RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000589706.1

SMAD4-208, Transcript of SMAD family member 4, human

TSL 3

Gene SMAD4, Length 563 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Cytosol, Ribosome .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
SMAD4-208	ENST00000589706	DNAJC8	O75937	253 aa	Predicted RBP	7	□□□□□ -1.29
SMAD4-208	ENST00000589706	NFIC	P08651	508 aa		7	□□□□□ -1.29
SMAD4-208	ENST00000589706	PML	P29590	882 aa		7	□□□□□ -1.29
SMAD4-208	ENST00000589706	HOXC12	P31275	282 aa		7	□□□□□ -1.29
SMAD4-208	ENST00000589706	EXOSC10	Q01780	885 aa	Known RBP	7	□□□□□ -1.29
SMAD4-208	ENST00000589706	PPP2R5D	Q14738	602 aa		7	□□□□□ -1.29
SMAD4-208	ENST00000589706	GRIK4	Q16099	956 aa		7	□□□□□ -1.29
SMAD4-208	ENST00000589706	HS1BP3	Q53T59	392 aa		7	□□□□□ -1.29
SMAD4-208	ENST00000589706	BRDT	Q58F21	947 aa	Predicted RBP	7	□□□□□ -1.29
SMAD4-208	ENST00000589706	ODR4	Q5SWX8	454 aa		7	□□□□□ -1.29
SMAD4-208	ENST00000589706	WWC2	Q6AWC2	1192 aa		7	□□□□□ -1.29
SMAD4-208	ENST00000589706	GTF2IRD2B	Q6EKJ0	949 aa		7	□□□□□ -1.29
SMAD4-208	ENST00000589706	BRAP	Q7Z569	592 aa		7	□□□□□ -1.29
SMAD4-208	ENST00000589706	GTF2IRD2	Q86UP8	949 aa		7	□□□□□ -1.29
SMAD4-208	ENST00000589706	AMIGO3	Q86WK7	504 aa		7	□□□□□ -1.29
SMAD4-208	ENST00000589706	AHI1	Q8N157	1196 aa		7	□□□□□ -1.29
SMAD4-208	ENST00000589706	PPM1K	Q8N3J5	372 aa		7	□□□□□ -1.29
SMAD4-208	ENST00000589706	AFAP1L2	Q8N4X5	818 aa		7	□□□□□ -1.29
SMAD4-208	ENST00000589706	FBLIM1	Q8WUP2	373 aa		7	□□□□□ -1.29
SMAD4-208	ENST00000589706	JDP2	Q8WYK2	163 aa		7	□□□□□ -1.29
SMAD4-208	ENST00000589706	KCTD13	Q8WZ19	329 aa		7	□□□□□ -1.29
SMAD4-208	ENST00000589706	CCDC140	Q96MF4	163 aa		7	□□□□□ -1.29
SMAD4-208	ENST00000589706	YIPF2	Q9BWQ6	316 aa		7	□□□□□ -1.29
SMAD4-208	ENST00000589706	PRDM14	Q9GZV8	571 aa		7	□□□□□ -1.29
SMAD4-208	ENST00000589706	NOL6	Q9H6R4	1146 aa	Known RBP	7	□□□□□ -1.29
SMAD4-208	ENST00000589706	SLC52A2	Q9HAB3	445 aa		7	□□□□□ -1.29
SMAD4-208	ENST00000589706	LGR6	Q9HBX8	967 aa		7	□□□□□ -1.29
SMAD4-208	ENST00000589706	PRR13	Q9NZ81	148 aa		7	□□□□□ -1.29
SMAD4-208	ENST00000589706	PKD1L3	Q7Z443	1732 aa		7	□□□□□ -1.29
SMAD4-208	ENST00000589706	TNRC18	O15417	2968 aa	Predicted RBP	7	□□□□□ -1.29
SMAD4-208	ENST00000589706	USP47	Q96K76	1375 aa		6.99	□□□□□ -1.29
SMAD4-208	ENST00000589706	HSPA8	P11142	646 aa	Known RBP	6.99	□□□□□ -1.29
