RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000543658.5

DDB1-223, Transcript of damage specific DNA binding protein 1, human

TSL 4

Gene DDB1, Length 571 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytosol, Nucleus, Ribosome .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
DDB1-223	ENST00000543658	DDX11L8	A8MPP1	907 aa		13.4	□□□□□ -0.26
DDB1-223	ENST00000543658	SPATA31C2	B4DYI2	1134 aa		13.4	□□□□□ -0.26
DDB1-223	ENST00000543658	CHMP2A	O43633	222 aa		13.4	□□□□□ -0.26
DDB1-223	ENST00000543658	RGS20	O76081	388 aa		13.4	□□□□□ -0.26
DDB1-223	ENST00000543658	GGPS1	O95749	300 aa		13.4	□□□□□ -0.26
DDB1-223	ENST00000543658	AKR1A1	P14550	325 aa		13.4	□□□□□ -0.26
DDB1-223	ENST00000543658	PTMS	P20962	102 aa		13.4	□□□□□ -0.26
DDB1-223	ENST00000543658	UBA1	P22314	1058 aa	Known RBP	13.4	□□□□□ -0.26
DDB1-223	ENST00000543658	LONP1	P36776	959 aa	Known RBP	13.4	□□□□□ -0.26
DDB1-223	ENST00000543658	CAP1	Q01518	475 aa		13.4	□□□□□ -0.26
DDB1-223	ENST00000543658	KRT76	Q01546	638 aa		13.4	□□□□□ -0.26
DDB1-223	ENST00000543658	HAUS3	Q68CZ6	603 aa		13.4	□□□□□ -0.26
DDB1-223	ENST00000543658	IQSEC1	Q6DN90	963 aa		13.4	□□□□□ -0.26
DDB1-223	ENST00000543658	NCAPH2	Q6IBW4	605 aa		13.4	□□□□□ -0.26
DDB1-223	ENST00000543658	DHX37	Q8IY37	1157 aa	Known RBP	13.4	□□□□□ -0.26
DDB1-223	ENST00000543658	C4orf32	Q8N8J7	132 aa		13.4	□□□□□ -0.26
DDB1-223	ENST00000543658	MTMR9	Q96QG7	549 aa		13.4	□□□□□ -0.26
DDB1-223	ENST00000543658	SENP7	Q9BQF6	1050 aa		13.4	□□□□□ -0.26
DDB1-223	ENST00000543658	JPH1	Q9HDC5	661 aa	Predicted RBP	13.4	□□□□□ -0.26
DDB1-223	ENST00000543658	FAM184B	Q9ULE4	1060 aa		13.4	□□□□□ -0.26
DDB1-223	ENST00000543658	PTPN22	Q9Y2R2	807 aa		13.4	□□□□□ -0.26
DDB1-223	ENST00000543658	PTCH2	Q9Y6C5	1203 aa		13.4	□□□□□ -0.26
DDB1-223	ENST00000543658	NOP56	O00567	594 aa	Known RBP	13.39	□□□□□ -0.27
DDB1-223	ENST00000543658	GH1	P01241	217 aa		13.39	□□□□□ -0.27
DDB1-223	ENST00000543658	PRKAR2A	P13861	404 aa	Known RBP	13.39	□□□□□ -0.27
DDB1-223	ENST00000543658	KCNA2	P16389	499 aa		13.39	□□□□□ -0.27
DDB1-223	ENST00000543658	ADCYAP1R1	P41586	468 aa		13.39	□□□□□ -0.27
DDB1-223	ENST00000543658	FXR2	P51116	673 aa	Known RBP eCLIP	13.39	□□□□□ -0.27	1e-7	■■■■□ 21.5
DDB1-223	ENST00000543658	JAK3	P52333	1124 aa		13.39	□□□□□ -0.27
DDB1-223	ENST00000543658	SP4	Q02446	784 aa		13.39	□□□□□ -0.27
DDB1-223	ENST00000543658	TNFAIP2	Q03169	654 aa		13.39	□□□□□ -0.27
