RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000484528.1

USP40-215, Transcript of ubiquitin specific peptidase 40, human

TSL 2

Gene USP40, Length 933 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Cytoplasm, Nucleus, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
USP40-215	ENST00000484528	KDM5D	Q9BY66	1539 aa		33.98	■■■■□ 3.03
USP40-215	ENST00000484528	MIA2	Q96PC5	1412 aa		33.96	■■■■□ 3.03
USP40-215	ENST00000484528	FAM135A	Q9P2D6	1515 aa		33.91	■■■■□ 3.02
USP40-215	ENST00000484528	APLP2	Q06481	763 aa		33.91	■■■■□ 3.02
USP40-215	ENST00000484528	NCKAP5L	Q9HCH0	1330 aa		33.89	■■■■□ 3.02
USP40-215	ENST00000484528	WASHC2C	Q9Y4E1	1318 aa		33.88	■■■■□ 3.01
USP40-215	ENST00000484528	RNF17	Q9BXT8	1623 aa	Known RBP	33.88	■■■■□ 3.01
USP40-215	ENST00000484528	PZP	P20742	1482 aa		33.88	■■■■□ 3.01
USP40-215	ENST00000484528	FBXO31	Q5XUX0	539 aa	Predicted RBP	33.87	■■■■□ 3.01
USP40-215	ENST00000484528	PTPN23	Q9H3S7	1636 aa		33.86	■■■■□ 3.01
USP40-215	ENST00000484528	A2ML1	A8K2U0	1454 aa		33.86	■■■■□ 3.01
USP40-215	ENST00000484528	PLA2R1	Q13018	1463 aa		33.86	■■■■□ 3.01
USP40-215	ENST00000484528	CROCC2	H7BZ55	1655 aa		33.86	■■■■□ 3.01
USP40-215	ENST00000484528	DNMT1	P26358	1616 aa	Known RBP	33.85	■■■■□ 3.01
USP40-215	ENST00000484528	LTBP4	Q8N2S1	1624 aa		33.85	■■■■□ 3.01
USP40-215	ENST00000484528	EIF2AK4	Q9P2K8	1649 aa	Known RBP	33.84	■■■■□ 3.01
USP40-215	ENST00000484528	TNR	Q92752	1358 aa		33.84	■■■■□ 3.01
USP40-215	ENST00000484528	TCOF1	Q13428	1488 aa	Known RBP	33.81	■■■■□ 3
USP40-215	ENST00000484528	ZC3H13	Q5T200	1668 aa	Known RBP	33.79	■■■■□ 3
USP40-215	ENST00000484528	MROH1	Q8NDA8	1641 aa		33.79	■■■■□ 3
USP40-215	ENST00000484528	ABCC3	O15438	1527 aa		33.79	■■■■□ 3
USP40-215	ENST00000484528	CEP152	O94986	1710 aa		33.78	■■■■□ 3
USP40-215	ENST00000484528	DUOX2	Q9NRD8	1548 aa		33.76	■■■■□ 3
USP40-215	ENST00000484528	PKD2	Q13563	968 aa		33.76	■■■□□ 2.99
USP40-215	ENST00000484528	ABCC5	O15440	1437 aa		33.76	■■■□□ 2.99
USP40-215	ENST00000484528	FGD6	Q6ZV73	1430 aa		33.75	■■■□□ 2.99
USP40-215	ENST00000484528	POLR1A	O95602	1720 aa	Predicted RBP	33.75	■■■□□ 2.99
USP40-215	ENST00000484528	SHANK2	Q9UPX8	1470 aa		33.74	■■■□□ 2.99
USP40-215	ENST00000484528	CFAP65	Q6ZU64	1925 aa	Known RBP	33.73	■■■□□ 2.99
USP40-215	ENST00000484528	ZNF335	Q9H4Z2	1342 aa	Predicted RBP	33.72	■■■□□ 2.99
USP40-215	ENST00000484528	KIF15	Q9NS87	1388 aa		33.71	■■■□□ 2.99
