RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000489247.1

ATG4A-208, Transcript of autophagy related 4A cysteine peptidase, human

TSL 2

Gene ATG4A, Length 623 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Cytosol, Ribosome .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
ATG4A-208	ENST00000489247	CCDC60	Q8IWA6	550 aa	Predicted RBP	6.03	□□□□□ -1.44
ATG4A-208	ENST00000489247	TRIM42	Q8IWZ5	723 aa		6.03	□□□□□ -1.44
ATG4A-208	ENST00000489247	FAM186B	Q8IYM0	893 aa		6.03	□□□□□ -1.44
ATG4A-208	ENST00000489247	ABRA	Q8N0Z2	381 aa		6.03	□□□□□ -1.44
ATG4A-208	ENST00000489247	TXLNB	Q8N3L3	684 aa		6.03	□□□□□ -1.44
ATG4A-208	ENST00000489247	ACRBP	Q8NEB7	543 aa		6.03	□□□□□ -1.44
ATG4A-208	ENST00000489247	GPBAR1	Q8TDU6	330 aa		6.03	□□□□□ -1.44
ATG4A-208	ENST00000489247	SMCR8	Q8TEV9	937 aa	Predicted RBP	6.03	□□□□□ -1.44
ATG4A-208	ENST00000489247	FBLIM1	Q8WUP2	373 aa		6.03	□□□□□ -1.44
ATG4A-208	ENST00000489247	ZNF296	Q8WUU4	475 aa	Predicted RBP	6.03	□□□□□ -1.44
ATG4A-208	ENST00000489247	SREK1	Q8WXA9	508 aa	Known RBP	6.03	□□□□□ -1.44
ATG4A-208	ENST00000489247	WDR24	Q96S15	920 aa		6.03	□□□□□ -1.44
ATG4A-208	ENST00000489247	MAP7D2	Q96T17	732 aa		6.03	□□□□□ -1.44
ATG4A-208	ENST00000489247	ZHX3	Q9H4I2	956 aa		6.03	□□□□□ -1.44
ATG4A-208	ENST00000489247	DHX33	Q9H6R0	707 aa	Known RBP	6.03	□□□□□ -1.44
ATG4A-208	ENST00000489247	C7orf69	Q9H7B7	122 aa		6.03	□□□□□ -1.44
ATG4A-208	ENST00000489247	MMRN2	Q9H8L6	949 aa		6.03	□□□□□ -1.44
ATG4A-208	ENST00000489247	SIX2	Q9NPC8	291 aa		6.03	□□□□□ -1.44
ATG4A-208	ENST00000489247	XPNPEP1	Q9NQW7	623 aa		6.03	□□□□□ -1.44
ATG4A-208	ENST00000489247	FAM105A	Q9NUU6	356 aa		6.03	□□□□□ -1.44
ATG4A-208	ENST00000489247	ARHGAP28	Q9P2N2	729 aa		6.03	□□□□□ -1.44
ATG4A-208	ENST00000489247	RBPJL	Q9UBG7	517 aa		6.03	□□□□□ -1.44
ATG4A-208	ENST00000489247	MORF4L1	Q9UBU8	362 aa		6.03	□□□□□ -1.44
ATG4A-208	ENST00000489247	ZNF215	Q9UL58	517 aa	Predicted RBP	6.03	□□□□□ -1.44
ATG4A-208	ENST00000489247	PCDHGC5	Q9Y5F6	944 aa		6.03	□□□□□ -1.44
ATG4A-208	ENST00000489247	MRFAP1	Q9Y605	127 aa		6.03	□□□□□ -1.44
ATG4A-208	ENST00000489247	BZW2	Q9Y6E2	419 aa	Known RBP	6.03	□□□□□ -1.44
ATG4A-208	ENST00000489247	STYXL1	Q9Y6J8	313 aa		6.03	□□□□□ -1.44
ATG4A-208	ENST00000489247	OTOF	Q9HC10	1997 aa		6.03	□□□□□ -1.44
ATG4A-208	ENST00000489247	SCN4A	P35499	1836 aa		6.02	□□□□□ -1.45
ATG4A-208	ENST00000489247	LOXHD1	Q8IVV2	1947 aa		6.02	□□□□□ -1.45
