RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000558285.5

USP3-208, Transcript of ubiquitin specific peptidase 3, humanhuman

TSL 1 (best) BASIC

Gene USP3, Length 1,742 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytosol .

Download Table  
RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP3-208ENST00000558285 TCTN1Q2MV58 587 aa9.58□□□□□ -0.88
USP3-208ENST00000558285 ELMSAN1Q6PJG2 1045 aa9.58□□□□□ -0.88
USP3-208ENST00000558285 TMCO2Q7Z6W1 182 aaPredicted RBP9.58□□□□□ -0.88
USP3-208ENST00000558285 HLA-CQ95604 372 aa9.58□□□□□ -0.88
USP3-208ENST00000558285 ZNF558Q96NG5 402 aa9.58□□□□□ -0.88
USP3-208ENST00000558285 CEP89Q96ST8 783 aa9.58□□□□□ -0.88
USP3-208ENST00000558285 SH2D3AQ9BRG2 576 aa9.58□□□□□ -0.88
USP3-208ENST00000558285 BHMT2Q9H2M3 363 aa9.58□□□□□ -0.88
USP3-208ENST00000558285 NSUN3Q9H649 340 aaKnown RBP9.58□□□□□ -0.88
USP3-208ENST00000558285 CDHR5Q9HBB8 845 aa9.58□□□□□ -0.88
USP3-208ENST00000558285 BMP2KQ9NSY1 1161 aaPredicted RBP9.58□□□□□ -0.88
USP3-208ENST00000558285 FAM105AQ9NUU6 356 aa9.58□□□□□ -0.88
USP3-208ENST00000558285 DDX19AQ9NUU7 478 aaKnown RBP9.58□□□□□ -0.88
USP3-208ENST00000558285 MTCH2Q9Y6C9 303 aa9.58□□□□□ -0.88
USP3-208ENST00000558285 TMEM150BA6NC51 233 aa9.57□□□□□ -0.88
USP3-208ENST00000558285 VWA3AA6NCI4 1184 aa9.57□□□□□ -0.88
USP3-208ENST00000558285 MED24O75448 989 aa9.57□□□□□ -0.88
USP3-208ENST00000558285 KRT18P05783 430 aaKnown RBP9.57□□□□□ -0.88
USP3-208ENST00000558285 SPATA31C1P0DKV0 1188 aa9.57□□□□□ -0.88
USP3-208ENST00000558285 PTMSP20962 102 aa9.57□□□□□ -0.88
USP3-208ENST00000558285 ARL2P36404 184 aa9.57□□□□□ -0.88
USP3-208ENST00000558285 GIT2Q14161 759 aa9.57□□□□□ -0.88
USP3-208ENST00000558285 SF3A1Q15459 793 aaKnown RBP9.57□□□□□ -0.88
USP3-208ENST00000558285 CCDC85BQ15834 202 aaPredicted RBP9.57□□□□□ -0.88
USP3-208ENST00000558285 PAN2Q504Q3 1202 aaKnown RBP9.57□□□□□ -0.88
USP3-208ENST00000558285 TJAP1Q5JTD0 557 aa9.57□□□□□ -0.88
USP3-208ENST00000558285 MICAL1Q8TDZ2 1067 aa9.57□□□□□ -0.88
USP3-208ENST00000558285 GDPD5Q8WTR4 605 aa9.57□□□□□ -0.88
USP3-208ENST00000558285 C17orf80Q9BSJ5 609 aa9.57□□□□□ -0.88
USP3-208ENST00000558285 IFT122Q9HBG6 1241 aa9.57□□□□□ -0.88
USP3-208ENST00000558285 LZTS1Q9Y250 596 aa9.57□□□□□ -0.88
USP3-208ENST00000558285 ATP6V1DQ9Y5K8 247 aa9.57□□□□□ -0.88
USP3-208ENST00000558285 GTF3C5Q9Y5Q8 519 aaPredicted RBP9.57□□□□□ -0.88
USP3-208ENST00000558285 TET1Q8NFU7 2136 aa9.57□□□□□ -0.88
USP3-208ENST00000558285 ZMYM2Q9UBW7 1377 aa9.57□□□□□ -0.88
USP3-208ENST00000558285 N4BP3O15049 544 aa9.56□□□□□ -0.88
USP3-208ENST00000558285 STX6O43752 255 aa9.56□□□□□ -0.88
USP3-208ENST00000558285 CD2BP2O95400 341 aaKnown RBP9.56□□□□□ -0.88
USP3-208ENST00000558285 SSBP05455 408 aaKnown RBP eCLIP9.56□□□□□ -0.88
USP3-208ENST00000558285 ITGA4P13612 1032 aa9.56□□□□□ -0.88
USP3-208ENST00000558285 TOB1P50616 345 aaPredicted RBP9.56□□□□□ -0.88
USP3-208ENST00000558285 STRN3Q13033 797 aa9.56□□□□□ -0.88
USP3-208ENST00000558285 DRP2Q13474 957 aa9.56□□□□□ -0.88
USP3-208ENST00000558285 ATL3Q6DD88 541 aa9.56□□□□□ -0.88
USP3-208ENST00000558285 RTN4RL1Q86UN2 441 aaPredicted RBP9.56□□□□□ -0.88
USP3-208ENST00000558285 LINC01599Q8WXQ3 324 aa9.56□□□□□ -0.88
USP3-208ENST00000558285 TMEM169Q96HH4 297 aa9.56□□□□□ -0.88
USP3-208ENST00000558285 LRRC27Q9C0I9 530 aa9.56□□□□□ -0.88
