RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000556768.5

SCFD1-222, Transcript of sec1 family domain containing 1, human

TSL 1 (best)

Gene SCFD1, Length 1,829 nt, Biotype nonsense mediated decay, Subcellular localisation Cytoplasm, Cytosol, Nucleus, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
SCFD1-222	ENST00000556768	MIA2	Q96PC5	1412 aa		11.35	□□□□□ -0.59
SCFD1-222	ENST00000556768	CAMSAP2	Q08AD1	1489 aa		11.35	□□□□□ -0.59
SCFD1-222	ENST00000556768	KIDINS220	Q9ULH0	1771 aa		11.35	□□□□□ -0.59
SCFD1-222	ENST00000556768	WASHC2C	Q9Y4E1	1318 aa		11.34	□□□□□ -0.59
SCFD1-222	ENST00000556768	SIGLEC1	Q9BZZ2	1709 aa		11.33	□□□□□ -0.59
SCFD1-222	ENST00000556768	MYOM3	Q5VTT5	1437 aa		11.33	□□□□□ -0.6
SCFD1-222	ENST00000556768	FER1L4	A9Z1Z3	1794 aa		11.33	□□□□□ -0.6
SCFD1-222	ENST00000556768	ILDR1	Q86SU0	546 aa	Predicted RBP	11.32	□□□□□ -0.6
SCFD1-222	ENST00000556768	NPAT	Q14207	1427 aa		11.3	□□□□□ -0.6
SCFD1-222	ENST00000556768	INO80	Q9ULG1	1556 aa	Predicted RBP	11.3	□□□□□ -0.6
SCFD1-222	ENST00000556768	FBXO41	Q8TF61	875 aa		11.28	□□□□□ -0.6
SCFD1-222	ENST00000556768	RRP7BP	Q9NSQ0	103 aa		11.28	□□□□□ -0.6
SCFD1-222	ENST00000556768	ATF5	Q9Y2D1	282 aa	Predicted RBP	11.28	□□□□□ -0.6
SCFD1-222	ENST00000556768	PLXNC1	O60486	1568 aa		11.27	□□□□□ -0.61
SCFD1-222	ENST00000556768	FAM50A	Q14320	339 aa	Known RBP	11.27	□□□□□ -0.61
SCFD1-222	ENST00000556768	ARHGEF5	Q12774	1597 aa		11.27	□□□□□ -0.61
SCFD1-222	ENST00000556768	SETD1B	Q9UPS6	1966 aa	Known RBP	11.26	□□□□□ -0.61
SCFD1-222	ENST00000556768	CHIC2	Q9UKJ5	165 aa		11.25	□□□□□ -0.61
SCFD1-222	ENST00000556768	ADGB	Q8N7X0	1667 aa		11.25	□□□□□ -0.61
SCFD1-222	ENST00000556768	FGD6	Q6ZV73	1430 aa		11.25	□□□□□ -0.61
SCFD1-222	ENST00000556768	PKD2	Q13563	968 aa		11.24	□□□□□ -0.61
SCFD1-222	ENST00000556768	KIF15	Q9NS87	1388 aa		11.24	□□□□□ -0.61
SCFD1-222	ENST00000556768	PREX1	Q8TCU6	1659 aa		11.24	□□□□□ -0.61
SCFD1-222	ENST00000556768	FBXO31	Q5XUX0	539 aa	Predicted RBP	11.23	□□□□□ -0.61
SCFD1-222	ENST00000556768	CERK	Q8TCT0	537 aa		11.23	□□□□□ -0.61
SCFD1-222	ENST00000556768	ANKRD30A	Q9BXX3	1397 aa		11.23	□□□□□ -0.61
SCFD1-222	ENST00000556768	PTPRK	Q15262	1439 aa		11.23	□□□□□ -0.61
SCFD1-222	ENST00000556768	THEMIS	Q8N1K5	641 aa	Predicted RBP	11.23	□□□□□ -0.61
SCFD1-222	ENST00000556768	GRWD1	Q9BQ67	446 aa	Known RBP eCLIP	11.23	□□□□□ -0.61	2e-7	■□□□□ 10.1
SCFD1-222	ENST00000556768	C3	P01024	1663 aa		11.22	□□□□□ -0.61
