RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000488520.5

USP4-213, Transcript of ubiquitin specific peptidase 4, human

TSL 3

Gene USP4, Length 1,155 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
USP4-213	ENST00000488520		M0QZ92	97 aa		9.83	□□□□□ -0.84
USP4-213	ENST00000488520	MEIS2	O14770	477 aa		9.83	□□□□□ -0.84
USP4-213	ENST00000488520	DTNB	O60941	627 aa		9.83	□□□□□ -0.84
USP4-213	ENST00000488520	BMP2	P12643	396 aa		9.83	□□□□□ -0.84
USP4-213	ENST00000488520	INSRR	P14616	1297 aa		9.83	□□□□□ -0.84
USP4-213	ENST00000488520	SP100	P23497	879 aa	Predicted RBP	9.83	□□□□□ -0.84
USP4-213	ENST00000488520	VCP	P55072	806 aa	Known RBP	9.83	□□□□□ -0.84
USP4-213	ENST00000488520	RAB15	P59190	212 aa		9.83	□□□□□ -0.84
USP4-213	ENST00000488520	NFX1	Q12986	1120 aa	Known RBP	9.83	□□□□□ -0.84
USP4-213	ENST00000488520	COASY	Q13057	564 aa		9.83	□□□□□ -0.84
USP4-213	ENST00000488520	AP3B2	Q13367	1082 aa		9.83	□□□□□ -0.84
USP4-213	ENST00000488520	TMEM266	Q2M3C6	531 aa		9.83	□□□□□ -0.84
USP4-213	ENST00000488520	IER5	Q5VY09	327 aa		9.83	□□□□□ -0.84
USP4-213	ENST00000488520	NPAS4	Q8IUM7	802 aa		9.83	□□□□□ -0.84
USP4-213	ENST00000488520	FBXL6	Q8N531	539 aa		9.83	□□□□□ -0.84
USP4-213	ENST00000488520	GIMAP8	Q8ND71	665 aa	Predicted RBP	9.83	□□□□□ -0.84
USP4-213	ENST00000488520	FBXO18	Q8NFZ0	1043 aa		9.83	□□□□□ -0.84
USP4-213	ENST00000488520	ZNF592	Q92610	1267 aa		9.83	□□□□□ -0.84
USP4-213	ENST00000488520	AIFM3	Q96NN9	605 aa		9.83	□□□□□ -0.84
USP4-213	ENST00000488520	PHF20	Q9BVI0	1012 aa		9.83	□□□□□ -0.84
USP4-213	ENST00000488520	APOL5	Q9BWW9	433 aa		9.83	□□□□□ -0.84
USP4-213	ENST00000488520	SMARCAD1	Q9H4L7	1026 aa		9.83	□□□□□ -0.84
USP4-213	ENST00000488520	RBM19	Q9Y4C8	960 aa	Known RBP	9.83	□□□□□ -0.84
USP4-213	ENST00000488520	TRPV2	Q9Y5S1	764 aa		9.83	□□□□□ -0.84
USP4-213	ENST00000488520	FAM186A	A6NE01	2351 aa		9.83	□□□□□ -0.84
USP4-213	ENST00000488520	DENND4A	Q7Z401	1863 aa		9.83	□□□□□ -0.84
USP4-213	ENST00000488520	MTCL1	Q9Y4B5	1905 aa	Known RBP	9.82	□□□□□ -0.84
USP4-213	ENST00000488520	VPS37C	A5D8V6	355 aa	Predicted RBP	9.82	□□□□□ -0.84
USP4-213	ENST00000488520	MARCH6	O60337	910 aa		9.82	□□□□□ -0.84
USP4-213	ENST00000488520	STAG3L1	P0CL83	205 aa		9.82	□□□□□ -0.84
USP4-213	ENST00000488520	ITGB5	P18084	799 aa		9.82	□□□□□ -0.84
