RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000488520.5

USP4-213, Transcript of ubiquitin specific peptidase 4, human

TSL 3

Gene USP4, Length 1,155 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
USP4-213	ENST00000488520	DOCK5	Q9H7D0	1870 aa		10.19	□□□□□ -0.78
USP4-213	ENST00000488520	ASB14	A6NK59	587 aa		10.19	□□□□□ -0.78
USP4-213	ENST00000488520	EPB41L2	O43491	1005 aa	Known RBP	10.19	□□□□□ -0.78
USP4-213	ENST00000488520	ZEB2	O60315	1214 aa		10.19	□□□□□ -0.78
USP4-213	ENST00000488520	TTLL1	O95922	423 aa		10.19	□□□□□ -0.78
USP4-213	ENST00000488520	PC	P11498	1178 aa	Known RBP	10.19	□□□□□ -0.78
USP4-213	ENST00000488520	OAZ1	P54368	228 aa		10.19	□□□□□ -0.78
USP4-213	ENST00000488520	HAND2	P61296	217 aa		10.19	□□□□□ -0.78
USP4-213	ENST00000488520	PTH1R	Q03431	593 aa		10.19	□□□□□ -0.78
USP4-213	ENST00000488520	CTC1	Q2NKJ3	1217 aa		10.19	□□□□□ -0.78
USP4-213	ENST00000488520	RRP12	Q5JTH9	1297 aa	Known RBP	10.19	□□□□□ -0.78
USP4-213	ENST00000488520	FBXO16	Q8IX29	292 aa	Predicted RBP	10.19	□□□□□ -0.78
USP4-213	ENST00000488520	RPUSD2	Q8IZ73	545 aa	Known RBP	10.19	□□□□□ -0.78
USP4-213	ENST00000488520	CRIPAK	Q8N1N5	446 aa		10.19	□□□□□ -0.78
USP4-213	ENST00000488520	SLC43A3	Q8NBI5	491 aa		10.19	□□□□□ -0.78
USP4-213	ENST00000488520	PPP1R13L	Q8WUF5	828 aa		10.19	□□□□□ -0.78
USP4-213	ENST00000488520	MKL1	Q969V6	931 aa		10.19	□□□□□ -0.78
USP4-213	ENST00000488520	FAM122A	Q96E09	287 aa		10.19	□□□□□ -0.78
USP4-213	ENST00000488520	TRERF1	Q96PN7	1200 aa		10.19	□□□□□ -0.78
USP4-213	ENST00000488520	PURB	Q96QR8	312 aa	Known RBP	10.19	□□□□□ -0.78
USP4-213	ENST00000488520	KRT23	Q9C075	422 aa		10.19	□□□□□ -0.78
USP4-213	ENST00000488520	CNNM2	Q9H8M5	875 aa		10.19	□□□□□ -0.78
USP4-213	ENST00000488520	AAAS	Q9NRG9	546 aa		10.19	□□□□□ -0.78
USP4-213	ENST00000488520	RBM8A	Q9Y5S9	174 aa	Known RBP	10.19	□□□□□ -0.78
USP4-213	ENST00000488520	ZNF536	O15090	1300 aa		10.18	□□□□□ -0.78
USP4-213	ENST00000488520	ATG2A	Q2TAZ0	1938 aa		10.18	□□□□□ -0.78
USP4-213	ENST00000488520	ST8SIA5	O15466	376 aa		10.18	□□□□□ -0.78
USP4-213	ENST00000488520	RANBP6	O60518	1105 aa	Known RBP	10.18	□□□□□ -0.78
USP4-213	ENST00000488520	AP1G2	O75843	785 aa		10.18	□□□□□ -0.78
USP4-213	ENST00000488520	CABYR	O75952	493 aa		10.18	□□□□□ -0.78
USP4-213	ENST00000488520	TSPY3	P0CV98	308 aa		10.18	□□□□□ -0.78
