RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000331194.8

CCDC88C-201, Transcript of coiled-coil domain containing 88C, humanhuman

TSL 5 BASIC

Gene CCDC88C, Length 3,104 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Nucleus .

RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC88C-201ENST00000331194 EBF2Q9HAK2 575 aa14.73□□□□□ -0.05
CCDC88C-201ENST00000331194 RNF14Q9UBS8 474 aa14.73□□□□□ -0.05
CCDC88C-201ENST00000331194 TMEM59LQ9UK28 342 aa14.73□□□□□ -0.05
CCDC88C-201ENST00000331194 TRPC6Q9Y210 931 aa14.73□□□□□ -0.05
CCDC88C-201ENST00000331194 C15orf41Q9Y2V0 281 aa14.73□□□□□ -0.05
CCDC88C-201ENST00000331194 PNPLA7Q6ZV29 1317 aa14.73□□□□□ -0.05
CCDC88C-201ENST00000331194 SRRM3A6NNA2 597 aaPredicted RBP14.72□□□□□ -0.05
CCDC88C-201ENST00000331194 BIRC3Q13489 604 aa14.72□□□□□ -0.05
CCDC88C-201ENST00000331194 RAPGEF1Q13905 1077 aa14.72□□□□□ -0.05
CCDC88C-201ENST00000331194 PPP2R5BQ15173 497 aa14.72□□□□□ -0.05
CCDC88C-201ENST00000331194 RPS6KA1Q15418 735 aa14.72□□□□□ -0.05
CCDC88C-201ENST00000331194 ARMC2Q8NEN0 867 aa14.72□□□□□ -0.05
CCDC88C-201ENST00000331194 TAF4BQ92750 862 aa14.72□□□□□ -0.05
CCDC88C-201ENST00000331194 TSKSQ9UJT2 592 aa14.72□□□□□ -0.05
CCDC88C-201ENST00000331194 CD2APQ9Y5K6 639 aa14.72□□□□□ -0.05
CCDC88C-201ENST00000331194 USP17L12C9JPN9 530 aa14.72□□□□□ -0.05
CCDC88C-201ENST00000331194 USP17L21D6R901 530 aa14.72□□□□□ -0.05
CCDC88C-201ENST00000331194 SLC9C1Q4G0N8 1177 aa14.72□□□□□ -0.05
CCDC88C-201ENST00000331194 FAM83BQ5T0W9 1011 aa14.72□□□□□ -0.05
CCDC88C-201ENST00000331194 CENPPQ6IPU0 288 aa14.72□□□□□ -0.05
CCDC88C-201ENST00000331194 KIF6Q6ZMV9 814 aa14.72□□□□□ -0.05
CCDC88C-201ENST00000331194 MAB21L3Q8N8X9 362 aa14.72□□□□□ -0.05
CCDC88C-201ENST00000331194 LRRC45Q96CN5 670 aa14.72□□□□□ -0.05
CCDC88C-201ENST00000331194 PSMD1Q99460 953 aa14.72□□□□□ -0.05
CCDC88C-201ENST00000331194 TRIM51Q9BSJ1 452 aa14.72□□□□□ -0.05
CCDC88C-201ENST00000331194 NR2E1Q9Y466 385 aa14.72□□□□□ -0.05
CCDC88C-201ENST00000331194 MAGEB6P1A0A0J9YX57 407 aa14.72□□□□□ -0.05
CCDC88C-201ENST00000331194 ERMARDQ5T6L9 678 aa14.72□□□□□ -0.05
CCDC88C-201ENST00000331194 SFMBT2Q5VUG0 894 aa14.72□□□□□ -0.05
CCDC88C-201ENST00000331194 CCSER1Q9C0I3 900 aa14.72□□□□□ -0.05
CCDC88C-201ENST00000331194 YIPF3Q9GZM5 350 aa14.72□□□□□ -0.05
