RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000552688.5

CS-233, Transcript of citrate synthase, human

TSL 4

Gene CS, Length 580 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytosol .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
CS-233	ENST00000552688	TNR	Q92752	1358 aa		10.97	□□□□□ -0.65
CS-233	ENST00000552688	CEP162	Q5TB80	1403 aa		10.97	□□□□□ -0.65
CS-233	ENST00000552688	ADGB	Q8N7X0	1667 aa		10.96	□□□□□ -0.65
CS-233	ENST00000552688	FAM135A	Q9P2D6	1515 aa		10.96	□□□□□ -0.65
CS-233	ENST00000552688	CPS1	P31327	1500 aa		10.95	□□□□□ -0.66
CS-233	ENST00000552688	TSPY4	P0CV99	314 aa		10.95	□□□□□ -0.66
CS-233	ENST00000552688	TSPY10	P0CW01	314 aa		10.95	□□□□□ -0.66
CS-233	ENST00000552688	FBXO31	Q5XUX0	539 aa	Predicted RBP	10.95	□□□□□ -0.66
CS-233	ENST00000552688	EHBP1L1	Q8N3D4	1523 aa		10.94	□□□□□ -0.66
CS-233	ENST00000552688	PZP	P20742	1482 aa		10.94	□□□□□ -0.66
CS-233	ENST00000552688	DNMT1	P26358	1616 aa	Known RBP	10.94	□□□□□ -0.66
CS-233	ENST00000552688	MIA2	Q96PC5	1412 aa		10.93	□□□□□ -0.66
CS-233	ENST00000552688	SCAF1	Q9H7N4	1312 aa	Known RBP	10.93	□□□□□ -0.66
CS-233	ENST00000552688	HSPA1L	P34931	641 aa		10.93	□□□□□ -0.66
CS-233	ENST00000552688	PIP4K2B	P78356	416 aa		10.93	□□□□□ -0.66
CS-233	ENST00000552688	CCDC141	Q6ZP82	1450 aa		10.93	□□□□□ -0.66
CS-233	ENST00000552688	NLRP1	Q9C000	1473 aa		10.93	□□□□□ -0.66
CS-233	ENST00000552688	SHANK2	Q9UPX8	1470 aa		10.93	□□□□□ -0.66
CS-233	ENST00000552688	TIAM1	Q13009	1591 aa		10.92	□□□□□ -0.66
CS-233	ENST00000552688	KDM5D	Q9BY66	1539 aa		10.92	□□□□□ -0.66
CS-233	ENST00000552688	DROSHA	Q9NRR4	1374 aa	Known RBP eCLIP	10.91	□□□□□ -0.66
CS-233	ENST00000552688	MED14	O60244	1454 aa		10.9	□□□□□ -0.66
CS-233	ENST00000552688	NCOA2	Q15596	1464 aa		10.89	□□□□□ -0.67
CS-233	ENST00000552688	NPHP4	O75161	1426 aa	Predicted RBP	10.89	□□□□□ -0.67
CS-233	ENST00000552688	CAMSAP2	Q08AD1	1489 aa		10.88	□□□□□ -0.67
CS-233	ENST00000552688	UGGT1	Q9NYU2	1555 aa		10.88	□□□□□ -0.67
CS-233	ENST00000552688	NEURL4	Q96JN8	1562 aa		10.87	□□□□□ -0.67
CS-233	ENST00000552688	PHF23	Q9BUL5	403 aa	Predicted RBP	10.86	□□□□□ -0.67
CS-233	ENST00000552688	ARHGEF5	Q12774	1597 aa		10.86	□□□□□ -0.67
CS-233	ENST00000552688	DEPDC5	O75140	1603 aa		10.85	□□□□□ -0.67
CS-233	ENST00000552688	VWDE	Q8N2E2	1590 aa		10.85	□□□□□ -0.67