USP4-213	ENST00000488520	TSPY8	P0CW00	308 aa		10.18	□□□□□ -0.78
USP4-213	ENST00000488520	CYP2C9	P11712	490 aa		10.18	□□□□□ -0.78
USP4-213	ENST00000488520	BMP1	P13497	986 aa		10.18	□□□□□ -0.78
USP4-213	ENST00000488520	PLA2G5	P39877	138 aa		10.18	□□□□□ -0.78
USP4-213	ENST00000488520	NT5C2	P49902	561 aa		10.18	□□□□□ -0.78
USP4-213	ENST00000488520	STAT2	P52630	851 aa		10.18	□□□□□ -0.78
USP4-213	ENST00000488520	NKX3-2	P78367	333 aa		10.18	□□□□□ -0.78
USP4-213	ENST00000488520	KRT32	Q14532	448 aa		10.18	□□□□□ -0.78
USP4-213	ENST00000488520	TTLL4	Q14679	1199 aa		10.18	□□□□□ -0.78
USP4-213	ENST00000488520	MUM1L1	Q5H9M0	696 aa		10.18	□□□□□ -0.78
USP4-213	ENST00000488520	KRT40	Q6A162	431 aa		10.18	□□□□□ -0.78
USP4-213	ENST00000488520	TAPT1	Q6NXT6	567 aa		10.18	□□□□□ -0.78
USP4-213	ENST00000488520	KCTD1	Q719H9	257 aa		10.18	□□□□□ -0.78
USP4-213	ENST00000488520	RASGRP2	Q7LDG7	609 aa		10.18	□□□□□ -0.78
USP4-213	ENST00000488520	RALYL	Q86SE5	291 aa	Known RBP	10.18	□□□□□ -0.78
USP4-213	ENST00000488520	GMCL1P1	Q8NEA9	526 aa		10.18	□□□□□ -0.78
USP4-213	ENST00000488520	ESR2	Q92731	530 aa		10.18	□□□□□ -0.78
USP4-213	ENST00000488520	VWCE	Q96DN2	955 aa		10.18	□□□□□ -0.78
USP4-213	ENST00000488520	LSG1	Q9H089	658 aa	Known RBP	10.18	□□□□□ -0.78
USP4-213	ENST00000488520	ANAPC4	Q9UJX5	808 aa		10.18	□□□□□ -0.78
USP4-213	ENST00000488520	PCDHA11	Q9Y5I1	949 aa		10.18	□□□□□ -0.78
USP4-213	ENST00000488520	LOXHD1	Q8IVV2	1947 aa		10.17	□□□□□ -0.78
USP4-213	ENST00000488520	ZMYM6	O95789	1325 aa		10.17	□□□□□ -0.78
USP4-213	ENST00000488520	TSPY2	A6NKD2	308 aa		10.17	□□□□□ -0.78
USP4-213	ENST00000488520	AXIN1	O15169	862 aa		10.17	□□□□□ -0.78
USP4-213	ENST00000488520	CA3	P07451	260 aa		10.17	□□□□□ -0.78
USP4-213	ENST00000488520	MYL3	P08590	195 aa		10.17	□□□□□ -0.78
USP4-213	ENST00000488520	ATP2A2	P16615	1042 aa	Known RBP	10.17	□□□□□ -0.78
USP4-213	ENST00000488520	RFC5	P40937	340 aa		10.17	□□□□□ -0.78
USP4-213	ENST00000488520	SMCP	P49901	116 aa	Predicted RBP	10.17	□□□□□ -0.78
USP4-213	ENST00000488520	TFAP4	Q01664	338 aa		10.17	□□□□□ -0.78
USP4-213	ENST00000488520	CCDC178	Q5BJE1	867 aa		10.17	□□□□□ -0.78
USP4-213	ENST00000488520	FAM47C	Q5HY64	1035 aa		10.17	□□□□□ -0.78
USP4-213	ENST00000488520	TMEM67	Q5HYA8	995 aa		10.17	□□□□□ -0.78
USP4-213	ENST00000488520	IQSEC1	Q6DN90	963 aa		10.17	□□□□□ -0.78
