RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000328333.12

COL7A1-201, Transcript of collagen type VII alpha 1 chain, humanhuman

APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC

Gene COL7A1, Length 9,276 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

Download Table  
RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL7A1-201ENST00000328333 THRAP10827 490 aa14.9□□□□□ -0.02
COL7A1-201ENST00000328333 CHRNB3Q05901 458 aa14.9□□□□□ -0.02
COL7A1-201ENST00000328333 EDRF1Q3B7T1 1238 aa14.9□□□□□ -0.02
COL7A1-201ENST00000328333 POTEEQ6S8J3 1075 aa14.9□□□□□ -0.02
COL7A1-201ENST00000328333 AP5M1Q9H0R1 490 aa14.9□□□□□ -0.02
COL7A1-201ENST00000328333 LRRC14Q15048 493 aa14.9□□□□□ -0.02
COL7A1-201ENST00000328333 PABPC3Q9H361 631 aaKnown RBP14.9□□□□□ -0.02
COL7A1-201ENST00000328333 ABLIM1O14639 778 aa14.9□□□□□ -0.02
COL7A1-201ENST00000328333 EIF3EP60228 445 aaKnown RBP14.9□□□□□ -0.02
COL7A1-201ENST00000328333 PFKFB3Q16875 520 aaPredicted RBP14.9□□□□□ -0.02
COL7A1-201ENST00000328333 PDZK1Q5T2W1 519 aa14.9□□□□□ -0.02
COL7A1-201ENST00000328333 PDXDC2PQ6P474 469 aa14.9□□□□□ -0.02
COL7A1-201ENST00000328333 HIST1H2AGP0C0S8 130 aaPredicted RBP14.9□□□□□ -0.02
COL7A1-201ENST00000328333 HIST1H2ADP20671 130 aa14.9□□□□□ -0.02
COL7A1-201ENST00000328333 UGT3A1Q6NUS8 523 aa14.9□□□□□ -0.02
COL7A1-201ENST00000328333 PMF1Q6P1K2 205 aa14.9□□□□□ -0.02
COL7A1-201ENST00000328333 HIST1H2AHQ96KK5 128 aa14.9□□□□□ -0.02
COL7A1-201ENST00000328333 HIST1H2AJQ99878 128 aa14.9□□□□□ -0.02
COL7A1-201ENST00000328333 H2AFJQ9BTM1 129 aa14.9□□□□□ -0.02
COL7A1-201ENST00000328333 BHMT2Q9H2M3 363 aa14.9□□□□□ -0.02
COL7A1-201ENST00000328333 CNOT3O75175 753 aaKnown RBP14.9□□□□□ -0.02
COL7A1-201ENST00000328333 SDE2Q6IQ49 451 aa14.9□□□□□ -0.02
COL7A1-201ENST00000328333 PACSIN1Q9BY11 444 aa14.9□□□□□ -0.02
COL7A1-201ENST00000328333 ARHGEF38Q9NXL2 777 aa14.9□□□□□ -0.02
COL7A1-201ENST00000328333 XPO7Q9UIA9 1087 aaKnown RBP14.9□□□□□ -0.02
COL7A1-201ENST00000328333 AIM2O14862 343 aa14.9□□□□□ -0.02
COL7A1-201ENST00000328333 FKBP9O95302 570 aa14.9□□□□□ -0.02
COL7A1-201ENST00000328333 TRIM25Q14258 630 aaKnown RBP14.9□□□□□ -0.02
COL7A1-201ENST00000328333 ZNF235Q14590 738 aa14.9□□□□□ -0.02
COL7A1-201ENST00000328333 WASHC2DQ5SRD0 308 aa14.9□□□□□ -0.02