CCDC88C-201ENST00000331194 PCDHA6Q9UN73 950 aa14.72□□□□□ -0.05
CCDC88C-201ENST00000331194 PCDHA8Q9Y5H6 950 aa14.72□□□□□ -0.05
CCDC88C-201ENST00000331194 MMEP08473 750 aa14.71□□□□□ -0.05
CCDC88C-201ENST00000331194 CYP2D6P10635 497 aa14.71□□□□□ -0.05
CCDC88C-201ENST00000331194 SLC5A1P13866 664 aa14.71□□□□□ -0.05
CCDC88C-201ENST00000331194 TMC3Q7Z5M5 1100 aa14.71□□□□□ -0.05
CCDC88C-201ENST00000331194 CCDC84Q86UT8 332 aaPredicted RBP14.71□□□□□ -0.05
CCDC88C-201ENST00000331194 ANKS1AQ92625 1134 aa14.71□□□□□ -0.05
CCDC88C-201ENST00000331194 HOOK2Q96ED9 719 aa14.71□□□□□ -0.05
CCDC88C-201ENST00000331194 ZNF317Q96PQ6 595 aaPredicted RBP14.71□□□□□ -0.05
CCDC88C-201ENST00000331194 LSM14BQ9BX40 385 aaKnown RBP14.71□□□□□ -0.05
CCDC88C-201ENST00000331194 PCDHGC5Q9Y5F6 944 aa14.71□□□□□ -0.05
CCDC88C-201ENST00000331194 F8VZ95 297 aa14.71□□□□□ -0.05
CCDC88C-201ENST00000331194 AP1G2O75843 785 aa14.71□□□□□ -0.05
CCDC88C-201ENST00000331194 IRX1P78414 480 aaPredicted RBP14.71□□□□□ -0.05
CCDC88C-201ENST00000331194 IFI35P80217 286 aaPredicted RBP14.71□□□□□ -0.05
CCDC88C-201ENST00000331194 LETM2Q2VYF4 491 aa14.71□□□□□ -0.05
CCDC88C-201ENST00000331194 THEMIS2Q5TEJ8 643 aa14.71□□□□□ -0.05
CCDC88C-201ENST00000331194 KCNV2Q8TDN2 545 aa14.71□□□□□ -0.05
CCDC88C-201ENST00000331194 SCFD2Q8WU76 684 aa14.71□□□□□ -0.05
CCDC88C-201ENST00000331194 SPAG5Q96R06 1193 aa14.71□□□□□ -0.05
CCDC88C-201ENST00000331194 PCDHA4Q9UN74 947 aa14.71□□□□□ -0.05
CCDC88C-201ENST00000331194 KLHL33A6NCF5 533 aa14.7□□□□□ -0.06
CCDC88C-201ENST00000331194 MYMKA6NI61 221 aa14.7□□□□□ -0.06
CCDC88C-201ENST00000331194 KRIT1O00522 736 aa14.7□□□□□ -0.06
CCDC88C-201ENST00000331194 VIMP08670 466 aaKnown RBP14.7□□□□□ -0.06
CCDC88C-201ENST00000331194 PAEPP09466 180 aa14.7□□□□□ -0.06
CCDC88C-201ENST00000331194 SLC8A3P57103 927 aa14.7□□□□□ -0.06
CCDC88C-201ENST00000331194 SNX1Q13596 522 aa14.7□□□□□ -0.06
CCDC88C-201ENST00000331194 TIAM2Q8IVF5 1701 aa14.7□□□□□ -0.06
CCDC88C-201ENST00000331194 METTL13Q8N6R0 699 aa14.7□□□□□ -0.06
CCDC88C-201ENST00000331194 PRMT1Q99873 361 aaKnown RBP14.7□□□□□ -0.06
CCDC88C-201ENST00000331194 ARHGEF10LQ9HCE6 1279 aa14.7□□□□□ -0.06
CCDC88C-201ENST00000331194 GOPCQ9HD26 462 aa14.7□□□□□ -0.06
CCDC88C-201ENST00000331194 TRIM33Q9UPN9 1127 aa14.7□□□□□ -0.06
