RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000338045.7

LIMS1-202, Transcript of LIM zinc finger domain containing 1, humanhuman

TSL 1 (best) BASIC

Gene LIMS1, Length 1,876 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytosol .

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RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMS1-202ENST00000338045 PPRC1Q5VV67 1664 aaKnown RBP22.31■■□□□ 1.16
LIMS1-202ENST00000338045 EIF2AK4Q9P2K8 1649 aaKnown RBP22.31■■□□□ 1.16
LIMS1-202ENST00000338045 DEPDC5O75140 1603 aa22.3■■□□□ 1.16
LIMS1-202ENST00000338045 RICTORQ6R327 1708 aa22.29■■□□□ 1.16
LIMS1-202ENST00000338045 TEX14Q8IWB6 1497 aa22.28■■□□□ 1.16
LIMS1-202ENST00000338045 KIF13AQ9H1H9 1805 aa22.27■■□□□ 1.16
LIMS1-202ENST00000338045 MYT1LQ9UL68 1186 aa22.26■■□□□ 1.15
LIMS1-202ENST00000338045 RAPGEF3O95398 923 aa22.26■■□□□ 1.15
LIMS1-202ENST00000338045 GRWD1Q9BQ67 446 aaKnown RBP eCLIP22.26■■□□□ 1.15
LIMS1-202ENST00000338045 A2MP01023 1474 aa22.25■■□□□ 1.15
LIMS1-202ENST00000338045 FRMPD1Q5SYB0 1578 aa22.23■■□□□ 1.15
LIMS1-202ENST00000338045 VWDEQ8N2E2 1590 aa22.23■■□□□ 1.15
LIMS1-202ENST00000338045 ABCA6Q8N139 1617 aa22.23■■□□□ 1.15
LIMS1-202ENST00000338045 TSPOAP1O95153 1857 aa22.22■■□□□ 1.15
LIMS1-202ENST00000338045 PRDM15P57071 1507 aaPredicted RBP22.22■■□□□ 1.15
LIMS1-202ENST00000338045 MROH1Q8NDA8 1641 aa22.21■■□□□ 1.15
LIMS1-202ENST00000338045 L3MBTL2Q969R5 705 aa22.21■■□□□ 1.15
LIMS1-202ENST00000338045 ZMYM4Q5VZL5 1548 aa22.21■■□□□ 1.15
LIMS1-202ENST00000338045 KIF3BO15066 747 aa22.2■■□□□ 1.14
LIMS1-202ENST00000338045 ATP10AO60312 1499 aa22.2■■□□□ 1.14
LIMS1-202ENST00000338045 BCORL1Q5H9F3 1711 aa22.2■■□□□ 1.14
LIMS1-202ENST00000338045 RNF17Q9BXT8 1623 aaKnown RBP22.18■■□□□ 1.14
LIMS1-202ENST00000338045 DIP2CQ9Y2E4 1556 aa22.18■■□□□ 1.14
LIMS1-202ENST00000338045 PLA2R1Q13018 1463 aa22.18■■□□□ 1.14
LIMS1-202ENST00000338045 KANK1Q14678 1352 aa22.16■■□□□ 1.14
LIMS1-202ENST00000338045 TET3O43151 1660 aa22.15■■□□□ 1.14
LIMS1-202ENST00000338045 E9PCH4 1651 aa22.13■■□□□ 1.13
LIMS1-202ENST00000338045 YEATS2Q9ULM3 1422 aa22.12■■□□□ 1.13
LIMS1-202ENST00000338045 LMTK2Q8IWU2 1503 aa22.12■■□□□ 1.13
LIMS1-202ENST00000338045 CCDC144AA2RUR9 1427 aa22.12■■□□□ 1.13