CS-233	ENST00000552688	POLR1A	O95602	1720 aa	Predicted RBP	10.84	□□□□□ -0.67
CS-233	ENST00000552688	MED1	Q15648	1581 aa	Predicted RBP	10.83	□□□□□ -0.68
CS-233	ENST00000552688	LOC105371045	A0A1W2PR82	267 aa		10.83	□□□□□ -0.68
CS-233	ENST00000552688	ERVK-7	P63135	1459 aa		10.81	□□□□□ -0.68
CS-233	ENST00000552688	ABCC3	O15438	1527 aa		10.81	□□□□□ -0.68
CS-233	ENST00000552688	LRRC7	Q96NW7	1537 aa		10.81	□□□□□ -0.68
CS-233	ENST00000552688	TXNDC2	Q86VQ3	553 aa		10.81	□□□□□ -0.68
CS-233	ENST00000552688	EID1	Q9Y6B2	187 aa		10.81	□□□□□ -0.68
CS-233	ENST00000552688	LRRC9	Q6ZRR7	1453 aa		10.81	□□□□□ -0.68
CS-233	ENST00000552688	MYOM3	Q5VTT5	1437 aa		10.8	□□□□□ -0.68
CS-233	ENST00000552688	MAST1	Q9Y2H9	1570 aa		10.8	□□□□□ -0.68
CS-233	ENST00000552688	RNF17	Q9BXT8	1623 aa	Known RBP	10.8	□□□□□ -0.68
CS-233	ENST00000552688	ARHGAP31	Q2M1Z3	1444 aa		10.79	□□□□□ -0.68
CS-233	ENST00000552688	SCAF11	Q99590	1463 aa	Known RBP	10.79	□□□□□ -0.68
CS-233	ENST00000552688	IQGAP1	P46940	1657 aa		10.79	□□□□□ -0.68
CS-233	ENST00000552688	ZC3H13	Q5T200	1668 aa	Known RBP	10.79	□□□□□ -0.68
CS-233	ENST00000552688	VPS8	Q8N3P4	1428 aa		10.78	□□□□□ -0.68
CS-233	ENST00000552688	EIF2AK4	Q9P2K8	1649 aa	Known RBP	10.78	□□□□□ -0.68
CS-233	ENST00000552688	LTK	P29376	864 aa		10.78	□□□□□ -0.68
CS-233	ENST00000552688	MAP3K1	Q13233	1512 aa		10.78	□□□□□ -0.68
CS-233	ENST00000552688	DUOX2	Q9NRD8	1548 aa		10.78	□□□□□ -0.68
CS-233	ENST00000552688	ALK	Q9UM73	1620 aa		10.77	□□□□□ -0.68
CS-233	ENST00000552688	KANK4	Q5T7N3	995 aa	Predicted RBP	10.77	□□□□□ -0.69
CS-233	ENST00000552688	STAG3	Q9UJ98	1225 aa		10.77	□□□□□ -0.69
CS-233	ENST00000552688	SYNM	O15061	1565 aa		10.77	□□□□□ -0.69
CS-233	ENST00000552688	ARHGAP23	Q9P227	1491 aa		10.76	□□□□□ -0.69
CS-233	ENST00000552688	SLIT1	O75093	1534 aa		10.76	□□□□□ -0.69
CS-233	ENST00000552688	ERBIN	Q96RT1	1412 aa		10.75	□□□□□ -0.69
CS-233	ENST00000552688	KANK1	Q14678	1352 aa		10.75	□□□□□ -0.69
CS-233	ENST00000552688	KIF15	Q9NS87	1388 aa		10.75	□□□□□ -0.69
CS-233	ENST00000552688	TMEM2	Q9UHN6	1383 aa		10.75	□□□□□ -0.69
CS-233	ENST00000552688	FAM135B	Q49AJ0	1406 aa		10.75	□□□□□ -0.69
CS-233	ENST00000552688	SENP3	Q9H4L4	574 aa	Predicted RBP	10.74	□□□□□ -0.69
CS-233	ENST00000552688	RRP7BP	Q9NSQ0	103 aa		10.74	□□□□□ -0.69
CS-233	ENST00000552688	KCNA6	P17658	529 aa		10.73	□□□□□ -0.69
