RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000559257.5

USP3-211, Transcript of ubiquitin specific peptidase 3, humanhuman

TSL 5

Gene USP3, Length 2,217 nt, Biotype nonsense mediated decay, Subcellular localisation Cytosol .

RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP3-211ENST00000559257 BEND3Q5T5X7 828 aa8.99□□□□□ -0.97
USP3-211ENST00000559257 SH3BP5LQ7L8J4 393 aa8.99□□□□□ -0.97
USP3-211ENST00000559257 MIER3Q7Z3K6 550 aa8.99□□□□□ -0.97
USP3-211ENST00000559257 PEX26Q7Z412 305 aa8.99□□□□□ -0.97
USP3-211ENST00000559257 PCYOX1LQ8NBM8 494 aa8.99□□□□□ -0.97
USP3-211ENST00000559257 FLAD1Q8NFF5 587 aa8.99□□□□□ -0.97
USP3-211ENST00000559257 TTC8Q8TAM2 541 aa8.99□□□□□ -0.97
USP3-211ENST00000559257 PRPF31Q8WWY3 499 aaKnown RBP8.99□□□□□ -0.97
USP3-211ENST00000559257 RILPL2Q969X0 211 aa8.99□□□□□ -0.97
USP3-211ENST00000559257 CCDC138Q96M89 665 aa8.99□□□□□ -0.97
USP3-211ENST00000559257 DDX47Q9H0S4 455 aaKnown RBP8.99□□□□□ -0.97
USP3-211ENST00000559257 MOV10Q9HCE1 1003 aaKnown RBP8.99□□□□□ -0.97
USP3-211ENST00000559257 TRNAU1APQ9NX07 287 aaKnown RBP8.99□□□□□ -0.97
USP3-211ENST00000559257 C9orf78Q9NZ63 289 aaPredicted RBP8.99□□□□□ -0.97
USP3-211ENST00000559257 AIPL1Q9NZN9 384 aa8.99□□□□□ -0.97
USP3-211ENST00000559257 RABGEF1Q9UJ41 708 aa8.99□□□□□ -0.97
USP3-211ENST00000559257 ANGPTL2Q9UKU9 493 aa8.99□□□□□ -0.97
USP3-211ENST00000559257 PNMA3Q9UL41 463 aa8.99□□□□□ -0.97
USP3-211ENST00000559257 DOLKQ9UPQ8 538 aa8.99□□□□□ -0.97
USP3-211ENST00000559257 CLTCQ00610 1675 aaKnown RBP8.98□□□□□ -0.97
USP3-211ENST00000559257 FRMPD1Q5SYB0 1578 aa8.98□□□□□ -0.97
USP3-211ENST00000559257 A0A1W2PP64 1363 aa8.98□□□□□ -0.97
USP3-211ENST00000559257 GOLGA8QA0A0J9YX86 632 aa8.98□□□□□ -0.97
USP3-211ENST00000559257 GOLGA8OA6NCC3 632 aa8.98□□□□□ -0.97
USP3-211ENST00000559257 GOLGA8NF8WBI6 632 aa8.98□□□□□ -0.97
USP3-211ENST00000559257 GOLGA8RI6L899 631 aa8.98□□□□□ -0.97
USP3-211ENST00000559257 SEMA3EO15041 775 aa8.98□□□□□ -0.97
USP3-211ENST00000559257 ZNF185O15231 689 aa8.98□□□□□ -0.97
USP3-211ENST00000559257 RNGTTO60942 597 aaKnown RBP8.98□□□□□ -0.97
USP3-211ENST00000559257 GPC4O75487 556 aa8.98□□□□□ -0.97
USP3-211ENST00000559257 YEATS4O95619 227 aa8.98□□□□□ -0.97
USP3-211ENST00000559257 FUCA1P04066 466 aa8.98□□□□□ -0.97
USP3-211ENST00000559257 MARK3P27448 753 aa8.98□□□□□ -0.97
USP3-211ENST00000559257 HOXC13P31276 330 aa8.98□□□□□ -0.97
USP3-211ENST00000559257 CTNNA1P35221 906 aaKnown RBP8.98□□□□□ -0.97
USP3-211ENST00000559257 HSD17B2P37059 387 aa8.98□□□□□ -0.97
USP3-211ENST00000559257 TMPOP42166 694 aaKnown RBP8.98□□□□□ -0.97
USP3-211ENST00000559257 PAFAH1B1P43034 410 aa8.98□□□□□ -0.97
USP3-211ENST00000559257 P2RX3P56373 397 aa8.98□□□□□ -0.97
USP3-211ENST00000559257 IGBP1P78318 339 aa8.98□□□□□ -0.97
USP3-211ENST00000559257 TAGLNQ01995 201 aaKnown RBP8.98□□□□□ -0.97
USP3-211ENST00000559257 RUNX1T1Q06455 604 aa8.98□□□□□ -0.97
USP3-211ENST00000559257 PDAP1Q13442 181 aaKnown RBP8.98□□□□□ -0.97
USP3-211ENST00000559257 CUL1Q13616 776 aa8.98□□□□□ -0.97
USP3-211ENST00000559257 KCTD21Q4G0X4 260 aa8.98□□□□□ -0.97
USP3-211ENST00000559257 VWA3BQ502W6 1294 aa8.98□□□□□ -0.97
USP3-211ENST00000559257 METTL2BQ6P1Q9 378 aaKnown RBP8.98□□□□□ -0.97
USP3-211ENST00000559257 IDO2Q6ZQW0 420 aa8.98□□□□□ -0.97
