RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000558285.5

USP3-208, Transcript of ubiquitin specific peptidase 3, human

TSL 1 (best) BASIC

Gene USP3, Length 1,742 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytosol .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
USP3-208	ENST00000558285	TCOF1	Q13428	1488 aa	Known RBP	13.24	□□□□□ -0.29
USP3-208	ENST00000558285	UHRF1BP1	Q6BDS2	1440 aa		13.24	□□□□□ -0.29
USP3-208	ENST00000558285	NPAT	Q14207	1427 aa		13.23	□□□□□ -0.29
USP3-208	ENST00000558285	WASHC2C	Q9Y4E1	1318 aa		13.23	□□□□□ -0.29
USP3-208	ENST00000558285	DUOX2	Q9NRD8	1548 aa		13.22	□□□□□ -0.29
USP3-208	ENST00000558285	MROH2A	A6NES4	1674 aa		13.22	□□□□□ -0.29
USP3-208	ENST00000558285	SIGLEC1	Q9BZZ2	1709 aa		13.22	□□□□□ -0.29
USP3-208	ENST00000558285	DAPK1	P53355	1430 aa		13.22	□□□□□ -0.29
USP3-208	ENST00000558285	ZMYM3	Q14202	1370 aa		13.21	□□□□□ -0.29
USP3-208	ENST00000558285	KANK1	Q14678	1352 aa		13.21	□□□□□ -0.3
USP3-208	ENST00000558285	KIF15	Q9NS87	1388 aa		13.21	□□□□□ -0.3
USP3-208	ENST00000558285	ERBIN	Q96RT1	1412 aa		13.2	□□□□□ -0.3
USP3-208	ENST00000558285	DNMT1	P26358	1616 aa	Known RBP	13.2	□□□□□ -0.3
USP3-208	ENST00000558285	ABCC5	O15440	1437 aa		13.19	□□□□□ -0.3
USP3-208	ENST00000558285	CEBPA	P49715	358 aa	Predicted RBP	13.19	□□□□□ -0.3
USP3-208	ENST00000558285	EIF2AK4	Q9P2K8	1649 aa	Known RBP	13.19	□□□□□ -0.3
USP3-208	ENST00000558285	SETD1B	Q9UPS6	1966 aa	Known RBP	13.19	□□□□□ -0.3
USP3-208	ENST00000558285	PREX1	Q8TCU6	1659 aa		13.19	□□□□□ -0.3
USP3-208	ENST00000558285	KDM5D	Q9BY66	1539 aa		13.19	□□□□□ -0.3
USP3-208	ENST00000558285	LMTK3	Q96Q04	1460 aa		13.19	□□□□□ -0.3
USP3-208	ENST00000558285	RRP7BP	Q9NSQ0	103 aa		13.17	□□□□□ -0.3
USP3-208	ENST00000558285	DROSHA	Q9NRR4	1374 aa	Known RBP eCLIP	13.17	□□□□□ -0.3
USP3-208	ENST00000558285	CROCC2	H7BZ55	1655 aa		13.17	□□□□□ -0.3
USP3-208	ENST00000558285	C3	P01024	1663 aa		13.16	□□□□□ -0.3
USP3-208	ENST00000558285	CLTC	Q00610	1675 aa	Known RBP	13.15	□□□□□ -0.3
USP3-208	ENST00000558285	ZC3H13	Q5T200	1668 aa	Known RBP	13.14	□□□□□ -0.31
USP3-208	ENST00000558285	CHIC2	Q9UKJ5	165 aa		13.14	□□□□□ -0.31
USP3-208	ENST00000558285	RNF17	Q9BXT8	1623 aa	Known RBP	13.13	□□□□□ -0.31
USP3-208	ENST00000558285	ADGRL2	O95490	1459 aa		13.13	□□□□□ -0.31
USP3-208	ENST00000558285	NCOA1	Q15788	1441 aa		13.13	□□□□□ -0.31
USP3-208	ENST00000558285	PZP	P20742	1482 aa		13.12	□□□□□ -0.31