ATG4A-208	ENST00000489247		K7ENM7	598 aa		6.02	□□□□□ -1.45
ATG4A-208	ENST00000489247	PES1	O00541	588 aa	Known RBP	6.02	□□□□□ -1.45
ATG4A-208	ENST00000489247	KIAA0391	O15091	583 aa	Known RBP	6.02	□□□□□ -1.45
ATG4A-208	ENST00000489247	TMPRSS2	O15393	492 aa		6.02	□□□□□ -1.45
ATG4A-208	ENST00000489247	USO1	O60763	962 aa	Known RBP	6.02	□□□□□ -1.45
ATG4A-208	ENST00000489247	TADA3	O75528	432 aa		6.02	□□□□□ -1.45
ATG4A-208	ENST00000489247	FARP2	O94887	1054 aa	Predicted RBP	6.02	□□□□□ -1.45
ATG4A-208	ENST00000489247	UCHL3	P15374	230 aa		6.02	□□□□□ -1.45
ATG4A-208	ENST00000489247	GART	P22102	1010 aa		6.02	□□□□□ -1.45
ATG4A-208	ENST00000489247	UBA1	P22314	1058 aa	Known RBP	6.02	□□□□□ -1.45
ATG4A-208	ENST00000489247	CASQ1	P31415	396 aa		6.02	□□□□□ -1.45
ATG4A-208	ENST00000489247	DNAJA1	P31689	397 aa	Known RBP	6.02	□□□□□ -1.45
ATG4A-208	ENST00000489247	GTF2H1	P32780	548 aa		6.02	□□□□□ -1.45
ATG4A-208	ENST00000489247	NPTX2	P47972	431 aa		6.02	□□□□□ -1.45
ATG4A-208	ENST00000489247	KIF11	P52732	1056 aa		6.02	□□□□□ -1.45
ATG4A-208	ENST00000489247	NPEPPS	P55786	919 aa		6.02	□□□□□ -1.45
ATG4A-208	ENST00000489247	SP2	Q02086	613 aa		6.02	□□□□□ -1.45
ATG4A-208	ENST00000489247	PRKCE	Q02156	737 aa		6.02	□□□□□ -1.45
ATG4A-208	ENST00000489247	CNTN2	Q02246	1040 aa		6.02	□□□□□ -1.45
ATG4A-208	ENST00000489247	LMNB2	Q03252	620 aa		6.02	□□□□□ -1.45
ATG4A-208	ENST00000489247	BFSP1	Q12934	665 aa		6.02	□□□□□ -1.45
ATG4A-208	ENST00000489247	DMP1	Q13316	513 aa	Predicted RBP	6.02	□□□□□ -1.45
ATG4A-208	ENST00000489247	HSP90AA2P	Q14568	343 aa	Predicted RBP	6.02	□□□□□ -1.45
ATG4A-208	ENST00000489247	SLC9C1	Q4G0N8	1177 aa		6.02	□□□□□ -1.45
ATG4A-208	ENST00000489247	ARHGAP29	Q52LW3	1261 aa		6.02	□□□□□ -1.45
ATG4A-208	ENST00000489247	ZC2HC1C	Q53FD0	456 aa	Predicted RBP	6.02	□□□□□ -1.45
ATG4A-208	ENST00000489247	BRDT	Q58F21	947 aa	Predicted RBP	6.02	□□□□□ -1.45
ATG4A-208	ENST00000489247	XKR9	Q5GH70	373 aa		6.02	□□□□□ -1.45
ATG4A-208	ENST00000489247	SNAP47	Q5SQN1	464 aa		6.02	□□□□□ -1.45
ATG4A-208	ENST00000489247	C10orf76	Q5T2E6	689 aa		6.02	□□□□□ -1.45
ATG4A-208	ENST00000489247	PAPD7	Q5XG87	772 aa	Known RBP	6.02	□□□□□ -1.45
ATG4A-208	ENST00000489247	CCDC62	Q6P9F0	684 aa		6.02	□□□□□ -1.45
ATG4A-208	ENST00000489247	METTL7B	Q6UX53	244 aa		6.02	□□□□□ -1.45
ATG4A-208	ENST00000489247	DLK2	Q6UY11	383 aa		6.02	□□□□□ -1.45
