RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000471880.5

SSR4-208, Transcript of signal sequence receptor subunit 4, human

TSL 5

Gene SSR4, Length 785 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
SSR4-208	ENST00000471880	TMEM87A	Q8NBN3	555 aa		16.34	■□□□□ 0.21
SSR4-208	ENST00000471880	SMG8	Q8ND04	991 aa	Known RBP	16.34	■□□□□ 0.21
SSR4-208	ENST00000471880	MRPS27	Q92552	414 aa	Known RBP	16.34	■□□□□ 0.21
SSR4-208	ENST00000471880	DRC1	Q96MC2	740 aa		16.34	■□□□□ 0.21
SSR4-208	ENST00000471880	PNMA5	Q96PV4	448 aa		16.34	■□□□□ 0.21
SSR4-208	ENST00000471880	TCF25	Q9BQ70	676 aa		16.34	■□□□□ 0.21
SSR4-208	ENST00000471880	ADPGK	Q9BRR6	497 aa		16.34	■□□□□ 0.21
SSR4-208	ENST00000471880	NXF3	Q9H4D5	531 aa	Known RBP	16.34	■□□□□ 0.21
SSR4-208	ENST00000471880	TLE6	Q9H808	572 aa		16.34	■□□□□ 0.21
SSR4-208	ENST00000471880	MTMR6	Q9Y217	621 aa		16.34	■□□□□ 0.21
SSR4-208	ENST00000471880	CNTNAP2	Q9UHC6	1331 aa		16.34	■□□□□ 0.21
SSR4-208	ENST00000471880	N4BP3	O15049	544 aa		16.33	■□□□□ 0.2
SSR4-208	ENST00000471880	PER2	O15055	1255 aa		16.33	■□□□□ 0.2
SSR4-208	ENST00000471880	AKAP5	P24588	427 aa		16.33	■□□□□ 0.2
SSR4-208	ENST00000471880	LONP1	P36776	959 aa	Known RBP	16.33	■□□□□ 0.2
SSR4-208	ENST00000471880	NDUFV1	P49821	464 aa		16.33	■□□□□ 0.2
SSR4-208	ENST00000471880	ERVFC1	P60507	584 aa		16.33	■□□□□ 0.2
SSR4-208	ENST00000471880	CACNB1	Q02641	598 aa	Predicted RBP	16.33	■□□□□ 0.2
SSR4-208	ENST00000471880	GRIN1	Q05586	938 aa		16.33	■□□□□ 0.2
SSR4-208	ENST00000471880	KARS	Q15046	597 aa	Known RBP	16.33	■□□□□ 0.2
SSR4-208	ENST00000471880	AMHR2	Q16671	573 aa		16.33	■□□□□ 0.2
SSR4-208	ENST00000471880	CDCA2	Q69YH5	1023 aa	Predicted RBP	16.33	■□□□□ 0.2
SSR4-208	ENST00000471880	RINT1	Q6NUQ1	792 aa		16.33	■□□□□ 0.2
SSR4-208	ENST00000471880	MRPL10	Q7Z7H8	261 aa	Known RBP	16.33	■□□□□ 0.2
SSR4-208	ENST00000471880	PRIMPOL	Q96LW4	560 aa		16.33	■□□□□ 0.2
SSR4-208	ENST00000471880	RPS6KC1	Q96S38	1066 aa		16.33	■□□□□ 0.2
SSR4-208	ENST00000471880	UHRF1	Q96T88	793 aa	Predicted RBP	16.33	■□□□□ 0.2
SSR4-208	ENST00000471880	GAD1	Q99259	594 aa		16.33	■□□□□ 0.2
SSR4-208	ENST00000471880	RNF39	Q9H2S5	420 aa		16.33	■□□□□ 0.2
SSR4-208	ENST00000471880	ZHX3	Q9H4I2	956 aa		16.33	■□□□□ 0.2
SSR4-208	ENST00000471880	ZSCAN16	Q9H4T2	348 aa	Predicted RBP	16.33	■□□□□ 0.2