USP3-208ENST00000558285 NGRNQ9NPE2 291 aaKnown RBP9.56□□□□□ -0.88
USP3-208ENST00000558285 LARSQ9P2J5 1176 aaKnown RBP9.56□□□□□ -0.88
USP3-208ENST00000558285 WRAP73Q9P2S5 460 aaPredicted RBP9.56□□□□□ -0.88
USP3-208ENST00000558285 SSX2IPQ9Y2D8 614 aa9.56□□□□□ -0.88
USP3-208ENST00000558285 PCDHB2Q9Y5E7 798 aa9.56□□□□□ -0.88
USP3-208ENST00000558285 MRPL42Q9Y6G3 142 aaKnown RBP9.56□□□□□ -0.88
USP3-208ENST00000558285 SYT1P21579 422 aa9.56□□□□□ -0.88
USP3-208ENST00000558285 PRPF4BQ13523 1007 aaKnown RBP9.56□□□□□ -0.88
USP3-208ENST00000558285 ADGRE1Q14246 886 aa9.56□□□□□ -0.88
USP3-208ENST00000558285 DCAF4L1Q3SXM0 396 aa9.56□□□□□ -0.88
USP3-208ENST00000558285 NOMO2Q5JPE7 1267 aa9.56□□□□□ -0.88
USP3-208ENST00000558285 SLC27A1Q6PCB7 646 aa9.56□□□□□ -0.88
USP3-208ENST00000558285 PDZRN4Q6ZMN7 1036 aaPredicted RBP9.56□□□□□ -0.88
USP3-208ENST00000558285 CABP7Q86V35 215 aa9.56□□□□□ -0.88
USP3-208ENST00000558285 KSR1Q8IVT5 923 aa9.56□□□□□ -0.88
USP3-208ENST00000558285 C4orf32Q8N8J7 132 aa9.56□□□□□ -0.88
USP3-208ENST00000558285 ZNF668Q96K58 619 aaPredicted RBP9.56□□□□□ -0.88
USP3-208ENST00000558285 RPS6KC1Q96S38 1066 aa9.56□□□□□ -0.88
USP3-208ENST00000558285 CDCA3Q99618 268 aaPredicted RBP9.56□□□□□ -0.88
USP3-208ENST00000558285 PYM1Q9BRP8 204 aaKnown RBP9.56□□□□□ -0.88
USP3-208ENST00000558285 CSRNP2Q9H175 543 aa9.56□□□□□ -0.88
USP3-208ENST00000558285 RSAD1Q9HA92 442 aa9.56□□□□□ -0.88
USP3-208ENST00000558285 RC3H2Q9HBD1 1191 aaKnown RBP9.56□□□□□ -0.88
USP3-208ENST00000558285 SPG21Q9NZD8 308 aa9.56□□□□□ -0.88
USP3-208ENST00000558285 CCDC169A6NNP5 214 aa9.55□□□□□ -0.88
USP3-208ENST00000558285 K7ERI5 159 aa9.55□□□□□ -0.88
USP3-208ENST00000558285 MGEA5O60502 916 aa9.55□□□□□ -0.88
USP3-208ENST00000558285 TBCAO75347 108 aaKnown RBP9.55□□□□□ -0.88
USP3-208ENST00000558285 PYGBP11216 843 aa9.55□□□□□ -0.88
USP3-208ENST00000558285 GLRA2P23416 452 aa9.55□□□□□ -0.88
USP3-208ENST00000558285 TTC3P53804 2025 aa9.55□□□□□ -0.88
USP3-208ENST00000558285 CAPSQ13938 189 aa9.55□□□□□ -0.88
USP3-208ENST00000558285 STK38Q15208 465 aa9.55□□□□□ -0.88
USP3-208ENST00000558285 FAM187BQ17R55 369 aa9.55□□□□□ -0.88
USP3-208ENST00000558285 MAEAQ7L5Y9 396 aa9.55□□□□□ -0.88
USP3-208ENST00000558285 OSBPL7Q9BZF2 842 aa9.55□□□□□ -0.88
USP3-208ENST00000558285 XPNPEP1Q9NQW7 623 aa9.55□□□□□ -0.88
USP3-208ENST00000558285 TLR9Q9NR96 1032 aa9.55□□□□□ -0.88
USP3-208ENST00000558285 DPP7Q9UHL4 492 aa9.55□□□□□ -0.88
USP3-208ENST00000558285 CFAP45Q9UL16 551 aa9.55□□□□□ -0.88
USP3-208ENST00000558285 PLAGL2Q9UPG8 496 aa9.55□□□□□ -0.88
USP3-208ENST00000558285 GIT1Q9Y2X7 761 aa9.55□□□□□ -0.88
USP3-208ENST00000558285 RFXAPO00287 272 aa9.54□□□□□ -0.88
USP3-208ENST00000558285 ACKR2O00590 384 aa9.54□□□□□ -0.88
USP3-208ENST00000558285 WNT7AO00755 349 aa9.54□□□□□ -0.88
USP3-208ENST00000558285 TSPAN1O60635 241 aa9.54□□□□□ -0.88
USP3-208ENST00000558285 FGF18O76093 207 aa9.54□□□□□ -0.88
USP3-208ENST00000558285 FGFR1P11362 822 aa9.54□□□□□ -0.88
USP3-208ENST00000558285 GUCY2CP25092 1073 aa9.54□□□□□ -0.88
USP3-208ENST00000558285 YARSP54577 528 aaKnown RBP9.54□□□□□ -0.88
USP3-208ENST00000558285 PLCB3Q01970 1234 aa9.54□□□□□ -0.88
USP3-208ENST00000558285 MBTD1Q05BQ5 628 aa9.54□□□□□ -0.88
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 28.6 ms