RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000568443.2

CLN3-232, Transcript of CLN3, battenin, humanhuman

TSL 3

Gene CLN3, Length 969 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLN3-232ENST00000568443 CCDC39Q9UFE4 941 aa24.52■■□□□ 1.52
CLN3-232ENST00000568443 POLIQ9UNA4 740 aa24.52■■□□□ 1.52
CLN3-232ENST00000568443 XYLBO75191 536 aa24.51■■□□□ 1.51
CLN3-232ENST00000568443 FSHRP23945 695 aa24.51■■□□□ 1.51
CLN3-232ENST00000568443 HOXA9P31269 272 aa24.51■■□□□ 1.51
CLN3-232ENST00000568443 CEBPZQ03701 1054 aaKnown RBP24.51■■□□□ 1.51
CLN3-232ENST00000568443 KYAT1Q16773 422 aa24.51■■□□□ 1.51
CLN3-232ENST00000568443 FAM173BQ6P4H8 233 aa24.51■■□□□ 1.51
CLN3-232ENST00000568443 RSPO2Q6UXX9 243 aaPredicted RBP24.51■■□□□ 1.51
CLN3-232ENST00000568443 USP49Q70CQ1 688 aa24.51■■□□□ 1.51
CLN3-232ENST00000568443 GET4Q7L5D6 327 aaPredicted RBP24.51■■□□□ 1.51
CLN3-232ENST00000568443 PRSS33Q8NF86 280 aa24.51■■□□□ 1.51
CLN3-232ENST00000568443 SLC7A14Q8TBB6 771 aa24.51■■□□□ 1.51
CLN3-232ENST00000568443 FOXD4L1Q9NU39 408 aa24.51■■□□□ 1.51
CLN3-232ENST00000568443 SRPRBQ9Y5M8 271 aaKnown RBP24.51■■□□□ 1.51
CLN3-232ENST00000568443 PIEZO1Q92508 2521 aa24.5■■□□□ 1.51
CLN3-232ENST00000568443 SYN3O14994 580 aa24.5■■□□□ 1.51
CLN3-232ENST00000568443 CCL16O15467 120 aa24.5■■□□□ 1.51
CLN3-232ENST00000568443 CXCL8P10145 99 aa24.5■■□□□ 1.51
CLN3-232ENST00000568443 LAMP2P13473 410 aa24.5■■□□□ 1.51
CLN3-232ENST00000568443 ABCD1P33897 745 aa24.5■■□□□ 1.51
CLN3-232ENST00000568443 PTPN5P54829 565 aa24.5■■□□□ 1.51
CLN3-232ENST00000568443 VARS2Q5ST30 1063 aaKnown RBP24.5■■□□□ 1.51
CLN3-232ENST00000568443 RTL10Q7L3V2 364 aa24.5■■□□□ 1.51
CLN3-232ENST00000568443 KRI1Q8N9T8 703 aaKnown RBP24.5■■□□□ 1.51
CLN3-232ENST00000568443 RSAD2Q8WXG1 361 aa24.5■■□□□ 1.51
CLN3-232ENST00000568443 NXPE3Q969Y0 559 aa24.5■■□□□ 1.51
CLN3-232ENST00000568443 FBXO2Q9UK22 296 aaPredicted RBP24.5■■□□□ 1.51
CLN3-232ENST00000568443 FBXL21Q9UKT6 434 aa24.5■■□□□ 1.51
CLN3-232ENST00000568443 DUSP12Q9UNI6 340 aa24.5■■□□□ 1.51
CLN3-232ENST00000568443 DOCK6Q96HP0 2047 aa24.49■■□□□ 1.51
CLN3-232ENST00000568443 H7C4K7 107 aa24.49■■□□□ 1.51
CLN3-232ENST00000568443 K7ELQ4 463 aaPredicted RBP24.49■■□□□ 1.51
CLN3-232ENST00000568443 PIGRP01833 764 aa24.49■■□□□ 1.51
CLN3-232ENST00000568443 TXLNAP40222 546 aa24.49■■□□□ 1.51
CLN3-232ENST00000568443 ZFP37Q9Y6Q3 630 aaPredicted RBP24.49■■□□□ 1.51
CLN3-232ENST00000568443 DOCK8Q8NF50 2099 aa24.49■■□□□ 1.51
CLN3-232ENST00000568443 TTC26A0AVF1 554 aa24.48■■□□□ 1.51
CLN3-232ENST00000568443 OGTO15294 1046 aa24.48■■□□□ 1.51
CLN3-232ENST00000568443 MCM4P33991 863 aa24.48■■□□□ 1.51
CLN3-232ENST00000568443 TNFSF9P41273 254 aa24.48■■□□□ 1.51
CLN3-232ENST00000568443 NTHL1P78549 312 aa24.48■■□□□ 1.51
CLN3-232ENST00000568443 PPP2R3AQ06190 1150 aa24.48■■□□□ 1.51
CLN3-232ENST00000568443 SPAG1Q07617 926 aa24.48■■□□□ 1.51
CLN3-232ENST00000568443 SLC8B1Q6J4K2 584 aa24.48■■□□□ 1.51
CLN3-232ENST00000568443 KMT2EQ8IZD2 1858 aa24.48■■□□□ 1.51
CLN3-232ENST00000568443 SLC44A3Q8N4M1 653 aa24.48■■□□□ 1.51
CLN3-232ENST00000568443 ZNF461Q8TAF7 563 aa24.48■■□□□ 1.51
CLN3-232ENST00000568443 KIF12Q96FN5 646 aa24.48■■□□□ 1.51