USP4-213	ENST00000488520	MCCD1	P59942	119 aa	Predicted RBP	9.82	□□□□□ -0.84
USP4-213	ENST00000488520	PAK2	Q13177	524 aa		9.82	□□□□□ -0.84
USP4-213	ENST00000488520	CBLB	Q13191	982 aa		9.82	□□□□□ -0.84
USP4-213	ENST00000488520	UBE2S	Q16763	222 aa		9.82	□□□□□ -0.84
USP4-213	ENST00000488520	NAALADL2	Q58DX5	795 aa		9.82	□□□□□ -0.84
USP4-213	ENST00000488520	XRRA1	Q6P2D8	792 aa		9.82	□□□□□ -0.84
USP4-213	ENST00000488520		Q6ZVU0	165 aa		9.82	□□□□□ -0.84
USP4-213	ENST00000488520	KRT25	Q7Z3Z0	450 aa		9.82	□□□□□ -0.84
USP4-213	ENST00000488520	GPRASP2	Q96D09	838 aa		9.82	□□□□□ -0.84
USP4-213	ENST00000488520	NAP1L4	Q99733	375 aa	Known RBP	9.82	□□□□□ -0.84
USP4-213	ENST00000488520	PHF7	Q9BWX1	381 aa	Predicted RBP	9.82	□□□□□ -0.84
USP4-213	ENST00000488520	FTHL17	Q9BXU8	183 aa		9.82	□□□□□ -0.84
USP4-213	ENST00000488520	GINS2	Q9Y248	185 aa		9.82	□□□□□ -0.84
USP4-213	ENST00000488520	RIF1	Q5UIP0	2472 aa	Known RBP	9.82	□□□□□ -0.84
USP4-213	ENST00000488520	RRN3P2	A6NIE6	340 aa		9.81	□□□□□ -0.84
USP4-213	ENST00000488520	TBKBP1	A7MCY6	615 aa		9.81	□□□□□ -0.84
USP4-213	ENST00000488520	ERVH48-1	M5A8F1	160 aa		9.81	□□□□□ -0.84
USP4-213	ENST00000488520	ERVFC1	P60507	584 aa		9.81	□□□□□ -0.84
USP4-213	ENST00000488520	SIGLEC14	Q08ET2	396 aa		9.81	□□□□□ -0.84
USP4-213	ENST00000488520	ST3GAL1	Q11201	340 aa		9.81	□□□□□ -0.84
USP4-213	ENST00000488520	MTMR1	Q13613	665 aa		9.81	□□□□□ -0.84
USP4-213	ENST00000488520	CBX2	Q14781	532 aa	Predicted RBP	9.81	□□□□□ -0.84
USP4-213	ENST00000488520	NONO	Q15233	471 aa	Known RBP eCLIP	9.81	□□□□□ -0.84
USP4-213	ENST00000488520	FAM102B	Q5T8I3	360 aa		9.81	□□□□□ -0.84
USP4-213	ENST00000488520	DIS3L2	Q8IYB7	885 aa	Known RBP	9.81	□□□□□ -0.84
USP4-213	ENST00000488520	DAGLB	Q8NCG7	672 aa		9.81	□□□□□ -0.84
USP4-213	ENST00000488520	VN1R2	Q8NFZ6	395 aa		9.81	□□□□□ -0.84
USP4-213	ENST00000488520	ATOH1	Q92858	354 aa	Predicted RBP	9.81	□□□□□ -0.84
USP4-213	ENST00000488520	CDHR1	Q96JP9	859 aa		9.81	□□□□□ -0.84
USP4-213	ENST00000488520	PPP1R16B	Q96T49	567 aa		9.81	□□□□□ -0.84
USP4-213	ENST00000488520	PCYT2	Q99447	389 aa		9.81	□□□□□ -0.84
USP4-213	ENST00000488520	PRRX2	Q99811	253 aa		9.81	□□□□□ -0.84
USP4-213	ENST00000488520	CELF4	Q9BZC1	486 aa	Known RBP	9.81	□□□□□ -0.84
USP4-213	ENST00000488520	FOXP1	Q9H334	677 aa	Predicted RBP	9.81	□□□□□ -0.84
