RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000543658.5

DDB1-223, Transcript of damage specific DNA binding protein 1, human

TSL 4

Gene DDB1, Length 571 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytosol, Nucleus, Ribosome .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
DDB1-223	ENST00000543658	INTS2	Q9H0H0	1204 aa	Known RBP	12.8	□□□□□ -0.36
DDB1-223	ENST00000543658	AAAS	Q9NRG9	546 aa		12.8	□□□□□ -0.36
DDB1-223	ENST00000543658		A0A1W2PQC6	194 aa		12.79	□□□□□ -0.36
DDB1-223	ENST00000543658	ARHGEF37	A1IGU5	675 aa		12.79	□□□□□ -0.36
DDB1-223	ENST00000543658	TEX33	O43247	280 aa		12.79	□□□□□ -0.36
DDB1-223	ENST00000543658	ADCY5	O95622	1261 aa		12.79	□□□□□ -0.36
DDB1-223	ENST00000543658	LAG3	P18627	525 aa		12.79	□□□□□ -0.36
DDB1-223	ENST00000543658	TRIM21	P19474	475 aa	Known RBP	12.79	□□□□□ -0.36
DDB1-223	ENST00000543658	AFF1	P51825	1210 aa	Known RBP	12.79	□□□□□ -0.36
DDB1-223	ENST00000543658	MYL6	P60660	151 aa		12.79	□□□□□ -0.36
DDB1-223	ENST00000543658	NOP14	P78316	857 aa	Known RBP	12.79	□□□□□ -0.36
DDB1-223	ENST00000543658	SOX4	Q06945	474 aa	Predicted RBP	12.79	□□□□□ -0.36
DDB1-223	ENST00000543658	TRIM14	Q14142	442 aa		12.79	□□□□□ -0.36
DDB1-223	ENST00000543658	SHH	Q15465	462 aa		12.79	□□□□□ -0.36
DDB1-223	ENST00000543658	SGSM1	Q2NKQ1	1148 aa		12.79	□□□□□ -0.36
DDB1-223	ENST00000543658	C9orf50	Q5SZB4	431 aa		12.79	□□□□□ -0.36
DDB1-223	ENST00000543658	C9orf57	Q5W0N0	161 aa		12.79	□□□□□ -0.36
DDB1-223	ENST00000543658	COLGALT2	Q8IYK4	626 aa		12.79	□□□□□ -0.36
DDB1-223	ENST00000543658	CRIPAK	Q8N1N5	446 aa		12.79	□□□□□ -0.36
DDB1-223	ENST00000543658	FIBCD1	Q8N539	461 aa		12.79	□□□□□ -0.36
DDB1-223	ENST00000543658	EHBP1	Q8NDI1	1231 aa		12.79	□□□□□ -0.36
DDB1-223	ENST00000543658	ZNF689	Q96CS4	500 aa	Predicted RBP	12.79	□□□□□ -0.36
DDB1-223	ENST00000543658	IQCD	Q96DY2	449 aa		12.79	□□□□□ -0.36
DDB1-223	ENST00000543658	MRFAP1L1	Q96HT8	127 aa		12.79	□□□□□ -0.36
DDB1-223	ENST00000543658	HPDL	Q96IR7	371 aa		12.79	□□□□□ -0.36
DDB1-223	ENST00000543658	FAM84A	Q96KN4	292 aa		12.79	□□□□□ -0.36
DDB1-223	ENST00000543658	FAM81B	Q96LP2	452 aa		12.79	□□□□□ -0.36
DDB1-223	ENST00000543658	RAD9A	Q99638	391 aa		12.79	□□□□□ -0.36
DDB1-223	ENST00000543658	GDF15	Q99988	308 aa		12.79	□□□□□ -0.36
DDB1-223	ENST00000543658	NUP58	Q9BVL2	599 aa		12.79	□□□□□ -0.36
DDB1-223	ENST00000543658	FAN1	Q9Y2M0	1017 aa		12.79	□□□□□ -0.36