DDB1-223	ENST00000543658	SEMA3F	Q13275	785 aa		13.39	□□□□□ -0.27
DDB1-223	ENST00000543658	LY6K	Q17RY6	165 aa		13.39	□□□□□ -0.27
DDB1-223	ENST00000543658	CCDC144B	Q3MJ40	725 aa		13.39	□□□□□ -0.27
DDB1-223	ENST00000543658	SLC9C1	Q4G0N8	1177 aa		13.39	□□□□□ -0.27
DDB1-223	ENST00000543658	PRAMEF19	Q5SWL8	479 aa		13.39	□□□□□ -0.27
DDB1-223	ENST00000543658	TAPT1	Q6NXT6	567 aa		13.39	□□□□□ -0.27
DDB1-223	ENST00000543658	CYFIP1	Q7L576	1253 aa		13.39	□□□□□ -0.27
DDB1-223	ENST00000543658	MIER3	Q7Z3K6	550 aa		13.39	□□□□□ -0.27
DDB1-223	ENST00000543658	HAS1	Q92839	578 aa		13.39	□□□□□ -0.27
DDB1-223	ENST00000543658	AK8	Q96MA6	479 aa		13.39	□□□□□ -0.27
DDB1-223	ENST00000543658	PDGFC	Q9NRA1	345 aa		13.39	□□□□□ -0.27
DDB1-223	ENST00000543658	FAM13B	Q9NYF5	915 aa		13.39	□□□□□ -0.27
DDB1-223	ENST00000543658	SLC9A2	Q9UBY0	812 aa		13.39	□□□□□ -0.27
DDB1-223	ENST00000543658	LRWD1	Q9UFC0	647 aa		13.39	□□□□□ -0.27
DDB1-223	ENST00000543658	FBXO2	Q9UK22	296 aa	Predicted RBP	13.39	□□□□□ -0.27
DDB1-223	ENST00000543658	PCDHA7	Q9UN72	937 aa		13.39	□□□□□ -0.27
DDB1-223	ENST00000543658	RBM47	A0AV96	593 aa	Known RBP	13.38	□□□□□ -0.27
DDB1-223	ENST00000543658	POTEM	A6NI47	508 aa		13.38	□□□□□ -0.27
DDB1-223	ENST00000543658	SORBS3	O60504	671 aa		13.38	□□□□□ -0.27
DDB1-223	ENST00000543658	ATP9A	O75110	1047 aa		13.38	□□□□□ -0.27
DDB1-223	ENST00000543658	PRPF40A	O75400	957 aa	Known RBP	13.38	□□□□□ -0.27
DDB1-223	ENST00000543658	PSMD10	O75832	226 aa		13.38	□□□□□ -0.27
DDB1-223	ENST00000543658	INHA	P05111	366 aa		13.38	□□□□□ -0.27
DDB1-223	ENST00000543658	CYBA	P13498	195 aa		13.38	□□□□□ -0.27
DDB1-223	ENST00000543658	SFN	P31947	248 aa		13.38	□□□□□ -0.27
DDB1-223	ENST00000543658	CACNB2	Q08289	660 aa	Predicted RBP	13.38	□□□□□ -0.27
DDB1-223	ENST00000543658	ITGB3BP	Q13352	177 aa	Predicted RBP	13.38	□□□□□ -0.27
DDB1-223	ENST00000543658	PPP2R5C	Q13362	524 aa		13.38	□□□□□ -0.27
DDB1-223	ENST00000543658	PKN2	Q16513	984 aa	Known RBP	13.38	□□□□□ -0.27
DDB1-223	ENST00000543658	DUSP28	Q4G0W2	176 aa		13.38	□□□□□ -0.27
DDB1-223	ENST00000543658	BRDT	Q58F21	947 aa	Predicted RBP	13.38	□□□□□ -0.27
DDB1-223	ENST00000543658	KRT79	Q5XKE5	535 aa		13.38	□□□□□ -0.27
DDB1-223	ENST00000543658	ADAL	Q6DHV7	355 aa		13.38	□□□□□ -0.27
DDB1-223	ENST00000543658	ZNF746	Q6NUN9	644 aa	Predicted RBP	13.38	□□□□□ -0.27
DDB1-223	ENST00000543658	METTL7B	Q6UX53	244 aa		13.38	□□□□□ -0.27