USP3-208	ENST00000558285	ROCK1	Q13464	1354 aa		13.12	□□□□□ -0.31
USP3-208	ENST00000558285	PTPRK	Q15262	1439 aa		13.11	□□□□□ -0.31
USP3-208	ENST00000558285	HSPA2	P54652	639 aa		13.11	□□□□□ -0.31
USP3-208	ENST00000558285	TNR	Q92752	1358 aa		13.11	□□□□□ -0.31
USP3-208	ENST00000558285	HOXD11	P31277	338 aa	Predicted RBP	13.1	□□□□□ -0.31
USP3-208	ENST00000558285	GRWD1	Q9BQ67	446 aa	Known RBP eCLIP	13.1	□□□□□ -0.31	1e-8	■■■□□ 15.2
USP3-208	ENST00000558285	ANKRD50	Q9ULJ7	1429 aa		13.09	□□□□□ -0.31
USP3-208	ENST00000558285	NLRP1	Q9C000	1473 aa		13.08	□□□□□ -0.31
USP3-208	ENST00000558285	PKD2	Q13563	968 aa		13.08	□□□□□ -0.32
USP3-208	ENST00000558285	ABCC3	O15438	1527 aa		13.08	□□□□□ -0.32
USP3-208	ENST00000558285	PRDM15	P57071	1507 aa	Predicted RBP	13.08	□□□□□ -0.32
USP3-208	ENST00000558285	THEMIS	Q8N1K5	641 aa	Predicted RBP	13.08	□□□□□ -0.32
USP3-208	ENST00000558285	ITGAE	P38570	1179 aa		13.07	□□□□□ -0.32
USP3-208	ENST00000558285	PPARGC1B	Q86YN6	1023 aa	Known RBP	13.07	□□□□□ -0.32
USP3-208	ENST00000558285	A2ML1	A8K2U0	1454 aa		13.07	□□□□□ -0.32
USP3-208	ENST00000558285	ARHGAP31	Q2M1Z3	1444 aa		13.06	□□□□□ -0.32
USP3-208	ENST00000558285	CEP170B	Q9Y4F5	1589 aa	Predicted RBP	13.06	□□□□□ -0.32
USP3-208	ENST00000558285	RRBP1	Q9P2E9	1410 aa	Known RBP	13.05	□□□□□ -0.32
USP3-208	ENST00000558285	PLA2R1	Q13018	1463 aa		13.05	□□□□□ -0.32
USP3-208	ENST00000558285	ACIN1	Q9UKV3	1341 aa	Known RBP	13.05	□□□□□ -0.32
USP3-208	ENST00000558285	MYO3A	Q8NEV4	1616 aa		13.05	□□□□□ -0.32
USP3-208	ENST00000558285	PTPRT	O14522	1441 aa		13.04	□□□□□ -0.32
USP3-208	ENST00000558285	STAG3	Q9UJ98	1225 aa		13.04	□□□□□ -0.32
USP3-208	ENST00000558285	ZNF142	P52746	1687 aa	Predicted RBP	13.04	□□□□□ -0.32
USP3-208	ENST00000558285	DEPDC5	O75140	1603 aa		13.03	□□□□□ -0.32
USP3-208	ENST00000558285	CAMSAP1	Q5T5Y3	1602 aa		13.03	□□□□□ -0.32
USP3-208	ENST00000558285	FBXO31	Q5XUX0	539 aa	Predicted RBP	13.02	□□□□□ -0.32
USP3-208	ENST00000558285	ANKLE2	Q86XL3	938 aa		13.02	□□□□□ -0.32
USP3-208	ENST00000558285	LMTK2	Q8IWU2	1503 aa		13.02	□□□□□ -0.33
USP3-208	ENST00000558285	ERVK-7	P63135	1459 aa		13.01	□□□□□ -0.33
USP3-208	ENST00000558285	RPRD2	Q5VT52	1461 aa	Known RBP	13.01	□□□□□ -0.33
USP3-208	ENST00000558285	SPATA31D1	Q6ZQQ2	1576 aa		13.01	□□□□□ -0.33
USP3-208	ENST00000558285	MROH1	Q8NDA8	1641 aa		13	□□□□□ -0.33
USP3-208	ENST00000558285	UGGT1	Q9NYU2	1555 aa		13	□□□□□ -0.33
