RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000568232.1

CLK3-222, Transcript of CDC like kinase 3, human

Gene CLK3, Length 958 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Cytoplasm, Cytosol, Nucleus .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
CLK3-222	ENST00000568232	AKAP13	Q12802	2813 aa		13.14	□□□□□ -0.31
CLK3-222	ENST00000568232		K7ESF4	209 aa		13.13	□□□□□ -0.31
CLK3-222	ENST00000568232	FOXD2	O60548	495 aa	Predicted RBP	13.13	□□□□□ -0.31
CLK3-222	ENST00000568232	PSMD10	O75832	226 aa		13.13	□□□□□ -0.31
CLK3-222	ENST00000568232	CHRNB1	P11230	501 aa		13.13	□□□□□ -0.31
CLK3-222	ENST00000568232	FCAR	P24071	287 aa		13.13	□□□□□ -0.31
CLK3-222	ENST00000568232	LAMTOR4	Q0VGL1	99 aa		13.13	□□□□□ -0.31
CLK3-222	ENST00000568232	TTC22	Q5TAA0	569 aa		13.13	□□□□□ -0.31
CLK3-222	ENST00000568232	FAM171A1	Q5VUB5	890 aa		13.13	□□□□□ -0.31
CLK3-222	ENST00000568232	DIEXF	Q68CQ4	756 aa	Known RBP	13.13	□□□□□ -0.31
CLK3-222	ENST00000568232	PSAPL1	Q6NUJ1	521 aa		13.13	□□□□□ -0.31
CLK3-222	ENST00000568232	CEP68	Q76N32	757 aa		13.13	□□□□□ -0.31
CLK3-222	ENST00000568232	LONP2	Q86WA8	852 aa		13.13	□□□□□ -0.31
CLK3-222	ENST00000568232	REXO1	Q8N1G1	1221 aa	Known RBP	13.13	□□□□□ -0.31
CLK3-222	ENST00000568232	C12orf50	Q8NA57	414 aa	Predicted RBP	13.13	□□□□□ -0.31
CLK3-222	ENST00000568232	DNASE1L2	Q92874	299 aa		13.13	□□□□□ -0.31
CLK3-222	ENST00000568232	ELSPBP1	Q96BH3	223 aa		13.13	□□□□□ -0.31
CLK3-222	ENST00000568232	TTPAL	Q9BTX7	342 aa		13.13	□□□□□ -0.31
CLK3-222	ENST00000568232	ZMYND12	Q9H0C1	365 aa		13.13	□□□□□ -0.31
CLK3-222	ENST00000568232	NXF3	Q9H4D5	531 aa	Known RBP	13.13	□□□□□ -0.31
CLK3-222	ENST00000568232	SMOC1	Q9H4F8	434 aa		13.13	□□□□□ -0.31
CLK3-222	ENST00000568232	RBM12	Q9NTZ6	932 aa	Known RBP	13.13	□□□□□ -0.31
CLK3-222	ENST00000568232	KLK14	Q9P0G3	267 aa		13.13	□□□□□ -0.31
CLK3-222	ENST00000568232	WDR81	Q562E7	1941 aa		13.13	□□□□□ -0.31
CLK3-222	ENST00000568232	DMXL2	Q8TDJ6	3036 aa		13.12	□□□□□ -0.31
CLK3-222	ENST00000568232	CNOT1	A5YKK6	2376 aa	Known RBP	13.12	□□□□□ -0.31
CLK3-222	ENST00000568232	SOBP	A7XYQ1	873 aa		13.12	□□□□□ -0.31
CLK3-222	ENST00000568232	TSPAN1	O60635	241 aa		13.12	□□□□□ -0.31
CLK3-222	ENST00000568232	TOP3B	O95985	862 aa	Known RBP	13.12	□□□□□ -0.31
CLK3-222	ENST00000568232	RHO	P08100	348 aa		13.12	□□□□□ -0.31
CLK3-222	ENST00000568232	CDC27	P30260	824 aa		13.12	□□□□□ -0.31