DDB1-223	ENST00000543658	TMEM87A	Q8NBN3	555 aa		13.38	□□□□□ -0.27
DDB1-223	ENST00000543658	OR6J1	Q8NGC5	347 aa		13.38	□□□□□ -0.27
DDB1-223	ENST00000543658	GJA10	Q969M2	543 aa		13.38	□□□□□ -0.27
DDB1-223	ENST00000543658	CDK5RAP3	Q96JB5	506 aa		13.38	□□□□□ -0.27
DDB1-223	ENST00000543658	KATNBL1	Q9H079	304 aa		13.38	□□□□□ -0.27
DDB1-223	ENST00000543658	AP5M1	Q9H0R1	490 aa		13.38	□□□□□ -0.27
DDB1-223	ENST00000543658	CSRNP2	Q9H175	543 aa		13.38	□□□□□ -0.27
DDB1-223	ENST00000543658	SPC25	Q9HBM1	224 aa		13.38	□□□□□ -0.27
DDB1-223	ENST00000543658	DDX41	Q9UJV9	622 aa	Known RBP	13.38	□□□□□ -0.27
DDB1-223	ENST00000543658	KAT6A	Q92794	2004 aa		13.38	□□□□□ -0.27
DDB1-223	ENST00000543658	KDM3A	Q9Y4C1	1321 aa		13.38	□□□□□ -0.27
DDB1-223	ENST00000543658	WDR64	B1ANS9	1081 aa		13.37	□□□□□ -0.27
DDB1-223	ENST00000543658	FARP2	O94887	1054 aa	Predicted RBP	13.37	□□□□□ -0.27
DDB1-223	ENST00000543658	ARIH2	O95376	493 aa		13.37	□□□□□ -0.27
DDB1-223	ENST00000543658	ZNF865	P0CJ78	1059 aa	Predicted RBP	13.37	□□□□□ -0.27
DDB1-223	ENST00000543658	UBA7	P41226	1012 aa		13.37	□□□□□ -0.27
DDB1-223	ENST00000543658	UBE2H	P62256	183 aa		13.37	□□□□□ -0.27
DDB1-223	ENST00000543658	LAMC2	Q13753	1193 aa		13.37	□□□□□ -0.27
DDB1-223	ENST00000543658	PDIA5	Q14554	519 aa		13.37	□□□□□ -0.27
DDB1-223	ENST00000543658	CELF3	Q5SZQ8	465 aa	Known RBP	13.37	□□□□□ -0.27
DDB1-223	ENST00000543658	CCDC73	Q6ZRK6	1079 aa		13.37	□□□□□ -0.27
DDB1-223	ENST00000543658	TLK2	Q86UE8	772 aa		13.37	□□□□□ -0.27
DDB1-223	ENST00000543658	SMAP1	Q8IYB5	467 aa	Predicted RBP	13.37	□□□□□ -0.27
DDB1-223	ENST00000543658	ZNF579	Q8NAF0	562 aa	Known RBP	13.37	□□□□□ -0.27
DDB1-223	ENST00000543658	RDM1	Q8NG50	284 aa		13.37	□□□□□ -0.27
DDB1-223	ENST00000543658	SNX29	Q8TEQ0	813 aa		13.37	□□□□□ -0.27
DDB1-223	ENST00000543658	CALML4	Q96GE6	196 aa		13.37	□□□□□ -0.27
DDB1-223	ENST00000543658	SPATA33	Q96N06	139 aa		13.37	□□□□□ -0.27
DDB1-223	ENST00000543658	CLIC6	Q96NY7	704 aa		13.37	□□□□□ -0.27
DDB1-223	ENST00000543658	UNC45A	Q9H3U1	944 aa		13.37	□□□□□ -0.27
DDB1-223	ENST00000543658	HMX1	Q9NP08	348 aa	Predicted RBP	13.37	□□□□□ -0.27
DDB1-223	ENST00000543658	CCDC39	Q9UFE4	941 aa		13.37	□□□□□ -0.27
DDB1-223	ENST00000543658	C11orf97	A0A1B0GVM6	126 aa	Predicted RBP	13.36	□□□□□ -0.27
DDB1-223	ENST00000543658	SEPT4	O43236	478 aa		13.36	□□□□□ -0.27

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