SSR4-208	ENST00000471880	NRDE2	Q9H7Z3	1164 aa		16.33	■□□□□ 0.2
SSR4-208	ENST00000471880	UBN1	Q9NPG3	1134 aa		16.33	■□□□□ 0.2
SSR4-208	ENST00000471880	KMT5A	Q9NQR1	393 aa		16.33	■□□□□ 0.2
SSR4-208	ENST00000471880	KLK14	Q9P0G3	267 aa		16.33	■□□□□ 0.2
SSR4-208	ENST00000471880	DNAJB4	Q9UDY4	337 aa		16.33	■□□□□ 0.2
SSR4-208	ENST00000471880	TDRD15	B5MCY1	1934 aa	Known RBP	16.33	■□□□□ 0.2
SSR4-208	ENST00000471880	TRIP11	Q15643	1979 aa		16.33	■□□□□ 0.2
SSR4-208	ENST00000471880		K7ERI5	159 aa		16.32	■□□□□ 0.2
SSR4-208	ENST00000471880	LINC01565	O15544	149 aa		16.32	■□□□□ 0.2
SSR4-208	ENST00000471880	SCNN1G	P51170	649 aa		16.32	■□□□□ 0.2
SSR4-208	ENST00000471880	AFF1	P51825	1210 aa	Known RBP	16.32	■□□□□ 0.2
SSR4-208	ENST00000471880	EFNA5	P52803	228 aa		16.32	■□□□□ 0.2
SSR4-208	ENST00000471880	BMS1	Q14692	1282 aa	Known RBP	16.32	■□□□□ 0.2
SSR4-208	ENST00000471880	ZNF280B	Q86YH2	543 aa		16.32	■□□□□ 0.2
SSR4-208	ENST00000471880	SLC39A11	Q8N1S5	342 aa		16.32	■□□□□ 0.2
SSR4-208	ENST00000471880	PABPC5	Q96DU9	382 aa	Known RBP	16.32	■□□□□ 0.2
SSR4-208	ENST00000471880	ZFP42	Q96MM3	310 aa		16.32	■□□□□ 0.2
SSR4-208	ENST00000471880	KANSL3	Q9P2N6	904 aa		16.32	■□□□□ 0.2
SSR4-208	ENST00000471880	PRG3	Q9Y2Y8	225 aa	Predicted RBP	16.32	■□□□□ 0.2
SSR4-208	ENST00000471880	MYH11	P35749	1972 aa		16.31	■□□□□ 0.2
SSR4-208	ENST00000471880	C5orf42	Q9H799	3197 aa		16.31	■□□□□ 0.2
SSR4-208	ENST00000471880	PPAN-P2RY11	A0A0B4J1V8	794 aa	Predicted RBP	16.31	■□□□□ 0.2
SSR4-208	ENST00000471880	NPHP3-ACAD11	A0A0J9YXS1	232 aa		16.31	■□□□□ 0.2
SSR4-208	ENST00000471880		A0A1B0GUA9	196 aa		16.31	■□□□□ 0.2
SSR4-208	ENST00000471880	ARL5C	A6NH57	179 aa		16.31	■□□□□ 0.2
SSR4-208	ENST00000471880	TTLL13P	A6NNM8	815 aa		16.31	■□□□□ 0.2
SSR4-208	ENST00000471880	SLC16A4	O15374	487 aa		16.31	■□□□□ 0.2
SSR4-208	ENST00000471880	NCK2	O43639	380 aa		16.31	■□□□□ 0.2
SSR4-208	ENST00000471880	HARS	P12081	509 aa	Known RBP	16.31	■□□□□ 0.2
SSR4-208	ENST00000471880	PLCG1	P19174	1290 aa		16.31	■□□□□ 0.2
SSR4-208	ENST00000471880	TXLNA	P40222	546 aa		16.31	■□□□□ 0.2
SSR4-208	ENST00000471880	OR1G1	P47890	313 aa		16.31	■□□□□ 0.2
SSR4-208	ENST00000471880	NPTX2	P47972	431 aa		16.31	■□□□□ 0.2
SSR4-208	ENST00000471880	SLC11A1	P49279	550 aa		16.31	■□□□□ 0.2