CS-233	ENST00000552688	APLP2	Q06481	763 aa		10.73	□□□□□ -0.69
CS-233	ENST00000552688	GRWD1	Q9BQ67	446 aa	Known RBP eCLIP	10.73	□□□□□ -0.69	6e-9	■□□□□ 10
CS-233	ENST00000552688	MROH1	Q8NDA8	1641 aa		10.73	□□□□□ -0.69
CS-233	ENST00000552688	SLC52A1	Q9NWF4	448 aa		10.72	□□□□□ -0.69
CS-233	ENST00000552688	UBR1	Q8IWV7	1749 aa		10.72	□□□□□ -0.69
CS-233	ENST00000552688	ABCC5	O15440	1437 aa		10.71	□□□□□ -0.69
CS-233	ENST00000552688	PRDM15	P57071	1507 aa	Predicted RBP	10.71	□□□□□ -0.69
CS-233	ENST00000552688	IDI1	Q13907	227 aa		10.71	□□□□□ -0.69
CS-233	ENST00000552688	PROSER2	Q86WR7	435 aa	Predicted RBP	10.71	□□□□□ -0.69
CS-233	ENST00000552688	RGS17	Q9UGC6	210 aa	Predicted RBP	10.71	□□□□□ -0.69
CS-233	ENST00000552688	STRCP1	A6NGW2	1772 aa		10.7	□□□□□ -0.7
CS-233	ENST00000552688	TMEM94	Q12767	1356 aa		10.7	□□□□□ -0.7
CS-233	ENST00000552688	ANKRD30A	Q9BXX3	1397 aa		10.7	□□□□□ -0.7
CS-233	ENST00000552688	HDGF	P51858	240 aa	Known RBP	10.7	□□□□□ -0.7
CS-233	ENST00000552688	SLC26A8	Q96RN1	970 aa		10.68	□□□□□ -0.7
CS-233	ENST00000552688	EFCAB6	Q5THR3	1501 aa		10.68	□□□□□ -0.7
CS-233	ENST00000552688	LMTK2	Q8IWU2	1503 aa		10.68	□□□□□ -0.7
CS-233	ENST00000552688	DAPK1	P53355	1430 aa		10.67	□□□□□ -0.7
CS-233	ENST00000552688	BCAN	Q96GW7	911 aa		10.67	□□□□□ -0.7
CS-233	ENST00000552688	CEP152	O94986	1710 aa		10.67	□□□□□ -0.7
CS-233	ENST00000552688	NOS1	P29475	1434 aa		10.67	□□□□□ -0.7
CS-233	ENST00000552688	MSH6	P52701	1360 aa		10.66	□□□□□ -0.7
CS-233	ENST00000552688	KDM5A	P29375	1690 aa	Known RBP	10.66	□□□□□ -0.7
CS-233	ENST00000552688	SLAIN2	Q9P270	581 aa		10.65	□□□□□ -0.7
CS-233	ENST00000552688	CHIC2	Q9UKJ5	165 aa		10.65	□□□□□ -0.7
CS-233	ENST00000552688	NKTR	P30414	1462 aa	Known RBP	10.65	□□□□□ -0.7
CS-233	ENST00000552688	FGD6	Q6ZV73	1430 aa		10.65	□□□□□ -0.7
CS-233	ENST00000552688	PIK3C2B	O00750	1634 aa		10.65	□□□□□ -0.7
CS-233	ENST00000552688	TET3	O43151	1660 aa		10.64	□□□□□ -0.71
CS-233	ENST00000552688	POTEA	Q6S8J7	498 aa		10.64	□□□□□ -0.71
CS-233	ENST00000552688	RPRD2	Q5VT52	1461 aa	Known RBP	10.63	□□□□□ -0.71
CS-233	ENST00000552688	PTPN23	Q9H3S7	1636 aa		10.63	□□□□□ -0.71
CS-233	ENST00000552688	ABCF1	Q8NE71	845 aa	Known RBP eCLIP	10.63	□□□□□ -0.71
CS-233	ENST00000552688	TBX22	Q9Y458	520 aa		10.63	□□□□□ -0.71

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