ATG4A-208	ENST00000489247	GADL1	Q6ZQY3	521 aa		6.02	□□□□□ -1.45
ATG4A-208	ENST00000489247	BEND4	Q6ZU67	534 aa		6.02	□□□□□ -1.45
ATG4A-208	ENST00000489247	RRAGA	Q7L523	313 aa		6.02	□□□□□ -1.45
ATG4A-208	ENST00000489247	HAUS6	Q7Z4H7	955 aa		6.02	□□□□□ -1.45
ATG4A-208	ENST00000489247	IRF2BP2	Q7Z5L9	587 aa		6.02	□□□□□ -1.45
ATG4A-208	ENST00000489247	ANKRD23	Q86SG2	305 aa		6.02	□□□□□ -1.45
ATG4A-208	ENST00000489247	ANKRD35	Q8N283	1001 aa		6.02	□□□□□ -1.45
ATG4A-208	ENST00000489247	RNF10	Q8N5U6	811 aa	Known RBP	6.02	□□□□□ -1.45
ATG4A-208	ENST00000489247	GOLM1	Q8NBJ4	401 aa		6.02	□□□□□ -1.45
ATG4A-208	ENST00000489247	LMO3	Q8TAP4	145 aa		6.02	□□□□□ -1.45
ATG4A-208	ENST00000489247	OPTN	Q96CV9	577 aa		6.02	□□□□□ -1.45
ATG4A-208	ENST00000489247	EAF1	Q96JC9	268 aa	Predicted RBP	6.02	□□□□□ -1.45
ATG4A-208	ENST00000489247	FAM167A	Q96KS9	214 aa		6.02	□□□□□ -1.45
ATG4A-208	ENST00000489247	CCDC42	Q96M95	316 aa		6.02	□□□□□ -1.45
ATG4A-208	ENST00000489247	PCYT2	Q99447	389 aa		6.02	□□□□□ -1.45
ATG4A-208	ENST00000489247	MPHOSPH6	Q99547	160 aa	Known RBP	6.02	□□□□□ -1.45
ATG4A-208	ENST00000489247	SYT11	Q9BT88	431 aa		6.02	□□□□□ -1.45
ATG4A-208	ENST00000489247	LSM14B	Q9BX40	385 aa	Known RBP	6.02	□□□□□ -1.45
ATG4A-208	ENST00000489247	TXNRD2	Q9NNW7	524 aa		6.02	□□□□□ -1.45
ATG4A-208	ENST00000489247	CYP26B1	Q9NR63	512 aa		6.02	□□□□□ -1.45
ATG4A-208	ENST00000489247	FAM207A	Q9NSI2	230 aa	Predicted RBP	6.02	□□□□□ -1.45
ATG4A-208	ENST00000489247	STOML1	Q9UBI4	398 aa		6.02	□□□□□ -1.45
ATG4A-208	ENST00000489247	GABBR1	Q9UBS5	961 aa		6.02	□□□□□ -1.45
ATG4A-208	ENST00000489247	CDC23	Q9UJX2	597 aa		6.02	□□□□□ -1.45
ATG4A-208	ENST00000489247	TBX20	Q9UMR3	447 aa		6.02	□□□□□ -1.45
ATG4A-208	ENST00000489247	EXOC7	Q9UPT5	735 aa		6.02	□□□□□ -1.45
ATG4A-208	ENST00000489247	FRMD4B	Q9Y2L6	1034 aa		6.02	□□□□□ -1.45
ATG4A-208	ENST00000489247	COQ4	Q9Y3A0	265 aa		6.02	□□□□□ -1.45
ATG4A-208	ENST00000489247	SAMM50	Q9Y512	469 aa		6.02	□□□□□ -1.45
ATG4A-208	ENST00000489247	EMSY	Q7Z589	1322 aa		6.01	□□□□□ -1.45
ATG4A-208	ENST00000489247	PTPRF	P10586	1907 aa		6.01	□□□□□ -1.45
ATG4A-208	ENST00000489247	IGKV6-21	A0A0C4DH24	114 aa		6.01	□□□□□ -1.45
ATG4A-208	ENST00000489247		A0A0U1RQJ8	604 aa		6.01	□□□□□ -1.45
ATG4A-208	ENST00000489247	GSTTP1	A0A1W2PQM5	241 aa		6.01	□□□□□ -1.45
ATG4A-208	ENST00000489247	CTAGE9	A4FU28	777 aa		6.01	□□□□□ -1.45

Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 49.4 ms