USP40-215	ENST00000484528	DAPK1	P53355	1430 aa		33.7	■■■□□ 2.99
USP40-215	ENST00000484528	NLRP1	Q9C000	1473 aa		33.67	■■■□□ 2.98
USP40-215	ENST00000484528	NEURL4	Q96JN8	1562 aa		33.66	■■■□□ 2.98
USP40-215	ENST00000484528	RRP7BP	Q9NSQ0	103 aa		33.66	■■■□□ 2.98
USP40-215	ENST00000484528	SPATA31D1	Q6ZQQ2	1576 aa		33.64	■■■□□ 2.98
USP40-215	ENST00000484528	UGGT1	Q9NYU2	1555 aa		33.64	■■■□□ 2.98
USP40-215	ENST00000484528	PRDM15	P57071	1507 aa	Predicted RBP	33.63	■■■□□ 2.97
USP40-215	ENST00000484528	ERVK-7	P63135	1459 aa		33.63	■■■□□ 2.97
USP40-215	ENST00000484528	IQSEC2	Q5JU85	1478 aa		33.63	■■■□□ 2.97
USP40-215	ENST00000484528	ERBIN	Q96RT1	1412 aa		33.62	■■■□□ 2.97
USP40-215	ENST00000484528	DROSHA	Q9NRR4	1374 aa	Known RBP eCLIP	33.62	■■■□□ 2.97
USP40-215	ENST00000484528	CHIC2	Q9UKJ5	165 aa		33.59	■■■□□ 2.97
USP40-215	ENST00000484528	DEPDC5	O75140	1603 aa		33.57	■■■□□ 2.97
USP40-215	ENST00000484528	THEMIS	Q8N1K5	641 aa	Predicted RBP	33.55	■■■□□ 2.96
USP40-215	ENST00000484528	GRWD1	Q9BQ67	446 aa	Known RBP eCLIP	33.54	■■■□□ 2.96	3e-7	■■□□□ 13.1
USP40-215	ENST00000484528	ANKRD30A	Q9BXX3	1397 aa		33.52	■■■□□ 2.96
USP40-215	ENST00000484528	ANKLE2	Q86XL3	938 aa		33.52	■■■□□ 2.96
USP40-215	ENST00000484528	FAM50A	Q14320	339 aa	Known RBP	33.5	■■■□□ 2.95
USP40-215	ENST00000484528	UBR1	Q8IWV7	1749 aa		33.5	■■■□□ 2.95
USP40-215	ENST00000484528	NPHP4	O75161	1426 aa	Predicted RBP	33.46	■■■□□ 2.95
USP40-215	ENST00000484528	IQGAP1	P46940	1657 aa		33.46	■■■□□ 2.95
USP40-215	ENST00000484528	ARHGAP31	Q2M1Z3	1444 aa		33.45	■■■□□ 2.94
USP40-215	ENST00000484528	KANK1	Q14678	1352 aa		33.44	■■■□□ 2.94
USP40-215	ENST00000484528	MED14	O60244	1454 aa		33.44	■■■□□ 2.94
USP40-215	ENST00000484528	ADGRL2	O95490	1459 aa		33.44	■■■□□ 2.94
USP40-215	ENST00000484528	VWDE	Q8N2E2	1590 aa		33.43	■■■□□ 2.94
USP40-215	ENST00000484528	UBAP1L	F5GYI3	381 aa		33.42	■■■□□ 2.94
USP40-215	ENST00000484528	CPS1	P31327	1500 aa		33.39	■■■□□ 2.94
USP40-215	ENST00000484528	PIK3C2B	O00750	1634 aa		33.39	■■■□□ 2.93
USP40-215	ENST00000484528	LMTK2	Q8IWU2	1503 aa		33.37	■■■□□ 2.93
USP40-215	ENST00000484528	STRCP1	A6NGW2	1772 aa		33.33	■■■□□ 2.93
USP40-215	ENST00000484528	EFCAB6	Q5THR3	1501 aa		33.33	■■■□□ 2.93
USP40-215	ENST00000484528	SCAF11	Q99590	1463 aa	Known RBP	33.31	■■■□□ 2.92
USP40-215	ENST00000484528	ANKRD50	Q9ULJ7	1429 aa		33.3	■■■□□ 2.92