SMAD4-208	ENST00000589706	DPEP1	P16444	411 aa		6.99	□□□□□ -1.29
SMAD4-208	ENST00000589706	CYP7A1	P22680	504 aa		6.99	□□□□□ -1.29
SMAD4-208	ENST00000589706	HMGB2	P26583	209 aa	Known RBP	6.99	□□□□□ -1.29
SMAD4-208	ENST00000589706	GFRA1	P56159	465 aa		6.99	□□□□□ -1.29
SMAD4-208	ENST00000589706	FAM193A	P78312	1265 aa		6.99	□□□□□ -1.29
SMAD4-208	ENST00000589706	MAP4K2	Q12851	820 aa		6.99	□□□□□ -1.29
SMAD4-208	ENST00000589706	SF1	Q15637	639 aa	Known RBP	6.99	□□□□□ -1.29
SMAD4-208	ENST00000589706	LCE2C	Q5TA81	110 aa		6.99	□□□□□ -1.29
SMAD4-208	ENST00000589706		Q6ZS46	218 aa		6.99	□□□□□ -1.29
SMAD4-208	ENST00000589706	DDX46	Q7L014	1031 aa	Known RBP	6.99	□□□□□ -1.29
SMAD4-208	ENST00000589706	CNPY4	Q8N129	248 aa		6.99	□□□□□ -1.29
SMAD4-208	ENST00000589706	GSTCD	Q8NEC7	633 aa		6.99	□□□□□ -1.29
SMAD4-208	ENST00000589706	ATL2	Q8NHH9	583 aa		6.99	□□□□□ -1.29
SMAD4-208	ENST00000589706	EZH1	Q92800	747 aa	Predicted RBP	6.99	□□□□□ -1.29
SMAD4-208	ENST00000589706	NKX2-4	Q9H2Z4	354 aa		6.99	□□□□□ -1.29
SMAD4-208	ENST00000589706	HDAC5	Q9UQL6	1122 aa		6.99	□□□□□ -1.29
SMAD4-208	ENST00000589706	NUDC	Q9Y266	331 aa		6.99	□□□□□ -1.29
SMAD4-208	ENST00000589706	KIAA1551	Q9HCM1	1747 aa		6.98	□□□□□ -1.29
SMAD4-208	ENST00000589706	CNTNAP1	P78357	1384 aa		6.98	□□□□□ -1.29
SMAD4-208	ENST00000589706	C5	P01031	1676 aa		6.98	□□□□□ -1.29
SMAD4-208	ENST00000589706	QRICH2	Q9H0J4	1663 aa		6.98	□□□□□ -1.29
SMAD4-208	ENST00000589706	BLACE	A4D250	179 aa		6.98	□□□□□ -1.29
SMAD4-208	ENST00000589706	DYNC1LI2	O43237	492 aa	Predicted RBP	6.98	□□□□□ -1.29
SMAD4-208	ENST00000589706	LRRN2	O75325	713 aa		6.98	□□□□□ -1.29
SMAD4-208	ENST00000589706	SNRPB2	P08579	225 aa	Known RBP	6.98	□□□□□ -1.29
SMAD4-208	ENST00000589706	GLB1	P16278	677 aa		6.98	□□□□□ -1.29
SMAD4-208	ENST00000589706	CPE	P16870	476 aa		6.98	□□□□□ -1.29
SMAD4-208	ENST00000589706	KCNJ6	P48051	423 aa		6.98	□□□□□ -1.29
SMAD4-208	ENST00000589706	GRB10	Q13322	594 aa		6.98	□□□□□ -1.29
SMAD4-208	ENST00000589706	SNW1	Q13573	536 aa	Known RBP	6.98	□□□□□ -1.29
SMAD4-208	ENST00000589706	HSP90AB2P	Q58FF8	381 aa		6.98	□□□□□ -1.29
SMAD4-208	ENST00000589706	FIBCD1	Q8N539	461 aa		6.98	□□□□□ -1.29
SMAD4-208	ENST00000589706	LEO1	Q8WVC0	666 aa	Predicted RBP	6.98	□□□□□ -1.29
SMAD4-208	ENST00000589706	PTPRN2	Q92932	1015 aa		6.98	□□□□□ -1.29