CCDC88C-201ENST00000331194 STK38LQ9Y2H1 464 aa14.7□□□□□ -0.06
CCDC88C-201ENST00000331194 NOC2LQ9Y3T9 749 aaKnown RBP14.7□□□□□ -0.06
CCDC88C-201ENST00000331194 MYH4Q9Y623 1939 aa14.7□□□□□ -0.06
CCDC88C-201ENST00000331194 SSU72P8A0A1W2PR75 194 aa14.7□□□□□ -0.06
CCDC88C-201ENST00000331194 TRIM28Q13263 835 aaKnown RBP14.7□□□□□ -0.06
CCDC88C-201ENST00000331194 ZKSCAN8Q15776 578 aaPredicted RBP14.7□□□□□ -0.06
CCDC88C-201ENST00000331194 PTF1AQ7RTS3 328 aa14.7□□□□□ -0.06
CCDC88C-201ENST00000331194 HEATR3Q7Z4Q2 680 aa14.7□□□□□ -0.06
CCDC88C-201ENST00000331194 C3orf20Q8ND61 904 aa14.7□□□□□ -0.06
CCDC88C-201ENST00000331194 CCDC47Q96A33 483 aaKnown RBP14.7□□□□□ -0.06
CCDC88C-201ENST00000331194 MTA3Q9BTC8 594 aa14.7□□□□□ -0.06
CCDC88C-201ENST00000331194 FAM129AQ9BZQ8 928 aa14.7□□□□□ -0.06
CCDC88C-201ENST00000331194 TBC1D7Q9P0N9 293 aa14.7□□□□□ -0.06
CCDC88C-201ENST00000331194 UBOX5O94941 541 aa14.7□□□□□ -0.06
CCDC88C-201ENST00000331194 KIF4AO95239 1232 aa14.7□□□□□ -0.06
CCDC88C-201ENST00000331194 GHRP10912 638 aa14.7□□□□□ -0.06
CCDC88C-201ENST00000331194 ALDH5A1P51649 535 aaPredicted RBP14.7□□□□□ -0.06
CCDC88C-201ENST00000331194 CUL1Q13616 776 aa14.7□□□□□ -0.06
CCDC88C-201ENST00000331194 AGBL2Q5U5Z8 902 aa14.7□□□□□ -0.06
CCDC88C-201ENST00000331194 CAPRIN2Q6IMN6 1127 aaKnown RBP14.7□□□□□ -0.06
CCDC88C-201ENST00000331194 RCSD1Q6JBY9 416 aa14.7□□□□□ -0.06
CCDC88C-201ENST00000331194 ERICH1Q86X53 443 aa14.7□□□□□ -0.06
CCDC88C-201ENST00000331194 SPDYE1Q8NFV5 336 aaPredicted RBP14.7□□□□□ -0.06
CCDC88C-201ENST00000331194 L3MBTL3Q96JM7 780 aaPredicted RBP14.7□□□□□ -0.06
CCDC88C-201ENST00000331194 UIMC1Q96RL1 719 aa14.7□□□□□ -0.06
CCDC88C-201ENST00000331194 C7orf25Q9BPX7 421 aa14.7□□□□□ -0.06
CCDC88C-201ENST00000331194 MMTAG2Q9BU76 263 aaKnown RBP14.7□□□□□ -0.06
CCDC88C-201ENST00000331194 TCP11L1Q9NUJ3 509 aa14.7□□□□□ -0.06
CCDC88C-201ENST00000331194 SLC12A4Q9UP95 1085 aa14.7□□□□□ -0.06
CCDC88C-201ENST00000331194 RBAK-RBAKDNI3L0D1 243 aa14.69□□□□□ -0.06
CCDC88C-201ENST00000331194 KCNQ2O43526 872 aa14.69□□□□□ -0.06
CCDC88C-201ENST00000331194 CCNT1O60563 726 aaKnown RBP14.69□□□□□ -0.06
CCDC88C-201ENST00000331194 SERPING1P05155 500 aa14.69□□□□□ -0.06
CCDC88C-201ENST00000331194 SSR1P43307 286 aaKnown RBP14.69□□□□□ -0.06
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 18.4 ms