DDB1-223	ENST00000543658	COQ4	Q9Y3A0	265 aa		12.79	□□□□□ -0.36
DDB1-223	ENST00000543658	DAAM1	Q9Y4D1	1078 aa		12.79	□□□□□ -0.36
DDB1-223	ENST00000543658	UCHL5	Q9Y5K5	329 aa	Known RBP eCLIP	12.79	□□□□□ -0.36	6e-7	■□□□□ 10.3
DDB1-223	ENST00000543658	COL4A6	Q14031	1691 aa		12.79	□□□□□ -0.36
DDB1-223	ENST00000543658	TSC2	P49815	1807 aa		12.78	□□□□□ -0.36
DDB1-223	ENST00000543658	B3GAT3	O94766	335 aa		12.78	□□□□□ -0.36
DDB1-223	ENST00000543658	DDHD2	O94830	711 aa		12.78	□□□□□ -0.36
DDB1-223	ENST00000543658	VNN1	O95497	513 aa		12.78	□□□□□ -0.36
DDB1-223	ENST00000543658	ALDH2	P05091	517 aa		12.78	□□□□□ -0.36
DDB1-223	ENST00000543658	RFX1	P22670	979 aa		12.78	□□□□□ -0.36
DDB1-223	ENST00000543658	PAX3	P23760	479 aa		12.78	□□□□□ -0.36
DDB1-223	ENST00000543658	TBXAS1	P24557	533 aa	Predicted RBP	12.78	□□□□□ -0.36
DDB1-223	ENST00000543658	ALDH7A1	P49419	539 aa	Known RBP	12.78	□□□□□ -0.36
DDB1-223	ENST00000543658	CLCNKB	P51801	687 aa		12.78	□□□□□ -0.36
DDB1-223	ENST00000543658	YWHAE	P62258	255 aa	Known RBP	12.78	□□□□□ -0.36
DDB1-223	ENST00000543658	DSC1	Q08554	894 aa		12.78	□□□□□ -0.36
DDB1-223	ENST00000543658	LRMP	Q12912	555 aa		12.78	□□□□□ -0.36
DDB1-223	ENST00000543658	SPECC1L	Q69YQ0	1117 aa		12.78	□□□□□ -0.36
DDB1-223	ENST00000543658	TRIM65	Q6PJ69	517 aa		12.78	□□□□□ -0.36
DDB1-223	ENST00000543658	DSTYK	Q6XUX3	929 aa		12.78	□□□□□ -0.36
DDB1-223	ENST00000543658	CACNA2D4	Q7Z3S7	1137 aa		12.78	□□□□□ -0.36
DDB1-223	ENST00000543658	TMC6	Q7Z403	805 aa		12.78	□□□□□ -0.36
DDB1-223	ENST00000543658	ARHGAP30	Q7Z6I6	1101 aa	Predicted RBP	12.78	□□□□□ -0.36
DDB1-223	ENST00000543658	PPFIBP1	Q86W92	1011 aa		12.78	□□□□□ -0.36
DDB1-223	ENST00000543658	ZNF280B	Q86YH2	543 aa		12.78	□□□□□ -0.36
DDB1-223	ENST00000543658	PPM1K	Q8N3J5	372 aa		12.78	□□□□□ -0.36
DDB1-223	ENST00000543658	ZNF558	Q96NG5	402 aa		12.78	□□□□□ -0.36
DDB1-223	ENST00000543658	PI4K2A	Q9BTU6	479 aa		12.78	□□□□□ -0.36
DDB1-223	ENST00000543658	COLEC11	Q9BWP8	271 aa		12.78	□□□□□ -0.36
DDB1-223	ENST00000543658	NRDE2	Q9H7Z3	1164 aa		12.78	□□□□□ -0.36
DDB1-223	ENST00000543658	UTP3	Q9NQZ2	479 aa	Known RBP eCLIP	12.78	□□□□□ -0.36	4e-7	■■■■■ 43.2
DDB1-223	ENST00000543658	FAM207A	Q9NSI2	230 aa	Predicted RBP	12.78	□□□□□ -0.36
DDB1-223	ENST00000543658	SIX4	Q9UIU6	781 aa		12.78	□□□□□ -0.36
DDB1-223	ENST00000543658	PRG3	Q9Y2Y8	225 aa	Predicted RBP	12.78	□□□□□ -0.36