USP40-215	ENST00000484528	ARHGAP23	Q9P227	1491 aa		33.3	■■■□□ 2.92
USP40-215	ENST00000484528	SYNM	O15061	1565 aa		33.3	■■■□□ 2.92
USP40-215	ENST00000484528	SLIT1	O75093	1534 aa		33.29	■■■□□ 2.92
USP40-215	ENST00000484528	DISP3	Q9P2K9	1392 aa		33.27	■■■□□ 2.92
USP40-215	ENST00000484528	PPARGC1B	Q86YN6	1023 aa	Known RBP	33.26	■■■□□ 2.91
USP40-215	ENST00000484528	LTK	P29376	864 aa		33.25	■■■□□ 2.91
USP40-215	ENST00000484528	TXNDC2	Q86VQ3	553 aa		33.23	■■■□□ 2.91
USP40-215	ENST00000484528	STAG3	Q9UJ98	1225 aa		33.23	■■■□□ 2.91
USP40-215	ENST00000484528	SCAF1	Q9H7N4	1312 aa	Known RBP	33.23	■■■□□ 2.91
USP40-215	ENST00000484528	KDM5A	P29375	1690 aa	Known RBP	33.22	■■■□□ 2.91
USP40-215	ENST00000484528	NOS1	P29475	1434 aa		33.2	■■■□□ 2.91
USP40-215	ENST00000484528	TET3	O43151	1660 aa		33.2	■■■□□ 2.9
USP40-215	ENST00000484528	PIP4K2B	P78356	416 aa		33.19	■■■□□ 2.9
USP40-215	ENST00000484528	IDI1	Q13907	227 aa		33.19	■■■□□ 2.9
USP40-215	ENST00000484528	TMEM2	Q9UHN6	1383 aa		33.19	■■■□□ 2.9
USP40-215	ENST00000484528	UNC13B	O14795	1591 aa		33.18	■■■□□ 2.9
USP40-215	ENST00000484528	EID1	Q9Y6B2	187 aa		33.17	■■■□□ 2.9
USP40-215	ENST00000484528	ADGRB3	O60242	1522 aa		33.17	■■■□□ 2.9
USP40-215	ENST00000484528	GCC2	Q8IWJ2	1684 aa		33.17	■■■□□ 2.9
USP40-215	ENST00000484528	LRRC7	Q96NW7	1537 aa		33.16	■■■□□ 2.9
USP40-215	ENST00000484528	TOM1	O60784	492 aa		33.15	■■■□□ 2.9
USP40-215	ENST00000484528	ITGAE	P38570	1179 aa		33.14	■■■□□ 2.9
USP40-215	ENST00000484528	MYO5B	Q9ULV0	1848 aa		33.14	■■■□□ 2.9
USP40-215	ENST00000484528	ALK	Q9UM73	1620 aa		33.13	■■■□□ 2.89
USP40-215	ENST00000484528	RPRD2	Q5VT52	1461 aa	Known RBP	33.12	■■■□□ 2.89
USP40-215	ENST00000484528	ROCK1	Q13464	1354 aa		33.11	■■■□□ 2.89
USP40-215	ENST00000484528		E9PCH4	1651 aa		33.07	■■■□□ 2.89
USP40-215	ENST00000484528	HSPA1L	P34931	641 aa		33.07	■■■□□ 2.88
USP40-215	ENST00000484528	XIRP1	Q702N8	1843 aa	Known RBP	33.07	■■■□□ 2.88
USP40-215	ENST00000484528	IQGAP3	Q86VI3	1631 aa		33.06	■■■□□ 2.88
USP40-215	ENST00000484528	ILDR2	Q71H61	639 aa		33.05	■■■□□ 2.88
USP40-215	ENST00000484528	SLC52A1	Q9NWF4	448 aa		33.05	■■■□□ 2.88
USP40-215	ENST00000484528	SLC26A8	Q96RN1	970 aa		32.99	■■■□□ 2.87
USP40-215	ENST00000484528	SENP3	Q9H4L4	574 aa	Predicted RBP	32.99	■■■□□ 2.87
USP40-215	ENST00000484528	TMEM131L	A2VDJ0	1609 aa		32.99	■■■□□ 2.87

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