USP4-213	ENST00000488520	NSMF	Q6X4W1	530 aa		10.17	□□□□□ -0.78
USP4-213	ENST00000488520	NEDD1	Q8NHV4	660 aa		10.17	□□□□□ -0.78
USP4-213	ENST00000488520	CHURC1	Q8WUH1	139 aa		10.17	□□□□□ -0.78
USP4-213	ENST00000488520	LRRN4	Q8WUT4	740 aa		10.17	□□□□□ -0.78
USP4-213	ENST00000488520	STAG1	Q8WVM7	1258 aa		10.17	□□□□□ -0.78
USP4-213	ENST00000488520	FOXJ1	Q92949	421 aa		10.17	□□□□□ -0.78
USP4-213	ENST00000488520	TRMT13	Q9NUP7	481 aa	Known RBP	10.17	□□□□□ -0.78
USP4-213	ENST00000488520	ERICH2	A1L162	156 aa		10.16	□□□□□ -0.78
USP4-213	ENST00000488520	EPOP	A6NHQ4	379 aa		10.16	□□□□□ -0.78
USP4-213	ENST00000488520	SLC27A2	O14975	620 aa		10.16	□□□□□ -0.78
USP4-213	ENST00000488520	PSMA5	P28066	241 aa		10.16	□□□□□ -0.78
USP4-213	ENST00000488520	SLC1A4	P43007	532 aa		10.16	□□□□□ -0.78
USP4-213	ENST00000488520	FGD1	P98174	961 aa		10.16	□□□□□ -0.78
USP4-213	ENST00000488520	SART3	Q15020	963 aa	Known RBP	10.16	□□□□□ -0.78
USP4-213	ENST00000488520	CREB3L3	Q68CJ9	461 aa		10.16	□□□□□ -0.78
USP4-213	ENST00000488520	FAM160B2	Q86V87	743 aa		10.16	□□□□□ -0.78
USP4-213	ENST00000488520	IQCA1	Q86XH1	822 aa		10.16	□□□□□ -0.78
USP4-213	ENST00000488520	NCOA7	Q8NI08	942 aa		10.16	□□□□□ -0.78
USP4-213	ENST00000488520	FAM174A	Q8TBP5	190 aa		10.16	□□□□□ -0.78
USP4-213	ENST00000488520	USP26	Q9BXU7	913 aa		10.16	□□□□□ -0.78
USP4-213	ENST00000488520	ALDH8A1	Q9H2A2	487 aa	Predicted RBP	10.16	□□□□□ -0.78
USP4-213	ENST00000488520	EPHX3	Q9H6B9	360 aa		10.16	□□□□□ -0.78
USP4-213	ENST00000488520	INCENP	Q9NQS7	918 aa		10.16	□□□□□ -0.78
USP4-213	ENST00000488520	CYP39A1	Q9NYL5	469 aa		10.16	□□□□□ -0.78
USP4-213	ENST00000488520	CCPG1	Q9ULG6	757 aa		10.16	□□□□□ -0.78
USP4-213	ENST00000488520	MTCH2	Q9Y6C9	303 aa		10.16	□□□□□ -0.78
USP4-213	ENST00000488520	PLIN4	Q96Q06	1357 aa		10.15	□□□□□ -0.78
USP4-213	ENST00000488520	TNKS	O95271	1327 aa		10.15	□□□□□ -0.78
USP4-213	ENST00000488520		E7EWF7	191 aa		10.15	□□□□□ -0.78
USP4-213	ENST00000488520	NMT2	O60551	498 aa		10.15	□□□□□ -0.78
USP4-213	ENST00000488520	HMGB1	P09429	215 aa	Known RBP	10.15	□□□□□ -0.78
USP4-213	ENST00000488520	PRKCSH	P14314	528 aa	Predicted RBP	10.15	□□□□□ -0.78
USP4-213	ENST00000488520	CHMP4BP1	P59074	171 aa		10.15	□□□□□ -0.78
USP4-213	ENST00000488520	AGER	Q15109	404 aa		10.15	□□□□□ -0.78

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