COL7A1-201ENST00000328333 FKBP9P1Q75LS8 142 aa14.9□□□□□ -0.02
COL7A1-201ENST00000328333 LRRC6Q86X45 466 aa14.9□□□□□ -0.02
COL7A1-201ENST00000328333 SPATA31E1Q6ZUB1 1445 aa14.89□□□□□ -0.03
COL7A1-201ENST00000328333 ZNF862O60290 1169 aa14.89□□□□□ -0.03
COL7A1-201ENST00000328333 SPDYAQ5MJ70 313 aa14.89□□□□□ -0.03
COL7A1-201ENST00000328333 USP13Q92995 863 aaPredicted RBP14.89□□□□□ -0.03
COL7A1-201ENST00000328333 ECSITQ9BQ95 431 aa14.89□□□□□ -0.03
COL7A1-201ENST00000328333 UNC45AQ9H3U1 944 aa14.89□□□□□ -0.03
COL7A1-201ENST00000328333 POTEIP0CG38 1075 aa14.89□□□□□ -0.03
COL7A1-201ENST00000328333 PDK1Q15118 436 aa14.89□□□□□ -0.03
COL7A1-201ENST00000328333 TRMT2AQ8IZ69 625 aaKnown RBP14.89□□□□□ -0.03
COL7A1-201ENST00000328333 ZBTB5O15062 677 aa14.89□□□□□ -0.03
COL7A1-201ENST00000328333 PRPF4O43172 522 aaKnown RBP eCLIP14.89□□□□□ -0.032e-6■■■■□ 26.4
COL7A1-201ENST00000328333 FBXO31Q5XUX0 539 aaPredicted RBP14.89□□□□□ -0.03
COL7A1-201ENST00000328333 VWA5AO00534 786 aa14.89□□□□□ -0.03
COL7A1-201ENST00000328333 PRELPP51888 382 aa14.89□□□□□ -0.03
COL7A1-201ENST00000328333 DCUN1D1Q96GG9 259 aa14.89□□□□□ -0.03
COL7A1-201ENST00000328333 EIF4ENIF1Q9NRA8 985 aaKnown RBP14.89□□□□□ -0.03
COL7A1-201ENST00000328333 BNC2Q6ZN30 1099 aaPredicted RBP14.89□□□□□ -0.03
COL7A1-201ENST00000328333 TIMMDC1Q9NPL8 285 aa14.89□□□□□ -0.03
COL7A1-201ENST00000328333 APEX2Q9UBZ4 518 aa14.89□□□□□ -0.03
COL7A1-201ENST00000328333 LRFN2Q9ULH4 789 aa14.89□□□□□ -0.03
COL7A1-201ENST00000328333 KCNN4O15554 427 aa14.89□□□□□ -0.03
COL7A1-201ENST00000328333 CDC42EP1Q00587 391 aa14.89□□□□□ -0.03
COL7A1-201ENST00000328333 DUOXA2Q1HG44 320 aa14.89□□□□□ -0.03
COL7A1-201ENST00000328333 FAM102AQ5T9C2 384 aaPredicted RBP14.89□□□□□ -0.03
COL7A1-201ENST00000328333 LRRC1Q9BTT6 524 aa14.89□□□□□ -0.03
COL7A1-201ENST00000328333 ECDO95905 644 aaPredicted RBP14.89□□□□□ -0.03
COL7A1-201ENST00000328333 AKAP5P24588 427 aa14.89□□□□□ -0.03
COL7A1-201ENST00000328333 NAB2Q15742 525 aa14.89□□□□□ -0.03
COL7A1-201ENST00000328333 DGUOKQ16854 277 aa14.89□□□□□ -0.03
COL7A1-201ENST00000328333 STK39Q9UEW8 545 aa14.89□□□□□ -0.03
COL7A1-201ENST00000328333 PNMA3Q9UL41 463 aa14.89□□□□□ -0.03
COL7A1-201ENST00000328333 MAGED2Q9UNF1 606 aaPredicted RBP14.89□□□□□ -0.03
COL7A1-201ENST00000328333 AP3M1Q9Y2T2 418 aa14.89□□□□□ -0.03