USP4-213	ENST00000488520	TMX1	Q9H3N1	280 aa		9.81	□□□□□ -0.84
USP4-213	ENST00000488520	TLR9	Q9NR96	1032 aa		9.81	□□□□□ -0.84
USP4-213	ENST00000488520	TMEM260	Q9NX78	707 aa		9.81	□□□□□ -0.84
USP4-213	ENST00000488520	NOL7	Q9UMY1	257 aa	Known RBP	9.81	□□□□□ -0.84
USP4-213	ENST00000488520	PCDHB7	Q9Y5E2	793 aa		9.81	□□□□□ -0.84
USP4-213	ENST00000488520	PCDHB12	Q9Y5F1	795 aa		9.81	□□□□□ -0.84
USP4-213	ENST00000488520	DOCK6	Q96HP0	2047 aa		9.81	□□□□□ -0.84
USP4-213	ENST00000488520	TDRD15	B5MCY1	1934 aa	Known RBP	9.81	□□□□□ -0.84
USP4-213	ENST00000488520	IGSF9B	Q9UPX0	1349 aa		9.81	□□□□□ -0.84
USP4-213	ENST00000488520	WDR87	Q6ZQQ6	2873 aa		9.81	□□□□□ -0.84
USP4-213	ENST00000488520	BTBD18	B2RXH4	712 aa		9.8	□□□□□ -0.84
USP4-213	ENST00000488520		H0Y858	1186 aa		9.8	□□□□□ -0.84
USP4-213	ENST00000488520	STX6	O43752	255 aa		9.8	□□□□□ -0.84
USP4-213	ENST00000488520	MGEA5	O60502	916 aa		9.8	□□□□□ -0.84
USP4-213	ENST00000488520	FGF18	O76093	207 aa		9.8	□□□□□ -0.84
USP4-213	ENST00000488520	PDGFB	P01127	241 aa	Predicted RBP	9.8	□□□□□ -0.84
USP4-213	ENST00000488520	AVPR2	P30518	371 aa		9.8	□□□□□ -0.84
USP4-213	ENST00000488520	TEC	P42680	631 aa		9.8	□□□□□ -0.84
USP4-213	ENST00000488520	SARS	P49591	514 aa	Known RBP	9.8	□□□□□ -0.84
USP4-213	ENST00000488520	USP11	P51784	963 aa		9.8	□□□□□ -0.84
USP4-213	ENST00000488520	KRT76	Q01546	638 aa		9.8	□□□□□ -0.84
USP4-213	ENST00000488520	PLCB4	Q15147	1175 aa		9.8	□□□□□ -0.84
USP4-213	ENST00000488520	PLPP4	Q5VZY2	271 aa		9.8	□□□□□ -0.84
USP4-213	ENST00000488520	LLGL2	Q6P1M3	1020 aa		9.8	□□□□□ -0.84
USP4-213	ENST00000488520	TREML4	Q6UXN2	200 aa		9.8	□□□□□ -0.84
USP4-213	ENST00000488520	PIK3AP1	Q6ZUJ8	805 aa		9.8	□□□□□ -0.84
USP4-213	ENST00000488520	THNSL1	Q8IYQ7	743 aa		9.8	□□□□□ -0.84
USP4-213	ENST00000488520	ASIC4	Q96FT7	647 aa		9.8	□□□□□ -0.84
USP4-213	ENST00000488520	ANO3	Q9BYT9	981 aa		9.8	□□□□□ -0.84
USP4-213	ENST00000488520	AZI2	Q9H6S1	392 aa		9.8	□□□□□ -0.84
USP4-213	ENST00000488520	JADE2	Q9NQC1	790 aa		9.8	□□□□□ -0.84
USP4-213	ENST00000488520	TMPRSS4	Q9NRS4	437 aa		9.8	□□□□□ -0.84
USP4-213	ENST00000488520	GJB4	Q9NTQ9	266 aa		9.8	□□□□□ -0.84
USP4-213	ENST00000488520	SLC9A2	Q9UBY0	812 aa		9.8	□□□□□ -0.84
USP4-213	ENST00000488520	PCDHA2	Q9Y5H9	948 aa		9.8	□□□□□ -0.84

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