USP3-211ENST00000559257 C4orf50Q6ZRC1 276 aa8.98□□□□□ -0.97
USP3-211ENST00000559257 ADSSL1Q8N142 457 aa8.98□□□□□ -0.97
USP3-211ENST00000559257 RNF169Q8NCN4 708 aa8.98□□□□□ -0.97
USP3-211ENST00000559257 BORCS5Q969J3 196 aa8.98□□□□□ -0.97
USP3-211ENST00000559257 ANKRD2Q9GZV1 360 aa8.98□□□□□ -0.97
USP3-211ENST00000559257 EMILIN3Q9NT22 766 aa8.98□□□□□ -0.97
USP3-211ENST00000559257 ABHD10Q9NUJ1 306 aa8.98□□□□□ -0.97
USP3-211ENST00000559257 DNAJB4Q9UDY4 337 aa8.98□□□□□ -0.97
USP3-211ENST00000559257 DNM3Q9UQ16 869 aa8.98□□□□□ -0.97
USP3-211ENST00000559257 REXO2Q9Y3B8 237 aaKnown RBP8.98□□□□□ -0.97
USP3-211ENST00000559257 RABGAP1Q9Y3P9 1069 aa8.98□□□□□ -0.97
USP3-211ENST00000559257 SPEF1Q9Y4P9 236 aa8.98□□□□□ -0.97
USP3-211ENST00000559257 GJA3Q9Y6H8 435 aa8.98□□□□□ -0.97
USP3-211ENST00000559257 GOLGA8JA6NMD2 632 aa8.97□□□□□ -0.97
USP3-211ENST00000559257 RNMTO43148 476 aaKnown RBP8.97□□□□□ -0.97
USP3-211ENST00000559257 ZW10O43264 779 aa8.97□□□□□ -0.97
USP3-211ENST00000559257 SULT1B1O43704 296 aa8.97□□□□□ -0.97
USP3-211ENST00000559257 TOMM70O94826 608 aa8.97□□□□□ -0.97
USP3-211ENST00000559257 OR6B1O95007 311 aa8.97□□□□□ -0.97
USP3-211ENST00000559257 EGFRP00533 1210 aa8.97□□□□□ -0.97
USP3-211ENST00000559257 P4HA1P13674 534 aa8.97□□□□□ -0.97
USP3-211ENST00000559257 MAP3K7CLP57077 242 aa8.97□□□□□ -0.97
USP3-211ENST00000559257 SMARCB1Q12824 385 aa8.97□□□□□ -0.97
USP3-211ENST00000559257 MKRN3Q13064 507 aaKnown RBP8.97□□□□□ -0.97
USP3-211ENST00000559257 SF3B4Q15427 424 aaKnown RBP eCLIP8.97□□□□□ -0.972e-6■■■■□ 21.4
USP3-211ENST00000559257 PTPN21Q16825 1174 aa8.97□□□□□ -0.97
USP3-211ENST00000559257 IGSF11Q5DX21 431 aa8.97□□□□□ -0.97
USP3-211ENST00000559257 FCRLBQ6BAA4 426 aa8.97□□□□□ -0.97
USP3-211ENST00000559257 PPP4R4Q6NUP7 873 aa8.97□□□□□ -0.97
USP3-211ENST00000559257 DCLRE1AQ6PJP8 1040 aa8.97□□□□□ -0.97
USP3-211ENST00000559257 DSTYKQ6XUX3 929 aa8.97□□□□□ -0.97
USP3-211ENST00000559257 CROCCP2Q86T23 111 aa8.97□□□□□ -0.97
USP3-211ENST00000559257 NME9Q86XW9 330 aa8.97□□□□□ -0.97
USP3-211ENST00000559257 BCL7CQ8WUZ0 217 aaPredicted RBP8.97□□□□□ -0.97
USP3-211ENST00000559257 TTC9Q92623 222 aa8.97□□□□□ -0.97
USP3-211ENST00000559257 INTS12Q96CB8 462 aaKnown RBP8.97□□□□□ -0.97
USP3-211ENST00000559257 RBM14Q96PK6 669 aaKnown RBP8.97□□□□□ -0.97
USP3-211ENST00000559257 FERD3LQ96RJ6 166 aa8.97□□□□□ -0.97
USP3-211ENST00000559257 ECSITQ9BQ95 431 aa8.97□□□□□ -0.97
USP3-211ENST00000559257 NUP85Q9BW27 656 aa8.97□□□□□ -0.97
USP3-211ENST00000559257 MARCH7Q9H992 704 aa8.97□□□□□ -0.97
USP3-211ENST00000559257 ZNF277Q9NRM2 450 aaPredicted RBP8.97□□□□□ -0.97
USP3-211ENST00000559257 ABI2Q9NYB9 513 aaPredicted RBP8.97□□□□□ -0.97
USP3-211ENST00000559257 FRMD4AQ9P2Q2 1039 aaPredicted RBP8.97□□□□□ -0.97
USP3-211ENST00000559257 CRYBG1Q9Y4K1 1723 aa8.97□□□□□ -0.97
USP3-211ENST00000559257 PREX1Q8TCU6 1659 aa8.97□□□□□ -0.97
USP3-211ENST00000559257 ZC3H11BA0A1B0GUI2 810 aaPredicted RBP8.97□□□□□ -0.97
USP3-211ENST00000559257 SMIM23A6NLE4 172 aa8.97□□□□□ -0.97
USP3-211ENST00000559257 FOXN3O00409 490 aaPredicted RBP8.97□□□□□ -0.97
USP3-211ENST00000559257 CAPN9O14815 690 aa8.97□□□□□ -0.97
USP3-211ENST00000559257 ADCY6O43306 1168 aa8.97□□□□□ -0.97
USP3-211ENST00000559257 HEXIM1O94992 359 aaKnown RBP8.97□□□□□ -0.97
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 48 ms