RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000635958.1

CLN3-242, Transcript of CLN3, battenin, humanhuman

TSL 5

Gene CLN3, Length 1,837 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
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