SMAD4-208	ENST00000589706	LENG1	Q96BZ8	264 aa	Predicted RBP	6.98	□□□□□ -1.29
SMAD4-208	ENST00000589706	FAM46A	Q96IP4	442 aa	Known RBP	6.98	□□□□□ -1.29
SMAD4-208	ENST00000589706	CYP26B1	Q9NR63	512 aa		6.98	□□□□□ -1.29
SMAD4-208	ENST00000589706	GFOD1	Q9NXC2	390 aa		6.98	□□□□□ -1.29
SMAD4-208	ENST00000589706	NOP53	Q9NZM5	478 aa	Known RBP	6.98	□□□□□ -1.29
SMAD4-208	ENST00000589706	KIF13B	Q9NQT8	1826 aa		6.97	□□□□□ -1.29
SMAD4-208	ENST00000589706	LOC101059915	A0A1B0GWI6	518 aa	Predicted RBP	6.97	□□□□□ -1.29
SMAD4-208	ENST00000589706	GLTPD2	A6NH11	291 aa		6.97	□□□□□ -1.29
SMAD4-208	ENST00000589706	OPA1	O60313	960 aa		6.97	□□□□□ -1.29
SMAD4-208	ENST00000589706	VAMP4	O75379	141 aa		6.97	□□□□□ -1.29
SMAD4-208	ENST00000589706	ARHGEF15	O94989	841 aa		6.97	□□□□□ -1.29
SMAD4-208	ENST00000589706	NPTXR	O95502	500 aa		6.97	□□□□□ -1.29
SMAD4-208	ENST00000589706	CP	P00450	1065 aa		6.97	□□□□□ -1.29
SMAD4-208	ENST00000589706	ASL	P04424	464 aa		6.97	□□□□□ -1.29
SMAD4-208	ENST00000589706	APP	P05067	770 aa		6.97	□□□□□ -1.29
SMAD4-208	ENST00000589706	MMP10	P09238	476 aa		6.97	□□□□□ -1.29
SMAD4-208	ENST00000589706	POU3F2	P20265	443 aa	Predicted RBP	6.97	□□□□□ -1.29
SMAD4-208	ENST00000589706	KCNA3	P22001	575 aa		6.97	□□□□□ -1.29
SMAD4-208	ENST00000589706	AMPD2	Q01433	879 aa		6.97	□□□□□ -1.29
SMAD4-208	ENST00000589706	BECN1	Q14457	450 aa		6.97	□□□□□ -1.29
SMAD4-208	ENST00000589706	RALBP1	Q15311	655 aa		6.97	□□□□□ -1.29
SMAD4-208	ENST00000589706	NTRK3	Q16288	839 aa		6.97	□□□□□ -1.29
SMAD4-208	ENST00000589706	SGO2	Q562F6	1265 aa		6.97	□□□□□ -1.29
SMAD4-208	ENST00000589706	SEZ6L2	Q6UXD5	910 aa		6.97	□□□□□ -1.29
SMAD4-208	ENST00000589706	FGD2	Q7Z6J4	655 aa		6.97	□□□□□ -1.29
SMAD4-208	ENST00000589706	STRA8	Q7Z7C7	330 aa		6.97	□□□□□ -1.29
SMAD4-208	ENST00000589706	ZSCAN30	Q86W11	494 aa		6.97	□□□□□ -1.29
SMAD4-208	ENST00000589706	TMEM145	Q8NBT3	493 aa		6.97	□□□□□ -1.29
SMAD4-208	ENST00000589706	SCLY	Q96I15	445 aa		6.97	□□□□□ -1.29
SMAD4-208	ENST00000589706	ZDHHC15	Q96MV8	337 aa		6.97	□□□□□ -1.29
SMAD4-208	ENST00000589706	UBL7	Q96S82	380 aa	Predicted RBP	6.97	□□□□□ -1.29
SMAD4-208	ENST00000589706	DSCC1	Q9BVC3	393 aa		6.97	□□□□□ -1.29
SMAD4-208	ENST00000589706	TPX2	Q9ULW0	747 aa	Known RBP	6.97	□□□□□ -1.29
SMAD4-208	ENST00000589706	SF3B6	Q9Y3B4	125 aa	Known RBP	6.97	□□□□□ -1.29

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