SCFD1-222	ENST00000556768	ABCC5	O15440	1437 aa		11.22	□□□□□ -0.61
SCFD1-222	ENST00000556768	TNR	Q92752	1358 aa		11.22	□□□□□ -0.61
SCFD1-222	ENST00000556768	KANK1	Q14678	1352 aa		11.21	□□□□□ -0.61
SCFD1-222	ENST00000556768	KDM5D	Q9BY66	1539 aa		11.2	□□□□□ -0.62
SCFD1-222	ENST00000556768	FAM135A	Q9P2D6	1515 aa		11.2	□□□□□ -0.62
SCFD1-222	ENST00000556768	PTPRT	O14522	1441 aa		11.2	□□□□□ -0.62
SCFD1-222	ENST00000556768	DAPK1	P53355	1430 aa		11.2	□□□□□ -0.62
SCFD1-222	ENST00000556768	NCKAP5L	Q9HCH0	1330 aa		11.2	□□□□□ -0.62
SCFD1-222	ENST00000556768	MROH2A	A6NES4	1674 aa		11.2	□□□□□ -0.62
SCFD1-222	ENST00000556768	SHANK2	Q9UPX8	1470 aa		11.2	□□□□□ -0.62
SCFD1-222	ENST00000556768	ANKLE2	Q86XL3	938 aa		11.19	□□□□□ -0.62
SCFD1-222	ENST00000556768	DUOX2	Q9NRD8	1548 aa		11.19	□□□□□ -0.62
SCFD1-222	ENST00000556768	PZP	P20742	1482 aa		11.19	□□□□□ -0.62
SCFD1-222	ENST00000556768	NCOA1	Q15788	1441 aa		11.19	□□□□□ -0.62
SCFD1-222	ENST00000556768	MAST1	Q9Y2H9	1570 aa		11.19	□□□□□ -0.62
SCFD1-222	ENST00000556768	CLTC	Q00610	1675 aa	Known RBP	11.18	□□□□□ -0.62
SCFD1-222	ENST00000556768	ERBIN	Q96RT1	1412 aa		11.18	□□□□□ -0.62
SCFD1-222	ENST00000556768	PTPN23	Q9H3S7	1636 aa		11.18	□□□□□ -0.62
SCFD1-222	ENST00000556768	TCOF1	Q13428	1488 aa	Known RBP	11.18	□□□□□ -0.62
SCFD1-222	ENST00000556768	PPARGC1B	Q86YN6	1023 aa	Known RBP	11.17	□□□□□ -0.62
SCFD1-222	ENST00000556768	STAG3	Q9UJ98	1225 aa		11.16	□□□□□ -0.62
SCFD1-222	ENST00000556768	A2ML1	A8K2U0	1454 aa		11.16	□□□□□ -0.62
SCFD1-222	ENST00000556768	CAMSAP1	Q5T5Y3	1602 aa		11.16	□□□□□ -0.62
SCFD1-222	ENST00000556768	PLA2R1	Q13018	1463 aa		11.15	□□□□□ -0.62
SCFD1-222	ENST00000556768	ITGAE	P38570	1179 aa		11.15	□□□□□ -0.62
SCFD1-222	ENST00000556768	NLRP1	Q9C000	1473 aa		11.15	□□□□□ -0.62
SCFD1-222	ENST00000556768	CEP170B	Q9Y4F5	1589 aa	Predicted RBP	11.14	□□□□□ -0.63
SCFD1-222	ENST00000556768	DROSHA	Q9NRR4	1374 aa	Known RBP eCLIP	11.14	□□□□□ -0.63
SCFD1-222	ENST00000556768	ABCC3	O15438	1527 aa		11.13	□□□□□ -0.63
SCFD1-222	ENST00000556768	EID1	Q9Y6B2	187 aa		11.12	□□□□□ -0.63
SCFD1-222	ENST00000556768	EIF2AK4	Q9P2K8	1649 aa	Known RBP	11.12	□□□□□ -0.63
SCFD1-222	ENST00000556768	ANKRD50	Q9ULJ7	1429 aa		11.12	□□□□□ -0.63
SCFD1-222	ENST00000556768	DNMT1	P26358	1616 aa	Known RBP	11.12	□□□□□ -0.63
SCFD1-222	ENST00000556768	SAMD1	Q6SPF0	538 aa	Predicted RBP	11.12	□□□□□ -0.63
SCFD1-222	ENST00000556768	ARHGAP31	Q2M1Z3	1444 aa		11.11	□□□□□ -0.63
SCFD1-222	ENST00000556768	ZNF335	Q9H4Z2	1342 aa	Predicted RBP	11.11	□□□□□ -0.63
