RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000586407.1

LIG3-208, Transcript of DNA ligase 3, human

TSL 5

Gene LIG3, Length 815 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Cytosol, Ribosome .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
LIG3-208	ENST00000586407	RNF17	Q9BXT8	1623 aa	Known RBP	43.65	■■■■■ 4.58
LIG3-208	ENST00000586407	STRC	Q7RTU9	1775 aa		43.63	■■■■■ 4.57
LIG3-208	ENST00000586407	EIF2AK4	Q9P2K8	1649 aa	Known RBP	43.62	■■■■■ 4.57
LIG3-208	ENST00000586407	DUOX2	Q9NRD8	1548 aa		43.61	■■■■■ 4.57
LIG3-208	ENST00000586407	MYO3A	Q8NEV4	1616 aa		43.61	■■■■■ 4.57
LIG3-208	ENST00000586407	KIF15	Q9NS87	1388 aa		43.6	■■■■■ 4.57
LIG3-208	ENST00000586407	PPARGC1B	Q86YN6	1023 aa	Known RBP	43.6	■■■■■ 4.57
LIG3-208	ENST00000586407	RRP7BP	Q9NSQ0	103 aa		43.58	■■■■■ 4.57
LIG3-208	ENST00000586407	WASHC2C	Q9Y4E1	1318 aa		43.57	■■■■■ 4.57
LIG3-208	ENST00000586407	FAM50A	Q14320	339 aa	Known RBP	43.57	■■■■■ 4.57
LIG3-208	ENST00000586407	CHIC2	Q9UKJ5	165 aa		43.57	■■■■■ 4.57
LIG3-208	ENST00000586407	MROH1	Q8NDA8	1641 aa		43.56	■■■■■ 4.56
LIG3-208	ENST00000586407	FAM135A	Q9P2D6	1515 aa		43.56	■■■■■ 4.56
LIG3-208	ENST00000586407	FBXO31	Q5XUX0	539 aa	Predicted RBP	43.51	■■■■■ 4.56
LIG3-208	ENST00000586407	ZNF142	P52746	1687 aa	Predicted RBP	43.51	■■■■■ 4.56
LIG3-208	ENST00000586407	CEP152	O94986	1710 aa		43.5	■■■■■ 4.55
LIG3-208	ENST00000586407	ABCC3	O15438	1527 aa		43.49	■■■■■ 4.55
LIG3-208	ENST00000586407	PZP	P20742	1482 aa		43.48	■■■■■ 4.55
LIG3-208	ENST00000586407	CEP170B	Q9Y4F5	1589 aa	Predicted RBP	43.48	■■■■■ 4.55
LIG3-208	ENST00000586407	ZC3H13	Q5T200	1668 aa	Known RBP	43.46	■■■■■ 4.55
LIG3-208	ENST00000586407	CAMSAP1	Q5T5Y3	1602 aa		43.45	■■■■■ 4.55
LIG3-208	ENST00000586407	ILDR1	Q86SU0	546 aa	Predicted RBP	43.45	■■■■■ 4.55
LIG3-208	ENST00000586407	ERBIN	Q96RT1	1412 aa		43.44	■■■■■ 4.54
LIG3-208	ENST00000586407	ANKRD30A	Q9BXX3	1397 aa		43.42	■■■■■ 4.54
LIG3-208	ENST00000586407	NCOA1	Q15788	1441 aa		43.4	■■■■■ 4.54
LIG3-208	ENST00000586407	TNR	Q92752	1358 aa		43.4	■■■■■ 4.54
LIG3-208	ENST00000586407	ADGRL2	O95490	1459 aa		43.36	■■■■■ 4.53
LIG3-208	ENST00000586407	PRDM15	P57071	1507 aa	Predicted RBP	43.36	■■■■■ 4.53
LIG3-208	ENST00000586407	CFAP65	Q6ZU64	1925 aa	Known RBP	43.36	■■■■■ 4.53
LIG3-208	ENST00000586407	DEPDC5	O75140	1603 aa		43.34	■■■■■ 4.53