DDB1-223	ENST00000543658	ANO9	A1A5B4	782 aa		12.77	□□□□□ -0.37
DDB1-223	ENST00000543658	PIR	O00625	290 aa		12.77	□□□□□ -0.37
DDB1-223	ENST00000543658	AP5Z1	O43299	807 aa		12.77	□□□□□ -0.37
DDB1-223	ENST00000543658	TRAPPC3	O43617	180 aa		12.77	□□□□□ -0.37
DDB1-223	ENST00000543658	TADA2A	O75478	443 aa		12.77	□□□□□ -0.37
DDB1-223	ENST00000543658	STAU1	O95793	577 aa	Known RBP	12.77	□□□□□ -0.37
DDB1-223	ENST00000543658	ASS1	P00966	412 aa	Known RBP	12.77	□□□□□ -0.37
DDB1-223	ENST00000543658	CST3	P01034	146 aa	Predicted RBP	12.77	□□□□□ -0.37
DDB1-223	ENST00000543658	SLC9A1	P19634	815 aa		12.77	□□□□□ -0.37
DDB1-223	ENST00000543658	PON1	P27169	355 aa		12.77	□□□□□ -0.37
DDB1-223	ENST00000543658	CDC25B	P30305	580 aa		12.77	□□□□□ -0.37
DDB1-223	ENST00000543658	MFAP3	P55082	362 aa		12.77	□□□□□ -0.37
DDB1-223	ENST00000543658	HTRA4	P83105	476 aa	Predicted RBP	12.77	□□□□□ -0.37
DDB1-223	ENST00000543658	RAPGEF1	Q13905	1077 aa		12.77	□□□□□ -0.37
DDB1-223	ENST00000543658	NAB2	Q15742	525 aa		12.77	□□□□□ -0.37
DDB1-223	ENST00000543658	UPP1	Q16831	310 aa		12.77	□□□□□ -0.37
DDB1-223	ENST00000543658	WDR72	Q3MJ13	1102 aa		12.77	□□□□□ -0.37
DDB1-223	ENST00000543658	RASIP1	Q5U651	963 aa		12.77	□□□□□ -0.37
DDB1-223	ENST00000543658	DCLRE1A	Q6PJP8	1040 aa		12.77	□□□□□ -0.37
DDB1-223	ENST00000543658	SCARA5	Q6ZMJ2	495 aa		12.77	□□□□□ -0.37
DDB1-223	ENST00000543658	ZNF397	Q8NF99	534 aa	Predicted RBP	12.77	□□□□□ -0.37
DDB1-223	ENST00000543658	HASPIN	Q8TF76	798 aa		12.77	□□□□□ -0.37
DDB1-223	ENST00000543658	SEMA4D	Q92854	862 aa		12.77	□□□□□ -0.37
DDB1-223	ENST00000543658	SPAG5	Q96R06	1193 aa		12.77	□□□□□ -0.37
DDB1-223	ENST00000543658	MMS19	Q96T76	1030 aa		12.77	□□□□□ -0.37
DDB1-223	ENST00000543658	DNAI2	Q9GZS0	605 aa		12.77	□□□□□ -0.37
DDB1-223	ENST00000543658	NIF3L1	Q9GZT8	377 aa		12.77	□□□□□ -0.37
DDB1-223	ENST00000543658	RC3H2	Q9HBD1	1191 aa	Known RBP	12.77	□□□□□ -0.37
DDB1-223	ENST00000543658	PLCB1	Q9NQ66	1216 aa		12.77	□□□□□ -0.37
DDB1-223	ENST00000543658	NXF1	Q9UBU9	619 aa	Known RBP	12.77	□□□□□ -0.37
DDB1-223	ENST00000543658	APEX2	Q9UBZ4	518 aa		12.77	□□□□□ -0.37
DDB1-223	ENST00000543658	DNAJB4	Q9UDY4	337 aa		12.77	□□□□□ -0.37
DDB1-223	ENST00000543658	RWDD3	Q9Y3V2	267 aa		12.77	□□□□□ -0.37
DDB1-223	ENST00000543658	PCDHB12	Q9Y5F1	795 aa		12.77	□□□□□ -0.37
DDB1-223	ENST00000543658	MYH10	P35580	1976 aa		12.77	□□□□□ -0.37

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