LIMS1-202ENST00000338045 PTPRTO14522 1441 aa22.09■■□□□ 1.13
LIMS1-202ENST00000338045 DIEXFQ68CQ4 756 aaKnown RBP22.08■■□□□ 1.13
LIMS1-202ENST00000338045 COL17A1Q9UMD9 1497 aaPredicted RBP22.07■■□□□ 1.12
LIMS1-202ENST00000338045 TRPM2O94759 1503 aa22.06■■□□□ 1.12
LIMS1-202ENST00000338045 EFCAB6Q5THR3 1501 aa22.06■■□□□ 1.12
LIMS1-202ENST00000338045 REREQ9P2R6 1566 aa22.05■■□□□ 1.12
LIMS1-202ENST00000338045 NBPF8Q3BBV2 869 aa22.05■■□□□ 1.12
LIMS1-202ENST00000338045 SPHKAPQ2M3C7 1700 aa22.03■■□□□ 1.12
LIMS1-202ENST00000338045 UHRF1BP1Q6BDS2 1440 aa22.03■■□□□ 1.12
LIMS1-202ENST00000338045 CEP152O94986 1710 aa22.01■■□□□ 1.11
LIMS1-202ENST00000338045 DNAJC5Q9H3Z4 198 aa22.01■■□□□ 1.11
LIMS1-202ENST00000338045 GGT6Q6P531 493 aa22■■□□□ 1.11
LIMS1-202ENST00000338045 ABCC3O15438 1527 aa22■■□□□ 1.11
LIMS1-202ENST00000338045 AGLP35573 1532 aa21.98■■□□□ 1.11
LIMS1-202ENST00000338045 SPATA31E1Q6ZUB1 1445 aa21.97■■□□□ 1.11
LIMS1-202ENST00000338045 ARHGEF40Q8TER5 1519 aa21.96■■□□□ 1.11
LIMS1-202ENST00000338045 CLTCL1P53675 1640 aa21.96■■□□□ 1.11
LIMS1-202ENST00000338045 ZC3H13Q5T200 1668 aaKnown RBP21.95■■□□□ 1.1
LIMS1-202ENST00000338045 NPATQ14207 1427 aa21.95■■□□□ 1.1
LIMS1-202ENST00000338045 WASHC2CQ9Y4E1 1318 aa21.95■■□□□ 1.1
LIMS1-202ENST00000338045 NEURL4Q96JN8 1562 aa21.94■■□□□ 1.1
LIMS1-202ENST00000338045 DCAF11Q8TEB1 546 aa21.93■■□□□ 1.1
LIMS1-202ENST00000338045 CAMSAP1Q5T5Y3 1602 aa21.93■■□□□ 1.1
LIMS1-202ENST00000338045 ARHGAP31Q2M1Z3 1444 aa21.92■■□□□ 1.1
LIMS1-202ENST00000338045 RALGAPBQ86X10 1494 aa21.92■■□□□ 1.1
LIMS1-202ENST00000338045 EIF4G2P78344 907 aaKnown RBP eCLIP21.9■■□□□ 1.1
LIMS1-202ENST00000338045 RGL3Q3MIN7 710 aa21.9■■□□□ 1.1
LIMS1-202ENST00000338045 PRAG1Q86YV5 1406 aa21.88■■□□□ 1.09
LIMS1-202ENST00000338045 CNTLNQ9NXG0 1405 aa21.88■■□□□ 1.09
LIMS1-202ENST00000338045 HSPA5P11021 654 aaKnown RBP21.88■■□□□ 1.09
LIMS1-202ENST00000338045 PPP6R1Q9UPN7 881 aa21.88■■□□□ 1.09
LIMS1-202ENST00000338045 HIRIP3Q9BW71 556 aaPredicted RBP21.88■■□□□ 1.09
LIMS1-202ENST00000338045 KDM2AQ9Y2K7 1162 aa21.88■■□□□ 1.09
LIMS1-202ENST00000338045 SIGLEC1Q9BZZ2 1709 aa21.87■■□□□ 1.09
LIMS1-202ENST00000338045 NOS1P29475 1434 aa21.87■■□□□ 1.09
LIMS1-202ENST00000338045 ZNF326Q5BKZ1 582 aaKnown RBP21.86■■□□□ 1.09