CLK3-222	ENST00000568232	CNR2	P34972	360 aa		13.12	□□□□□ -0.31
CLK3-222	ENST00000568232	HSP90AA2P	Q14568	343 aa	Predicted RBP	13.12	□□□□□ -0.31
CLK3-222	ENST00000568232	PFKFB3	Q16875	520 aa	Predicted RBP	13.12	□□□□□ -0.31
CLK3-222	ENST00000568232	LRSAM1	Q6UWE0	723 aa		13.12	□□□□□ -0.31
CLK3-222	ENST00000568232	CDR2L	Q86X02	465 aa	Predicted RBP	13.12	□□□□□ -0.31
CLK3-222	ENST00000568232	RNF149	Q8NC42	400 aa		13.12	□□□□□ -0.31
CLK3-222	ENST00000568232	PIK3R5	Q8WYR1	880 aa		13.12	□□□□□ -0.31
CLK3-222	ENST00000568232	TCEANC2	Q96MN5	208 aa		13.12	□□□□□ -0.31
CLK3-222	ENST00000568232	IER2	Q9BTL4	223 aa		13.12	□□□□□ -0.31
CLK3-222	ENST00000568232	TRMT61B	Q9BVS5	477 aa	Known RBP	13.12	□□□□□ -0.31
CLK3-222	ENST00000568232	LSM14B	Q9BX40	385 aa	Known RBP	13.12	□□□□□ -0.31
CLK3-222	ENST00000568232	ZNF334	Q9HCZ1	680 aa	Predicted RBP	13.12	□□□□□ -0.31
CLK3-222	ENST00000568232	C6orf50	Q9HD87	102 aa		13.12	□□□□□ -0.31
CLK3-222	ENST00000568232	GDE1	Q9NZC3	331 aa		13.12	□□□□□ -0.31
CLK3-222	ENST00000568232	PIAS3	Q9Y6X2	628 aa		13.12	□□□□□ -0.31
CLK3-222	ENST00000568232	SF3B1	O75533	1304 aa	Known RBP eCLIP	13.12	□□□□□ -0.31
CLK3-222	ENST00000568232	NOTCH4	Q99466	2003 aa		13.12	□□□□□ -0.31
CLK3-222	ENST00000568232	ITPR1	Q14643	2758 aa		13.11	□□□□□ -0.31
CLK3-222	ENST00000568232	CASTOR2	A6NHX0	329 aa		13.11	□□□□□ -0.31
CLK3-222	ENST00000568232	SRRM3	A6NNA2	597 aa	Predicted RBP	13.11	□□□□□ -0.31
CLK3-222	ENST00000568232	GIPC1	O14908	333 aa		13.11	□□□□□ -0.31
CLK3-222	ENST00000568232	SLC27A2	O14975	620 aa		13.11	□□□□□ -0.31
CLK3-222	ENST00000568232	ZBTB43	O43298	467 aa		13.11	□□□□□ -0.31
CLK3-222	ENST00000568232	ERLIN2	O94905	339 aa		13.11	□□□□□ -0.31
CLK3-222	ENST00000568232	KIF4A	O95239	1232 aa		13.11	□□□□□ -0.31
CLK3-222	ENST00000568232	POU2F2	P09086	479 aa		13.11	□□□□□ -0.31
CLK3-222	ENST00000568232	ZNF806	P0C7X5	589 aa		13.11	□□□□□ -0.31
CLK3-222	ENST00000568232	CCNE1	P24864	410 aa		13.11	□□□□□ -0.31
CLK3-222	ENST00000568232	GDI1	P31150	447 aa		13.11	□□□□□ -0.31
CLK3-222	ENST00000568232	OR1D2	P34982	312 aa		13.11	□□□□□ -0.31
CLK3-222	ENST00000568232	RING1	Q06587	406 aa		13.11	□□□□□ -0.31
CLK3-222	ENST00000568232	FOXC1	Q12948	553 aa		13.11	□□□□□ -0.31
CLK3-222	ENST00000568232	WDR44	Q5JSH3	913 aa		13.11	□□□□□ -0.31
CLK3-222	ENST00000568232	FAM78A	Q5JUQ0	283 aa		13.11	□□□□□ -0.31