COL7A1-201ENST00000328333 ANKRD65E5RJM6 399 aa14.88□□□□□ -0.03
COL7A1-201ENST00000328333 GRK2P25098 689 aa14.88□□□□□ -0.03
COL7A1-201ENST00000328333 CTTNQ14247 550 aaKnown RBP14.88□□□□□ -0.03
COL7A1-201ENST00000328333 NECTIN1Q15223 517 aa14.88□□□□□ -0.03
COL7A1-201ENST00000328333 FNDC3AQ9Y2H6 1198 aaKnown RBP14.88□□□□□ -0.03
COL7A1-201ENST00000328333 RP1P56715 2156 aa14.88□□□□□ -0.03
COL7A1-201ENST00000328333 RNF17Q9BXT8 1623 aaKnown RBP14.88□□□□□ -0.03
COL7A1-201ENST00000328333 PXDNLA1KZ92 1463 aa14.88□□□□□ -0.03
COL7A1-201ENST00000328333 STX11O75558 287 aa14.88□□□□□ -0.03
COL7A1-201ENST00000328333 SH3KBP1Q96B97 665 aa14.88□□□□□ -0.03
COL7A1-201ENST00000328333 ZNF560Q96MR9 790 aa14.88□□□□□ -0.03
COL7A1-201ENST00000328333 HEMGNQ9BXL5 484 aa14.88□□□□□ -0.03
COL7A1-201ENST00000328333 PI4KBQ9UBF8 816 aa14.88□□□□□ -0.03
COL7A1-201ENST00000328333 LPCAT2Q7L5N7 544 aa14.88□□□□□ -0.03
COL7A1-201ENST00000328333 ATPAF2Q8N5M1 289 aa14.88□□□□□ -0.03
COL7A1-201ENST00000328333 EFNA5P52803 228 aa14.88□□□□□ -0.03
COL7A1-201ENST00000328333 CDK17Q00537 523 aa14.88□□□□□ -0.03
COL7A1-201ENST00000328333 PPIL6Q8IXY8 311 aa14.88□□□□□ -0.03
COL7A1-201ENST00000328333 LIN7AO14910 233 aaPredicted RBP14.88□□□□□ -0.03
COL7A1-201ENST00000328333 COX10Q12887 443 aa14.88□□□□□ -0.03
COL7A1-201ENST00000328333 RINLQ6ZS11 566 aa14.88□□□□□ -0.03
COL7A1-201ENST00000328333 CABLES1Q8TDN4 633 aa14.88□□□□□ -0.03
COL7A1-201ENST00000328333 E2F7Q96AV8 911 aa14.88□□□□□ -0.03
COL7A1-201ENST00000328333 ASIC4Q96FT7 647 aa14.88□□□□□ -0.03
COL7A1-201ENST00000328333 SPATA16Q9BXB7 569 aa14.88□□□□□ -0.03
COL7A1-201ENST00000328333 RMND5AQ9H871 391 aa14.88□□□□□ -0.03
COL7A1-201ENST00000328333 ZNF589Q86UQ0 364 aaPredicted RBP14.88□□□□□ -0.03
COL7A1-201ENST00000328333 DLG3Q92796 817 aa14.88□□□□□ -0.03
COL7A1-201ENST00000328333 MED15Q96RN5 788 aa14.88□□□□□ -0.03
COL7A1-201ENST00000328333 C8orf4Q9NR00 106 aa14.88□□□□□ -0.03
COL7A1-201ENST00000328333 MAGEA10P43363 369 aaPredicted RBP14.88□□□□□ -0.03
COL7A1-201ENST00000328333 NUDT2P50583 147 aa14.88□□□□□ -0.03
COL7A1-201ENST00000328333 MRPL4Q9BYD3 311 aaKnown RBP14.88□□□□□ -0.03
COL7A1-201ENST00000328333 FBXO28Q9NVF7 368 aa14.88□□□□□ -0.03
COL7A1-201ENST00000328333 TIMM44O43615 452 aa14.88□□□□□ -0.03
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 150.3 ms