LIG3-208	ENST00000586407	A2ML1	A8K2U0	1454 aa		43.33	■■■■■ 4.53
LIG3-208	ENST00000586407	GRWD1	Q9BQ67	446 aa	Known RBP eCLIP	43.31	■■■■■ 4.52
LIG3-208	ENST00000586407	DMRT2	Q9Y5R5	561 aa		43.28	■■■■■ 4.52
LIG3-208	ENST00000586407	NCKAP5L	Q9HCH0	1330 aa		43.27	■■■■■ 4.52
LIG3-208	ENST00000586407	PTPRT	O14522	1441 aa		43.25	■■■■■ 4.51
LIG3-208	ENST00000586407	SPATA31D1	Q6ZQQ2	1576 aa		43.24	■■■■■ 4.51
LIG3-208	ENST00000586407	ERVK-7	P63135	1459 aa		43.23	■■■■■ 4.51
LIG3-208	ENST00000586407	PLA2R1	Q13018	1463 aa		43.22	■■■■■ 4.51
LIG3-208	ENST00000586407	ITGAE	P38570	1179 aa		43.17	■■■■■ 4.5
LIG3-208	ENST00000586407	KANK1	Q14678	1352 aa		43.16	■■■■■ 4.5
LIG3-208	ENST00000586407	NLRP1	Q9C000	1473 aa		43.15	■■■■■ 4.5
LIG3-208	ENST00000586407	ANKRD50	Q9ULJ7	1429 aa		43.14	■■■■■ 4.5
LIG3-208	ENST00000586407	VWDE	Q8N2E2	1590 aa		43.14	■■■■■ 4.5
LIG3-208	ENST00000586407	CERK	Q8TCT0	537 aa		43.1	■■■■■ 4.49
LIG3-208	ENST00000586407	FBXO41	Q8TF61	875 aa		43.1	■■■■■ 4.49
LIG3-208	ENST00000586407	UGGT1	Q9NYU2	1555 aa		43.1	■■■■■ 4.49
LIG3-208	ENST00000586407	POLR1A	O95602	1720 aa	Predicted RBP	43.1	■■■■■ 4.49
LIG3-208	ENST00000586407	ARHGAP31	Q2M1Z3	1444 aa		43.09	■■■■■ 4.49
LIG3-208	ENST00000586407	PKD2	Q13563	968 aa		43.07	■■■■■ 4.49
LIG3-208	ENST00000586407	DROSHA	Q9NRR4	1374 aa	Known RBP eCLIP	43.06	■■■■■ 4.48
LIG3-208	ENST00000586407	LMTK2	Q8IWU2	1503 aa		43.06	■■■■■ 4.48
LIG3-208	ENST00000586407	NEURL4	Q96JN8	1562 aa		43.03	■■■■■ 4.48
LIG3-208	ENST00000586407	ROCK1	Q13464	1354 aa		43.03	■■■■■ 4.48
LIG3-208	ENST00000586407	EFCAB6	Q5THR3	1501 aa		43	■■■■■ 4.47
LIG3-208	ENST00000586407	LTBP4	Q8N2S1	1624 aa		43	■■■■■ 4.47
LIG3-208	ENST00000586407	UBR1	Q8IWV7	1749 aa		42.98	■■■■■ 4.47
LIG3-208	ENST00000586407	THEMIS	Q8N1K5	641 aa	Predicted RBP	42.98	■■■■■ 4.47
LIG3-208	ENST00000586407	RRBP1	Q9P2E9	1410 aa	Known RBP	42.97	■■■■■ 4.47
LIG3-208	ENST00000586407	UNC13B	O14795	1591 aa		42.97	■■■■■ 4.47
LIG3-208	ENST00000586407	ZNF335	Q9H4Z2	1342 aa	Predicted RBP	42.93	■■■■■ 4.46
LIG3-208	ENST00000586407	PIK3C2B	O00750	1634 aa		42.91	■■■■■ 4.46
LIG3-208	ENST00000586407	SYNM	O15061	1565 aa		42.9	■■■■■ 4.46
LIG3-208	ENST00000586407	TET3	O43151	1660 aa		42.89	■■■■■ 4.46
LIG3-208	ENST00000586407	ANKLE2	Q86XL3	938 aa		42.88	■■■■■ 4.45
LIG3-208	ENST00000586407	GCC2	Q8IWJ2	1684 aa		42.84	■■■■■ 4.45