CLN3-232ENST00000568443 SUSD3Q96L08 255 aa24.48■■□□□ 1.51
CLN3-232ENST00000568443 CLIC6Q96NY7 704 aa24.48■■□□□ 1.51
CLN3-232ENST00000568443 ZSCAN16Q9H4T2 348 aaPredicted RBP24.48■■□□□ 1.51
CLN3-232ENST00000568443 RPF1Q9H9Y2 349 aaKnown RBP24.48■■□□□ 1.51
CLN3-232ENST00000568443 STK17AQ9UEE5 414 aa24.48■■□□□ 1.51
CLN3-232ENST00000568443 TUBGCP4Q9UGJ1 667 aa24.48■■□□□ 1.51
CLN3-232ENST00000568443 MTMR6Q9Y217 621 aa24.48■■□□□ 1.51
CLN3-232ENST00000568443 GTF3C5Q9Y5Q8 519 aaPredicted RBP24.48■■□□□ 1.51
CLN3-232ENST00000568443 NMT1P30419 496 aaKnown RBP24.47■■□□□ 1.51
CLN3-232ENST00000568443 ELF1P32519 619 aa24.47■■□□□ 1.51
CLN3-232ENST00000568443 ARPP19P56211 112 aa24.47■■□□□ 1.51
CLN3-232ENST00000568443 GTF2BQ00403 316 aa24.47■■□□□ 1.51
CLN3-232ENST00000568443 RRAGBQ5VZM2 374 aa24.47■■□□□ 1.51
CLN3-232ENST00000568443 ASTLQ6HA08 431 aaPredicted RBP24.47■■□□□ 1.51
CLN3-232ENST00000568443 DYMQ7RTS9 669 aa24.47■■□□□ 1.51
CLN3-232ENST00000568443 ALYREFQ86V81 257 aaKnown RBP24.47■■□□□ 1.51
CLN3-232ENST00000568443 APPL2Q8NEU8 664 aa24.47■■□□□ 1.51
CLN3-232ENST00000568443 MSTO1Q9BUK6 570 aa24.47■■□□□ 1.51
CLN3-232ENST00000568443 UBQLN1Q9UMX0 589 aaKnown RBP24.47■■□□□ 1.51
CLN3-232ENST00000568443 A0A0B4J269 797 aa24.46■■□□□ 1.51
CLN3-232ENST00000568443 LACTBL1A8MY62 500 aa24.46■■□□□ 1.51
CLN3-232ENST00000568443 XPOTO43592 962 aaKnown RBP24.46■■□□□ 1.51
CLN3-232ENST00000568443 STX6O43752 255 aa24.46■■□□□ 1.51
CLN3-232ENST00000568443 NARSO43776 548 aaKnown RBP24.46■■□□□ 1.51
CLN3-232ENST00000568443 POU2F2P09086 479 aa24.46■■□□□ 1.51
CLN3-232ENST00000568443 NUBP1P53384 320 aa24.46■■□□□ 1.51
CLN3-232ENST00000568443 ROR1Q01973 937 aa24.46■■□□□ 1.51
CLN3-232ENST00000568443 MRPL58Q14197 206 aaKnown RBP24.46■■□□□ 1.51
CLN3-232ENST00000568443 ENOX2Q16206 610 aaKnown RBP24.46■■□□□ 1.51
CLN3-232ENST00000568443 CTXN3Q4LDR2 81 aa24.46■■□□□ 1.51
CLN3-232ENST00000568443 SV2BQ7L1I2 683 aa24.46■■□□□ 1.51
CLN3-232ENST00000568443 FLCNQ8NFG4 579 aa24.46■■□□□ 1.51
CLN3-232ENST00000568443 FIZ1Q96SL8 496 aa24.46■■□□□ 1.51
CLN3-232ENST00000568443 CDH7Q9ULB5 785 aa24.46■■□□□ 1.51
CLN3-232ENST00000568443 PDCD11Q14690 1871 aaKnown RBP24.46■■□□□ 1.51
CLN3-232ENST00000568443 TBC1D4O60343 1298 aa24.45■■□□□ 1.5
CLN3-232ENST00000568443 ABLIM3O94929 683 aa24.45■■□□□ 1.5
CLN3-232ENST00000568443 CYP3A5P20815 502 aa24.45■■□□□ 1.5
CLN3-232ENST00000568443 CLCN5P51795 746 aa24.45■■□□□ 1.5
CLN3-232ENST00000568443 TCF15Q12870 199 aa24.45■■□□□ 1.5
CLN3-232ENST00000568443 SLC39A14Q15043 492 aa24.45■■□□□ 1.5
CLN3-232ENST00000568443 ZBTB6Q15916 424 aa24.45■■□□□ 1.5
CLN3-232ENST00000568443 ZC2HC1CQ53FD0 456 aaPredicted RBP24.45■■□□□ 1.5
CLN3-232ENST00000568443 ZBTB41Q5SVQ8 909 aa24.45■■□□□ 1.5
CLN3-232ENST00000568443 MAP4K3Q8IVH8 894 aa24.45■■□□□ 1.5
CLN3-232ENST00000568443 FAM212AQ96EL1 285 aa24.45■■□□□ 1.5
CLN3-232ENST00000568443 USP28Q96RU2 1077 aa24.45■■□□□ 1.5
CLN3-232ENST00000568443 TSPAN18Q96SJ8 248 aa24.45■■□□□ 1.5
CLN3-232ENST00000568443 FBXL5Q9UKA1 691 aa24.45■■□□□ 1.5
CLN3-232ENST00000568443 ANHXE9PGG2 379 aa24.44■■□□□ 1.5
CLN3-232ENST00000568443 PRRG1O14668 218 aa24.44■■□□□ 1.5
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 25.1 ms