SCFD1-222	ENST00000556768	MYO3A	Q8NEV4	1616 aa		11.11	□□□□□ -0.63
SCFD1-222	ENST00000556768	UGGT1	Q9NYU2	1555 aa		11.1	□□□□□ -0.63
SCFD1-222	ENST00000556768	PLCB2	Q00722	1185 aa		11.1	□□□□□ -0.63
SCFD1-222	ENST00000556768	STRC	Q7RTU9	1775 aa		11.1	□□□□□ -0.63
SCFD1-222	ENST00000556768	RNF17	Q9BXT8	1623 aa	Known RBP	11.1	□□□□□ -0.63
SCFD1-222	ENST00000556768	TXNDC2	Q86VQ3	553 aa		11.09	□□□□□ -0.63
SCFD1-222	ENST00000556768	SLC52A1	Q9NWF4	448 aa		11.09	□□□□□ -0.63
SCFD1-222	ENST00000556768	ADGRL2	O95490	1459 aa		11.09	□□□□□ -0.63
SCFD1-222	ENST00000556768	ERVK-7	P63135	1459 aa		11.09	□□□□□ -0.63
SCFD1-222	ENST00000556768	ROCK1	Q13464	1354 aa		11.08	□□□□□ -0.64
SCFD1-222	ENST00000556768	HDGF	P51858	240 aa	Known RBP	11.08	□□□□□ -0.64
SCFD1-222	ENST00000556768	ZC3H13	Q5T200	1668 aa	Known RBP	11.08	□□□□□ -0.64
SCFD1-222	ENST00000556768	IDI1	Q13907	227 aa		11.07	□□□□□ -0.64
SCFD1-222	ENST00000556768	PRDM15	P57071	1507 aa	Predicted RBP	11.07	□□□□□ -0.64
SCFD1-222	ENST00000556768	ZNF142	P52746	1687 aa	Predicted RBP	11.07	□□□□□ -0.64
SCFD1-222	ENST00000556768	UBAP1L	F5GYI3	381 aa		11.07	□□□□□ -0.64
SCFD1-222	ENST00000556768	SPATA31D1	Q6ZQQ2	1576 aa		11.06	□□□□□ -0.64
SCFD1-222	ENST00000556768	BCAN	Q96GW7	911 aa		11.05	□□□□□ -0.64
SCFD1-222	ENST00000556768	NPHP4	O75161	1426 aa	Predicted RBP	11.05	□□□□□ -0.64
SCFD1-222	ENST00000556768	CROCC2	H7BZ55	1655 aa		11.05	□□□□□ -0.64
SCFD1-222	ENST00000556768	TOM1	O60784	492 aa		11.05	□□□□□ -0.64
SCFD1-222	ENST00000556768	NUP155	O75694	1391 aa		11.05	□□□□□ -0.64
SCFD1-222	ENST00000556768	FBXO3	Q9UK99	471 aa		11.05	□□□□□ -0.64
SCFD1-222	ENST00000556768	MROH1	Q8NDA8	1641 aa		11.04	□□□□□ -0.64
SCFD1-222	ENST00000556768	IQSEC2	Q5JU85	1478 aa		11.04	□□□□□ -0.64
SCFD1-222	ENST00000556768	LMTK2	Q8IWU2	1503 aa		11.03	□□□□□ -0.64
SCFD1-222	ENST00000556768	LTK	P29376	864 aa		11.03	□□□□□ -0.64
SCFD1-222	ENST00000556768	CHGA	P10645	457 aa	Known RBP	11.02	□□□□□ -0.64
SCFD1-222	ENST00000556768		U3KPZ7	1027 aa	Predicted RBP	11.02	□□□□□ -0.64
SCFD1-222	ENST00000556768	LTBP4	Q8N2S1	1624 aa		11.02	□□□□□ -0.64
SCFD1-222	ENST00000556768	MED14	O60244	1454 aa		11.02	□□□□□ -0.65
SCFD1-222	ENST00000556768	TMEM2	Q9UHN6	1383 aa		11.02	□□□□□ -0.65
SCFD1-222	ENST00000556768	PPP1R15A	O75807	674 aa	Predicted RBP	11.02	□□□□□ -0.65
SCFD1-222	ENST00000556768	RPRD2	Q5VT52	1461 aa	Known RBP	11.02	□□□□□ -0.65

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