SSR4-208	ENST00000471880	PLCB3	Q01970	1234 aa		16.31	■□□□□ 0.2
SSR4-208	ENST00000471880	STK38	Q15208	465 aa		16.31	■□□□□ 0.2
SSR4-208	ENST00000471880	HYI	Q5T013	277 aa		16.31	■□□□□ 0.2
SSR4-208	ENST00000471880	LLGL2	Q6P1M3	1020 aa		16.31	■□□□□ 0.2
SSR4-208	ENST00000471880	PPP4R3CP	Q6ZMV5	832 aa		16.31	■□□□□ 0.2
SSR4-208	ENST00000471880	GPBP1	Q86WP2	473 aa		16.31	■□□□□ 0.2
SSR4-208	ENST00000471880	SYT2	Q8N9I0	419 aa	Predicted RBP	16.31	■□□□□ 0.2
SSR4-208	ENST00000471880	RSPH1	Q8WYR4	309 aa		16.31	■□□□□ 0.2
SSR4-208	ENST00000471880	FZD8	Q9H461	694 aa		16.31	■□□□□ 0.2
SSR4-208	ENST00000471880	PDZD7	Q9H5P4	517 aa		16.31	■□□□□ 0.2
SSR4-208	ENST00000471880	GDA	Q9Y2T3	454 aa		16.31	■□□□□ 0.2
SSR4-208	ENST00000471880	ACKR2	O00590	384 aa		16.3	■□□□□ 0.2
SSR4-208	ENST00000471880	NR1I2	O75469	434 aa		16.3	■□□□□ 0.2
SSR4-208	ENST00000471880	DDHD2	O94830	711 aa		16.3	■□□□□ 0.2
SSR4-208	ENST00000471880	MATR3	P43243	847 aa	Known RBP eCLIP	16.3	■□□□□ 0.2
SSR4-208	ENST00000471880	SMTN	P53814	917 aa		16.3	■□□□□ 0.2
SSR4-208	ENST00000471880	STRN3	Q13033	797 aa		16.3	■□□□□ 0.2
SSR4-208	ENST00000471880	MCM6	Q14566	821 aa		16.3	■□□□□ 0.2
SSR4-208	ENST00000471880	COL19A1	Q14993	1142 aa		16.3	■□□□□ 0.2
SSR4-208	ENST00000471880	TMEM119	Q4V9L6	283 aa		16.3	■□□□□ 0.2
SSR4-208	ENST00000471880	ATF7IP2	Q5U623	682 aa		16.3	■□□□□ 0.2
SSR4-208	ENST00000471880	PTCRA	Q6ISU1	281 aa	Predicted RBP	16.3	■□□□□ 0.2
SSR4-208	ENST00000471880	C1orf186	Q6ZWK4	172 aa		16.3	■□□□□ 0.2
SSR4-208	ENST00000471880	ZNF396	Q96N95	335 aa	Predicted RBP	16.3	■□□□□ 0.2
SSR4-208	ENST00000471880	CLIC6	Q96NY7	704 aa		16.3	■□□□□ 0.2
SSR4-208	ENST00000471880	USP28	Q96RU2	1077 aa		16.3	■□□□□ 0.2
SSR4-208	ENST00000471880	TCHP	Q9BT92	498 aa		16.3	■□□□□ 0.2
SSR4-208	ENST00000471880	TIPIN	Q9BVW5	301 aa		16.3	■□□□□ 0.2
SSR4-208	ENST00000471880	CCDC113	Q9H0I3	377 aa		16.3	■□□□□ 0.2
SSR4-208	ENST00000471880	SNTG2	Q9NY99	539 aa		16.3	■□□□□ 0.2
SSR4-208	ENST00000471880	DAXX	Q9UER7	740 aa	Predicted RBP	16.3	■□□□□ 0.2
SSR4-208	ENST00000471880	CCDC39	Q9UFE4	941 aa		16.3	■□□□□ 0.2
SSR4-208	ENST00000471880	LZTS1	Q9Y250	596 aa		16.3	■□□□□ 0.2
SSR4-208	ENST00000471880	FAN1	Q9Y2M0	1017 aa		16.3	■□□□□ 0.2
SSR4-208	ENST00000471880	PHLPP2	Q6ZVD8	1323 aa		16.29	■□□□□ 0.2

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