27.89	■■■□□ 2.06
NME3-208	ENST00000565379	CXorf38	Q8TB03	319 aa		27.89	■■■□□ 2.06
NME3-208	ENST00000565379	AGAP1	Q9UPQ3	857 aa		27.89	■■■□□ 2.06
NME3-208	ENST00000565379	SF3B1	O75533	1304 aa	Known RBP eCLIP	27.89	■■■□□ 2.05
NME3-208	ENST00000565379	GOLGA6L19	H0YKK7	550 aa		27.88	■■■□□ 2.05
NME3-208	ENST00000565379	KIF4A	O95239	1232 aa		27.88	■■■□□ 2.05
NME3-208	ENST00000565379	STAU1	O95793	577 aa	Known RBP	27.88	■■■□□ 2.05
NME3-208	ENST00000565379	EFEMP2	O95967	443 aa		27.88	■■■□□ 2.05
NME3-208	ENST00000565379	AFP	P02771	609 aa	Known RBP	27.88	■■■□□ 2.05
NME3-208	ENST00000565379	CNP	P09543	421 aa	Known RBP	27.88	■■■□□ 2.05
NME3-208	ENST00000565379	ZNF18	P17022	549 aa		27.88	■■■□□ 2.05
NME3-208	ENST00000565379	CDK11B	P21127	795 aa	Known RBP	27.88	■■■□□ 2.05
NME3-208	ENST00000565379	TAF6	P49848	677 aa		27.88	■■■□□ 2.05
NME3-208	ENST00000565379	SV2C	Q496J9	727 aa		27.88	■■■□□ 2.05
NME3-208	ENST00000565379	HFE2	Q6ZVN8	426 aa		27.88	■■■□□ 2.05
NME3-208	ENST00000565379	TAF4B	Q92750	862 aa		27.88	■■■□□ 2.05
NME3-208	ENST00000565379	EDA	Q92838	391 aa		27.88	■■■□□ 2.05
NME3-208	ENST00000565379	KLHL5	Q96PQ7	755 aa		27.88	■■■□□ 2.05
NME3-208	ENST00000565379	TUBGCP2	Q9BSJ2	902 aa		27.88	■■■□□ 2.05
NME3-208	ENST00000565379	HERC2P3	Q9BVR0	1158 aa		27.88	■■■□□ 2.05
NME3-208	ENST00000565379	SIX4	Q9UIU6	781 aa		27.88	■■■□□ 2.05
NME3-208	ENST00000565379	LILRA4	P59901	499 aa		27.87	■■■□□ 2.05
NME3-208	ENST00000565379	KCNH2	Q12809	1159 aa		27.87	■■■□□ 2.05
NME3-208	ENST00000565379	NCOA4	Q13772	614 aa		27.87	■■■□□ 2.05
NME3-208	ENST00000565379	BMS1	Q14692	1282 aa	Known RBP	27.87	■■■□□ 2.05
NME3-208	ENST00000565379	RNF168	Q8IYW5	571 aa	Predicted RBP	27.87	■■■□□ 2.05

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