CLK3-222	ENST00000568232	B3GNT9	Q6UX72	402 aa		13.11	□□□□□ -0.31
CLK3-222	ENST00000568232		Q6ZS52	159 aa		13.11	□□□□□ -0.31
CLK3-222	ENST00000568232	MAP4K3	Q8IVH8	894 aa		13.11	□□□□□ -0.31
CLK3-222	ENST00000568232	SPEM1	Q8N4L4	309 aa		13.11	□□□□□ -0.31
CLK3-222	ENST00000568232	RDM1	Q8NG50	284 aa		13.11	□□□□□ -0.31
CLK3-222	ENST00000568232	PSPC1	Q8WXF1	523 aa	Known RBP	13.11	□□□□□ -0.31
CLK3-222	ENST00000568232	TCEAL4	Q96EI5	215 aa		13.11	□□□□□ -0.31
CLK3-222	ENST00000568232	JPH2	Q9BR39	696 aa	Predicted RBP	13.11	□□□□□ -0.31
CLK3-222	ENST00000568232	TMEM121B	Q9BXQ6	578 aa	Predicted RBP	13.11	□□□□□ -0.31
CLK3-222	ENST00000568232	CSRNP2	Q9H175	543 aa		13.11	□□□□□ -0.31
CLK3-222	ENST00000568232	GIT1	Q9Y2X7	761 aa		13.11	□□□□□ -0.31
CLK3-222	ENST00000568232	IGF2R	P11717	2491 aa		13.1	□□□□□ -0.31
CLK3-222	ENST00000568232	ESYT2	A0FGR8	921 aa		13.1	□□□□□ -0.31
CLK3-222	ENST00000568232	GOLGA8A	A7E2F4	631 aa		13.1	□□□□□ -0.31
CLK3-222	ENST00000568232	GOLGA8B	A8MQT2	603 aa		13.1	□□□□□ -0.31
CLK3-222	ENST00000568232	IGFBP6	P24592	240 aa	Predicted RBP	13.1	□□□□□ -0.31
CLK3-222	ENST00000568232	ADD1	P35611	737 aa	Known RBP	13.1	□□□□□ -0.31
CLK3-222	ENST00000568232	GRIK3	Q13003	919 aa		13.1	□□□□□ -0.31
CLK3-222	ENST00000568232	RAB33A	Q14088	237 aa		13.1	□□□□□ -0.31
CLK3-222	ENST00000568232	UVSSA	Q2YD98	709 aa		13.1	□□□□□ -0.31
CLK3-222	ENST00000568232	NOTUM	Q6P988	496 aa		13.1	□□□□□ -0.31
CLK3-222	ENST00000568232	SLC7A3	Q8WY07	619 aa		13.1	□□□□□ -0.31
CLK3-222	ENST00000568232	IRF7	Q92985	503 aa		13.1	□□□□□ -0.31
CLK3-222	ENST00000568232	ZSWIM3	Q96MP5	696 aa		13.1	□□□□□ -0.31
CLK3-222	ENST00000568232	TRIM6	Q9C030	488 aa	Predicted RBP	13.1	□□□□□ -0.31
CLK3-222	ENST00000568232	DHX33	Q9H6R0	707 aa	Known RBP	13.1	□□□□□ -0.31
CLK3-222	ENST00000568232	ZFP14	Q9HCL3	533 aa		13.1	□□□□□ -0.31
CLK3-222	ENST00000568232	PARP2	Q9UGN5	583 aa		13.1	□□□□□ -0.31
CLK3-222	ENST00000568232	LHX6	Q9UPM6	363 aa		13.1	□□□□□ -0.31
CLK3-222	ENST00000568232	WASF3	Q9UPY6	502 aa		13.1	□□□□□ -0.31
CLK3-222	ENST00000568232	GCN1	Q92616	2671 aa	Known RBP	13.1	□□□□□ -0.31
CLK3-222	ENST00000568232	EML1	O00423	815 aa		13.09	□□□□□ -0.31
CLK3-222	ENST00000568232	LAMA5	O15230	3695 aa		13.09	□□□□□ -0.31
CLK3-222	ENST00000568232	VIPR2	P41587	438 aa		13.09	□□□□□ -0.31
CLK3-222	ENST00000568232	PSMC5	P62195	406 aa		13.09	□□□□□ -0.31

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