USP3-208	ENST00000558285	HDGF	P51858	240 aa	Known RBP	12.99	□□□□□ -0.33
USP3-208	ENST00000558285	PELP1	Q8IZL8	1130 aa	Known RBP	12.99	□□□□□ -0.33
USP3-208	ENST00000558285	SLC52A1	Q9NWF4	448 aa		12.99	□□□□□ -0.33
USP3-208	ENST00000558285	EID1	Q9Y6B2	187 aa		12.99	□□□□□ -0.33
USP3-208	ENST00000558285	CEP152	O94986	1710 aa		12.98	□□□□□ -0.33
USP3-208	ENST00000558285	NUP155	O75694	1391 aa		12.97	□□□□□ -0.33
USP3-208	ENST00000558285	SLC24A1	O60721	1099 aa		12.97	□□□□□ -0.33
USP3-208	ENST00000558285	VWDE	Q8N2E2	1590 aa		12.97	□□□□□ -0.33
USP3-208	ENST00000558285	EFCAB6	Q5THR3	1501 aa		12.96	□□□□□ -0.33
USP3-208	ENST00000558285	UNC13B	O14795	1591 aa		12.95	□□□□□ -0.34
USP3-208	ENST00000558285	SLC4A1AP	Q9BWU0	796 aa	Known RBP	12.95	□□□□□ -0.34
USP3-208	ENST00000558285	NCKAP5L	Q9HCH0	1330 aa		12.94	□□□□□ -0.34
USP3-208	ENST00000558285	TET3	O43151	1660 aa		12.94	□□□□□ -0.34
USP3-208	ENST00000558285	CERK	Q8TCT0	537 aa		12.93	□□□□□ -0.34
USP3-208	ENST00000558285	FBXO41	Q8TF61	875 aa		12.93	□□□□□ -0.34
USP3-208	ENST00000558285	STRC	Q7RTU9	1775 aa		12.92	□□□□□ -0.34
USP3-208	ENST00000558285	HFM1	A2PYH4	1435 aa		12.92	□□□□□ -0.34
USP3-208	ENST00000558285	TRIM52	Q96A61	297 aa		12.91	□□□□□ -0.34
USP3-208	ENST00000558285	GCC2	Q8IWJ2	1684 aa		12.91	□□□□□ -0.34
USP3-208	ENST00000558285	NOS1	P29475	1434 aa		12.91	□□□□□ -0.34
USP3-208	ENST00000558285	IQGAP3	Q86VI3	1631 aa		12.9	□□□□□ -0.34
USP3-208	ENST00000558285	NPHP4	O75161	1426 aa	Predicted RBP	12.9	□□□□□ -0.34
USP3-208	ENST00000558285	KDM5A	P29375	1690 aa	Known RBP	12.9	□□□□□ -0.34
USP3-208	ENST00000558285	TXNDC2	Q86VQ3	553 aa		12.9	□□□□□ -0.34
USP3-208	ENST00000558285	ABCF1	Q8NE71	845 aa	Known RBP eCLIP	12.9	□□□□□ -0.34
USP3-208	ENST00000558285	NAIP	Q13075	1403 aa		12.9	□□□□□ -0.35
USP3-208	ENST00000558285	IQSEC2	Q5JU85	1478 aa		12.89	□□□□□ -0.35
USP3-208	ENST00000558285	SCAF11	Q99590	1463 aa	Known RBP	12.89	□□□□□ -0.35
USP3-208	ENST00000558285	POLR1A	O95602	1720 aa	Predicted RBP	12.89	□□□□□ -0.35
USP3-208	ENST00000558285	MED14	O60244	1454 aa		12.89	□□□□□ -0.35
USP3-208	ENST00000558285	PPP1R15A	O75807	674 aa	Predicted RBP	12.88	□□□□□ -0.35
USP3-208	ENST00000558285	IDI1	Q13907	227 aa		12.88	□□□□□ -0.35
USP3-208	ENST00000558285	TMEM2	Q9UHN6	1383 aa		12.88	□□□□□ -0.35
USP3-208	ENST00000558285	BCAN	Q96GW7	911 aa		12.88	□□□□□ -0.35
USP3-208	ENST00000558285	SLIT1	O75093	1534 aa		12.87	□□□□□ -0.35

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