LIG3-208	ENST00000586407	NOS1	P29475	1434 aa		42.82	■■■■■ 4.45
LIG3-208	ENST00000586407	NPHP4	O75161	1426 aa	Predicted RBP	42.8	■■■■■ 4.44
LIG3-208	ENST00000586407	IQGAP3	Q86VI3	1631 aa		42.79	■■■■■ 4.44
LIG3-208	ENST00000586407	IQGAP1	P46940	1657 aa		42.79	■■■■■ 4.44
LIG3-208	ENST00000586407	MED14	O60244	1454 aa		42.77	■■■■■ 4.44
LIG3-208	ENST00000586407	IDI1	Q13907	227 aa		42.76	■■■■■ 4.44
LIG3-208	ENST00000586407		E9PCH4	1651 aa		42.76	■■■■■ 4.44
LIG3-208	ENST00000586407	RPRD2	Q5VT52	1461 aa	Known RBP	42.74	■■■■■ 4.43
LIG3-208	ENST00000586407	ARHGAP23	Q9P227	1491 aa		42.72	■■■■■ 4.43
LIG3-208	ENST00000586407	SLIT1	O75093	1534 aa		42.71	■■■■■ 4.43
LIG3-208	ENST00000586407	NUP155	O75694	1391 aa		42.71	■■■■■ 4.43
LIG3-208	ENST00000586407	STAG3	Q9UJ98	1225 aa		42.7	■■■■■ 4.43
LIG3-208	ENST00000586407	SCAF11	Q99590	1463 aa	Known RBP	42.69	■■■■■ 4.42
LIG3-208	ENST00000586407	LTK	P29376	864 aa		42.68	■■■■■ 4.42
LIG3-208	ENST00000586407	KDM5A	P29375	1690 aa	Known RBP	42.67	■■■■■ 4.42
LIG3-208	ENST00000586407	ADGRB3	O60242	1522 aa		42.66	■■■■■ 4.42
LIG3-208	ENST00000586407	MYO5B	Q9ULV0	1848 aa		42.65	■■■■■ 4.42
LIG3-208	ENST00000586407	TXNDC2	Q86VQ3	553 aa		42.64	■■■■■ 4.42
LIG3-208	ENST00000586407	NAIP	Q13075	1403 aa		42.63	■■■■■ 4.42
LIG3-208	ENST00000586407	IQSEC2	Q5JU85	1478 aa		42.62	■■■■■ 4.41
LIG3-208	ENST00000586407	TMEM2	Q9UHN6	1383 aa		42.62	■■■■■ 4.41
LIG3-208	ENST00000586407	SLC52A1	Q9NWF4	448 aa		42.58	■■■■■ 4.41
LIG3-208	ENST00000586407	STRCP1	A6NGW2	1772 aa		42.57	■■■■■ 4.41
LIG3-208	ENST00000586407	EID1	Q9Y6B2	187 aa		42.55	■■■■■ 4.4
LIG3-208	ENST00000586407	CPS1	P31327	1500 aa		42.53	■■■■■ 4.4
LIG3-208	ENST00000586407	TMEM131L	A2VDJ0	1609 aa		42.5	■■■■■ 4.39
LIG3-208	ENST00000586407	HFM1	A2PYH4	1435 aa		42.49	■■■■■ 4.39
LIG3-208	ENST00000586407	SPHKAP	Q2M3C7	1700 aa		42.45	■■■■■ 4.39
LIG3-208	ENST00000586407	CHGA	P10645	457 aa	Known RBP	42.44	■■■■■ 4.38
LIG3-208	ENST00000586407	SENP3	Q9H4L4	574 aa	Predicted RBP	42.43	■■■■■ 4.38
LIG3-208	ENST00000586407	UBAP1L	F5GYI3	381 aa		42.42	■■■■■ 4.38
LIG3-208	ENST00000586407	ZFYVE9	O95405	1425 aa		42.38	■■■■■ 4.38
LIG3-208	ENST00000586407	RIMS2	Q9UQ26	1411 aa		42.37	■■■■■ 4.37
LIG3-208	ENST00000586407	TRIM52	Q96A61	297 aa		42.36	■■■■■ 4.37
LIG3-208	ENST00000586407	LRRC7	Q96NW7	1537 aa		42.33	■■■■■ 4.37

Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 28.2 ms