LIMS1-202ENST00000338045 UGGT1Q9NYU2 1555 aa21.85■■□□□ 1.09
LIMS1-202ENST00000338045 STAC3Q96MF2 364 aa21.85■■□□□ 1.09
LIMS1-202ENST00000338045 TRHP20396 242 aaPredicted RBP21.83■■□□□ 1.08
LIMS1-202ENST00000338045 TRPM1Q7Z4N2 1603 aa21.82■■□□□ 1.08
LIMS1-202ENST00000338045 KIF1BO60333 1816 aa21.81■■□□□ 1.08
LIMS1-202ENST00000338045 ADGRB3O60242 1522 aa21.79■■□□□ 1.08
LIMS1-202ENST00000338045 PIK3C2BO00750 1634 aa21.79■■□□□ 1.08
LIMS1-202ENST00000338045 SYNMO15061 1565 aa21.79■■□□□ 1.08
LIMS1-202ENST00000338045 GPRASP1Q5JY77 1395 aa21.79■■□□□ 1.08
LIMS1-202ENST00000338045 USP47Q96K76 1375 aa21.79■■□□□ 1.08
LIMS1-202ENST00000338045 CFAP65Q6ZU64 1925 aaKnown RBP21.78■■□□□ 1.08
LIMS1-202ENST00000338045 MADDQ8WXG6 1647 aa21.77■■□□□ 1.08
LIMS1-202ENST00000338045 MROH2AA6NES4 1674 aa21.76■■□□□ 1.07
LIMS1-202ENST00000338045 ROCK2O75116 1388 aaKnown RBP21.76■■□□□ 1.07
LIMS1-202ENST00000338045 CARD11Q9BXL7 1154 aa21.76■■□□□ 1.07
LIMS1-202ENST00000338045 LAMC1P11047 1609 aa21.75■■□□□ 1.07
LIMS1-202ENST00000338045 MYOM2P54296 1465 aa21.75■■□□□ 1.07
LIMS1-202ENST00000338045 PREX1Q8TCU6 1659 aa21.74■■□□□ 1.07
LIMS1-202ENST00000338045 IFT172Q9UG01 1749 aa21.74■■□□□ 1.07
LIMS1-202ENST00000338045 DDX10Q13206 875 aaKnown RBP21.73■■□□□ 1.07
LIMS1-202ENST00000338045 MIER1Q8N108 512 aa21.73■■□□□ 1.07
LIMS1-202ENST00000338045 CLTCQ00610 1675 aaKnown RBP21.72■■□□□ 1.07
LIMS1-202ENST00000338045 WASHC2AQ641Q2 1341 aa21.72■■□□□ 1.07
LIMS1-202ENST00000338045 SLC52A1Q9NWF4 448 aa21.71■■□□□ 1.07
LIMS1-202ENST00000338045 ERVK-7P63135 1459 aa21.71■■□□□ 1.07
LIMS1-202ENST00000338045 NBPF1Q3BBV0 1214 aa21.71■■□□□ 1.07
LIMS1-202ENST00000338045 NRXN1Q9ULB1 1477 aa21.69■■□□□ 1.06
LIMS1-202ENST00000338045 POLR1AO95602 1720 aaPredicted RBP21.68■■□□□ 1.06
LIMS1-202ENST00000338045 C11orf95C9JLR9 678 aaPredicted RBP21.68■■□□□ 1.06
LIMS1-202ENST00000338045 MLECQ14165 292 aa21.68■■□□□ 1.06
LIMS1-202ENST00000338045 RPGRIP1LQ68CZ1 1315 aa21.68■■□□□ 1.06
LIMS1-202ENST00000338045 CCDC7Q96M83 1385 aa21.68■■□□□ 1.06
LIMS1-202ENST00000338045 KIAA1210Q9ULL0 1709 aa21.67■■□□□ 1.06
LIMS1-202ENST00000338045 IDI1Q13907 227 aa21.67■■□□□ 1.06
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